seq1 = pF1KE0030.tfa, 1656 bp
seq2 = pF1KE0030/gi568815579f_3086064.tfa (gi568815579f:3086064_3307685), 221622 bp

>pF1KE0030 1656
>gi568815579f:3086064_3307685 (Chr19)

1-151  (100001-100151)   99% ->
152-342  (106407-106597)   100% ->
343-487  (107221-107365)   100% ->
488-582  (110120-110214)   100% ->
583-663  (112754-112834)   100% ->
664-767  (115460-115563)   100% ->
768-856  (117693-117781)   100% ->
857-996  (117942-118081)   100% ->
997-1175  (118510-118688)   99% ->
1176-1263  (119876-119963)   100% ->
1264-1302  (120089-120127)   100% ->
1303-1466  (120199-120362)   100% ->
1467-1520  (121135-121188)   100% ->
1521-1599  (121328-121406)   100% ->
1600-1656  (121566-121622)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGAAGGCGTCTTGTCTGCCTCTCGGCTTCATCGTCTTCCTGCCCGC
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGAAGGCGTCTTGTCTGCCGCTCGGCTTCATCGTCTTCCTGCCCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTGCTGCTGCTGGTGGCGCCGCCGCTGCCTGCCGCCGACGCCGCGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTGCTGCTGCTGGTGGCGCCGCCGCTGCCTGCCGCCGACGCCGCGCACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGTTCACCGTGTACCGCATGCAGCAGTACGACCTGCAGGGCCAGCCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGTTCACCGTGTACCGCATGCAGCAGTACGACCTGCAGGGCCAGCCCTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 G         GCACACGGAATGCAGTGCTGAACACGGAGGCGCGCACGAT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGTG...CAGGCACACGGAATGCAGTGCTGAACACGGAGGCGCGCACGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCGGCGGAGGTGCTGAGCCGCCGCTGCGTGCTCATGCGGCTACTGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106447 GGCGGCGGAGGTGCTGAGCCGCCGCTGCGTGCTCATGCGGCTACTGGACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCTCCTACGAGCAGTACCAGAAGGCCCTGCGGCAGTCGGCGGGCGCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106497 TCTCCTACGAGCAGTACCAGAAGGCCCTGCGGCAGTCGGCGGGCGCCGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTCATCATCCTGCCCAGGGCCATGGCCGCCGTGCCCCAGGACGTCGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106547 GTCATCATCCTGCCCAGGGCCATGGCCGCCGTGCCCCAGGACGTCGTCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 G         CAATTCATGGAGATCGAGCCGGAGATGCTGGCCATGGAGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106597 GGTG...CAGCAATTCATGGAGATCGAGCCGGAGATGCTGGCCATGGAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCGCCGTCCCCGTGTACTTTGCCGTGGAGGACGAGGCCCTGCTGTCTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107261 CCGCCGTCCCCGTGTACTTTGCCGTGGAGGACGAGGCCCTGCTGTCTATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TACAAGCAGACCCAGGCTGCCTCCGCCTCCCAGGGCTCCGCCTCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107311 TACAAGCAGACCCAGGCTGCCTCCGCCTCCCAGGGCTCCGCCTCTGCTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGAAG         TACTGCTGCGCACGGCCACTGCCAACGGCTTCCAGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107361 TGAAGGTG...TAGTACTGCTGCGCACGGCCACTGCCAACGGCTTCCAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGGTCACCAGCGGGGTACAGAGCAAGGCCGTGAGTGACTGGCTGATTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110156 TGGTCACCAGCGGGGTACAGAGCAAGGCCGTGAGTGACTGGCTGATTGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AGCGTGGAG         GGGCGGCTGACGGGGCTGGGCGGAGAGGACCT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 110206 AGCGTGGAGGTG...CAGGGGCGGCTGACGGGGCTGGGCGGAGAGGACCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCCCACCATCGTCATCGTGGCCCACTACGACGCCTTTGGAGTGGCCCCC 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 112786 TCCCACCATCGTCATCGTGGCCCACTACGACGCCTTTGGAGTGGCCCCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    664         TGGCTGTCGCTGGGCGCGGACTCCAACGGGAGCGGCGTCTCT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112836 TA...TAGTGGCTGTCGCTGGGCGCGGACTCCAACGGGAGCGGCGTCTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTGCTGCTGGAGCTGGCACGCCTCTTCTCCCGGCTCTACACCTACAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115502 GTGCTGCTGGAGCTGGCACGCCTCTTCTCCCGGCTCTACACCTACAAGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CACGCACGCCGC         CTACAACCTCCTGTTCTTTGCGTCTGGAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 115552 CACGCACGCCGCGTG...CAGCTACAACCTCCTGTTCTTTGCGTCTGGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GAGGCAAGTTTAACTACCAGGGAACCAAGCGCTGGCTGGAAGACAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117722 GAGGCAAGTTTAACTACCAGGGAACCAAGCGCTGGCTGGAAGACAACCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GACCACACAG         ACTCCAGCCTGCTTCAGGACAATGTGGCCTT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 117772 GACCACACAGGTG...CAGACTCCAGCCTGCTTCAGGACAATGTGGCCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CGTGCTGTGCCTGGACACCGTGGGCCGGGGCAGCAGCCTGCACCTGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117973 CGTGCTGTGCCTGGACACCGTGGGCCGGGGCAGCAGCCTGCACCTGCACG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGTCCAAGCCGCCTCGGGAGGGCACCCTGCAGCACGCCTTCCTGCGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118023 TGTCCAAGCCGCCTCGGGAGGGCACCCTGCAGCACGCCTTCCTGCGGGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTGGAGACG         GTGGCCGCGCACCAGTTCCCTGAGGTACGGTT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 118073 CTGGAGACGGTG...CAGGTGGCCGCGCACCAGTTCCCTGAGGTACGGTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CTCCATGGTGCACAAGCGGATCAACCTGGCGGAGGACGTGCTGGCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118542 CTCCATGGTGCACAAGCGGATCAACCTGGCGGAGGACGTGCTGGCCTGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGCACGAGCGCTTCGCCATCCGCCGACTGCCCGCCTTCACGCTGTCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118592 AGCACGAGCGCTTCGCCATCCGCCGACTGCCCGCCTTCACGCTGTCCCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CTGGAGAGCCACCGTGACGGTCAGCGCAGCAGCATCATGGACGTGCG   
        |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||>>>
 118642 CTGGAGAGCCACCGTGACGGCCAGCGCAGCAGCATCATGGACGTGCGGTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1176       GTCCCGGGTGGATTCTAAGACCCTGACCCGTAACACGAGGATCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118692 ...AAGGTCCCGGGTGGATTCTAAGACCCTGACCCGTAACACGAGGATCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TTGCAGAGGCCCTGACTCGAGTCATCTACAACCTGACAGAGAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 119920 TTGCAGAGGCCCTGACTCGAGTCATCTACAACCTGACAGAGAAGGTG...

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1264    GGGACACCCCCAGACATGCCGGTGTTCACAGAGCAGATG        
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 120086 CAGGGGACACCCCCAGACATGCCGGTGTTCACAGAGCAGATGGTA...CA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1303  CAGATCCAGCAGGAGCAGCTGGACTCGGTGATGGACTGGCTCACCAACC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120198 GCAGATCCAGCAGGAGCAGCTGGACTCGGTGATGGACTGGCTCACCAACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AGCCGCGGGCCGCGCAGCTGGTGGACAAGGACAGCACCTTCCTCAGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120248 AGCCGCGGGCCGCGCAGCTGGTGGACAAGGACAGCACCTTCCTCAGCACG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CTGGAGCACCACCTGAGCCGCTACCTGAAGGACGTGAAGCAGCACCACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120298 CTGGAGCACCACCTGAGCCGCTACCTGAAGGACGTGAAGCAGCACCACGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CAAGGCTGACAAGCG         GGACCCAGAGTTTGTCTTCTACGACC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 120348 CAAGGCTGACAAGCGGTG...CAGGGACCCAGAGTTTGTCTTCTACGACC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 AGCTGAAGCAAGTGATGAATGCGTACAG         AGTCAAGCCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 121161 AGCTGAAGCAAGTGATGAATGCGTACAGGTG...CAGAGTCAAGCCGGCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 GTCTTTGACCTGCTCCTGGCTGTTGGCATTGCTGCCTACCTCGGCATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121341 GTCTTTGACCTGCTCCTGGCTGTTGGCATTGCTGCCTACCTCGGCATGGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CTACGTGGCTGTCCAG         CACTTCAGCCTCCTCTACAAGACCG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 121391 CTACGTGGCTGTCCAGGTG...CAGCACTTCAGCCTCCTCTACAAGACCG

   1750     .    :    .    :    .    :
   1625 TCCAGAGGCTGCTCGTGAAGGCCAAGACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 121591 TCCAGAGGCTGCTCGTGAAGGCCAAGACACAG