seq1 = pF1KE0047.tfa, 2259 bp
seq2 = pF1KE0047/gi568815594r_75760670.tfa (gi568815594r:75760670_75996325), 235656 bp

>pF1KE0047 2259
>gi568815594r:75760670_75996325 (Chr4)

(complement)

1-55  (100001-100055)   100% ->
56-183  (104348-104475)   100% ->
184-241  (104621-104678)   100% ->
242-417  (106194-106369)   100% ->
418-532  (107998-108112)   100% ->
533-579  (109428-109474)   100% ->
580-746  (111566-111732)   100% ->
747-783  (113124-113160)   100% ->
784-933  (113251-113400)   100% ->
934-1320  (119653-120039)   100% ->
1321-1506  (123014-123199)   100% ->
1507-1649  (124159-124301)   100% ->
1650-1756  (128907-129013)   100% ->
1757-1920  (129974-130137)   100% ->
1921-2008  (131799-131886)   100% ->
2009-2259  (135406-135656)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAAGCGGCACCTCCACCCAACATCATTTTGCTTTCCAGAATGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGAAGCGGCACCTCCACCCAACATCATTTTGCTTTCCAGAATGCAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGAG         CCTTCAAGGCAGCAGCCCTGATCCAGAGATGGTACC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGAGGTA...TAGCCTTCAAGGCAGCAGCCCTGATCCAGAGATGGTACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGCGCTACGTGGCCCGCCTGGAGATGAGGCGGCGTTGCACCTGGAGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104384 GGCGCTACGTGGCCCGCCTGGAGATGAGGCGGCGTTGCACCTGGAGCATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCCAGTCTATAGAATATGCTGGGCAGCAAGACCAAGTCAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 104434 TTCCAGTCTATAGAATATGCTGGGCAGCAAGACCAAGTCAAGGTA...CA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    184  CTCCATGACTTCTTCAGCTATCTCATGGATCACTTCATCCCCAGCAGCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104620 GCTCCATGACTTCTTCAGCTATCTCATGGATCACTTCATCCCCAGCAGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACAACGACA         GGGACTTCCTGACCCGCATATTCACTGAGGAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 104670 ACAACGACAGTG...TAGGGGACTTCCTGACCCGCATATTCACTGAGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AGATTCGCCCAGGACTCCGAGATGAAGAAATGCAGTGACTATGAATCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106226 AGATTCGCCCAGGACTCCGAGATGAAGAAATGCAGTGACTATGAATCCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGAGGTACCCGACAGTTACACGGGGCCACGCCTCTCCTTCCCACTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106276 AGAGGTACCCGACAGTTACACGGGGCCACGCCTCTCCTTCCCACTCCTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGACCATGCAACTGCCCTGGTAGAAGCATTCAGACTGAAACAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 106326 CTGACCATGCAACTGCCCTGGTAGAAGCATTCAGACTGAAACAAGTA...

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    418    CAGCTCCATGCTCGCTACGTCTTGAACCTTTTGTATGAAACCAAGAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107995 TAGCAGCTCCATGCTCGCTACGTCTTGAACCTTTTGTATGAAACCAAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ACATCTGGTACAGCTGCCAAACATCAACCGGGTCTCAACCTGTTACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108045 ACATCTGGTACAGCTGCCAAACATCAACCGGGTCTCAACCTGTTACAGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGGAGATCACAGTGTGTG         GAGACTTACATGGCCAATTGGAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 108095 AGGAGATCACAGTGTGTGGTA...TAGGAGACTTACATGGCCAATTGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GACTTAATCTTTATATTTTATAAG         AATGGCCTCCCGTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 109451 GACTTAATCTTTATATTTTATAAGGTA...AAGAATGGCCTCCCGTCGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AGAACGGTCATATGTGTTCAACGGTGACTTTGTGGATCGAGGCAAGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111583 AGAACGGTCATATGTGTTCAACGGTGACTTTGTGGATCGAGGCAAGGATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CAGTAGAGATCCTGATGATTCTTTTTGCCTTCATGCTGGTTTACCCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111633 CAGTAGAGATCCTGATGATTCTTTTTGCCTTCATGCTGGTTTACCCCAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAGTTCCATCTTAACAGAGGAAACCATGAGGACCATATGGTGAACTTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111683 GAGTTCCATCTTAACAGAGGAAACCATGAGGACCATATGGTGAACTTACG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747          ATATGGCTTCACCAAGGAAGTGATGAATAAATACAAG    
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 111733 GTA...TAGATATGGCTTCACCAAGGAAGTGATGAATAAATACAAGGTG.

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    784      GTACACGGGAAGGAAATACTAAGAACCCTGCAAGATGTTTTCTGT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113165 ..CAGGTACACGGGAAGGAAATACTAAGAACCCTGCAAGATGTTTTCTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TGGCTTCCACTGGCCACTCTGATAGATGAGAAAGTTCTAATTCTTCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113296 TGGCTTCCACTGGCCACTCTGATAGATGAGAAAGTTCTAATTCTTCATGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TGGGGTGTCAGACATAACTGATCTGGAGCTTTTGGACAAAATAGAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113346 TGGGGTGTCAGACATAACTGATCTGGAGCTTTTGGACAAAATAGAGAGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GCAAG         ATAGTTTCCACCATGAGGTGCAAAACGAGACAGAAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113396 GCAAGGTA...TAGATAGTTTCCACCATGAGGTGCAAAACGAGACAGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AGTGAGAAGCAGATGGAGGAGAAGAGAAGAGCCAACCAGAAGAGCTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119689 AGTGAGAAGCAGATGGAGGAGAAGAGAAGAGCCAACCAGAAGAGCTCTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 ACAGGGACCCATCCCATGGTTTCTCCCCGAAAGCCGCTCTCTTCCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119739 ACAGGGACCCATCCCATGGTTTCTCCCCGAAAGCCGCTCTCTTCCCTCTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CGCCCCTTCGGCTTGGCTCCTACAAGGCCCAGAAAACCAGCAGGTCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119789 CGCCCCTTCGGCTTGGCTCCTACAAGGCCCAGAAAACCAGCAGGTCCTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AGCATCCCCTGCAGCGGTTCCCTGGACGGGCGGGAGCTCTCCCGGCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119839 AGCATCCCCTGCAGCGGTTCCCTGGACGGGCGGGAGCTCTCCCGGCAGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GCGGAGCTCCGTGGAACTGGAGCTAGAGCGGTGCCGGCAGCAAGCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119889 GCGGAGCTCCGTGGAACTGGAGCTAGAGCGGTGCCGGCAGCAAGCAGGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TCCTGGTGACCGGAGAGAAAGAGGAGCCCTCCCGCTCAGCCTCAGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119939 TCCTGGTGACCGGAGAGAAAGAGGAGCCCTCCCGCTCAGCCTCAGAAGCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GACTCTGAAGCCGGAGAGCTGCGGAAGCCCACTCAGGAGGAGTGGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119989 GACTCTGAAGCCGGAGAGCTGCGGAAGCCCACTCAGGAGGAGTGGAGGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 G         GTTGTAGATATCCTGTGGAGTGATCCCATGGCTCAAGAGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120039 GGTG...CAGGTTGTAGATATCCTGTGGAGTGATCCCATGGCTCAAGAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GCTGCAAGGCCAACACTATTCGAGGAGGAGGCTGTTATTTTGGGCCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123054 GCTGCAAGGCCAACACTATTCGAGGAGGAGGCTGTTATTTTGGGCCTGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GTGACACAACAGTTGCTACAAAAATACAACATGCAATTCCTGATCCGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123104 GTGACACAACAGTTGCTACAAAAATACAACATGCAATTCCTGATCCGTTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 ACATGAATGCAAACCTGAAGGCTATGAATTCTGTCACAACCGCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 123154 ACATGAATGCAAACCTGAAGGCTATGAATTCTGTCACAACCGCAAGGTG.

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507      GTATTAACAATCTTTTCTGCCTCCAACTACTATGAAGTTGGCAGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123204 ..TAGGTATTAACAATCTTTTCTGCCTCCAACTACTATGAAGTTGGCAGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 AACAGAGGGGCCTATGTCAAACTGGGGCCAGCCCTGACCCCACATATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124204 AACAGAGGGGCCTATGTCAAACTGGGGCCAGCCCTGACCCCACATATTGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 GCAGTATCAAGCTAACAAGGTGACCCACACACTCACCATGAGGCAAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 124254 GCAGTATCAAGCTAACAAGGTGACCCACACACTCACCATGAGGCAAAGGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1650        GATTAGCAGAGTGGAGGAGTCGGCTCTGAGAGCTCTGAGGGAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124304 A...CAGGATTAGCAGAGTGGAGGAGTCGGCTCTGAGAGCTCTGAGGGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 AAGCTGTTTGCTCATTCTTCAGATCTTCTCAGTGAATTTAAGAAGCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128950 AAGCTGTTTGCTCATTCTTCAGATCTTCTCAGTGAATTTAAGAAGCATGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 TGCAGATAAAGTCG         GTTTAATCACCTTGAGTGACTGGGCAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 129000 TGCAGATAAAGTCGGTA...TAGGTTTAATCACCTTGAGTGACTGGGCAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 CAGCGGTGGAGTCTGTGTTGCACCTAGGACTGCCATGGCGGATGCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130001 CAGCGGTGGAGTCTGTGTTGCACCTAGGACTGCCATGGCGGATGCTGAGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 CCACAGCTGGTGAACAGCTCAGCAGACAACATGCTGGAGTACAAGTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130051 CCACAGCTGGTGAACAGCTCAGCAGACAACATGCTGGAGTACAAGTCTTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 GCTGAAGAACTTGGCCAAGGAACAACTGAGTCGCGAG         AACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 130101 GCTGAAGAACTTGGCCAAGGAACAACTGAGTCGCGAGGTA...CAGAACA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 TACAATCAAGTTTGCTGGAAACATTGTATCGAAACCGATCCAACCTAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131803 TACAATCAAGTTTGCTGGAAACATTGTATCGAAACCGATCCAACCTAGAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 ACCATTTTTAGGATCATAGACAGTGATCATTCAG         GGTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 131853 ACCATTTTTAGGATCATAGACAGTGATCATTCAGGTA...AAGGGTTCAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 CTCACTGGACGAGTTCAGGCAGACCTGGAAGCTGTTCAGCTCTCACATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135413 CTCACTGGACGAGTTCAGGCAGACCTGGAAGCTGTTCAGCTCTCACATGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 ATATCGACATTACAGATGACTGCATCTGTGACCTTGCTCGGAGCATTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135463 ATATCGACATTACAGATGACTGCATCTGTGACCTTGCTCGGAGCATTGAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 TTCAACAAAGATGGCCACATTGATATCAATGAGTTCCTGGAGGCCTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135513 TTCAACAAAGATGGCCACATTGATATCAATGAGTTCCTGGAGGCCTTCCG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 CCTTGTGGAGAAATCCTGCCCAGAGGGCGATGCCTCAGAATGCCCACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135563 CCTTGTGGAGAAATCCTGCCCAGAGGGCGATGCCTCAGAATGCCCACAAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 CTACAAATGCTAAAGACAGTGGCTGCAGCAGTCCAGGTGCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135613 CTACAAATGCTAAAGACAGTGGCTGCAGCAGTCCAGGTGCACAC