seq1 = pF1KE0038.tfa, 2106 bp
seq2 = pF1KE0038/gi568815586f_20715739.tfa (gi568815586f:20715739_21016244), 300506 bp

>pF1KE0038 2106
>gi568815586f:20715739_21016244 (Chr12)

1-84  (100001-100084)   100% ->
85-226  (139290-139431)   100% ->
227-359  (142701-142833)   100% ->
360-481  (145279-145400)   100% ->
482-628  (146674-146820)   100% ->
629-727  (147018-147116)   100% ->
728-970  (159497-159739)   100% ->
971-1135  (162034-162198)   100% ->
1136-1331  (163698-163893)   100% ->
1332-1497  (165117-165282)   100% ->
1498-1682  (167680-167864)   100% ->
1683-1747  (182698-182762)   100% ->
1748-1865  (185612-185729)   99% ->
1866-2106  (200266-200506)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACCAACATCAACATTTGAATAAAACAGCAGAGTCAGCATCTTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACCAACATCAACATTTGAATAAAACAGCAGAGTCAGCATCTTCAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAAAAGAAAACAAGACGCTGCAATGGATTCAAG         ATGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100051 GAAAAAGAAAACAAGACGCTGCAATGGATTCAAGGTA...TAGATGTTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGCAGCCCTGTCATTCAGCTATATTGCTAAAGCACTAGGTGGAATCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139297 TGGCAGCCCTGTCATTCAGCTATATTGCTAAAGCACTAGGTGGAATCATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATGAAAATTTCCATCACTCAAATAGAAAGGAGATTTGACATATCCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139347 ATGAAAATTTCCATCACTCAAATAGAAAGGAGATTTGACATATCCTCTTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCTTGCTGGTTTAATTGATGGAAGCTTTGAAATTG         GAAATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 139397 TCTTGCTGGTTTAATTGATGGAAGCTTTGAAATTGGTA...TAGGAAATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGCTTGTGATTGTATTTGTAAGTTACTTTGGATCTAAACTACACAGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142707 TGCTTGTGATTGTATTTGTAAGTTACTTTGGATCTAAACTACACAGACCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGTTAATTGGAATTGGTTGTCTCCTTATGGGAACTGGAAGTATTTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142757 AAGTTAATTGGAATTGGTTGTCTCCTTATGGGAACTGGAAGTATTTTGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ATCTTTACCACATTTCTTCATGGGATA         TTATAGGTATTCTA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 142807 ATCTTTACCACATTTCTTCATGGGATAGTA...CAGTTATAGGTATTCTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGAAACCCATATTAATCCATCAGAAAATTCAACATCAAGTTTATCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145293 AAGAAACCCATATTAATCCATCAGAAAATTCAACATCAAGTTTATCAACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGTTTAATTAATCAAACCTTATCATTCAATGGAACATCACCTGAGATAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145343 TGTTTAATTAATCAAACCTTATCATTCAATGGAACATCACCTGAGATAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGAAAAAG         ATTGTGTAAAGGAATCTGGGTCACACATGTGGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 145393 AGAAAAAGGTA...TAGATTGTGTAAAGGAATCTGGGTCACACATGTGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCTATGTCTTCATGGGGAATATGCTTCGTGGCATAGGGGAAACCCCCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146707 TCTATGTCTTCATGGGGAATATGCTTCGTGGCATAGGGGAAACCCCCATA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTACCATTGGGGATTTCATACATTGATGATTTTGCAAAAGAAGGACATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146757 GTACCATTGGGGATTTCATACATTGATGATTTTGCAAAAGAAGGACATTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TTCCTTGTATTTAG         GTAGTTTGAATGCAATAGGAATGATTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 146807 TTCCTTGTATTTAGGTA...CAGGTAGTTTGAATGCAATAGGAATGATTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GTCCAGTCATTGGCTTTGCACTGGGATCTCTGTTTGCTAAAATGTACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147045 GTCCAGTCATTGGCTTTGCACTGGGATCTCTGTTTGCTAAAATGTACGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GATATTGGATATGTAGATCTGA         GCACTATCAGAATAACTCC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 147095 GATATTGGATATGTAGATCTGAGTA...TAGGCACTATCAGAATAACTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TAAGGACTCTCGTTGGGTTGGAGCTTGGTGGCTTGGTTTCCTTGTGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159516 TAAGGACTCTCGTTGGGTTGGAGCTTGGTGGCTTGGTTTCCTTGTGTCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GACTATTTTCCATTATTTCTTCCATACCATTTTTTTTCTTGCCGAAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159566 GACTATTTTCCATTATTTCTTCCATACCATTTTTTTTCTTGCCGAAAAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CCAAATAAACCACAAAAAGAAAGAAAAATTTCACTATCATTGCATGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159616 CCAAATAAACCACAAAAAGAAAGAAAAATTTCACTATCATTGCATGTGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GAAAACAAATGATGATAGAAATCAAACAGCTAATTTGACCAACCAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159666 GAAAACAAATGATGATAGAAATCAAACAGCTAATTTGACCAACCAAGGAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AAAATGTTACCAAAAATGTGACTG         GTTTTTTCCAGTCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 159716 AAAATGTTACCAAAAATGTGACTGGTA...TAGGTTTTTTCCAGTCTTTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AAAAGCATCCTTACCAATCCCCTGTATGTTATATTTCTGCTTTTGACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162051 AAAAGCATCCTTACCAATCCCCTGTATGTTATATTTCTGCTTTTGACATT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GTTACAAGTAAGCAGCTTTATTGGTTCTTTTACTTACGTCTTTAAATATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162101 GTTACAAGTAAGCAGCTTTATTGGTTCTTTTACTTACGTCTTTAAATATA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TGGAGCAACAGTACGGTCAGTCTGCATCTCATGCTAACTTTTTGTTGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 162151 TGGAGCAACAGTACGGTCAGTCTGCATCTCATGCTAACTTTTTGTTGGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1136        GAATCATAACCATTCCTACGGTTGCAACTGGAATGTTTTTAGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162201 A...TAGGAATCATAACCATTCCTACGGTTGCAACTGGAATGTTTTTAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AGGATTTATCATTAAAAAATTCAAATTGTCTTTAGTTGGAATTGCCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163741 AGGATTTATCATTAAAAAATTCAAATTGTCTTTAGTTGGAATTGCCAAAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TTTCATTTCTTACTTCGATGATATCCTTCTTGTTTCAACTTCTATATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163791 TTTCATTTCTTACTTCGATGATATCCTTCTTGTTTCAACTTCTATATTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CCTCTAATCTGCGAAAGCAAATCAGTTGCCGGCCTAACCTTGACCTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163841 CCTCTAATCTGCGAAAGCAAATCAGTTGCCGGCCTAACCTTGACCTATGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TGG         AAATAATTCAGTGGCATCTCATGTAGATGTACCACTTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163891 TGGGTT...CAGAAATAATTCAGTGGCATCTCATGTAGATGTACCACTTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CTTATTGCAACTCAGAGTGCAATTGTGATGAAAGTCAGTGGGAACCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165155 CTTATTGCAACTCAGAGTGCAATTGTGATGAAAGTCAGTGGGAACCAGTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 TGTGGGAACAATGGAATAACTTACCTGTCACCTTGTCTAGCAGGATGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165205 TGTGGGAACAATGGAATAACTTACCTGTCACCTTGTCTAGCAGGATGCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 ATCCTCAAGTGGTATTAAAAAGCATACA         GTGTTTTATAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 165255 ATCCTCAAGTGGTATTAAAAAGCATACAGTG...TAGGTGTTTTATAACT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 GTAGTTGTGTGGAAGTAACTGGTCTCCAGAACAGAAATTACTCAGCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167693 GTAGTTGTGTGGAAGTAACTGGTCTCCAGAACAGAAATTACTCAGCACAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 TTGGGTGAATGCCCAAGAGATAATACTTGTACAAGGAAATTTTTCATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167743 TTGGGTGAATGCCCAAGAGATAATACTTGTACAAGGAAATTTTTCATCTA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 TGTTGCAATTCAAGTCATAAACTCTTTGTTCTCTGCAACAGGAGGTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167793 TGTTGCAATTCAAGTCATAAACTCTTTGTTCTCTGCAACAGGAGGTACCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 CATTTATCTTGTTGACTGTGAA         GATTGTTCAACCTGAATTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 167843 CATTTATCTTGTTGACTGTGAAGTA...CAGGATTGTTCAACCTGAATTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 AAAGCACTTGCAATGGGTTTCCAGTCAATGGTTATAAGAACACTAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 182717 AAAGCACTTGCAATGGGTTTCCAGTCAATGGTTATAAGAACACTAGGTA.

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1748      GAGGAATTCTAGCTCCAATATATTTTGGGGCTCTGATTGATAAAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182767 ..CAGGAGGAATTCTAGCTCCAATATATTTTGGGGCTCTGATTGATAAAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 CATGTATGAAGTGGTCCACCAACAGCTGTGGAGCACAAGGAGCTTGTAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 185657 CATGTATGAAGTGGTCCACCAACAGCTGTGGAGCACAAGGGGCTTGTAGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 ATATATAATTCCGTATTTTTTGG         AAGGGTCTACTTGGGCTT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 185707 ATATATAATTCCGTATTTTTTGGGTA...CAGAAGGGTCTACTTGGGCTT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 ATCTATAGCTTTAAGATTCCCAGCACTTGTTTTATATATTGTTTTCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200284 ATCTATAGCTTTAAGATTCCCAGCACTTGTTTTATATATTGTTTTCATTT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 TTGCTATGAAGAAAAAATTTCAAGGAAAAGATACCAAGGCATCGGACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200334 TTGCTATGAAGAAAAAATTTCAAGGAAAAGATACCAAGGCATCGGACAAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 GAAAGAAAAGTAATGGATGAAGCAAACTTAGAATTCTTAAATAATGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200384 GAAAGAAAAGTAATGGATGAAGCAAACTTAGAATTCTTAAATAATGGTGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 ACATTTTGTACCTTCTGCTGGAACAGATAGTAAAACATGTAATTTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200434 ACATTTTGTACCTTCTGCTGGAACAGATAGTAAAACATGTAATTTGGACA

   2200     .    :    .    :
   2084 TGCAAGACAATGCTGCTGCCAAC
        |||||||||||||||||||||||
 200484 TGCAAGACAATGCTGCTGCCAAC