seq1 = pF1KE0025.tfa, 1722 bp
seq2 = pF1KE0025/gi568815590f_124899404.tfa (gi568815590f:124899404_125121942), 222539 bp

>pF1KE0025 1722
>gi568815590f:124899404_125121942 (Chr8)

1-291  (100001-100291)   99% ->
292-544  (103773-104025)   100% ->
545-725  (106122-106302)   100% ->
726-822  (107988-108084)   100% ->
823-936  (109568-109681)   100% ->
937-1108  (109769-109940)   99% ->
1109-1204  (112134-112229)   96% ->
1205-1347  (118656-118798)   100% ->
1348-1444  (119228-119324)   100% ->
1445-1532  (121381-121468)   98% ->
1533-1722  (122350-122539)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGACTTTTCTGGGCATTGCCACTTTCACCTATTTTTATAAGAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGACTTTTCTGGGCATTGCCACTTTCACCTATTTTTATAAGAAGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGGGACTTCATCACTTTGGCCAACAGGGAGGTCCTGTTGTGCGTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGGGACTTCATCACTTTGGCCAACAGGGAGGTCCTGTTGTGCGTGCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTTCCTCTCGCTGGGCCTGGTGCTCTTCTACCGCTGTCGCCACCGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 100101 TGTTCCTCTCGCTGGGCCTGGTGCTCTCCTACCGCTGTCGCCACCGAAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGGGTCTCCTCGGGCGCCAGCAGAGCGGCTCCCAGTTCGCCCTCTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGGGTCTCCTCGGGCGCCAGCAGAGCGGCTCCCAGTTCGCCCTCTTCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGATATTCTCTCAGGCCTGCCTTTCATTGGCTTCTTCTGGGCCAAATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGATATTCTCTCAGGCCTGCCTTTCATTGGCTTCTTCTGGGCCAAATCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCCCTGAATCAGAAAATAAGGAGCAGCTCGAGGCCAGGAGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100251 CCCCTGAATCAGAAAATAAGGAGCAGCTCGAGGCCAGGAGGGTA...CAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGCAGAAAAGGAACCAATATTTCAGAAACAAGCTTAATAGGAACAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103773 CGCAGAAAAGGAACCAATATTTCAGAAACAAGCTTAATAGGAACAGCTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTGTACATCAACATCTTCTCAGAATGACCCAGAAGTTATCATCGTGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103823 CTGTACATCAACATCTTCTCAGAATGACCCAGAAGTTATCATCGTGGGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTGGCGTGCTTGGCTCTGCTTTGGCAGCTGTGCTTTCCAGAGATGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103873 CTGGCGTGCTTGGCTCTGCTTTGGCAGCTGTGCTTTCCAGAGATGGAAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AAGGTGACAGTCATTGAGAGAGACTTAAAAGAGCCTGACAGAATAGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103923 AAGGTGACAGTCATTGAGAGAGACTTAAAAGAGCCTGACAGAATAGTTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AGAATTCCTGCAGCCGGGTGGTTATCATGTTCTCAAAGACCTTGGTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103973 AGAATTCCTGCAGCCGGGTGGTTATCATGTTCTCAAAGACCTTGGTCTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GAG         ATACAGTGGAAGGTCTTGATGCCCAGGTTGTAAATGGT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104023 GAGGTA...CAGATACAGTGGAAGGTCTTGATGCCCAGGTTGTAAATGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TACATGATTCATGATCAGGAAAGCAAATCAGAGGTTCAGATTCCTTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106160 TACATGATTCATGATCAGGAAAGCAAATCAGAGGTTCAGATTCCTTACCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TCTGTCAGAAAACAATCAAGTGCAGAGTGGAAGAGCTTTCCATCACGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106210 TCTGTCAGAAAACAATCAAGTGCAGAGTGGAAGAGCTTTCCATCACGGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GATTCATCATGAGTCTCCGGAAAGCAGCTATGGCAGAGCCCAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 106260 GATTCATCATGAGTCTCCGGAAAGCAGCTATGGCAGAGCCCAAGTA...T

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    726   TGCAAAGTTTATTGAAGGTGTTGTGTTACAGTTATTAGAGGAAGATGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107986 AGTGCAAAGTTTATTGAAGGTGTTGTGTTACAGTTATTAGAGGAAGATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TGTTGTGATGGGAGTTCAGTACAAGGATAAAGAGACTGGAGATATCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 108036 TGTTGTGATGGGAGTTCAGTACAAGGATAAAGAGACTGGAGATATCAAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    823         GAACTCCATGCTCCACTGACTGTTGTTGCAGATGGGCTTTTC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108086 TG...TAGGAACTCCATGCTCCACTGACTGTTGTTGCAGATGGGCTTTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TCCAAGTTCAGGAAAAGCCTGGTCTCCAATAAAGTTTCTGTATCATCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109610 TCCAAGTTCAGGAAAAGCCTGGTCTCCAATAAAGTTTCTGTATCATCTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TTTTGTTGGCTTTCTTATGAAG         AATGCACCACAGTTTAAAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 109660 TTTTGTTGGCTTTCTTATGAAGGTA...TAGAATGCACCACAGTTTAAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CAAATCATGCTGAACTTATTTTAGCTAACCCGAGTCCAGTTCTCACCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 109788 CAAATCATGCTGAACTTATTTTAGCTAACCCGAGTCCAGTTCTCATCTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CAGATTTCATCCAGTGAAACTCGAGTACTTGTTGACATTAGAGGAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109838 CAGATTTCATCCAGTGAAACTCGAGTACTTGTTGACATTAGAGGAGAAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GCCAAGGAATTTAAGAGAATACATGGTTGAAAAAATTTACCCACAAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109888 GCCAAGGAATTTAAGAGAATACATGGTTGAAAAAATTTACCCACAAATAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CTG         ATCACCTGAAAGAACCATCCTTAGAAGTCGCTGACAAT
        |||>>>...>>>|||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||
 109938 CTGGTA...CAGATCACCTGAAAGAACCATTCTTAGAAGCCACTGACAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 TCTCATCTGAGGTCCATGCCAGCAAGCTTCCTTCCTCCTTCATCAGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112172 TCTCATCTGAGGTCCATGCCAGCAAGCTTCCTTCCTCCTTCATCAGTGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GAAACGAG         GTGTTCTTCTTTTGGGAGACGCATATAATATGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 112222 GAAACGAGGTA...TAGGTGTTCTTCTTTTGGGAGACGCATATAATATGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 GGCATCCACTTACTGGTGGAGGAATGACTGTTGCTTTTAAAGATATAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118689 GGCATCCACTTACTGGTGGAGGAATGACTGTTGCTTTTAAAGATATAAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 CTATGGAGAAAACTGCTAAAGGGTATCCCTGACCTTTATGATGATGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118739 CTATGGAGAAAACTGCTAAAGGGTATCCCTGACCTTTATGATGATGCAGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 TATTTTCGAG         GCCAAAAAATCATTTTACTGGGCAAGAAAAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 118789 TATTTTCGAGGTA...TAGGCCAAAAAATCATTTTACTGGGCAAGAAAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CATCTCATTCCTTTGTCGTGAATATCCTTGCTCAGGCTCTTTATGAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119259 CATCTCATTCCTTTGTCGTGAATATCCTTGCTCAGGCTCTTTATGAATTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 TTTTCTGCCACAGATG         ATTCCCTGCATCAACTAAGAAAAGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 119309 TTTTCTGCCACAGATGGTA...TAGATTCCCTGCATCAACTAAGAAAAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CTGTTTTCTTTATTTCAAACTTGGTGGCGAATGTGTTGCGGGTCCTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121406 CTGTTTTCTTTATTTCAAACTTGGTGGCGAATGTGTTGCGGGTCCTGTTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 GGCTGCTCTCTGT         ATTGTCTCCTAACCCTCTAGTTTTAATT
        ||||||| |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 121456 GGCTGCTTTCTGTGTA...CAGATTGTCTCCTAACCCTCTAGTTTTAATT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GGACACTTCTTTGCTGTTGCAATCTATGCCGTGTATTTTTGCTTTAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122378 GGACACTTCTTTGCTGTTGCAATCTATGCCGTGTATTTTTGCTTTAAGTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 AGAACCTTGGATTACAAAACCTCGAGCCCTTCTCAGTAGTGGTGCTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122428 AGAACCTTGGATTACAAAACCTCGAGCCCTTCTCAGTAGTGGTGCTGTAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 TGTACAAAGCGTGTTCTGTAATATTTCCTCTAATTTACTCAGAAATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122478 TGTACAAAGCGTGTTCTGTAATATTTCCTCTAATTTACTCAGAAATGAAG

   1800     .    :
   1711 TATATGGTTCAT
        ||||||||||||
 122528 TATATGGTTCAT