seq1 = pF1KE0019.tfa, 1776 bp
seq2 = pF1KE0019/gi568815593f_64100808.tfa (gi568815593f:64100808_64469811), 369004 bp

>pF1KE0019 1776
>gi568815593f:64100808_64469811 (Chr5)

1-135  (100001-100135)   99% ->
136-231  (111258-111353)   100% ->
232-1191  (112751-113710)   99% ->
1192-1227  (116554-116589)   100% ->
1228-1453  (224379-224604)   100% ->
1454-1579  (229474-229599)   100% ->
1580-1776  (268808-269004)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAAAGAAGCAAAGAATTGATAACTAAAAATCATAGTCAAGGGGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100001 ATGAAAAGAAGCAAAGAATTGATAACTAAAAATCATAGTCAAGAGGAAAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAGTATTCTTCGTTGTTGGAAATGTAGAAAATGTATAGCAAGCTCTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAGTATTCTTCGTTGTTGGAAATGTAGAAAATGTATAGCAAGCTCTGGTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTTTTATGGAGTATCTTGAGAATCAAGTGATTAAG         GATAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100101 GTTTTATGGAGTATCTTGAGAATCAAGTGATTAAGGTG...CAGGATAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATGATTCAGTTGATGCTCAAAATATTTGTCATGTGTGGCACATGAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111264 GATGATTCAGTTGATGCTCAAAATATTTGTCATGTGTGGCACATGAATGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGAAGCCCTTCCAGAATGGATAAGCTGCCTAATCCAAAAA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 111314 AGAAGCCCTTCCAGAATGGATAAGCTGCCTAATCCAAAAAGTA...TAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCCAGTGGACAGTTGGAAAACTGAATTGCCCTTTCTGTGGGGCCCGTTTA
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 112752 CCCAGTGGACAGTTGGAAAACTGAATTGTCCTTTCTGTGGGGCCCGTTTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGGGGCTTTAATTTTGTCAGCACTCCAAAATGTTCCTGTGGCCAGCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112802 GGGGGCTTTAATTTTGTCAGCACTCCAAAATGTTCCTGTGGCCAGCTTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGCTGTACATCTCTCCAAGAGCCGGACTGATTATCAGCCAACACAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112852 AGCTGTACATCTCTCCAAGAGCCGGACTGATTATCAGCCAACACAGGCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCAGACTAATGAGACCATCAGTGAAATACTTGTCACATCCTAGAGTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112902 GCAGACTAATGAGACCATCAGTGAAATACTTGTCACATCCTAGAGTTCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TCAGGTTGTGACAAGGAAGCTCTGCTGACAGGTGGTGGCTCTGAAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112952 TCAGGTTGTGACAAGGAAGCTCTGCTGACAGGTGGTGGCTCTGAAAACAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AAATCACAGGCTTTTAAACATGGCCCGAAATAATAATGACCCTGGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113002 AAATCACAGGCTTTTAAACATGGCCCGAAATAATAATGACCCTGGAAGAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TAACAGAAGCACTCTGCCTGGAGGTGCGACCAACATATTTTGAGATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113052 TAACAGAAGCACTCTGCCTGGAGGTGCGACCAACATATTTTGAGATGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AACGAAAAACTGCTGTCCAAAGCATCAGAACCAAAATACCAGCTTTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113102 AACGAAAAACTGCTGTCCAAAGCATCAGAACCAAAATACCAGCTTTTTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TCCCCAGCTTGTGACTGGCAGATGCGCTACAAGAGCTTTTCATAGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113152 TCCCCAGCTTGTGACTGGCAGATGCGCTACAAGAGCTTTTCATAGAAAAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CACATAGTTTGGATCTGAACATCAGTGAGAAACTGACTTTATTACCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113202 CACATAGTTTGGATCTGAACATCAGTGAGAAACTGACTTTATTACCCACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TTATATGAAATACATAGTAAGACTACTGCCTATTCCAGACTAAATGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113252 TTATATGAAATACATAGTAAGACTACTGCCTATTCCAGACTAAATGAAAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 ACAGCCTATTGACCTTTCAGGCTTGCCTTTACAATCTAGTAAAAATAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113302 ACAGCCTATTGACCTTTCAGGCTTGCCTTTACAATCTAGTAAAAATAGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 ATTCCTTTCAGAATCCATCCAGTTTTGATCCTAGTATGCTGCTGCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113352 ATTCCTTTCAGAATCCATCCAGTTTTGATCCTAGTATGCTGCTGCAAAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TTTTCAGTGGCCCCCCATGAGACCCAGACACAAAGAGGAGGAGAATTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113402 TTTTCAGTGGCCCCCCATGAGACCCAGACACAAAGAGGAGGAGAATTTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GTGTGGTCTAGAAGCTGCTTCAGTGTATTCTGACCATACTAATACTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113452 GTGTGGTCTAGAAGCTGCTTCAGTGTATTCTGACCATACTAATACTAACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 ATCTGACTTTCCTGATGGACCTGCCCTCAGCTGGCAGGAGCATGCCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113502 ATCTGACTTTCCTGATGGACCTGCCCTCAGCTGGCAGGAGCATGCCGGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GCCTCAGACCAGGAAGAGCACCTCTCCCCTCTGGACTTCCTGCACTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113552 GCCTCAGACCAGGAAGAGCACCTCTCCCCTCTGGACTTCCTGCACTCAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CAATTTTTCATTGGGCAGCATTAATCAGAGGCTTAATAAGAGAGAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113602 CAATTTTTCATTGGGCAGCATTAATCAGAGGCTTAATAAGAGAGAAAGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 GCAAGTTGAAGAATCTAAGAAGGAAACAACGAAGGCGTGAAAGATGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113652 GCAAGTTGAAGAATCTAAGAAGGAAACAACGAAGGCGTGAAAGATGGCTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 CAGAAGCAG         GGTAAATACTCAGGAGTGGGATTGCTGGATCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 113702 CAGAAGCAGGTA...TAGGGTAAATACTCAGGAGTGGGATTGCTGGATCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 TATG         ACTTTGAATAATGAGATGAGTACAGATGAAGACAATG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116586 TATGGTA...CAGACTTTGAATAATGAGATGAGTACAGATGAAGACAATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 AATATGCAGAAGAAAAGGATAGCTACATCTGTGCAGTGTGTCTGGACGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224416 AATATGCAGAAGAAAAGGATAGCTACATCTGTGCAGTGTGTCTGGACGTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 TATTTCAACCCTTATATGTGTTACCCTTGCCATCACATCTTCTGTGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224466 TATTTCAACCCTTATATGTGTTACCCTTGCCATCACATCTTCTGTGAGCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 CTGCTTACGGACTCTGGCCAAAGACAATCCTTCAAGCACTCCATGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224516 CTGCTTACGGACTCTGGCCAAAGACAATCCTTCAAGCACTCCATGCCCAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 TGTGTCGGACAATTATTTCTAGAGTCTTTTTCCAAACAG         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 224566 TGTGTCGGACAATTATTTCTAGAGTCTTTTTCCAAACAGGTA...TAGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 TTGAACAATGCCACAAAAACTTTCTTTACTAAAGAATATTTGAAAATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229476 TTGAACAATGCCACAAAAACTTTCTTTACTAAAGAATATTTGAAAATAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 ACAAAGCTTTCAGAAATCCAACTCTGCAAAATGGCCCCTACCAAGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229526 ACAAAGCTTTCAGAAATCCAACTCTGCAAAATGGCCCCTACCAAGCTGCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 GAAAAGCATTTCATCTTTTTGGAG         GTTTCCGCAGACATGCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 229576 GAAAAGCATTTCATCTTTTTGGAGGTA...TAGGTTTCCGCAGACATGCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 GCTCCAGTTACAAGAAGGCAGTTCCCACACGGTGCACACAGGATGGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 268825 GCTCCAGTTACAAGAAGGCAGTTCCCACACGGTGCACACAGGATGGATTA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 CCTGCACTTTGAGGATGATAGCCGTGGATGGTGGTTTGACATGGATATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 268875 CCTGCACTTTGAGGATGATAGCCGTGGATGGTGGTTTGACATGGATATGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 TGATCATATATATTTATTCAGTGAACTGGGTCATTGGATTCATTGTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 268925 TGATCATATATATTTATTCAGTGAACTGGGTCATTGGATTCATTGTTTTC

   1800     .    :    .    :    .    :
   1747 TGCTTTCTTTGCTATTTTTTCTTTCCGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 268975 TGCTTTCTTTGCTATTTTTTCTTTCCGTTT