seq1 = pF1KE0013.tfa, 2169 bp
seq2 = pF1KE0013/gi568815590f_94626328.tfa (gi568815590f:94626328_94889907), 263580 bp

>pF1KE0013 2169
>gi568815590f:94626328_94889907 (Chr8)

14-127  (100001-100114)   100% ->
128-252  (108303-108427)   100% ->
253-343  (112042-112132)   100% ->
344-465  (113086-113207)   100% ->
466-611  (113318-113463)   100% ->
612-735  (129709-129832)   100% ->
736-870  (135373-135507)   100% ->
871-1002  (138856-138987)   100% ->
1003-1101  (139384-139482)   100% ->
1102-1175  (140285-140358)   100% ->
1176-1334  (142068-142226)   100% ->
1335-1454  (144125-144244)   99% ->
1455-1575  (151339-151459)   100% ->
1576-1632  (154032-154088)   100% ->
1633-1715  (154757-154839)   100% ->
1716-1848  (157343-157475)   100% ->
1849-2007  (161567-161725)   100% ->
2008-2169  (163419-163580)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     14 AAGGACCACCTGTAGAGCTGCGCCAAAGAAAAAAGCCAAAGTCTTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 AAGGACCACCTGTAGAGCTGCGCCAAAGAAAAAAGCCAAAGTCTTCAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     64 AATAAGGAATCTGCCAAAGAAGAGAAAATCAGTGACATTCCAATTCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AATAAGGAATCTGCCAAAGAAGAGAAAATCAGTGACATTCCAATTCCTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    114 AAGAGCTCCAAAAC         ATGTATTATTTCAACGCTTTGCAAAGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGAGCTCCAAAACGTA...CAGATGTATTATTTCAACGCTTTGCAAAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    155 TTTTCATTGGCTGTCTTGCAGCGGTTACTAGTGGTATGATGTATGCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108330 TTTTCATTGGCTGTCTTGCAGCGGTTACTAGTGGTATGATGTATGCTCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    205 TACTTATCAGCATACCATGAACGGAAATTCTGGTTTTCCAACAGGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 108380 TACTTATCAGCATACCATGAACGGAAATTCTGGTTTTCCAACAGGCAGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    253        GAGCTTGAACGGGAAATCACGTTTCAGGGTGACAGTGCCATTT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108430 A...TAGGAGCTTGAACGGGAAATCACGTTTCAGGGTGACAGTGCCATTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    296 ATTACTCCTATTATAAAGATATGTTAAAGGCACCTTCATTTGAAAGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 112085 ATTACTCCTATTATAAAGATATGTTAAAGGCACCTTCATTTGAAAGAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    344        GTGTTTACGAACTGACACACAATAACAAAACTGTATCTCTGAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112135 A...TAGGTGTTTACGAACTGACACACAATAACAAAACTGTATCTCTGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    387 GACTATAAATGCAGTGCAGCAAATGTCTCTGTATCCGGAACTTATTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113129 GACTATAAATGCAGTGCAGCAAATGTCTCTGTATCCGGAACTTATTGCTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    437 GCATTTTATATCAAGCCACTGGTAGCAAT         GAGATTATTGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 113179 GCATTTTATATCAAGCCACTGGTAGCAATGTA...TAGGAGATTATTGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    478 CCAGTGTATTTCTATATTGGCATTGTTTTTGGATTGCAAGGAATATATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113330 CCAGTGTATTTCTATATTGGCATTGTTTTTGGATTGCAAGGAATATATGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    528 TACTGCTTTATTTGTTACAAGTTGGCTTATGAGTGGAACATGGCTAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113380 TACTGCTTTATTTGTTACAAGTTGGCTTATGAGTGGAACATGGCTAGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    578 GAATGCTTACTGTTGCGTGGTTCGTTATTAACAG         GGTAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 113430 GAATGCTTACTGTTGCGTGGTTCGTTATTAACAGGTA...TAGGGTAGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    619 ACAACAAGAATTGAATACTCCATTCCTTTAAGAGAAAACTGGGCACTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129716 ACAACAAGAATTGAATACTCCATTCCTTTAAGAGAAAACTGGGCACTACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    669 ATATTTTGCATGCCAAATTGCTGCACTTACAGGCTATTTAAAAAGCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129766 ATATTTTGCATGCCAAATTGCTGCACTTACAGGCTATTTAAAAAGCAACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    719 TAAATACTTATGGAGAG         AGGTTTTGCTACTTGTTGATGAGT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 129816 TAAATACTTATGGAGAGGTA...TAGAGGTTTTGCTACTTGTTGATGAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    760 GCTTCAACTTACACATTTATGATGATGTGGGAGTATAGCCACTATCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135397 GCTTCAACTTACACATTTATGATGATGTGGGAGTATAGCCACTATCTCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    810 GTTTCTTCAAGCAATATCTCTATTCCTGCTAGATACCTTTTCAGTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135447 GTTTCTTCAAGCAATATCTCTATTCCTGCTAGATACCTTTTCAGTGGAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    860 AAAGTGACAAG         GTTTATGAAGTTTATAAAATCTACATATTT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 135497 AAAGTGACAAGGTA...CAGGTTTATGAAGTTTATAAAATCTACATATTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TCCCTCTTTCTGGGATATTTACTACAGTTTGAGAATCCAGCTTTGTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138886 TCCCTCTTTCTGGGATATTTACTACAGTTTGAGAATCCAGCTTTGTTGGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 ATCTCCTTTATTAAGTTTAGTAGCAGCCTTAATGCTTGCTAAGTGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138936 ATCTCCTTTATTAAGTTTAGTAGCAGCCTTAATGCTTGCTAAGTGCCTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AG         CTGAATGTGAAGAAAGGAAGTTTTGTAGCTAAAATAATA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138986 AGGTA...CAGCTGAATGTGAAGAAAGGAAGTTTTGTAGCTAAAATAATA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 AAAGTGATTAATTTTTACTTGGTGTGTACTCTGACAATAACATTGAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139423 AAAGTGATTAATTTTTACTTGGTGTGTACTCTGACAATAACATTGAATAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 TATAATGAAG         ATGTTTGTCCCACACAAAGAAAATGGGCACA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 139473 TATAATGAAGGTA...TAGATGTTTGTCCCACACAAAGAAAATGGGCACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 TGCTGAAATTCCTTGAAGTAAAATTTGGACTAAATATGACCAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 140316 TGCTGAAATTCCTTGAAGTAAAATTTGGACTAAATATGACCAAGTA...T

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1176   GAATTTTACAATGAATTGGCTCCTCTGTCAAGAATCCCTGCAGGCACC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142066 AGGAATTTTACAATGAATTGGCTCCTCTGTCAAGAATCCCTGCAGGCACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 ATCTCAAGATTTTTTTCTGCGATTGACACAGTCTTCTTTATTACCTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142116 ATCTCAAGATTTTTTTCTGCGATTGACACAGTCTTCTTTATTACCTTTCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 ACATTCTAGTGTTAATTATTTGTTTTCTTTCTATGTTGCAAGTTATTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142166 ACATTCTAGTGTTAATTATTTGTTTTCTTTCTATGTTGCAAGTTATTTTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 AGGAGGATTAA         TGGTAAGTCCCTGAAGGAAACTGTTACTCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 142216 AGGAGGATTAAGTA...TAGTGGTAAGTCCCTGAAGGAAACTGTTACTCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 TGAAGATGGACGAATTGGAGAAAGACCAGAAATAATTTATCACGTAATTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 144155 TGAAGATGGACGAATTGGAGAAAGACCAGAAATAATTTATCATGTAATTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 ACACTATTTTATTGGGTTCTCTTGCAATGGTTATAGAAGG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 144205 ACACTATTTTATTGGGTTCTCTTGCAATGGTTATAGAAGGGTA...TAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 TTGAAGTACATCTGGATTCCTTATGTGTGCATGTTAGCAGCATTTGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151340 TTGAAGTACATCTGGATTCCTTATGTGTGCATGTTAGCAGCATTTGGTGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 ATGTTCTCCCGAACTTTGGATGACACTTTTCAAGTGGCTTCGATTAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151390 ATGTTCTCCCGAACTTTGGATGACACTTTTCAAGTGGCTTCGATTAAGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 CTGTACACCCAATATTGTTG         GCTCTTATTCTGAGCATGGCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 151440 CTGTACACCCAATATTGTTGGTG...TAGGCTCTTATTCTGAGCATGGCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 GTGCCTACTATAATAGGTCTCAGCTTATGGAAAGAG         TTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 154053 GTGCCTACTATAATAGGTCTCAGCTTATGGAAAGAGGTA...TAGTTTTT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 TCCCAGATTAATGACAGAATTAATGGAACTACAGGAATTCTATGACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154762 TCCCAGATTAATGACAGAATTAATGGAACTACAGGAATTCTATGACCCAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 ATACAGTGGAACTTATGACCTGGATAAA         AAGGCAAGCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 154812 ATACAGTGGAACTTATGACCTGGATAAAGTA...CAGAAGGCAAGCTCCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 GTTGCAGCTGTGTTTGCAGGGAGTCCACAGTTAATGGGTGCGATTAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157356 GTTGCAGCTGTGTTTGCAGGGAGTCCACAGTTAATGGGTGCGATTAAATT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 ATGCACTGGATGGATGGTGACAAGTTTGCCTCTTTACAATGATGATGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157406 ATGCACTGGATGGATGGTGACAAGTTTGCCTCTTTACAATGATGATGATC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 TTCTCAAGAGAAATGAAAAT         ATCTACCAAATCTATTCAAAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 157456 TTCTCAAGAGAAATGAAAATGTA...CAGATCTACCAAATCTATTCAAAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 CGATCTGCTGAGGATATTTATAAAATACTGACATCTTACAAAGCTAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161588 CGATCTGCTGAGGATATTTATAAAATACTGACATCTTACAAAGCTAATTA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 CCTAATTGTAGAGGATGCTATCTGCAATGAGGTGGGACCCATGAGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161638 CCTAATTGTAGAGGATGCTATCTGCAATGAGGTGGGACCCATGAGAGGCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 GTAGGGTTAAAGATTTATTAGACATTGCAAATGGCCAC         ATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 161688 GTAGGGTTAAAGATTTATTAGACATTGCAAATGGCCACGTA...TAGATG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 GTTTGTGAAGAAGGTGACAAGCTAACCTACTCAAAATATGGGCGATTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163422 GTTTGTGAAGAAGGTGACAAGCTAACCTACTCAAAATATGGGCGATTTTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 TCATGAGGTCAAAATTAACTATTCTCCATATGTGAATTATTTCACTAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163472 TCATGAGGTCAAAATTAACTATTCTCCATATGTGAATTATTTCACTAGAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2111 TATACTGGAACAGATCCTACTTTGTATATAAAATCAACACTGTGATATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163522 TATACTGGAACAGATCCTACTTTGTATATAAAATCAACACTGTGATATCC

   2300     .
   2161 TTCCAGTCT
        |||||||||
 163572 TTCCAGTCT