seq1 = pF1KE0041.tfa, 1560 bp
seq2 = pF1KE0041/gi568815592r_130044523.tfa (gi568815592r:130044523_130315273), 270751 bp

>pF1KE0041 1560
>gi568815592r:130044523_130315273 (Chr6)

(complement)

1-79  (100001-100079)   100% ->
80-269  (100748-100937)   100% ->
270-383  (105666-105779)   100% ->
384-569  (130651-130836)   100% ->
570-654  (131087-131171)   100% ->
655-822  (139266-139433)   100% ->
823-1023  (160249-160449)   100% ->
1024-1195  (169093-169264)   100% ->
1196-1278  (169852-169934)   100% ->
1279-1560  (170470-170751)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAACCTGGTCAGTTGAGCAGGTCTGCAGTTGGTTGGTGGAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAACCTGGTCAGTTGAGCAGGTCTGCAGTTGGTTGGTGGAGAAAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTAGGAGAGCTAGTTCATAGATTTCAAG         AGGAAGAAGTAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100051 TTTAGGAGAGCTAGTTCATAGATTTCAAGGTG...CAGAGGAAGAAGTAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTGGGGCCGCTCTTCTTGCACTTAATGATCGGATGGTTCAGCAACTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100760 GTGGGGCCGCTCTTCTTGCACTTAATGATCGGATGGTTCAGCAACTGGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGAAAATTGGGCACCAGGCTGTTCTGATGGATTTAATTAAAAAATACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100810 AAGAAAATTGGGCACCAGGCTGTTCTGATGGATTTAATTAAAAAATACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCAGAACACTCAAGGACTGAAGTCCCCAGAAAACCCCAAAAAGGCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100860 GCAGAACACTCAAGGACTGAAGTCCCCAGAAAACCCCAAAAAGGCAGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGTCATGCAAACAGAAGCAGCTCGAGA         TTACAGGGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100910 TGGTCATGCAAACAGAAGCAGCTCGAGAGTG...TAGTTACAGGGATGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGTCCTCCAGTCCAGCCAGGCATGGGGAGCAGATGCCATCTTTCTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105679 GAGTCCTCCAGTCCAGCCAGGCATGGGGAGCAGATGCCATCTTTCTATCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGCTGAAAACCTTGATAATGGACTAATTGACCAAAGAGTATTGAAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105729 AGCTGAAAACCTTGATAATGGACTAATTGACCAAAGAGTATTGAAACAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 G         AAGAAATGTGAAACAAATTCTAGCAAGAAGCAAAGCATTA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105779 GGTG...CAGAAGAAATGTGAAACAAATTCTAGCAAGAAGCAAAGCATTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAGTGGACGAAGTCCTATGTTTTACCAGAGTTTCCCTATGATGTCAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130691 CAGTGGACGAAGTCCTATGTTTTACCAGAGTTTCCCTATGATGTCAAATG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATGTTAGCAGAGCAGAAGTGCCCGGATCACAGCATGAGGATAAGGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130741 CATGTTAGCAGAGCAGAAGTGCCCGGATCACAGCATGAGGATAAGGATCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TTGAGTTTCTCCAGGCCGACATGACTAAGTATCTGGAAGGCTCACT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 130791 TTGAGTTTCTCCAGGCCGACATGACTAAGTATCTGGAAGGCTCACTGTG.

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    570      GTACCCCAGCACCCAGCAGTACAATGACGTGGTTAATGCCCTGCT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130841 ..CAGGTACCCCAGCACCCAGCAGTACAATGACGTGGTTAATGCCCTGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCAGGCCCACCCTTTCCTGGATGAGGATGGCTGTGGCTTC         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 131132 GCAGGCCCACCCTTTCCTGGATGAGGATGGCTGTGGCTTCGTA...CAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTTTATGGAAACGAGCCCTCAAAGATCGCTTTAAATATGTTCGAAGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139267 TTTTATGGAAACGAGCCCTCAAAGATCGCTTTAAATATGTTCGAAGACCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATAGAAGATGATGAGCAAGTGATTAGAAATAAGTGTAAATTTGGACACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139317 ATAGAAGATGATGAGCAAGTGATTAGAAATAAGTGTAAATTTGGACACCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AAGAGGCCAGACAAGGAAATCTCTTGCTGATATAAGATTTGATGAAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139367 AAGAGGCCAGACAAGGAAATCTCTTGCTGATATAAGATTTGATGAAATTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AACTTGTCCAGATAAAA         GAAGAAGCTGTTTGTTTTGATTCT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 139417 AACTTGTCCAGATAAAAGTA...CAGGAAGAAGCTGTTTGTTTTGATTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAGCTAGATGAACATATTAAGTGGTTCCAGCAAGAATACGTGAAAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160273 GAGCTAGATGAACATATTAAGTGGTTCCAGCAAGAATACGTGAAAACAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AAAGGACTGGAGAGAAATTGACAAGAGAATGAGCCAAACTTTGGAAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160323 AAAGGACTGGAGAGAAATTGACAAGAGAATGAGCCAAACTTTGGAAATAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GAAGAAAGATGATTGGCAGCCGAACACCTCTGAAGGACATTCTTAAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160373 GAAGAAAGATGATTGGCAGCCGAACACCTCTGAAGGACATTCTTAAACTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TTTCCTTTCTTGAAGTGCCCTTATCAG         ATGTTCAGAGAATT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 160423 TTTCCTTTCTTGAAGTGCCCTTATCAGGTA...CAGATGTTCAGAGAATT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCAACTTCTTACAAGAACAGATATTTATAAGAAAACAAGGCACATTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169107 CCAACTTCTTACAAGAACAGATATTTATAAGAAAACAAGGCACATTTTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AATCCTATTCAGAAAATATACTGACTTCTTTTTCAGTGGTGGACAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169157 AATCCTATTCAGAAAATATACTGACTTCTTTTTCAGTGGTGGACAATCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 ATCAATATTGTATTGCAAGAAAAAATGAAACATTACACAGATGAAGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169207 ATCAATATTGTATTGCAAGAAAAAATGAAACATTACACAGATGAAGACAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GTTGAAAT         ACATGAAGATGACAGCCACATGTTTACTCCTCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 169257 GTTGAAATGTT...CAGACATGAAGATGACAGCCACATGTTTACTCCTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CAGATGTTTTTGGGGATGATCCCAGCCTTTTTGTCATCATGAATGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169885 CAGATGTTTTTGGGGATGATCCCAGCCTTTTTGTCATCATGAATGAACAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279          GTGCAAGTGTCCACACCTGTGTTGGAAGTTAAAAACCCTTT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169935 GTA...CAGGTGCAAGTGTCCACACCTGTGTTGGAAGTTAAAAACCCTTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CAACATGGAGGTCTGCGAATTTTCTTTATATTTAGAAAGGGAGAGGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170511 CAACATGGAGGTCTGCGAATTTTCTTTATATTTAGAAAGGGAGAGGCTCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CAAAGGTGGACGACTGTGTTACAGCCTTGGCTGCGCTAGTAGCTGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170561 CAAAGGTGGACGACTGTGTTACAGCCTTGGCTGCGCTAGTAGCTGCCTTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 CATGTATTTAGGATTGAGTGTCCAAGAAGACTGTCCCAAACTTTCAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170611 CATGTATTTAGGATTGAGTGTCCAAGAAGACTGTCCCAAACTTTCAACTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CCTAGAAACGCTGATTTTCGATATGCACAGTCCTTATTTTCCTTCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170661 CCTAGAAACGCTGATTTTCGATATGCACAGTCCTTATTTTCCTTCTTTGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 AAGAAAAGGAAAACGAAGTAGGATTTCAGCACCCACTCACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170711 AAGAAAAGGAAAACGAAGTAGGATTTCAGCACCCACTCACT