seq1 = pF1KE0040.tfa, 1908 bp
seq2 = pF1KE0040/gi568815592r_39806360.tfa (gi568815592r:39806360_40027578), 221219 bp

>pF1KE0040 1908
>gi568815592r:39806360_40027578 (Chr6)

(complement)

1-250  (100001-100250)   100% ->
251-418  (101734-101901)   100% ->
419-583  (111347-111511)   100% ->
584-645  (113744-113805)   100% ->
646-757  (114151-114262)   100% ->
758-870  (114575-114687)   100% ->
871-981  (115205-115315)   100% ->
982-1102  (117624-117744)   100% ->
1103-1150  (118477-118524)   100% ->
1151-1908  (120462-121219)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGAAGAGTTGGAAGCTCCGCACAGATGTCAGAGTAAGGGAGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGAAGAGTTGGAAGCTCCGCACAGATGTCAGAGTAAGGGAGGGGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGCGGTTCTCCTTGTGCCTCTTCCCAGCCCGGTAGCAGGGGCCCATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGCGGTTCTCCTTGTGCCTCTTCCCAGCCCGGTAGCAGGGGCCCATGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCTCCCTGGTCTGTCCTCGCAGGAGGTGTCCAGGCGGAGGCAGTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCTCCCTGGTCTGTCCTCGCAGGAGGTGTCCAGGCGGAGGCAGTTCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGGGAGCATGCGGCCCCCTTCTCCGCCTTCCTCACAGACAGCTTCGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGGGAGCATGCGGCCCCCTTCTCCGCCTTCCTCACAGACAGCTTCGGCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCAGCACAGCTACCTGCGGATCTCCCTCACAGAGAAGTGCAACCTCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCAGCACAGCTACCTGCGGATCTCCCTCACAGAGAAGTGCAACCTCAGAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251          GTCAGTACTGCATGCCCGAGGAGGGGGTCCCGCTGACCCCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GTG...CAGGTCAGTACTGCATGCCCGAGGAGGGGGTCCCGCTGACCCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAAGCCAACCTGCTGACCACAGAGGAGATCCTGACCCTCGCCCGGCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101775 AAAGCCAACCTGCTGACCACAGAGGAGATCCTGACCCTCGCCCGGCTCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGTGAAGGAAGGCATCGACAAGATCCGGCTCACAGGTGGAGAGCCGCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101825 TGTGAAGGAAGGCATCGACAAGATCCGGCTCACAGGTGGAGAGCCGCTTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCCGGCCGGACGTGGTGGACATTGTGG         CCCAGCTCCAGCGG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 101875 TCCGGCCGGACGTGGTGGACATTGTGGGTG...CAGCCCAGCTCCAGCGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTGGAAGGGCTGAGAACCATAGGTGTTACCACCAATGGCATCAACCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111361 CTGGAAGGGCTGAGAACCATAGGTGTTACCACCAATGGCATCAACCTGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCGGCTACTGCCCCAGCTTCAGAAGGCTGGTCTCAGTGCCATCAACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111411 CCGGCTACTGCCCCAGCTTCAGAAGGCTGGTCTCAGTGCCATCAACATCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GCCTGGACACCCTGGTGCCTGCCAAGTTTGAGTTCATTGTCCGCAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111461 GCCTGGACACCCTGGTGCCTGCCAAGTTTGAGTTCATTGTCCGCAGGAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 G         GCTTCCACAAGGTCATGGAGGGCATCCACAAGGCCATCGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111511 GGTG...CAGGCTTCCACAAGGTCATGGAGGGCATCCACAAGGCCATCGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GCTGGGCTACAACCCTGTGAAG         GTGAACTGTGTGGTGATGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 113784 GCTGGGCTACAACCCTGTGAAGGTG...CAGGTGAACTGTGTGGTGATGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GAGGCCTTAACGAGGATGAACTCCTGGACTTTGCGGCCTTGACTGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114170 GAGGCCTTAACGAGGATGAACTCCTGGACTTTGCGGCCTTGACTGAGGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CTCCCCCTGGATGTGCGCTTCATAGAGTATATGCCCTTTGATG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 114220 CTCCCCCTGGATGTGCGCTTCATAGAGTATATGCCCTTTGATGGTC...C

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    758   GCAACAAGTGGAACTTCAAGAAGATGGTCAGCTATAAGGAGATGCTAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114573 AGGCAACAAGTGGAACTTCAAGAAGATGGTCAGCTATAAGGAGATGCTAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ACACTGTCCGGCAGCAGTGGCCAGAGCTGGAGAAGGTGCCAGAGGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114623 ACACTGTCCGGCAGCAGTGGCCAGAGCTGGAGAAGGTGCCAGAGGAGGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TCCAGCACAGCCAAG         GCCTTTAAAATCCCTGGCTTCCAAGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 114673 TCCAGCACAGCCAAGGTT...CAGGCCTTTAAAATCCCTGGCTTCCAAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCAGATCAGCTTCATCACATCCATGTCTGAGCATTTCTGTGGGACCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115231 CCAGATCAGCTTCATCACATCCATGTCTGAGCATTTCTGTGGGACCTGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ACCGCCTGCGAATCACAGCTGATGGGAACCTCAAG         GTCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 115281 ACCGCCTGCGAATCACAGCTGATGGGAACCTCAAGGTG...TAGGTCTGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTCTTTGGAAACTCTGAGGTATCCCTGCGGGATCACCTGCGAGCTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117630 CTCTTTGGAAACTCTGAGGTATCCCTGCGGGATCACCTGCGAGCTGGGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CTCTGAGCAGGAGCTGCTGAGAATCATTGGGGCTGCTGTGGGCAGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117680 CTCTGAGCAGGAGCTGCTGAGAATCATTGGGGCTGCTGTGGGCAGGAAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AGCGGCAGCATGCAG         GCATGTTCAGTATTTCCCAGATGAAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 117730 AGCGGCAGCATGCAGGTA...CAGGCATGTTCAGTATTTCCCAGATGAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AACCGGCCCATGATCCTCATCG         AGTTATTTTTGATGTTCCC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 118503 AACCGGCCCATGATCCTCATCGGTG...CAGAGTTATTTTTGATGTTCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CAATTCCCCACCAGCCAATCCAAGCATTTTCTCCTGGGACCCGCTCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120481 CAATTCCCCACCAGCCAATCCAAGCATTTTCTCCTGGGACCCGCTCCATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TTCAGGGTCTAAGACCCAGAATGAGTTTCTCCAGCCAGGTGGCCACTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120531 TTCAGGGTCTAAGACCCAGAATGAGTTTCTCCAGCCAGGTGGCCACTTTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TGGAAAGGATGCAGGGTCCCCCAGACCCCTCCTCTAGCCCAGCAGCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120581 TGGAAAGGATGCAGGGTCCCCCAGACCCCTCCTCTAGCCCAGCAGCGGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GGGGTCTGGCTCCTTTCAGAGACACTACACTTCCCGTGCAGACTCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120631 GGGGTCTGGCTCCTTTCAGAGACACTACACTTCCCGTGCAGACTCAGATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CCAACTCAAAGTGCCTTAGCCCAGGTTCCTGGGCTTCTGCTGCCCCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120681 CCAACTCAAAGTGCCTTAGCCCAGGTTCCTGGGCTTCTGCTGCCCCCTCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GGACCCCAGCTAACCTCAGAACAACTAACTCATGTGGACTCGGAAGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120731 GGACCCCAGCTAACCTCAGAACAACTAACTCATGTGGACTCGGAAGGACG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GGCAGCTATGGTAGATGTGGGCAGGAAGCCAGACACAGAGCGGGTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120781 GGCAGCTATGGTAGATGTGGGCAGGAAGCCAGACACAGAGCGGGTGGCTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TGGCTTCAGCCGTGGTCCTCCTGGGACCGGTAGCCTTCAAGCTTGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120831 TGGCTTCAGCCGTGGTCCTCCTGGGACCGGTAGCCTTCAAGCTTGTCCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 CAGAACCAGCTCAAGAAAGGAGATGCCCTAGTGGTGGCCCAGCTGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120881 CAGAACCAGCTCAAGAAAGGAGATGCCCTAGTGGTGGCCCAGCTGGCTGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 AGTCCAGGCAGCCAAGGTGACCAGCCAGCTGATCCCTCTGTGCCACCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120931 AGTCCAGGCAGCCAAGGTGACCAGCCAGCTGATCCCTCTGTGCCACCACG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 TGGCCCTGAGCCACATCCAGGTGCAGCTGGAGCTGGACAGCACACGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120981 TGGCCCTGAGCCACATCCAGGTGCAGCTGGAGCTGGACAGCACACGCCAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 GCCGTGAAGATCCAGGCATCTTGCCGGGCTCGGGGCCCCACCGGGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121031 GCCGTGAAGATCCAGGCATCTTGCCGGGCTCGGGGCCCCACCGGGGTGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 GATGGAGGCCCTGACCTCTGCTGCAGTGGCCGCCCTCACCCTGTATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121081 GATGGAGGCCCTGACCTCTGCTGCAGTGGCCGCCCTCACCCTGTATGACA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 TGTGCAAGGCTGTCAGCAGGGACATCGTGTTGGAGGAGATCAAGCTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121131 TGTGCAAGGCTGTCAGCAGGGACATCGTGTTGGAGGAGATCAAGCTCATT

   1950     .    :    .    :    .    :    .
   1870 AGCAAGACTGGTGGTCAGCGGGGGGACTTCCATCGGGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121181 AGCAAGACTGGTGGTCAGCGGGGGGACTTCCATCGGGCT