seq1 = pF1KE0036.tfa, 2145 bp
seq2 = pF1KE0036/gi568815581f_58092847.tfa (gi568815581f:58092847_58304420), 211574 bp

>pF1KE0036 2145
>gi568815581f:58092847_58304420 (Chr17)

1-76  (100001-100076)   100% ->
77-170  (100192-100285)   100% ->
171-346  (100525-100700)   100% ->
347-464  (100868-100985)   100% ->
465-594  (101117-101246)   100% ->
595-801  (102118-102324)   100% ->
802-1120  (104093-104411)   100% ->
1121-1281  (106194-106354)   100% ->
1282-1537  (106693-106948)   100% ->
1538-1708  (107379-107549)   100% ->
1709-1946  (110235-110472)   100% ->
1947-2145  (111376-111574)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCATCTGCTCCCAGCCCTGGCAGGGGTCCTGGCCACACTCGTCCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCATCTGCTCCCAGCCCTGGCAGGGGTCCTGGCCACACTCGTCCTCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGCCCTGTGAGGGCACTGACCCAG         CCTCCCCTGGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100051 CCAGCCCTGTGAGGGCACTGACCCAGGTA...CAGCCTCCCCTGGGGCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGAGACCTCGGTCCTGCGAGACTGCATAGCAGAGGCCAAGTTGCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100207 TGGAGACCTCGGTCCTGCGAGACTGCATAGCAGAGGCCAAGTTGCTGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATGCTGCCTACAATTGGACCCAGAAGAG         CATCAAGCAGCG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100257 GATGCTGCCTACAATTGGACCCAGAAGAGGTG...CAGCATCAAGCAGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCTTCGCAGCGGTTCAGCCAGCCCCATGGACCTCCTGTCCTACTTCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100537 GCTTCGCAGCGGTTCAGCCAGCCCCATGGACCTCCTGTCCTACTTCAAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AACCGGTAGCAGCCACCAGGACAGTTGTTCGGGCCGCAGATTATATGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100587 AACCGGTAGCAGCCACCAGGACAGTTGTTCGGGCCGCAGATTATATGCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTGGCTTTGGGGCTGCTTGAAGAGAAGTTACAACCCCAGCGGTCCGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100637 GTGGCTTTGGGGCTGCTTGAAGAGAAGTTACAACCCCAGCGGTCCGGACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTTCAATGTCACTG         ATGTGCTAACAGAACCACAGCTGCGGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100687 CTTCAATGTCACTGGTA...CAGATGTGCTAACAGAACCACAGCTGCGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGCTGTCCCAGGCCAGTGGCTGTGCTCTCCGGGACCAGGCCGAGCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100895 TGCTGTCCCAGGCCAGTGGCTGTGCTCTCCGGGACCAGGCCGAGCGCTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGCGACAAGTACCGCACCATCACTGGACGGTGCAACAACAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100945 AGCGACAAGTACCGCACCATCACTGGACGGTGCAACAACAAGTG...CAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAGGAGACCCTTGCTAGGGGCCTCCAACCAGGCTCTGGCTCGCTGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101117 GAGGAGACCCTTGCTAGGGGCCTCCAACCAGGCTCTGGCTCGCTGGCTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCGCCGAGTATGAGGATGGGCTGTCGCTCCCCTTCGGCTGGACCCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101167 CCGCCGAGTATGAGGATGGGCTGTCGCTCCCCTTCGGCTGGACCCCCAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGGAGGCGCAATGGCTTCCTTCTCCCTCTT         GTCCGGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 101217 AGGAGGCGCAATGGCTTCCTTCTCCCTCTTGTG...CAGGTCCGGGCTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTCCAACCAGATTGTGCGCTTCCCCAATGAGAGACTGACCTCCGACCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102129 CTCCAACCAGATTGTGCGCTTCCCCAATGAGAGACTGACCTCCGACCGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GCCGAGCCCTCATGTTCATGCAGTGGGGCCAGTTCATTGACCATGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102179 GCCGAGCCCTCATGTTCATGCAGTGGGGCCAGTTCATTGACCATGACCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GACTTCTCCCCGGAGTCCCCGGCCAGAGTGGCCTTCACTGCAGGCGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102229 GACTTCTCCCCGGAGTCCCCGGCCAGAGTGGCCTTCACTGCAGGCGTTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTGTGAGAGGACCTGCGCCCAGCTGCCCCCCTGCTTTCCCATCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 102279 CTGTGAGAGGACCTGCGCCCAGCTGCCCCCCTGCTTTCCCATCAAGGTA.

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    802      ATCCCACCCAATGACCCCCGCATCAAGAACCAGCGTGACTGCATC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102329 ..CAGATCCCACCCAATGACCCCCGCATCAAGAACCAGCGTGACTGCATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CCTTTCTTCCGCTCGGCACCCTCATGCCCCCAAAACAAGAACAGAGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104138 CCTTTCTTCCGCTCGGCACCCTCATGCCCCCAAAACAAGAACAGAGTCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CAACCAGATCAACGCGCTCACCTCCTTTGTGGACGCCAGCATGGTGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104188 CAACCAGATCAACGCGCTCACCTCCTTTGTGGACGCCAGCATGGTGTATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GCAGTGAGGTCTCCCTCTCGCTGCGGCTCCGCAACCGGACCAACTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104238 GCAGTGAGGTCTCCCTCTCGCTGCGGCTCCGCAACCGGACCAACTACCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GGGCTGCTGGCCATCAACCAGCGCTTTCAAGACAACGGCCGGGCCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104288 GGGCTGCTGGCCATCAACCAGCGCTTTCAAGACAACGGCCGGGCCCTGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GCCCTTCGACAACCTGCACGATGACCCCTGTCTCCTCACCAACCGCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104338 GCCCTTCGACAACCTGCACGATGACCCCTGTCTCCTCACCAACCGCTCGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CGCGCATCCCCTGCTTCCTGGCAG         GTGACACCCGATCAACG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 104388 CGCGCATCCCCTGCTTCCTGGCAGGTC...AAGGTGACACCCGATCAACG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GAAACCCCCAAACTGGCAGCCATGCACACCCTCTTTATGCGAGAGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106211 GAAACCCCCAAACTGGCAGCCATGCACACCCTCTTTATGCGAGAGCACAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CCGGCTGGCCACCGAGCTGAGACGCCTGAATCCCCGGTGGAATGGAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106261 CCGGCTGGCCACCGAGCTGAGACGCCTGAATCCCCGGTGGAATGGAGACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 AACTGTACAATGAGGCTCGGAAGATCATGGGGGCCATGGTCCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 106311 AACTGTACAATGAGGCTCGGAAGATCATGGGGGCCATGGTCCAGGTA...

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1282    ATCATCACCTACCGAGACTTTCTGCCCCTGGTTCTGGGCAAGGCCCG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106690 CAGATCATCACCTACCGAGACTTTCTGCCCCTGGTTCTGGGCAAGGCCCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GGCCAGGAGAACCCTGGGGCACTACAGGGGGTACTGCTCCAATGTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106740 GGCCAGGAGAACCCTGGGGCACTACAGGGGGTACTGCTCCAATGTGGACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CACGGGTGGCCAATGTCTTCACCCTGGCCTTCCGCTTTGGCCACACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106790 CACGGGTGGCCAATGTCTTCACCCTGGCCTTCCGCTTTGGCCACACAATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 CTCCAGCCCTTCATGTTCCGCTTGGACAGTCAGTACCGGGCCTCCGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106840 CTCCAGCCCTTCATGTTCCGCTTGGACAGTCAGTACCGGGCCTCCGCACC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 CAACTCGCATGTCCCACTTAGCTCTGCCTTCTTTGCCAGCTGGCGGATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106890 CAACTCGCATGTCCCACTTAGCTCTGCCTTCTTTGCCAGCTGGCGGATCG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 TGTATGAAG         GGGGCATCGACCCCATCCTCCGGGGCCTCATG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 106940 TGTATGAAGGTG...CAGGGGGCATCGACCCCATCCTCCGGGGCCTCATG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GCCACCCCTGCCAAGCTGAACCGTCAGGATGCCATGTTAGTGGATGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107411 GCCACCCCTGCCAAGCTGAACCGTCAGGATGCCATGTTAGTGGATGAGCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 CCGGGACCGGCTGTTTCGGCAAGTGAGGAGGATTGGGCTGGACCTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107461 CCGGGACCGGCTGTTTCGGCAAGTGAGGAGGATTGGGCTGGACCTGGCAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 CTCTCAACATGCAACGAAGCCGGGACCACGGCCTTCCAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 107511 CTCTCAACATGCAACGAAGCCGGGACCACGGCCTTCCAGGTG...CAGGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 TACAATGCTTGGAGGCGCTTCTGTGGGCTCTCCCAGCCCCGGAATTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110237 TACAATGCTTGGAGGCGCTTCTGTGGGCTCTCCCAGCCCCGGAATTTGGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 ACAGCTTAGCCGGGTGCTGAAAAACCAGGACTTGGCAAGGAAGTTCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110287 ACAGCTTAGCCGGGTGCTGAAAAACCAGGACTTGGCAAGGAAGTTCCTGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 ATTTGTATGGAACACCTGACAACATTGACATCTGGATTGGGGCCATCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110337 ATTTGTATGGAACACCTGACAACATTGACATCTGGATTGGGGCCATCGCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 GAGCCTCTTTTGCCGGGGGCTCGAGTGGGGCCTCTTCTGGCTTGTCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110387 GAGCCTCTTTTGCCGGGGGCTCGAGTGGGGCCTCTTCTGGCTTGTCTGTT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 CGAGAACCAGTTCAGAAGAGCCCGAGACGGAGACAG         GTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 110437 CGAGAACCAGTTCAGAAGAGCCCGAGACGGAGACAGGTA...TAGGTTCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 GGTGGCAGAAACGAGGTGTTTTCACCAAAAGACAGCGCAAGGCCCTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111381 GGTGGCAGAAACGAGGTGTTTTCACCAAAAGACAGCGCAAGGCCCTGAGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 AGAATTTCCTTGTCTCGAATTATATGTGACAATACCGGTATCACCACGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111431 AGAATTTCCTTGTCTCGAATTATATGTGACAATACCGGTATCACCACGGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2052 TTCAAGGGACATCTTCAGAGCCAACATCTACCCTCGGGGCTTTGTGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111481 TTCAAGGGACATCTTCAGAGCCAACATCTACCCTCGGGGCTTTGTGAACT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :
   2102 GCAGCCGTATCCCCAGGTTGAACCTATCAGCCTGGCGAGGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111531 GCAGCCGTATCCCCAGGTTGAACCTATCAGCCTGGCGAGGGACA