seq1 = pF1KE0015.tfa, 1953 bp
seq2 = pF1KE0015/gi568815585f_60360467.tfa (gi568815585f:60360467_60667638), 307172 bp

>pF1KE0015 1953
>gi568815585f:60360467_60667638 (Chr13)

1-74  (100001-100074)   100% ->
75-216  (106772-106913)   100% ->
217-288  (123309-123380)   100% ->
289-438  (125333-125482)   100% ->
439-579  (133969-134109)   100% ->
580-736  (149297-149453)   100% ->
737-862  (150164-150289)   100% ->
863-1713  (167901-168751)   100% ->
1714-1839  (174642-174767)   100% ->
1840-1953  (207059-207172)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCGATTACAGATGACTGATGGTCATATAAGTTGCACAGCAGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGCGATTACAGATGACTGATGGTCATATAAGTTGCACAGCAGTAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATTTAGTTATATGTCAAAAATAAG         CCTGAACACACCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100051 ATTTAGTTATATGTCAAAAATAAGGTG...TAGCCTGAACACACCACCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GAACTAAAGTTAAGCTCTCAGGCATTGTTGACATAAAAAATGGATTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106789 GAACTAAAGTTAAGCTCTCAGGCATTGTTGACATAAAAAATGGATTCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTCTTGAATGACTCTAACACCACAGTTCTTGGTGGTGAAGTGGAACACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106839 CTCTTGAATGACTCTAACACCACAGTTCTTGGTGGTGAAGTGGAACACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TATTGAGAAATGGGAGTTACAGAGA         AGCTTATCAAAACACA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 106889 TATTGAGAAATGGGAGTTACAGAGAGTA...CAGAGCTTATCAAAACACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATAGAAGCAATATTGGAACTGAAGGTGGACCACCGCCTTTTGTGCCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123325 ATAGAAGCAATATTGGAACTGAAGGTGGACCACCGCCTTTTGTGCCTTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGACAG         AAGTGTGTATCTCATGTCCAAGTGGATAGCAGAGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123375 GGACAGGTA...TAGAAGTGTGTATCTCATGTCCAAGTGGATAGCAGAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACTTGATCGAAGAAAAACATTGCAAGTTACAATGCCTGTCAAACCTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125368 ACTTGATCGAAGAAAAACATTGCAAGTTACAATGCCTGTCAAACCTACAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGATAATGATGAATTTGAAAAGCAAAGGACGGCTGCTATTGCTGAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125418 ATGATAATGATGAATTTGAAAAGCAAAGGACGGCTGCTATTGCTGAAGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCAAAGAGCAAGGAA         ACCAAGACATTTGGAGGAGGTGGTGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 125468 GCAAAGAGCAAGGAAGTA...AAGACCAAGACATTTGGAGGAGGTGGTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGGTGCTAGAAGTAATCTCAATATGAATGCTGCTGGTAACCGAAATAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133995 TGGTGCTAGAAGTAATCTCAATATGAATGCTGCTGGTAACCGAAATAGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAGTTTTACAGAAAGAAAAGTCAACCAAATCAGAGGGAAAACATGAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134045 AAGTTTTACAGAAAGAAAAGTCAACCAAATCAGAGGGAAAACATGAAGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTCTATAGAGAACTG         GTTGATGAGAAAGCTCTGAAGCACAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 134095 GTCTATAGAGAACTGGTA...CAGGTTGATGAGAAAGCTCTGAAGCACAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AACGGAAATGGGCTTCAGTAAGGAAGCATCGAGGCAAGCTCTTATGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149323 AACGGAAATGGGCTTCAGTAAGGAAGCATCGAGGCAAGCTCTTATGGATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATGGCAACAACTTAGAAGCAGCACTGAACGTACTTCTTACAAGCAATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149373 ATGGCAACAACTTAGAAGCAGCACTGAACGTACTTCTTACAAGCAATAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CAGAAACCTGTTATGGGTCCTCCTCTGAGAG         GTAGAGGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 149423 CAGAAACCTGTTATGGGTCCTCCTCTGAGAGGTA...AAGGTAGAGGAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGGCAGGGGGCGAATAAGATCTGAAGATGAAGAGGACCTGGGAAATGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150174 AGGCAGGGGGCGAATAAGATCTGAAGATGAAGAGGACCTGGGAAATGCAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GGCCATCAGCACCAAGCACATTATTTGATTTCTTGGAATCTAAAATGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150224 GGCCATCAGCACCAAGCACATTATTTGATTTCTTGGAATCTAAAATGGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ACTTTGAATGTGGAAG         AACCTAAATCACAGCCACAGCAGCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 150274 ACTTTGAATGTGGAAGGTA...CAGAACCTAAATCACAGCCACAGCAGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TCATCAGGGACAATACAGATCATCAAATACTGAGCAAAATGGAGTAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167926 TCATCAGGGACAATACAGATCATCAAATACTGAGCAAAATGGAGTAAAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATAATAATCATCTGAGACATCCTCCTCGAAATGATACCAGGCAGCCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167976 ATAATAATCATCTGAGACATCCTCCTCGAAATGATACCAGGCAGCCAAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AATGAAAAACCGCCTCGTTTTCAAAGAGACTCCCAAAATTCAAAGTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168026 AATGAAAAACCGCCTCGTTTTCAAAGAGACTCCCAAAATTCAAAGTCAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TTTAGAAGGCAGTGGATTACCTAGAAATAGAGGTTCTGAAAGACCAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168076 TTTAGAAGGCAGTGGATTACCTAGAAATAGAGGTTCTGAAAGACCAAGTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CTTCTTCAGTATCTGAAGTATGGGCTGAAGACAGAATCAAATGTGATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168126 CTTCTTCAGTATCTGAAGTATGGGCTGAAGACAGAATCAAATGTGATAGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CCGTATTCTAGATATGACAGAACTAAAGATACTTCATATCCTTTAGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168176 CCGTATTCTAGATATGACAGAACTAAAGATACTTCATATCCTTTAGGTTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TCAGCATAGTGATGGTGCTTTTAAAAAAAGAGATAACTCTATGCAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168226 TCAGCATAGTGATGGTGCTTTTAAAAAAAGAGATAACTCTATGCAAAGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 GATCAGGAAAAGGTCCCTCCTTTGCAGAGGCAAAAGAAAATCCACTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168276 GATCAGGAAAAGGTCCCTCCTTTGCAGAGGCAAAAGAAAATCCACTTCCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 CAAGGATCTGTAGATTATAATAATCAAAAACGTGGAAAAAGAGAAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168326 CAAGGATCTGTAGATTATAATAATCAAAAACGTGGAAAAAGAGAAAGCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 AACATCTATTCCTGATTATTTTTATGACAGGAAATCACAAACAATAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168376 AACATCTATTCCTGATTATTTTTATGACAGGAAATCACAAACAATAAATA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 ATGAAGCTTTCAGTGGTATAAAAATTGAAAAACATTTTAATGTAAATACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168426 ATGAAGCTTTCAGTGGTATAAAAATTGAAAAACATTTTAATGTAAATACT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 GATTATCAGAATCCAGTTCGAAGTAATAGTTTCATTGGTGTTCCAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168476 GATTATCAGAATCCAGTTCGAAGTAATAGTTTCATTGGTGTTCCAAATGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 AGAAGTAGAAATGCCACTGAAAGGAAGACGAATAGGACCTATTAAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168526 AGAAGTAGAAATGCCACTGAAAGGAAGACGAATAGGACCTATTAAGCCAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 CAGGACCTGTCACAGCTGTACCCTGTGATGATAAAATATTTTACAATAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168576 CAGGACCTGTCACAGCTGTACCCTGTGATGATAAAATATTTTACAATAGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 GGGCCCAAACGAAGATCTGGGCCAATTAAGCCAGAAAAAATACTAGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168626 GGGCCCAAACGAAGATCTGGGCCAATTAAGCCAGAAAAAATACTAGAATC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 ATCTATTCCTATGGAGTATGCAAAAATGTGGAAACCTGGAGATGAATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168676 ATCTATTCCTATGGAGTATGCAAAAATGTGGAAACCTGGAGATGAATGTT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 TTGCACTTTATTGGGAAGACAACAAG         TTTTACCGGGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 168726 TTGCACTTTATTGGGAAGACAACAAGGTA...CAGTTTTACCGGGCAGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 GTTGAAGCCCTCCATTCTTCGGGTATGACAGCAGTTGTTAAATTCATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174657 GTTGAAGCCCTCCATTCTTCGGGTATGACAGCAGTTGTTAAATTCATTGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 CTACGGAAACTATGAAGAGGTGCTACTGAGCAATATCAAGCCCATTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174707 CTACGGAAACTATGAAGAGGTGCTACTGAGCAATATCAAGCCCATTCAAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 CAGAGGCATGG         GAGGAAGAAGGCACCTACGATCAAACTCTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 174757 CAGAGGCATGGGTA...TAGGAGGAAGAAGGCACCTACGATCAAACTCTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 GAGTTCCGTAGGGGAGGTGATGGCCAGCCAAGACGATCCACTCGGCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207089 GAGTTCCGTAGGGGAGGTGATGGCCAGCCAAGACGATCCACTCGGCCAAC

   2000     .    :    .    :    .    :
   1920 CCAACAGTTTTACCAACCACCCCGGGCTCGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207139 CCAACAGTTTTACCAACCACCCCGGGCTCGGAAC