seq1 = pF1KE0033.tfa, 1692 bp
seq2 = pF1KE0033/gi568815586r_38553885.tfa (gi568815586r:38553885_39005534), 451650 bp

>pF1KE0033 1692
>gi568815586r:38553885_39005534 (Chr12)

(complement)

1-98  (100001-100098)   100% ->
99-139  (131024-131064)   100% ->
140-186  (132485-132531)   100% ->
187-290  (156873-156976)   100% ->
291-330  (165580-165619)   100% ->
331-407  (176080-176156)   100% ->
408-471  (229234-229297)   100% ->
472-575  (237797-237900)   100% ->
576-680  (243319-243423)   100% ->
681-722  (244647-244688)   100% ->
723-798  (275177-275252)   100% ->
799-852  (280636-280689)   100% ->
853-914  (281702-281763)   100% ->
915-961  (302614-302660)   100% ->
962-1143  (311697-311878)   98% ->
1144-1271  (319918-320045)   100% ->
1272-1374  (327981-328083)   100% ->
1375-1432  (329761-329818)   100% ->
1433-1506  (334733-334806)   100% ->
1507-1692  (351465-351650)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACAGCCGCTACAACAGCACTGCGGGCATCGGGGACTTGAACCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACAGCCGCTACAACAGCACTGCGGGCATCGGGGACTTGAACCAGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGCGCTGCCATCCCGGCCACGCGGGTGGAGGTGTCCGTGTCCTGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100051 GAGCGCTGCCATCCCGGCCACGCGGGTGGAGGTGTCCGTGTCCTGCAGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     99        AAATCTTCTTGACAGAGACACATTTTCTAAATCTGATCCAA  
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100101 G...CAGAAATCTTCTTGACAGAGACACATTTTCTAAATCTGATCCAAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    140        TTTGTGTCTTATATGTACAAGGAGTTGGAAATAAAGAATGGAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131067 A...TAGTTTGTGTCTTATATGTACAAGGAGTTGGAAATAAAGAATGGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGAG         TTTGGAAGAACTGAAGTAATTGATAATACTTTAAATC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132528 AGAGGTA...CAGTTTGGAAGAACTGAAGTAATTGATAATACTTTAAATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CTGATTTTGTAAGAAAGTTTATTCTGGACTACTTTTTTGAAGAAAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156910 CTGATTTTGTAAGAAAGTTTATTCTGGACTACTTTTTTGAAGAAAGAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AATCTTCGTTTTGACTT         GTATGATGTTGATTCAAAGAGCCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 156960 AATCTTCGTTTTGACTTGTA...TAGGTATGATGTTGATTCAAAGAGCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CAACTTATCCAAACAT         GACTTTCTGGGACAAGTGTTTTGTA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 165604 CAACTTATCCAAACATGTA...CAGGACTTTCTGGGACAAGTGTTTTGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 CATTGGGAGAGATCGTTGGTTCACAGGGAAGTCGCCTGGAAAAACCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176105 CATTGGGAGAGATCGTTGGTTCACAGGGAAGTCGCCTGGAAAAACCAATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GT         AGGAATTCCAGGGAAGAAATGTGGTACAATCATACTTAC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176155 GTGTA...TAGAGGAATTCCAGGGAAGAAATGTGGTACAATCATACTTAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 AGCAGAGGAATTAAACTGTTGCAGG         GATGCCGTTTTGATGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 229273 AGCAGAGGAATTAAACTGTTGCAGGGTA...TAGGATGCCGTTTTGATGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    488 AATTTTGTGCGAACAAATTGGACAAGAAGGACTTCTTTGGAAAATCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237813 AATTTTGTGCGAACAAATTGGACAAGAAGGACTTCTTTGGAAAATCAGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 CCTTTCCTTGTATTTTATCGAAGTAATGAAGATGGCAG         TTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 237863 CCTTTCCTTGTATTTTATCGAAGTAATGAAGATGGCAGGTA...TAGTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    579 TACAATTTGTCACAAGACAGAAGTTGTCAAAAACACTCTAAATCCAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243322 TACAATTTGTCACAAGACAGAAGTTGTCAAAAACACTCTAAATCCAGTAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 GGCAAGCATTCAAGATCTCAGTCAGAGCATTATGTAATGGAGACTATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243372 GGCAAGCATTCAAGATCTCAGTCAGAGCATTATGTAATGGAGACTATGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 AG         AACAATCAAAGTAGAGGTGTATGACTGGGACCGAGATGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243422 AGGTA...CAGAACAATCAAAGTAGAGGTGTATGACTGGGACCGAGATGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 AAG         TCATGATTTCATTGGAGAATTTACAACAAGCTATAGGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 244686 AAGGTA...TAGTCATGATTTCATTGGAGAATTTACAACAAGCTATAGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    761 AACTTTCTAGAGGGCAGTCACAATTCAACGTATATGAG         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 275215 AACTTTCTAGAGGGCAGTCACAATTCAACGTATATGAGGTA...AAGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    802 GTGAATCCCAAAAAGAAAGGAAAAAAGAAAAAATATACTAATTCTGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 280639 GTGAATCCCAAAAAGAAAGGAAAAAAGAAAAAATATACTAATTCTGGAAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    852 A         GTAACTTTACTCTCTTTCTTGGTAGAAACAGAAGTTTCAT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 280689 AGTA...CAGGTAACTTTACTCTCTTTCTTGGTAGAAACAGAAGTTTCAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    893 TCCTTGACTACATTAAGGGAGG         GACGCAAATCAATTTCACA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 281742 TCCTTGACTACATTAAGGGAGGGTA...CAGGACGCAAATCAATTTCACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    934 GTGGCTATTGATTTTACAGCATCAAACG         GCAACCCTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 302633 GTGGCTATTGATTTTACAGCATCAAACGGTG...CAGGCAACCCTGCTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    975 GCCCACTTCCCCCCACTATATGAATCCTTACCAACTGAATGCCTATGGTA
        ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 311710 GCCCACTTCCCTCCACTACATGAATCCTTACCAACTGAATGCCTATGGTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1025 TGGCACTAAAAGCAGTGGGAGAAATTGTTCAAGATTATGACAGTGATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 311760 TGGCACTAAAAGCAGTGGGAGAAATTGTTCAAGATTATGACAGTGATAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1075 ATGTTTCCAGCTCTAGGATTTGGTGCAAAACTGCCTCCAGATGGAAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 311810 ATGTTTCCAGCTCTAGGATTTGGTGCAAAACTGCCTCCAGATGGAAGGAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1125 ATCTCACGAATTTGCTTTG         AATGGGAATCCTCAAAACCCCT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 311860 ATCTCACGAATTTGCTTTGGTA...CAGAATGGGAATCCTCAAAACCCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1166 ACTGTGATGGCATTGAGGGGGTCATGGAGGCTTATTACAGGAGTCTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 319940 ACTGTGATGGCATTGAGGGGGTCATGGAGGCTTATTACAGGAGTCTGAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1216 TCTGTACAACTATATGGGCCCACCAACTTTGCTCCTGTAATTAATCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 319990 TCTGTACAACTATATGGGCCCACCAACTTTGCTCCTGTAATTAATCATGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1266 AGCAAG         ATATGCTTCTTCTGTAAAGGATGGCTCCCAGTATT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 320040 AGCAAGGTA...CAGATATGCTTCTTCTGTAAAGGATGGCTCCCAGTATT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1307 TTGTGCTTCTGATTGTTACAGATGGTGTTATCTCAGATATGGCCCAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 328016 TTGTGCTTCTGATTGTTACAGATGGTGTTATCTCAGATATGGCCCAGACT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1357 AAGGAGTCCATAGTTAAT         GCCTCAAAACTTCCAATGTCAAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 328066 AAGGAGTCCATAGTTAATGTA...AAGGCCTCAAAACTTCCAATGTCAAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1398 AATTATAGTAGGTGTTGGACCAGCAGAATTTGATG         CAATGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 329784 AATTATAGTAGGTGTTGGACCAGCAGAATTTGATGGTG...AAGCAATGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1439 TCGAATTGGATGGAGATGATGTAAGAGTCTCCTCTAGAGGAAAATATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 334739 TCGAATTGGATGGAGATGATGTAAGAGTCTCCTCTAGAGGAAAATATGCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1489 GAAAGAGACATTGTGCAG         TTTGTGCCATTCAGGGATTATAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 334789 GAAAGAGACATTGTGCAGGTA...TAGTTTGTGCCATTCAGGGATTATAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1530 TGACAGAAGTGGAAACCACATACTGAGCATGGCTAGATTGGCTAAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 351488 TGACAGAAGTGGAAACCACATACTGAGCATGGCTAGATTGGCTAAAGATG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1580 TCCTAGCTGAGATCCCTGAGCAGTTTCTCTCCTATATGAGAGCCCGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 351538 TCCTAGCTGAGATCCCTGAGCAGTTTCTCTCCTATATGAGAGCCCGAGGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1630 ATCAAGCCATCACCTGCGCCTCCCCCATACACCCCACCTACACATGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 351588 ATCAAGCCATCACCTGCGCCTCCCCCATACACCCCACCTACACATGTGTT

   1850     .    :
   1680 ACAGACTCAAATA
        |||||||||||||
 351638 ACAGACTCAAATA