seq1 = pF1KE0034.tfa, 1488 bp
seq2 = pF1KE0034/gi568815595f_44257739.tfa (gi568815595f:44257739_44507679), 249941 bp

>pF1KE0034 1488
>gi568815595f:44257739_44507679 (Chr3)

1-29  (97045-97073)   100% ->
30-165  (100003-100138)   100% ->
166-319  (103627-103780)   100% ->
320-572  (109718-109970)   100% ->
573-695  (135117-135239)   100% ->
696-793  (138662-138759)   98% ->
794-885  (139005-139096)   100% ->
886-1118  (142617-142849)   100% ->
1119-1250  (143465-143596)   100% ->
1251-1488  (149704-149941)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTTTGCCACCTGAGACCTATGAGGAG         GTTATGTCTAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
  97045 ATGTTTTGCCACCTGAGACCTATGAGGAGGTA...AAGGTTATGTCTAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GAAGATATTTCCACACTGGTTTCCCTTTTCAAGAGCTTTATCGGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100015 GAAGATATTTCCACACTGGTTTCCCTTTTCAAGAGCTTTATCGGGAGCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGCAGTCAATGCCTTGAGGCCTTTCTATTTTGCAGTACATCCAGATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100065 AAGCAGTCAATGCCTTGAGGCCTTTCTATTTTGCAGTACATCCAGATTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTGGACAGCACCCCGTAGAAAGG         GAAATCAATGAAAATTC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100115 TTTGGACAGCACCCCGTAGAAAGGGTA...CAGGAAATCAATGAAAATTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCTTAAAAGGTTAAGTGTCTACCTAGAAAACCTCCAGAAACCAGGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103644 TCTTAAAAGGTTAAGTGTCTACCTAGAAAACCTCCAGAAACCAGGCTTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGTCTTTGAAACCAACTCAGCTTACATTTTATGTAAGAGAAACAGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103694 AGTCTTTGAAACCAACTCAGCTTACATTTTATGTAAGAGAAACAGACCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGTTCCTCCGATGGCCAGGAACCTTTTAGTACTTCCG         GATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 103744 AGTTCCTCCGATGGCCAGGAACCTTTTAGTACTTCCGGTA...TAGGATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCGAGCAGTCAAATTTACTTTGCACACCAGAGATCTGCTAAGCACAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109722 TCGAGCAGTCAAATTTACTTTGCACACCAGAGATCTGCTAAGCACAGTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TATATATTCTCAACTCCTGCAGTTTATCTGTTGAACATATCCAAAGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109772 TATATATTCTCAACTCCTGCAGTTTATCTGTTGAACATATCCAAAGCTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AATACTAATATGCATACCCAGCCTCTCAAAGAAGCTAAAAGGATGCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109822 AATACTAATATGCATACCCAGCCTCTCAAAGAAGCTAAAAGGATGCCTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAGGCCCATCAAATGGGACAAGTCTTATTACTCCTTTACTGGATTCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109872 CAGGCCCATCAAATGGGACAAGTCTTATTACTCCTTTACTGGATTCAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACCCTGATGAAGACCTTGAACAAGTCTCGAGAGTGGAAACAACTCTCAC 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 109922 ACCCTGATGAAGACCTTGAACAAGTCTCGAGAGTGGAAACAACTCTCACG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    573         ATCCTGGTTAGATAACAATGGGAAAAGTGCTGTTAAAAAGCT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109972 TA...TAGATCCTGGTTAGATAACAATGGGAAAAGTGCTGTTAAAAAGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AAAGAACAGTTTGCCACTTAGAAAAGAACTAGATCGTTTAAAAGATGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135159 AAAGAACAGTTTGCCACTTAGAAAAGAACTAGATCGTTTAAAAGATGAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGTCTCATCAATTGCAACTCTCAGATATCAG         GTGGCAGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 135209 TGTCTCATCAATTGCAACTCTCAGATATCAGGTA...TAGGTGGCAGAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGCTGGGGCATCGCCCACCGCTGTGGCCAGCTGCATAGTTTAAGCCGCTT
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 138672 AGCTGGGGCATCGCCCACCGCTGTAGCCAGCTGCATAGTTTAAGCCGCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGCACAGCAGAATTTGGAAACACTTAAAAAAGCAAAAG         GGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 138722 AGCACAGCAGAATTTGGAAACACTTAAAAAAGCAAAAGGTA...CAGGGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GTACAATCATATTTACAGACCGTTCTGGCATGAGTGCAGTGGGCCATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139008 GTACAATCATATTTACAGACCGTTCTGGCATGAGTGCAGTGGGCCATGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATGCTAGGAACAATGGATGTCCATCACCACTGGACAAAA         CT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 139058 ATGCTAGGAACAATGGATGTCCATCACCACTGGACAAAAGTA...TAGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TTTTGAAAGATTGCCAAGTTATTTTGACCTTCAGAGGAGGCTGATGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142619 TTTTGAAAGATTGCCAAGTTATTTTGACCTTCAGAGGAGGCTGATGATTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TAGAAGACCAAATAAGCTATCTTTTAGGTGGCATACAAGTTGTTTATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142669 TAGAAGACCAAATAAGCTATCTTTTAGGTGGCATACAAGTTGTTTATATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAAGAATTACAGCCAGTATTGACACTTGAAGAATATTACTCTCTTCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142719 GAAGAATTACAGCCAGTATTGACACTTGAAGAATATTACTCTCTTCTTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TGTGTTTTATAATAGACTGTTGAAAAGTAGAATACTATTTCACCCTCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142769 TGTGTTTTATAATAGACTGTTGAAAAGTAGAATACTATTTCACCCTCGAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GTTTGCGTGGTTTACAAATGATCCTTAACAG         TGACAGATAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 142819 GTTTGCGTGGTTTACAAATGATCCTTAACAGGTA...CAGTGACAGATAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GCTCCAAGCTTGCATGAACTCGGGCATTTTAATATTCCAACACTCTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143475 GCTCCAAGCTTGCATGAACTCGGGCATTTTAATATTCCAACACTCTGTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TCCAGCAAATCTCCAGTGGTTTATTCTCACCAAAGCTCAGCAGGCAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143525 TCCAGCAAATCTCCAGTGGTTTATTCTCACCAAAGCTCAGCAGGCAAGAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AGAACATGAAAAGAAAGGAAGA         GTTAAAGGTTATTGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 143575 AGAACATGAAAAGAAAGGAAGAGTA...TAGGTTAAAGGTTATTGAAAAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GAATTGATACAGGCATCAACAAAGAAATTTTCTTTGGAGAAGTTATATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149723 GAATTGATACAGGCATCAACAAAGAAATTTTCTTTGGAGAAGTTATATAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 AGAGCCCAGCATTTCTAGTATACAAATGGTGGATTGTTGTAAGAGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149773 AGAGCCCAGCATTTCTAGTATACAAATGGTGGATTGTTGTAAGAGACTTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TAGAACAATCACTGCCTTACCTACATGGGATGCACCTCTGCATTTCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149823 TAGAACAATCACTGCCTTACCTACATGGGATGCACCTCTGCATTTCACAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 TTTTACTCTGTTATGCAAGATGGAGACCTTTGTATTCCTTGGAATTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149873 TTTTACTCTGTTATGCAAGATGGAGACCTTTGTATTCCTTGGAATTGGAA

   1550     .    :    .
   1470 GAATGGAGAAGCCATTAAG
        |||||||||||||||||||
 149923 GAATGGAGAAGCCATTAAG