seq1 = pF1KE0046.tfa, 1917 bp
seq2 = pF1KE0046/gi568815597r_166820707.tfa (gi568815597r:166820707_167075268), 254562 bp

>pF1KE0046 1917
>gi568815597r:166820707_167075268 (Chr1)

(complement)

1-46  (100001-100046)   100% ->
47-379  (117168-117500)   100% ->
380-499  (118417-118536)   100% ->
500-556  (135699-135755)   100% ->
557-703  (138532-138678)   100% ->
704-880  (139792-139968)   100% ->
881-994  (148089-148202)   100% ->
995-1211  (152460-152676)   100% ->
1212-1884  (153890-154562)   100% ->
1885-1917  (155879-155911)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATAGGGTCTTGCTGAGGTGGATTTCTCTCTTCTGGCTAACAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100001 ATGGATAGGGTCTTGCTGAGGTGGATTTCTCTCTTCTGGCTAACAGGTA.

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     47      CCATGGTCGAAGGCCTTCAGGTCACAGTGCCCGACAAGAAGAAGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ..CAGCCATGGTCGAAGGCCTTCAGGTCACAGTGCCCGACAAGAAGAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGCCATGCTCTTCCAGCCCACTGTGCTTCGCTGCCACTTCTCAACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117213 TGGCCATGCTCTTCCAGCCCACTGTGCTTCGCTGCCACTTCTCAACATCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCCCATCAGCCTGCAGTTGTGCAGTGGAAGTTCAAGTCCTACTGCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117263 TCCCATCAGCCTGCAGTTGTGCAGTGGAAGTTCAAGTCCTACTGCCAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCGCATGGGAGAATCCTTGGGCATGTCCTCTACCCGGGCCCAATCTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117313 TCGCATGGGAGAATCCTTGGGCATGTCCTCTACCCGGGCCCAATCTCTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCAAGAGAAACCTGGAATGGGACCCCTACTTGGATTGTTTGGACAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117363 GCAAGAGAAACCTGGAATGGGACCCCTACTTGGATTGTTTGGACAGCAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGGACTGTTCGAGTAGTAGCTTCAAAACAGGGCTCGACTGTCACCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117413 AGGACTGTTCGAGTAGTAGCTTCAAAACAGGGCTCGACTGTCACCCTGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGATTTCTACAGGGGCAGAGAGATCACGATTGTTCATG         ATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 117463 AGATTTCTACAGGGGCAGAGAGATCACGATTGTTCATGGTA...CAGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAGATCTTCAAATTGGAAAGCTTATGTGGGGAGACAGCGGACTCTATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118420 CAGATCTTCAAATTGGAAAGCTTATGTGGGGAGACAGCGGACTCTATTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TGTATTATCACCACCCCAGATGACCTGGAGGGGAAAAATGAGGACTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118470 TGTATTATCACCACCCCAGATGACCTGGAGGGGAAAAATGAGGACTCAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGAACTGCTGGTGTTGG         GCAGGACAGGGCTGCTTGCTGATC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 118520 GGAACTGCTGGTGTTGGGTA...TAGGCAGGACAGGGCTGCTTGCTGATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCTTGCCCAGTTTTGCTGTGGAGATTATGCCAG         AGTGGGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 135723 TCTTGCCCAGTTTTGCTGTGGAGATTATGCCAGGTA...CAGAGTGGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTTGTTGGCCTGGTGCTCCTGGGCGTCTTCCTCTTCTTCGTCCTGGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138540 TTTGTTGGCCTGGTGCTCCTGGGCGTCTTCCTCTTCTTCGTCCTGGTGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GATCTGCTGGTGCCAGTGCTGCCCTCACAGCTGCTGCTGCTATGTCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138590 GATCTGCTGGTGCCAGTGCTGCCCTCACAGCTGCTGCTGCTATGTCCGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCCCATGCTGCCCAGATTCCTGCTGCTGCCCTCAAGCCT         TG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 138640 GCCCATGCTGCCCAGATTCCTGCTGCTGCCCTCAAGCCTGTG...CAGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TATGAAGCAGGGAAAGCAGCAAAGGCCGGGTACCCTCCCTCTGTCTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139794 TATGAAGCAGGGAAAGCAGCAAAGGCCGGGTACCCTCCCTCTGTCTCCGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGTCCCCGGCCCTTACTCCATCCCCTCTGTCCCTTTGGGAGGAGCCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139844 TGTCCCCGGCCCTTACTCCATCCCCTCTGTCCCTTTGGGAGGAGCCCCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CATCTGGCATGCTGATGGACAAGCCGCATCCACCTCCCTTGGCACCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139894 CATCTGGCATGCTGATGGACAAGCCGCATCCACCTCCCTTGGCACCAAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GACTCCACTGGAGGAAGCCACAGTG         TTCGCAAAGGTTACCG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 139944 GACTCCACTGGAGGAAGCCACAGTGGTA...CAGTTCGCAAAGGTTACCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GATCCAGGCTGACAAAGAGAGAGACTCCATGAAGGTCCTGTACTATGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148105 GATCCAGGCTGACAAAGAGAGAGACTCCATGAAGGTCCTGTACTATGTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGAAGGAGCTGGCTCAGTTTGATCCAGCCAGAAGGATGAGAGGCAGAT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 148155 AGAAGGAGCTGGCTCAGTTTGATCCAGCCAGAAGGATGAGAGGCAGATGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    995        ATAACAACACCATCTCAGAACTCAGCTCCCTACATGAGGAGGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148205 G...CAGATAACAACACCATCTCAGAACTCAGCTCCCTACATGAGGAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CAGCAATTTCCGCCAGTCTTTCCATCAGATGAGAAGCAAGCAGTTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152503 CAGCAATTTCCGCCAGTCTTTCCATCAGATGAGAAGCAAGCAGTTCCCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TGTCTGGGGACTTGGAGAGCAATCCTGACTATTGGTCAGGTGTCATGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152553 TGTCTGGGGACTTGGAGAGCAATCCTGACTATTGGTCAGGTGTCATGGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GGCAGCAGTGGGGCAAGCCGCGGGCCCTCAGCCATGGAGTATAACAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152603 GGCAGCAGTGGGGCAAGCCGCGGGCCCTCAGCCATGGAGTATAACAAAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GGATCGAGAGAGCTTCAGGCACAG         CCAGCCGCGCTCCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 152653 GGATCGAGAGAGCTTCAGGCACAGGTG...CAGCCAGCCGCGCTCCAAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CGGAGATGCTGTCGCGGAAGAACTTCGCCACGGGGGTGCCGGCCGTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153907 CGGAGATGCTGTCGCGGAAGAACTTCGCCACGGGGGTGCCGGCCGTTTCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 ATGGACGAGCTGGCGGCCTTCGCTGACTCCTACGGCCAGCGGCCCCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153957 ATGGACGAGCTGGCGGCCTTCGCTGACTCCTACGGCCAGCGGCCCCGCCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GGCAGACGGCAACAGTCACGAGGCGCGGGGCGGGAGCCGCTTCGAGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154007 GGCAGACGGCAACAGTCACGAGGCGCGGGGCGGGAGCCGCTTCGAGCGCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CGGAGTCGCGGGCGCACAGCGGCTTCTACCAGGACGACTCCTTGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154057 CGGAGTCGCGGGCGCACAGCGGCTTCTACCAGGACGACTCCTTGGAGGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 TACTACGGTCAGCGCAGCCGCAGCCGCGAGCCCCTGACCGATGCTGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154107 TACTACGGTCAGCGCAGCCGCAGCCGCGAGCCCCTGACCGATGCTGACCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 CGGCTGGGCCTTCAGCCCCGCGCGCCGCAGACCCGCCGAGGACGCGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154157 CGGCTGGGCCTTCAGCCCCGCGCGCCGCAGACCCGCCGAGGACGCGCACC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 TGCCGCGGCTGGTGAGCCGCACGCCAGGCACCGCACCCAAATACGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154207 TGCCGCGGCTGGTGAGCCGCACGCCAGGCACCGCACCCAAATACGACCAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 TCGTACCTGGGCAGCGCGCGGGAGCGCCAGGCGCGGCCCGAGGGCGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154257 TCGTACCTGGGCAGCGCGCGGGAGCGCCAGGCGCGGCCCGAGGGCGCCAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 CCGCGGTGGCAGCCTGGAGACGCCATCCAAGCGGAGCGCGCAGCTCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154307 CCGCGGTGGCAGCCTGGAGACGCCATCCAAGCGGAGCGCGCAGCTCGGCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 CGCGCAGCGCCTCCTACTACGCTTGGTCGCCGCCCGGCACCTACAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154357 CGCGCAGCGCCTCCTACTACGCTTGGTCGCCGCCCGGCACCTACAAGGCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 GGCTCGTCGCAGGACGACCAGGAGGACGCGTCCGACGACGCGCTGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154407 GGCTCGTCGCAGGACGACCAGGAGGACGCGTCCGACGACGCGCTGCCGCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 CTACAGCGAGCTGGAGCTGACCCGCGGCCCGTCCTACCGCGGCCGCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154457 CTACAGCGAGCTGGAGCTGACCCGCGGCCCGTCCTACCGCGGCCGCGACC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 TGCCCTACCACAGCAACTCGGAGAAGAAGAGGAAAAAGGAGCCCGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154507 TGCCCTACCACAGCAACTCGGAGAAGAAGAGGAAAAAGGAGCCCGCCAAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1879 AAAACC         AATGACTTTCCAACCAGGATGTCCCTTGTGGTC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 154557 AAAACCGTG...TAGAATGACTTTCCAACCAGGATGTCCCTTGTGGTC