seq1 = pF1KE0048.tfa, 1566 bp
seq2 = pF1KE0048/gi568815594f_127974952.tfa (gi568815594f:127974952_128222230), 247279 bp

>pF1KE0048 1566
>gi568815594f:127974952_128222230 (Chr4)

1-42  (100001-100042)   100% ->
43-217  (102837-103011)   100% ->
218-358  (107214-107354)   100% ->
359-502  (116050-116193)   100% ->
503-668  (116396-116561)   100% ->
669-813  (123235-123379)   100% ->
814-988  (132188-132362)   100% ->
989-1161  (139619-139791)   100% ->
1162-1566  (146875-147279)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAATTGGCCAACACCAAGTGAATTAGTGAACACTGGA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100001 ATGGAGAATTGGCCAACACCAAGTGAATTAGTGAACACTGGAGTG...CA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     43  TTTCAGAGCGTCCTCAGCCAAGGAAATAAAAAGCCACAAAATAGAAAAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102836 GTTTCAGAGCGTCCTCAGCCAAGGAAATAAAAAGCCACAAAATAGAAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAAAAGAAGAGAAGGTTGAAAAGAGAAGTAACAGTGACAGCAAAGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102886 AAAAAGAAGAGAAGGTTGAAAAGAGAAGTAACAGTGACAGCAAAGAAAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGGGAAACAAAATTAAATGGTCCTGGTGAAAACGTCAGTGAGGATGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102936 CGGGAAACAAAATTAAATGGTCCTGGTGAAAACGTCAGTGAGGATGAGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCAGTCAAGTAATCAACGTAAGAGAG         CTAATAAGCACAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 102986 TCAGTCAAGTAATCAACGTAAGAGAGGTC...AAGCTAATAAGCACAAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGGTACCACTCCACTTAGATGTTGTAAGATCAGAGAGTCAAGAAAGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107229 GGGTACCACTCCACTTAGATGTTGTAAGATCAGAGAGTCAAGAAAGACCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGATCCCGGAACAGCTCAAGATGTCAACCTGAAGCAAATAAACCAACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107279 GGATCCCGGAACAGCTCAAGATGTCAACCTGAAGCAAATAAACCAACACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TAACAATAGGAGAAATGATACACGAA         GTTGGAAGCGAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 107329 TAACAATAGGAGAAATGATACACGAAGTA...AAGGTTGGAAGCGAGATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GAGAAAAAAGGGATGATCAAGATGACGTTTCCAGTGTGAGAAGTGAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116065 GAGAAAAAAGGGATGATCAAGATGACGTTTCCAGTGTGAGAAGTGAGGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGTAATATCCGAGGTTCCTTTAGAGGTCGAGGAAGAGGCCGAGGACGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116115 GGTAATATCCGAGGTTCCTTTAGAGGTCGAGGAAGAGGCCGAGGACGGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AAGAGGACGAGGCAGAGGAAATCCTCGAT         TGAACTTTGATT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 116165 AAGAGGACGAGGCAGAGGAAATCCTCGATGTA...AAGTGAACTTTGATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATTCATATGGTTATCAAGAACATGGTGAAAGGACTGATCAACCATTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116408 ATTCATATGGTTATCAAGAACATGGTGAAAGGACTGATCAACCATTTCAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACAGAACTTAATACCAGTATGATGTATTACTATGATGATGGTACAGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116458 ACAGAACTTAATACCAGTATGATGTATTACTATGATGATGGTACAGGTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ACAGGTGTATCCTGTGGAAGAAGCATTGCTTAAAGAGTATATTAAGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116508 ACAGGTGTATCCTGTGGAAGAAGCATTGCTTAAAGAGTATATTAAGCGTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AAAT         TGAATATTACTTCAGTGTAGAAAATTTGGAACGAGAC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116558 AAATGTA...CAGTGAATATTACTTCAGTGTAGAAAATTTGGAACGAGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TTCTTTCTTCGGGGAAAGATGGATGAACAAGGTTTCTTGCCTATTTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123272 TTCTTTCTTCGGGGAAAGATGGATGAACAAGGTTTCTTGCCTATTTCCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GATTGCTGGTTTTCAGCGTGTTCAGGCTCTCACTACAAACCTTAATCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123322 GATTGCTGGTTTTCAGCGTGTTCAGGCTCTCACTACAAACCTTAATCTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TCTTAGAG         GCACTGAAGGATAGCACAGAAGTAGAAATTGTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 123372 TCTTAGAGGTA...TAGGCACTGAAGGATAGCACAGAAGTAGAAATTGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GATGAGAAAATGAGAAAAAAGATAGAACCAGAAAAATGGCCAATTCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132221 GATGAGAAAATGAGAAAAAAGATAGAACCAGAAAAATGGCCAATTCCAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCCTCCTCCACGCAGTGTGCCACCAACAGACTTCTCTCAACTGATTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132271 CCCTCCTCCACGCAGTGTGCCACCAACAGACTTCTCTCAACTGATTGATT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GTCCAGAGTTTGTACCAGGCCAAGCCTTTTGCTCACATACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 132321 GTCCAGAGTTTGTACCAGGCCAAGCCTTTTGCTCACATACAGGTA...TA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    989  AGTCTGCCCCAAATTCTCCAAGAATTGGAAGCCCATTGAGCCCAAAGAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139618 GAGTCTGCCCCAAATTCTCCAAGAATTGGAAGCCCATTGAGCCCAAAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AAACAGTGAAACAAGTATTCTTCAAGCAATGTCTAGAGGTTTGTCTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139668 AAACAGTGAAACAAGTATTCTTCAAGCAATGTCTAGAGGTTTGTCTACCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GTTTGCCTGACTTGGACTCAGAACCTTGGATAGAAGTTAAAAAAAGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139718 GTTTGCCTGACTTGGACTCAGAACCTTGGATAGAAGTTAAAAAAAGACAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CAGCCAGCCCCAGTGAAATTGAGG         GAATCAGTGTCTGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 139768 CAGCCAGCCCCAGTGAAATTGAGGGTA...CAGGAATCAGTGTCTGTCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGAAGGGTCATTAAATCAGCTATGTTCTTCAGAAGAACCAGAACAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146892 TGAAGGGTCATTAAATCAGCTATGTTCTTCAGAAGAACCAGAACAAGAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AACTTGATTTTTTGTTTGATGAAGAGATTGAACAAATAGGACGAAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146942 AACTTGATTTTTTGTTTGATGAAGAGATTGAACAAATAGGACGAAAAAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 ACATTTACTGATTGGTCTGATAATGATTCAGATTATGAAATTGATGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146992 ACATTTACTGATTGGTCTGATAATGATTCAGATTATGAAATTGATGACCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 AGACTTAAACAAGATTTTGATTGTAACTCAGACACCACCTTATGTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147042 AGACTTAAACAAGATTTTGATTGTAACTCAGACACCACCTTATGTGAAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 AACATCCTGGAGGAGATCGAACAGGCACCCACATGTCTCGGGCAAAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147092 AACATCCTGGAGGAGATCGAACAGGCACCCACATGTCTCGGGCAAAAATC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 ACATCTGAACTTGCTAAAGTTATCAATGATGGCTTATACTATTATGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147142 ACATCTGAACTTGCTAAAGTTATCAATGATGGCTTATACTATTATGAACA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GGATCTATGGATGGAAGAAGATGAAAACAAACACACAGCCATAAAGGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147192 GGATCTATGGATGGAAGAAGATGAAAACAAACACACAGCCATAAAGGTAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .
   1529 TTGTTTCTGGCCAACATCTTTCTACTGATGCTTTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147242 TTGTTTCTGGCCAACATCTTTCTACTGATGCTTTGTTT