seq1 = pF1KE0039.tfa, 1539 bp
seq2 = pF1KE0039/gi568815587r_102591769.tfa (gi568815587r:102591769_102805714), 213946 bp

>pF1KE0039 1539
>gi568815587r:102591769_102805714 (Chr11)

(complement)

1-102  (100001-100102)   100% ->
103-341  (100940-101178)   100% ->
342-490  (102597-102745)   100% ->
491-619  (102834-102962)   100% ->
620-781  (108880-109041)   100% ->
782-902  (109224-109344)   100% ->
903-1033  (110618-110748)   100% ->
1034-1193  (111650-111809)   100% ->
1194-1297  (112674-112777)   100% ->
1298-1539  (113705-113946)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCGCCTTCTGCTTCTGTTTTTGTTCTTTATAACATTTTCTTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGCGCCTTCTGCTTCTGTTTTTGTTCTTTATAACATTTTCTTCTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATTTCCCTTAGTCCGGATGACGGAAAATGAAGAAAATATGCAACTGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATTTCCCTTAGTCCGGATGACGGAAAATGAAGAAAATATGCAACTGGCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AG         GCATATCTCAACCAGTTCTACTCTCTTGAAATAGAAGGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGTA...CAGGCATATCTCAACCAGTTCTACTCTCTTGAAATAGAAGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATCATCTTGTTCAAAGCAAGAATAGGAGTCTCATAGATGACAAAATTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100979 AATCATCTTGTTCAAAGCAAGAATAGGAGTCTCATAGATGACAAAATTCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAAATGCAAGCATTTTTTGGATTGACAGTGACTGGAAAACTGGACTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101029 GGAAATGCAAGCATTTTTTGGATTGACAGTGACTGGAAAACTGGACTCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACACCCTTGAGATCATGAAGACACCCAGGTGTGGGGTGCCTGATGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101079 ACACCCTTGAGATCATGAAGACACCCAGGTGTGGGGTGCCTGATGTGGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAGTATGGCTACACCCTCCCTGGGTGGAGAAAATACAACCTCACCTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101129 CAGTATGGCTACACCCTCCCTGGGTGGAGAAAATACAACCTCACCTACAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342          AATAATAAACTATACTCCGGATATGGCACGAGCTGCTGTGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101179 GTA...AAGAATAATAAACTATACTCCGGATATGGCACGAGCTGCTGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATGAGGCTATCCAAGAAGGTTTAGAAGTGTGGAGCAAAGTCACTCCACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102638 ATGAGGCTATCCAAGAAGGTTTAGAAGTGTGGAGCAAAGTCACTCCACTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAATTCACCAAGATTTCAAAGGGGATTGCAGACATCATGATTGCCTTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102688 AAATTCACCAAGATTTCAAAGGGGATTGCAGACATCATGATTGCCTTTAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GACTCGAG         TCCATGGTCGGTGTCCTCGCTATTTTGATGGTC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 102738 GACTCGAGGTA...CAGTCCATGGTCGGTGTCCTCGCTATTTTGATGGTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCTTGGGAGTGCTTGGCCATGCCTTTCCTCCTGGTCCGGGTCTGGGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102867 CCTTGGGAGTGCTTGGCCATGCCTTTCCTCCTGGTCCGGGTCTGGGTGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GACACTCATTTTGATGAGGATGAAAACTGGACCAAGGATGGAGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 102917 GACACTCATTTTGATGAGGATGAAAACTGGACCAAGGATGGAGCAGGTG.

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    620      GATTCAACTTGTTTCTTGTGGCTGCTCATGAATTTGGTCATGCAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102967 ..AAGGATTCAACTTGTTTCTTGTGGCTGCTCATGAATTTGGTCATGCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGGGGCTCTCTCACTCCAATGATCAAACAGCCTTGATGTTCCCAAATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108925 TGGGGCTCTCTCACTCCAATGATCAAACAGCCTTGATGTTCCCAAATTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GTCTCCCTGGATCCCAGAAAATACCCACTTTCTCAGGATGATATCAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108975 GTCTCCCTGGATCCCAGAAAATACCCACTTTCTCAGGATGATATCAATGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 AATCCAGTCCATCTATG         GAGGTCTGCCTAAGGAACCTGCTA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 109025 AATCCAGTCCATCTATGGTG...AAGGAGGTCTGCCTAAGGAACCTGCTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGCCAAAGGAACCCACTATACCCCATGCCTGTGACCCTGACTTGACTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109248 AGCCAAAGGAACCCACTATACCCCATGCCTGTGACCCTGACTTGACTTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GACGCTATCACAACTTTCCGCAGAGAAGTAATGTTCTTTAAAGGCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 109298 GACGCTATCACAACTTTCCGCAGAGAAGTAATGTTCTTTAAAGGCAGGTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    903       GCACCTATGGAGGATCTATTATGATATCACGGATGTTGAGTTTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109348 ...CAGGCACCTATGGAGGATCTATTATGATATCACGGATGTTGAGTTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AATTAATTGCTTCATTCTGGCCATCTCTGCCAGCTGATCTGCAAGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110662 AATTAATTGCTTCATTCTGGCCATCTCTGCCAGCTGATCTGCAAGCTGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TACGAGAACCCCAGAGATAAGATTCTGGTTTTTAAAG         ATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 110712 TACGAGAACCCCAGAGATAAGATTCTGGTTTTTAAAGGTA...TAGATGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AAACTTCTGGATGATCAGAGGATATGCTGTCTTGCCAGATTATCCCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111654 AAACTTCTGGATGATCAGAGGATATGCTGTCTTGCCAGATTATCCCAAAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CCATCCATACATTAGGTTTTCCAGGACGTGTGAAGAAAATAGATGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111704 CCATCCATACATTAGGTTTTCCAGGACGTGTGAAGAAAATAGATGCAGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GTCTGTGATAAGACCACAAGAAAAACCTACTTCTTTGTGGGCATTTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111754 GTCTGTGATAAGACCACAAGAAAAACCTACTTCTTTGTGGGCATTTGGTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CTGGAG         GTTTGATGAAATGACCCAAACCATGGACAAAGGGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111804 CTGGAGGTA...CAGGTTTGATGAAATGACCCAAACCATGGACAAAGGGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TCCCGCAGAGAGTGGTAAAACACTTTCCTGGAATCAGTATCCGTGTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112709 TCCCGCAGAGAGTGGTAAAACACTTTCCTGGAATCAGTATCCGTGTTGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GCTGCTTTCCAGTACAAAG         GATTCTTCTTTTTCAGCCGTGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 112759 GCTGCTTTCCAGTACAAAGGTA...TAGGATTCTTCTTTTTCAGCCGTGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 ATCAAAGCAATTTGAATACGACATTAAGACAAAGAATATTACCCGAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113727 ATCAAAGCAATTTGAATACGACATTAAGACAAAGAATATTACCCGAATCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TGAGAACTAATACTTGGTTTCAATGCAAAGAACCAAAGAACTCCTCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113777 TGAGAACTAATACTTGGTTTCAATGCAAAGAACCAAAGAACTCCTCATTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GGTTTTGATATCAACAAGGAAAAAGCACATTCAGGAGGCATAAAGATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113827 GGTTTTGATATCAACAAGGAAAAAGCACATTCAGGAGGCATAAAGATATT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GTATCATAAGAGTTTAAGCTTGTTTATTTTTGGTATTGTTCATTTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113877 GTATCATAAGAGTTTAAGCTTGTTTATTTTTGGTATTGTTCATTTGCTGA

   1600     .    :    .    :
   1520 AAAACACTTCTATTTATCAA
        ||||||||||||||||||||
 113927 AAAACACTTCTATTTATCAA