seq1 = pF1KE0029.tfa, 1590 bp
seq2 = pF1KE0029/gi568815596r_200881273.tfa (gi568815596r:200881273_201124009), 242737 bp

>pF1KE0029 1590
>gi568815596r:200881273_201124009 (Chr2)

(complement)

1-51  (100001-100051)   100% ->
52-153  (101078-101179)   100% ->
154-333  (106840-107019)   100% ->
334-414  (112538-112618)   100% ->
415-530  (114922-115037)   100% ->
531-626  (126470-126565)   100% ->
627-743  (131007-131123)   100% ->
744-831  (131642-131729)   100% ->
832-991  (135589-135748)   100% ->
992-1590  (142139-142737)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGGGAACTGACCGTTGTGTTGTGGAAGAATGGTTATCAGAATTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGGGAACTGACCGTTGTGTTGTGGAAGAATGGTTATCAGAATTCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 G         GCATTACCTGACACTCAGATCACCAGTTATGCAGCAACTT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTA...TAGGCATTACCTGACACTCAGATCACCAGTTATGCAGCAACTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TACACCGGAAAAAAACACTTGTACCAGCCCTCTATAAAGTTATTCAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101118 TACACCGGAAAAAAACACTTGTACCAGCCCTCTATAAAGTTATTCAAGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCAAATAATGAG         CTCCTGGAGCCTGTCTGCCATCAGCTGTT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 101168 TCAAATAATGAGGTA...TAGCTCCTGGAGCCTGTCTGCCATCAGCTGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGAGCTCTATCGTAGCTCAGAGGTTCGACTTAAGAGGTTCACACTGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106869 TGAGCTCTATCGTAGCTCAGAGGTTCGACTTAAGAGGTTCACACTGCAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCTTGCCAGAATTGATGTGGGTTTATTTACGGCTTACAGTTAGCCGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106919 TCTTGCCAGAATTGATGTGGGTTTATTTACGGCTTACAGTTAGCCGAGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGACAGAGTAATGGTTGCATTGAAGCACTTCTGTTAGGAATTTACAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106969 AGACAGAGTAATGGTTGCATTGAAGCACTTCTGTTAGGAATTTACAATTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 G         GAAATCGCTGATAAAGATGGGAACAATAAAGTTCTGTCTT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107019 GGTA...TAGGAAATCGCTGATAAAGATGGGAACAATAAAGTTCTGTCTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCACTATCCCCTCCTTATCCAAGCCTTCAATATACCATGAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 112578 TCACTATCCCCTCCTTATCCAAGCCTTCAATATACCATGAAGTA...TAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CCTTCAACAATTGGATCCATGGCTTTGACAGAAGGGGCATTGTGTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114922 CCTTCAACAATTGGATCCATGGCTTTGACAGAAGGGGCATTGTGTCAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGATCTCATCAGAGTTGTTTATAGTGATCTTCATCCTCAGAGGGAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114972 TGATCTCATCAGAGTTGTTTATAGTGATCTTCATCCTCAGAGGGAAACAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCACTGCACAGAACCG         GTTTGAAGTCCTGAGTTTTCTCATG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 115022 TCACTGCACAGAACCGGTA...TAGGTTTGAAGTCCTGAGTTTTCTCATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTGTGTTATAATTCTGCTATTGTATATATGCCTGCCTCATCTTACCAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126495 CTGTGTTATAATTCTGCTATTGTATATATGCCTGCCTCATCTTACCAATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TCTTTGTCGGATGGGTTCCAG         GGTTTGTGTGAGTGGCTTTC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 126545 TCTTTGTCGGATGGGTTCCAGGTG...TAGGGTTTGTGTGAGTGGCTTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CACGGCAACATGAAAAACACTGGAAAGAACTCTGTGGTCGAATAGTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131027 CACGGCAACATGAAAAACACTGGAAAGAACTCTGTGGTCGAATAGTATTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GATCCTGAATTTATGGTGCAACTTCTCACAGGGGTTTATTATGCCAT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 131077 GATCCTGAATTTATGGTGCAACTTCTCACAGGGGTTTATTATGCCATGTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    744       GTATAATGGACAGTGGGACCTTGGCCAGGAAGTTCTTGATGATA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131127 ...TAGGTATAATGGACAGTGGGACCTTGGCCAGGAAGTTCTTGATGATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TCATTTATAGAGCCCAGCTAGAGCTTTTTTCTCAACCACTATTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 131686 TCATTTATAGAGCCCAGCTAGAGCTTTTTTCTCAACCACTATTGGTA...

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    832    GTTGCCAATGCCATGAAAAACTCATTACCATTTGATGCTCCTGATTC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135586 TAGGTTGCCAATGCCATGAAAAACTCATTACCATTTGATGCTCCTGATTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TACACAAGAAGGCCAGAAAGTCCTTAAAGTTGAAGTCACTCCAACAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135636 TACACAAGAAGGCCAGAAAGTCCTTAAAGTTGAAGTCACTCCAACAGTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CGAGGATTTCTCGGACTGCAATTACAACAGCTTCAATCCGTCGTCATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135686 CGAGGATTTCTCGGACTGCAATTACAACAGCTTCAATCCGTCGTCATAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TGGAGAAGAGAAG         GTGCTGAGGGTGTAAATGGAGGAGAGGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 135736 TGGAGAAGAGAAGGTG...TAGGTGCTGAGGGTGTAAATGGAGGAGAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GTCTGTAAACCTGAATGATGCAGATGAAGGATTTTCATCAGGGGCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142167 GTCTGTAAACCTGAATGATGCAGATGAAGGATTTTCATCAGGGGCTTCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TCAGCAGTCAGCCAATTGGGACCAAACCATCCTCCTCTTCTCAGAGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142217 TCAGCAGTCAGCCAATTGGGACCAAACCATCCTCCTCTTCTCAGAGGGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AGCTTAAGGAAAGTAGCAACTGGGCGTTCAGCCAAGGATAAAGAAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142267 AGCTTAAGGAAAGTAGCAACTGGGCGTTCAGCCAAGGATAAAGAAACAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CTCTGCCATCAAATCCAGTGAGAGCCCTCGAGATTCAGTAGTTCGCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142317 CTCTGCCATCAAATCCAGTGAGAGCCCTCGAGATTCAGTAGTTCGCAAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AGTATGTACAGCAACCAACTGATCTTAGTGTAGATTCAGTTGAGCTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142367 AGTATGTACAGCAACCAACTGATCTTAGTGTAGATTCAGTTGAGCTGACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CCAATGAAGAAACACCTGAGCCTGCCTGCTGGCCAGGTGGTGCCAAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142417 CCAATGAAGAAACACCTGAGCCTGCCTGCTGGCCAGGTGGTGCCAAAAAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CAATAGCTTAAGTCTAATCCGGACAGCCAGTGCTTCCTCAAGTAAATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142467 CAATAGCTTAAGTCTAATCCGGACAGCCAGTGCTTCCTCAAGTAAATCAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TTGACTATGTAAATGGCAGTCAAGCAAGTACCAGCATTGGGGTTGGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142517 TTGACTATGTAAATGGCAGTCAAGCAAGTACCAGCATTGGGGTTGGCACT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GAGGGAGGTACTAATTTAGCAGCCAACAATGCTAATCGATACTCAACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142567 GAGGGAGGTACTAATTTAGCAGCCAACAATGCTAATCGATACTCAACTGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CAGTCTGCAGGAAGACCGGCTAGGTCAAGCTGGCGAAGGTAAAGAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142617 CAGTCTGCAGGAAGACCGGCTAGGTCAAGCTGGCGAAGGTAAAGAGCTCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TCAGCCCAGGAGCCCCCTTGACCAAGCAGTCTCGATCCCCAAGTTTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142667 TCAGCCCAGGAGCCCCCTTGACCAAGCAGTCTCGATCCCCAAGTTTCAAT

   1650     .    :    .    :
   1570 ATGCAGCTAATATCCCAGGTG
        |||||||||||||||||||||
 142717 ATGCAGCTAATATCCCAGGTG