seq1 = pF1KE0011.tfa, 2439 bp
seq2 = pF1KE0011/gi568815593r_112927305.tfa (gi568815593r:112927305_113251423), 324119 bp

>pF1KE0011 2439
>gi568815593r:112927305_113251423 (Chr5)

(complement)

9-123  (100001-100115)   100% ->
124-266  (108064-108206)   98% ->
267-409  (128598-128740)   100% ->
410-573  (147069-147232)   99% ->
574-780  (149479-149685)   100% ->
781-927  (166114-166260)   100% ->
928-1017  (167234-167323)   100% ->
1018-1166  (168416-168564)   100% ->
1167-1307  (180190-180330)   100% ->
1308-1411  (183241-183344)   100% ->
1412-1595  (187257-187440)   98% ->
1596-1830  (197465-197699)   100% ->
1831-2037  (202125-202331)   99% ->
2038-2138  (207794-207894)   99% ->
2139-2261  (222368-222490)   100% ->
2262-2439  (223942-224119)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      9 GCTCCATTCAGCAGCCCTGGCATCACTAAAGGGAGATATAGTGGAACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 GCTCCATTCAGCAGCCCTGGCATCACTAAAGGGAGATATAGTGGAACTTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     59 ATAAACGTCTCCAGCAAACAGAGAGGGAACGGGACCTTCTGGAAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATAAACGTCTCCAGCAAACAGAGAGGGAACGGGACCTTCTGGAAAAGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    109 TTGGCCAAGGCACAG         TGCGAGCAGTCCCACCTCATGAGAGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTGGCCAAGGCACAGGTA...CAGTGCGAGCAGTCCCACCTCATGAGAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    150 GCATGAGGATGTCCGGGAGCGAACGACGCTTCGCTATGAGGAACGCATCA
        |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 108090 GCATGAGGATGTCCAGGAGCGAACGACACTTCGCTATGAGGAACGCATCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    200 CAGAGCTCCACAGCGTCATTGCGGAGCTCAACAAGAAGATAGACCGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108140 CAGAGCTCCACAGCGTCATTGCGGAGCTCAACAAGAAGATAGACCGTCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    250 CAAGGCACCACCATCAG         GGAGGAAGATGAGTACTCAGAACT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 108190 CAAGGCACCACCATCAGGTA...CAGGGAGGAAGATGAGTACTCAGAACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    291 GCGATCAGAACTCAGCCAGAGCCAACACGAGGTCAACGAGGACTCTCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128622 GCGATCAGAACTCAGCCAGAGCCAACACGAGGTCAACGAGGACTCTCGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    341 GCATGGACCAAGACCAGACCTCTGTCTCTATCCCCGAAAACCAGTCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128672 GCATGGACCAAGACCAGACCTCTGTCTCTATCCCCGAAAACCAGTCTACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    391 ATGGTTACTGCTGACATGG         ACAACTGCAGTGACCTGAACTC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 128722 ATGGTTACTGCTGACATGGGTG...CAGACAACTGCAGTGACCTGAACTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    432 AGAACTGCAGAGGGTGCTGACAGGGCTGGAGAATGTTGTCTGCGGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147091 AGAACTGCAGAGGGTGCTGACAGGGCTGGAGAATGTTGTCTGCGGCAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    482 AGAAGAGCAGCTGCAGCCTCTCCGTGGCCGAGGTGGACAGGCACATTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 147141 AGAAGAGCAGCTGCAGCCTCTCCGTGGCCGAGGTGGACAAGCACATTGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    532 CAGCTCACCACAGCCAGCGAGCACTGTGACCTGGCTATTAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 147191 CAGCTCACCACAGCCAGCGAGCACTGTGACCTGGCTATTAAGGTA...CA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574  ACAGTCGAGGAGATTGAGGGGGTGCTTGGCCGGGACCTGTATCCCAACC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149478 GACAGTCGAGGAGATTGAGGGGGTGCTTGGCCGGGACCTGTATCCCAACC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    623 TGGCTGAAGAGAGGTCTCGGTGGGAGAAGGAGCTGGCTGGGCTGAGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149528 TGGCTGAAGAGAGGTCTCGGTGGGAGAAGGAGCTGGCTGGGCTGAGGGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    673 GAGAATGAGAGCCTGACTGCCATGCTGTGCAGCAAAGAGGAAGAACTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149578 GAGAATGAGAGCCTGACTGCCATGCTGTGCAGCAAAGAGGAAGAACTGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    723 CCGGACTAAGGCCACCATGAATGCCATCCGGGAAGAGCGGGACCGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149628 CCGGACTAAGGCCACCATGAATGCCATCCGGGAAGAGCGGGACCGGCTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    773 GGAGGAGG         GTCAGAGAGCTTCAAACTCGACTACAGAGCGTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 149678 GGAGGAGGGTG...CAGGTCAGAGAGCTTCAAACTCGACTACAGAGCGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    814 CAGGCCACAGGTCCCTCCAGCCCTGGCCGCCTCACTTCCACCAACCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166147 CAGGCCACAGGTCCCTCCAGCCCTGGCCGCCTCACTTCCACCAACCGCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    864 GATTAACCCCAGCACTGGGGAGCTGAGCACAAGCAGCAGCAGCAATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166197 GATTAACCCCAGCACTGGGGAGCTGAGCACAAGCAGCAGCAGCAATGACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    914 TTCCCATCGCCAAG         ATTGCTGAGAGGGTGAAGCTATCAAAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 166247 TTCCCATCGCCAAGGTG...AAGATTGCTGAGAGGGTGAAGCTATCAAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    955 ACAAGGTCCGAATCGTCATCATCTGATCGGCCAGTCCTGGGCTCAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167261 ACAAGGTCCGAATCGTCATCATCTGATCGGCCAGTCCTGGGCTCAGAAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1005 CAGTAGCATAGGG         GTATCCAGCAGTGTGGCTGAACACCTGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 167311 CAGTAGCATAGGGGTG...CAGGTATCCAGCAGTGTGGCTGAACACCTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1046 CCCACTCACTTCAGGACTGCTCCAATATCCAAGAGATTTTCCAAACACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168444 CCCACTCACTTCAGGACTGCTCCAATATCCAAGAGATTTTCCAAACACTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1096 TACTCACACGGATCTGCCATCTCAGAAAGCAAGATTAGAGAGTTTGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168494 TACTCACACGGATCTGCCATCTCAGAAAGCAAGATTAGAGAGTTTGAGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1146 GGAAACAGAACGGCTGAATAG         CCGGATTGAGCACCTCAAAT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 168544 GGAAACAGAACGGCTGAATAGGTG...TAGCCGGATTGAGCACCTCAAAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1187 CCCAAAATGACCTCCTGACCATAACCTTGGAGGAATGTAAAAGCAATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180210 CCCAAAATGACCTCCTGACCATAACCTTGGAGGAATGTAAAAGCAATGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1237 GAGAGGATGAGCATGCTGGTGGGAAAATACGAATCCAATGCCACAGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180260 GAGAGGATGAGCATGCTGGTGGGAAAATACGAATCCAATGCCACAGCGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1287 GAGGCTGGCCTTGCAGTACAG         CGAGCAGTGCATCGAAGCCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 180310 GAGGCTGGCCTTGCAGTACAGGTA...CAGCGAGCAGTGCATCGAAGCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1328 ACGAACTCCTCCTGGCGCTGGCAGAGAGTGAGCAGAGCCTCATCCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183261 ACGAACTCCTCCTGGCGCTGGCAGAGAGTGAGCAGAGCCTCATCCTGGGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1378 CAGTTCCGAGCGGCGGGCGTGGGGTCCTCCCCTG         GAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 183311 CAGTTCCGAGCGGCGGGCGTGGGGTCCTCCCCTGGTA...TAGGAGACCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1419 GTCGGGGGATGAAAACATCACTCAGATGCTCAAGCGAGCTCATGACTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187264 GTCGGGGGATGAAAACATCACTCAGATGCTCAAGCGAGCTCATGACTGCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1469 GGAAGACAGCTGAGAATGCTGCCAAGGCCTTGCTCATGAGGCTGGACGGC
        |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||
 187314 GGAAGACAGCTGAGAACGCTGCCAAGGCCCTGCTCATGAAGCTGGACGGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1519 AGCTGTGGGGGAGCCTTTGCCGTGGCCGGCTGCAGCGTGCAGCCCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187364 AGCTGTGGGGGAGCCTTTGCCGTGGCCGGCTGCAGCGTGCAGCCCTGGGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1569 GAGCCTTTCCTCCAACAGCCACACCAG         CACAACCAGCTCCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 187414 GAGCCTTTCCTCCAACAGCCACACCAGGTA...CAGCACAACCAGCTCCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1610 CAGCCAGTAGTTGCGACACCGAGTTCACTAAAGAAGACGAGCAGAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197479 CAGCCAGTAGTTGCGACACCGAGTTCACTAAAGAAGACGAGCAGAGGCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1660 AAGGATTATATCCAGCAGCTCAAGAATGACAGGGCTGCGGTCAAGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197529 AAGGATTATATCCAGCAGCTCAAGAATGACAGGGCTGCGGTCAAGCTGAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1710 CATGCTGGAGCTGGAAAGCATCCACATCGATCCTCTCAGCTATGACGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197579 CATGCTGGAGCTGGAAAGCATCCACATCGATCCTCTCAGCTATGACGTCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1760 AGCCTCGGGGAGACAGCCAGAGGCTGGATCTGGAAAACGCAGTGCTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197629 AGCCTCGGGGAGACAGCCAGAGGCTGGATCTGGAAAACGCAGTGCTTATG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1810 CAGGAGCTCATGGCCATGAAG         GAGGAGATGGCCGAGTTGAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 197679 CAGGAGCTCATGGCCATGAAGGTA...TAGGAGGAGATGGCCGAGTTGAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1851 GGCCCAGCTCTACCTACTGGAGAAAGAGAAGAAGGCCCTGGAGCTGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202145 GGCCCAGCTCTACCTACTGGAGAAAGAGAAGAAGGCCCTGGAGCTGAAGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1901 TGAGCACGCGGGAGGCCCAGGAGCAGGCCTACCTGGTGCACATTGAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202195 TGAGCACGCGGGAGGCCCAGGAGCAGGCCTACCTGGTGCACATTGAGCAC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1951 CTGAAGTCCGAGGTGGAGGAGCAGAAGGAGCAGCGGATGCGATCCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202245 CTGAAGTCCGAGGTGGAGGAGCAGAAGGAGCAGCGGATGCGATCCCTCAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2001 CTCCACCAGCAGCGGCAGCAAAGATAAACCTGGCAAG         GAGT
        |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||>>>...>>>||||
 202295 CTCCACCAGCAGCGGCAGCAAAGACAAACCTGGCAAGGTA...CAGGAGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2042 GTGCTGATGCTGCCTCCCCAGCTCTGTCCCTAGCTGAACTCAGGACAACG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 207798 GTGCTGATGCTGCCTCCCCAGCTCTGTCCCTAGCCGAACTCAGGACAACG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2092 TGCAGCGAGAATGAGCTGGCTGCGGAGTTCACCAACGCCATTCGTCG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 207848 TGCAGCGAGAATGAGCTGGCTGCGGAGTTCACCAACGCCATTCGTCGGTA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2139       AGAAAAGAAGTTGAAGGCCAGAGTTCAAGAGCTGGTGAGTGCCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207898 ...TAGAGAAAAGAAGTTGAAGGCCAGAGTTCAAGAGCTGGTGAGTGCCT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2183 TGGAGAGACTCACCAAGAGCAGTGAAATCCGACATCAGCAATCTGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222412 TGGAGAGACTCACCAAGAGCAGTGAAATCCGACATCAGCAATCTGCAGAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2233 TTCGTGAATGATCTAAAGCGGGCCAACAG         CAACCTGGTGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 222462 TTCGTGAATGATCTAAAGCGGGCCAACAGGTA...TAGCAACCTGGTGGC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2274 TGCCTATGAGAAAGCAAAGAAAAAGCATCAAAACAAACTGAAGAAGTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223954 TGCCTATGAGAAAGCAAAGAAAAAGCATCAAAACAAACTGAAGAAGTTAG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2324 AGTCGCAGATGATGGCCATGGTGGAGAGACATGAGACCCAAGTGAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224004 AGTCGCAGATGATGGCCATGGTGGAGAGACATGAGACCCAAGTGAGGATG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2374 CTCAAGCAAAGAATAGCTCTGCTAGAGGAGGAGAACTCCAGGCCACACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224054 CTCAAGCAAAGAATAGCTCTGCTAGAGGAGGAGAACTCCAGGCCACACAC

   2550     .    :    .
   2424 CAATGAAACTTCGCTT
        ||||||||||||||||
 224104 CAATGAAACTTCGCTT