seq1 = pF1KE0032.tfa, 1821 bp
seq2 = pF1KE0032/gi568815582f_66835444.tfa (gi568815582f:66835444_67044019), 208576 bp

>pF1KE0032 1821
>gi568815582f:66835444_67044019 (Chr16)

1-268  (100001-100268)   100% ->
269-473  (102594-102798)   100% ->
474-615  (103774-103915)   100% ->
616-749  (104779-104912)   100% ->
750-1008  (104994-105252)   100% ->
1009-1107  (105681-105779)   100% ->
1108-1248  (106063-106203)   100% ->
1249-1329  (106325-106405)   100% ->
1330-1474  (106662-106806)   100% ->
1475-1564  (107205-107294)   100% ->
1565-1637  (107856-107928)   100% ->
1638-1821  (108396-108579)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTGCTCAGTCCCGCTCTCCTACCACACCCACCTTTCCCGGCCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTGCTCAGTCCCGCTCTCCTACCACACCCACCTTTCCCGGCCCAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGCGCACCCCGCTGACTCCCTGCCCAGTCCAAACTCCAAGGCTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGCGCACCCCGCTGACTCCCTGCCCAGTCCAAACTCCAAGGCTGGGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGCACTGATCCACTGCTGGACAGACCCGGGGCAGCCTCTGGGTGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGCACTGATCCACTGCTGGACAGACCCGGGGCAGCCTCTGGGTGAACAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGCGTGTCCGCCGGCAGCGAACCGAGACCAGCGAGCCGACCATGCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGCGTGTCCGCCGGCAGCGAACCGAGACCAGCGAGCCGACCATGCGGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCACAGACTTCGTGCGCGGCTGAGCGCGGTGGCCTGTGGGCTTCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCACAGACTTCGTGCGCGGCTGAGCGCGGTGGCCTGTGGGCTTCTGCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTCTTGTCCGGGGCCAGG         GCCAGGACTCAGCCAGTCCCATC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100251 TTCTTGTCCGGGGCCAGGGTG...CAGGCCAGGACTCAGCCAGTCCCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGGACCACACACACGGGGCAGGTGCTGGGGAGTCTTGTCCATGTGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102617 CGGACCACACACACGGGGCAGGTGCTGGGGAGTCTTGTCCATGTGAAGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CGCCAATGCCGGGGTCCAAACCTTCCTGGGAATTCCATTTGCCAAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102667 CGCCAATGCCGGGGTCCAAACCTTCCTGGGAATTCCATTTGCCAAGCCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTCTAGGTCCGCTGCGATTTGCACCCCCTGAGCCCCCTGAATCTTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102717 CTCTAGGTCCGCTGCGATTTGCACCCCCTGAGCCCCCTGAATCTTGGAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GGTGTGAGGGATGGAACCACCCATCCGGCCAT         GTGTCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 102767 GGTGTGAGGGATGGAACCACCCATCCGGCCATGTA...CAGGTGTCTACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGACCTCACCGCAGTGGAGTCAGAGTTTCTTAGCCAGTTCAACATGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103783 GGACCTCACCGCAGTGGAGTCAGAGTTTCTTAGCCAGTTCAACATGACCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCCCTTCCGACTCCATGTCTGAGGACTGCCTGTACCTCAGCATCTACACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103833 TCCCTTCCGACTCCATGTCTGAGGACTGCCTGTACCTCAGCATCTACACG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CCGGCCCATAGCCATGAAGGCTCTAACCTGCCG         GTGATGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 103883 CCGGCCCATAGCCATGAAGGCTCTAACCTGCCGGTG...CAGGTGATGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GTGGATCCACGGTGGTGCGCTTGTTTTTGGCATGGCTTCCTTGTATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104787 GTGGATCCACGGTGGTGCGCTTGTTTTTGGCATGGCTTCCTTGTATGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GTTCCATGCTGGCTGCCTTGGAGAACGTGGTGGTGGTCATCATCCAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104837 GTTCCATGCTGGCTGCCTTGGAGAACGTGGTGGTGGTCATCATCCAGTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CGCCTGGGTGTCCTGGGCTTCTTCAG         CACTGGAGACAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 104887 CGCCTGGGTGTCCTGGGCTTCTTCAGGTG...CAGCACTGGAGACAAGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CGCAACCGGCAACTGGGGCTACCTGGACCAAGTGGCTGCACTACGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105009 CGCAACCGGCAACTGGGGCTACCTGGACCAAGTGGCTGCACTACGCTGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TCCAGCAGAATATCGCCCACTTTGGAGGCAACCCTGACCGTGTCACCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105059 TCCAGCAGAATATCGCCCACTTTGGAGGCAACCCTGACCGTGTCACCATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TTTGGCGAGTCTGCGGGTGGCACGAGTGTGTCTTCGCTTGTTGTGTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105109 TTTGGCGAGTCTGCGGGTGGCACGAGTGTGTCTTCGCTTGTTGTGTCCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CATATCCCAAGGACTCTTCCACGGAGCCATCATGGAGAGTGGCGTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105159 CATATCCCAAGGACTCTTCCACGGAGCCATCATGGAGAGTGGCGTGGCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TCCTGCCCGGCCTCATTGCCAGCTCAGCTGATGTCATCTCCACG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 105209 TCCTGCCCGGCCTCATTGCCAGCTCAGCTGATGTCATCTCCACGGTG...

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1009    GTGGTGGCCAACCTGTCTGCCTGTGACCAAGTTGACTCTGAGGCCCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105678 CAGGTGGTGGCCAACCTGTCTGCCTGTGACCAAGTTGACTCTGAGGCCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GGTGGGCTGCCTGCGGGGCAAGAGTAAAGAGGAGATTCTTGCAATTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105728 GGTGGGCTGCCTGCGGGGCAAGAGTAAAGAGGAGATTCTTGCAATTAACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 AG         CCTTTCAAGATGATCCCCGGAGTGGTGGATGGGGTCTTC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105778 AGGTT...CAGCCTTTCAAGATGATCCCCGGAGTGGTGGATGGGGTCTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CTGCCCAGGCACCCCCAGGAGCTGCTGGCCTCTGCCGACTTTCAGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106102 CTGCCCAGGCACCCCCAGGAGCTGCTGGCCTCTGCCGACTTTCAGCCTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CCCTAGCATTGTTGGTGTCAACAACAATGAATTCGGCTGGCTCATCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106152 CCCTAGCATTGTTGGTGTCAACAACAATGAATTCGGCTGGCTCATCCCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 AG         GTCATGAGGATCTATGATACCCAGAAGGAAATGGACAGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106202 AGGTG...CAGGTCATGAGGATCTATGATACCCAGAAGGAAATGGACAGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GAGGCCTCCCAGGCTGCTCTGCAGAAAATGTTAACGCTGCTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 106364 GAGGCCTCCCAGGCTGCTCTGCAGAAAATGTTAACGCTGCTGGTA...TA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1330  ATGTTGCCTCCTACATTTGGTGACCTGCTGAGGGAGGAGTACATTGGGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106661 GATGTTGCCTCCTACATTTGGTGACCTGCTGAGGGAGGAGTACATTGGGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 ACAATGGGGATCCCCAGACCCTCCAAGCGCAGTTCCAGGAGATGATGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106711 ACAATGGGGATCCCCAGACCCTCCAAGCGCAGTTCCAGGAGATGATGGCG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GACTCCATGTTTGTGATCCCTGCACTCCAAGTAGCACATTTTCAGT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 106761 GACTCCATGTTTGTGATCCCTGCACTCCAAGTAGCACATTTTCAGTGTG.

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475      GTTCCCGGGCCCCTGTGTACTTCTACGAGTTCCAGCATCAGCCCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106811 ..CAGGTTCCCGGGCCCCTGTGTACTTCTACGAGTTCCAGCATCAGCCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 GCTGGCTCAAGAACATCAGGCCACCGCACATGAAGGCAGACCATG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 107250 GCTGGCTCAAGAACATCAGGCCACCGCACATGAAGGCAGACCATGGTG..

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565     TTAAATTCACTGAGGAAGAGGAGCAGCTAAGCAGGAAGATGATGAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107300 .CAGTTAAATTCACTGAGGAAGAGGAGCAGCTAAGCAGGAAGATGATGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 GTACTGGGCCAACTTTGCGAGAAATGG         GAACCCCAATGGCG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 107902 GTACTGGGCCAACTTTGCGAGAAATGGGTG...CAGGAACCCCAATGGCG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 AGGGTCTGCCACACTGGCCGCTGTTCGACCAGGAGGAGCAATACCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108410 AGGGTCTGCCACACTGGCCGCTGTTCGACCAGGAGGAGCAATACCTGCAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 CTGAACCTACAGCCTGCGGTGGGCCGGGCTCTGAAGGCCCACAGGCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108460 CTGAACCTACAGCCTGCGGTGGGCCGGGCTCTGAAGGCCCACAGGCTCCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 GTTCTGGAAGAAGGCGCTGCCCCAAAAGATCCAGGAGCTCGAGGAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108510 GTTCTGGAAGAAGGCGCTGCCCCAAAAGATCCAGGAGCTCGAGGAGCCTG

   1900     .    :    .    :
   1802 AAGAGAGACACACAGAGTTG
        ||||||||||||||||| ||
 108560 AAGAGAGACACACAGAGCTG