seq1 = pF1KE0012.tfa, 1563 bp
seq2 = pF1KE0012/gi568815592f_83759783.tfa (gi568815592f:83759783_84059875), 300093 bp

>pF1KE0012 1563
>gi568815592f:83759783_84059875 (Chr6)

1-75  (100001-100075)   100% ->
76-229  (104393-104546)   100% ->
230-330  (133740-133840)   99% ->
331-412  (149227-149308)   100% ->
413-445  (154634-154666)   100% ->
446-506  (158223-158283)   100% ->
507-564  (159615-159672)   100% ->
565-658  (161300-161393)   100% ->
659-691  (162656-162688)   100% ->
692-814  (164688-164810)   100% ->
815-955  (174813-174953)   100% ->
956-1108  (176442-176594)   100% ->
1109-1259  (180274-180424)   100% ->
1260-1346  (180733-180819)   100% ->
1347-1511  (195516-195680)   100% ->
1512-1563  (200042-200093)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGAACGTCCCTTCCCAGTCTTTCCCGGCCCCCAGGTCGCAGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGAACGTCCCTTCCCAGTCTTTCCCGGCCCCCAGGTCGCAGCAGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTCGCCTCCGGGGGGCGTAGCAAG         GTACCTTTAAAACAGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100051 TGTCGCCTCCGGGGGGCGTAGCAAGGTA...TAGGTACCTTTAAAACAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCAGAAGCCTTATGGATTGGATTCGACTGACCAAAAGTGGAAAGGATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104409 GCAGAAGCCTTATGGATTGGATTCGACTGACCAAAAGTGGAAAGGATCTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACGGGATTAAAAGGCAGGTTAATTGAAGTAACTGAAGAAGAACTTAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104459 ACGGGATTAAAAGGCAGGTTAATTGAAGTAACTGAAGAAGAACTTAAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACACAACAAAAAAGATGATTGTTGGATATGCATAAGAG         GTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 104509 ACACAACAAAAAAGATGATTGTTGGATATGCATAAGAGGTA...CAGGTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCGTTTATAATGTCAGCCCTTATATGGAGTATCATCCTGGTGGAGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133743 TCGTTTATAATGTCAGCCCTTATATGGAGTATCATCCTGGTGGAGAAGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAACTAATGAGAGCAGCAGGATCAAATGGTACTGAACTTTTTGATCAG  
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||>>
 133793 GAACTAATGAGAGCAGCAGGATCAGATGGTACTGAACTTTTTGATCAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    331        GTTCATCGTTGGGTCAATTATGAATCCATGCTGAAAGAATGCC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133843 A...CAGGTTCATCGTTGGGTCAATTATGAATCCATGCTGAAAGAATGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGGTTGGCAGAATGGCCATTAAACCTGCTGTTCTGAAAG         AC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 149270 TGGTTGGCAGAATGGCCATTAAACCTGCTGTTCTGAAAGGTA...CAGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TATCGTGAGGAGGAAAAGAAAGTCTTAAATG         GCATGCTTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 154636 TATCGTGAGGAGGAAAAGAAAGTCTTAAATGGTA...AAGGCATGCTTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CAAGAGCCAAGTGACAGATACACTTGCCAAAGAAGGTCCTAGTTATCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158233 CAAGAGCCAAGTGACAGATACACTTGCCAAAGAAGGTCCTAGTTATCCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 G         CTATGATTGGTTCCAAACAGACTCTTTAGTCACCATTGCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158283 GGTA...CAGCTATGATTGGTTCCAAACAGACTCTTTAGTCACCATTGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 ATATATACTAAACAGAAG         GATATCAATTTAGACTCAATAAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 159655 ATATATACTAAACAGAAGGTA...AAGGATATCAATTTAGACTCAATAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 AGTTGATCATCAGAATGATTCCTTTAGAGCAGAAACAATTATTAAGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161323 AGTTGATCATCAGAATGATTCCTTTAGAGCAGAAACAATTATTAAGGATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 GTTTATATCTTATACATATTG         GGCTAAGCCATGAGGTTCAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 161373 GTTTATATCTTATACATATTGGTG...TAGGGCTAAGCCATGAGGTTCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 GAAGATTTTTCTG         TGCGGGTTGTTGAGAGTGTGGGAAAAAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 162676 GAAGATTTTTCTGGTA...CAGTGCGGGTTGTTGAGAGTGTGGGAAAAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 AGAGATTGTTCTACAAAAAAAAGAGAATACTTCTTGGGACTTTCTTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164716 AGAGATTGTTCTACAAAAAAAAGAGAATACTTCTTGGGACTTTCTTGGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 ATCCCCTGAAGAATCATAATTCACTTATTCCAAGGAAAGATACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 164766 ATCCCCTGAAGAATCATAATTCACTTATTCCAAGGAAAGATACAGGTA..

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815     GTTTGTACTACAGAAAGTGCCAGTTAATTTCCAAGGAAGATGTTAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164816 .TAGGTTTGTACTACAGAAAGTGCCAGTTAATTTCCAAGGAAGATGTTAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 TCATGATACGAGGCTTTTCTGTTTGATGCTGCCACCAAGCACTCATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174859 TCATGATACGAGGCTTTTCTGTTTGATGCTGCCACCAAGCACTCATCTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 AAGTGCCCATTGGGCAACATGTTTACCTCAAGCTACCTATTACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 174909 AAGTGCCCATTGGGCAACATGTTTACCTCAAGCTACCTATTACAGGTA..

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956     GTACAGAAATAGTAAAGCCATATACACCTGTATCTGGTTCCTTACT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174959 .TAGGTACAGAAATAGTAAAGCCATATACACCTGTATCTGGTTCCTTACT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 CTCAGAGTTCAAGGAACCAGTTCTTCCCAACAATAAATACATCTACTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176488 CTCAGAGTTCAAGGAACCAGTTCTTCCCAACAATAAATACATCTACTTTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 TGATAAAAATCTATCCCACTGGACTCTTCACACCAGAGCTTGATCGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176538 TGATAAAAATCTATCCCACTGGACTCTTCACACCAGAGCTTGATCGTCTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 CAGATTG         GAGATTTTGTTTCTGTAAGCAGTCCTGAGGGCAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176588 CAGATTGGTT...TAGGAGATTTTGTTTCTGTAAGCAGTCCTGAGGGCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 TTTTAAAATATCCAAGTTCCAAGAATTAGAAGATCTCTTTTTGTTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180308 TTTTAAAATATCCAAGTTCCAAGAATTAGAAGATCTCTTTTTGTTGGCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 CTGGAACAGGCTTCACACCAATGGTTAAAATACTGAATTATGCTTTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180358 CTGGAACAGGCTTCACACCAATGGTTAAAATACTGAATTATGCTTTGACT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GATATACCCAGTCTCAG         GAAAGTGAAGCTGATGTTCTTCAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 180408 GATATACCCAGTCTCAGGTA...AAGGAAAGTGAAGCTGATGTTCTTCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 TAAAACAGAAGATGATATAATTTGGAGAAGCCAATTGGAGAAATTAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180757 TAAAACAGAAGATGATATAATTTGGAGAAGCCAATTGGAGAAATTAGCAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 TTAAAGATAAAAG         ACTGGATGTTGAATTTGTTCTCTCAGCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 180807 TTAAAGATAAAAGGTA...TAGACTGGATGTTGAATTTGTTCTCTCAGCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 CCTATTTCTGAATGGAATGGCAAACAGGGACATATTTCACCAGCTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195544 CCTATTTCTGAATGGAATGGCAAACAGGGACATATTTCACCAGCTCTTCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 TTCTGAATTTTTGAAAAGAAATTTGGACAAATCCAAAGTTCTCGTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195594 TTCTGAATTTTTGAAAAGAAATTTGGACAAATCCAAAGTTCTCGTCTGCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 TTTGTGGACCAGTGCCATTTACAGAACAAGGAGTAAG         GTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 195644 TTTGTGGACCAGTGCCATTTACAGAACAAGGAGTAAGGTG...CAGGTTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1516 CTGCATGATCTCAACTTTTCCAAAAATGAGATCCATAGTTTTACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200046 CTGCATGATCTCAACTTTTCCAAAAATGAGATCCATAGTTTTACAGCA