seq1 = pF1KE0010.tfa, 2310 bp
seq2 = pF1KE0010/gi568815587r_59539047.tfa (gi568815587r:59539047_59766966), 227920 bp

>pF1KE0010 2310
>gi568815587r:59539047_59766966 (Chr11)

(complement)

14-127  (100001-100114)   100% ->
128-345  (107498-107715)   100% ->
346-426  (108021-108101)   100% ->
427-621  (109243-109437)   100% ->
622-723  (110367-110468)   100% ->
724-813  (110922-111011)   100% ->
814-1031  (111227-111444)   99% ->
1032-1121  (112895-112984)   100% ->
1122-1302  (113949-114129)   100% ->
1303-1426  (114380-114503)   100% ->
1427-1524  (115326-115423)   100% ->
1525-1584  (116154-116213)   100% ->
1585-1733  (117357-117505)   100% ->
1734-1893  (119054-119213)   100% ->
1894-2049  (123932-124087)   100% ->
2050-2141  (127584-127675)   100% ->
2142-2291  (127770-127919)   99% ->
2292-2310  (128556-128574)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     14 AGTCTTTGGAGGATTGTCCTCTGGATGAAGATGAAGATGCATTTCAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 AGTCTTTGGAGGATTGTCCTCTGGATGAAGATGAAGATGCATTTCAGGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     64 CTGGGAGAAGAAGATGAAGAGATTGATCAATTCAATGATGATACATTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGGGAGAAGAAGATGAAGAGATTGATCAATTCAATGATGATACATTTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    114 GTCAGGTGCAGTTG         ATGATGATTGGCAGGAAGCACATGAGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTCAGGTGCAGTTGGTA...TAGATGATGATTGGCAGGAAGCACATGAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    155 GCCTGGCTGAATTGGAAGAAAAGCTACCAGTGGCAGTTAATGAACAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107525 GCCTGGCTGAATTGGAAGAAAAGCTACCAGTGGCAGTTAATGAACAAACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    205 GGCAATGGAGAGAGAGATGAAATGGACTTGTTGGGTGACCATGAGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107575 GGCAATGGAGAGAGAGATGAAATGGACTTGTTGGGTGACCATGAGGAGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    255 TCTGGCAGAAAGGCTCAGTAAGATGGTGATTGAAAATGAACTAGAAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107625 TCTGGCAGAAAGGCTCAGTAAGATGGTGATTGAAAATGAACTAGAAGATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    305 CAGCTATTATGAGGGCAGTGCAGACCAGGCCAGTTTTACAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 107675 CAGCTATTATGAGGGCAGTGCAGACCAGGCCAGTTTTACAAGTA...TAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    346 CCCCAACCAGGAAGTCTGAATTCCAGTATCTGGGATGGATCTGAAGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108021 CCCCAACCAGGAAGTCTGAATTCCAGTATCTGGGATGGATCTGAAGTTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    396 GAGGCGAATCCGAGGACCACTGCTTGCTCAG         GAAATGCCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 108071 GAGGCGAATCCGAGGACCACTGCTTGCTCAGGTA...TAGGAAATGCCTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    437 CAGTGTCTGTATTAGAATATGCTTTGCCTCAGAGGCCCCCCCAGGGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109253 CAGTGTCTGTATTAGAATATGCTTTGCCTCAGAGGCCCCCCCAGGGTCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    487 GAAGATGATCGGGACCTTTCTGAACGAGCATTACCAAGGCGGTCAACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109303 GAAGATGATCGGGACCTTTCTGAACGAGCATTACCAAGGCGGTCAACTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    537 ACCTATCATTGGCAGTCCTCCTGTTAGAGCTGTCCCCATAGGCACCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109353 ACCTATCATTGGCAGTCCTCCTGTTAGAGCTGTCCCCATAGGCACCCCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    587 CTAAACAGATGGCTGTACCCAGCTTCACCCAACAG         ATTCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 109403 CTAAACAGATGGCTGTACCCAGCTTCACCCAACAGGTA...TAGATTCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    628 TGTCCGAAGCCTGTCCATGTTCGGCCCCCAATGCCACCTCGTTATCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110373 TGTCCGAAGCCTGTCCATGTTCGGCCCCCAATGCCACCTCGTTATCCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    678 TCCCTATGGTGAGAGGATGTCTCCAAACCAGCTCTGCAGTGTCCCG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 110423 TCCCTATGGTGAGAGGATGTCTCCAAACCAGCTCTGCAGTGTCCCGGTA.

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724      AACTCTTCCCTCCTGGGTCACCCTTTTCCTCCTAGTGTTCCTCCT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110473 ..TAGAACTCTTCCCTCCTGGGTCACCCTTTTCCTCCTAGTGTTCCTCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    769 GTTCTCAGCCCCCTCCAGAGAGCACAGCTTCTTGGAGGAGCACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 110967 GTTCTCAGCCCCCTCCAGAGAGCACAGCTTCTTGGAGGAGCACAGGTA..

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    814     CTACAGCCTGGACGGATGTCCCCCAGCCAGTTTGCACGGGTCCCTG
        .>>>|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 111017 .TAGCTACAGCCTGGACGGATGTCTCCCAGCCAGTTTGCACGGGTCCCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    860 GATTTGTTGGTAGTCCACTTGCTGCCATGAATCCCAAGTTGCTACAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111273 GATTTGTTGGTAGTCCACTTGCTGCCATGAATCCCAAGTTGCTACAAGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    910 CGAGTTGGGCAGATGCTTCCCCCAGCACCAGGCTTCCGTGCCTTCTTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111323 CGAGTTGGGCAGATGCTTCCCCCAGCACCAGGCTTCCGTGCCTTCTTTAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    960 TGCTCCACCCTCCGCTACACCACCTCCACAGCAGCACCCTCCTGGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111373 TGCTCCACCCTCCGCTACACCACCTCCACAGCAGCACCCTCCTGGCCCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1010 GACCCCACCTGCAAAACCTAAG         ATCTCAGGCCCCAATGTTT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 111423 GACCCCACCTGCAAAACCTAAGGTA...TAGATCTCAGGCCCCAATGTTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 AGACCGGACACAACTCACCTCCATCCACAGCACCGTCGACTCTTGCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112914 AGACCGGACACAACTCACCTCCATCCACAGCACCGTCGACTCTTGCATCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GAGACAGCAACAGAATAGAAG         TCAGCATCGGAATCTCAATG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 112964 GAGACAGCAACAGAATAGAAGGTA...CAGTCAGCATCGGAATCTCAATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 GTGCGGGAGATAGAGGAAGTCACCGGAGCAGTCATCAAGATCATCTCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113969 GTGCGGGAGATAGAGGAAGTCACCGGAGCAGTCATCAAGATCATCTCCGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 AAGGATCCATATGCCAATCTCATGTTGCAGCGGGAAAAGGATTGGGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114019 AAGGATCCATATGCCAATCTCATGTTGCAGCGGGAAAAGGATTGGGTCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 TAAAATCCAGATGATGCAACTGCAAAGCACTGATCCCTACCTGGATGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114069 TAAAATCCAGATGATGCAACTGCAAAGCACTGATCCCTACCTGGATGATT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 TTTATTACCAG         AATTACTTTGAAAAACTGGAGAAACTGTCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 114119 TTTATTACCAGGTA...TAGAATTACTTTGAAAAACTGGAGAAACTGTCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 GCTGCTGAAGAAATACAAGGTGATGGCCCTAAGAAGGAGCGCACCAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114410 GCTGCTGAAGAAATACAAGGTGATGGCCCTAAGAAGGAGCGCACCAAGCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 TATCACCCCTCAGGTGGCCAAACTGGAGCACGCCTATAAGCCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 114460 TATCACCCCTCAGGTGGCCAAACTGGAGCACGCCTATAAGCCAGGTA...

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1427    TGCAATTTGAGGGCTCTTTGGGAAAGCTTACCGTTTCTAGTGTGAAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115323 CAGTGCAATTTGAGGGCTCTTTGGGAAAGCTTACCGTTTCTAGTGTGAAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 AATCCCCGAAAAATGATTGATGCTGTTGTGACATCTCGGAGTGAGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115373 AATCCCCGAAAAATGATTGATGCTGTTGTGACATCTCGGAGTGAGGATGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 T         GAGACAAAAGAAAAACAAGTTCGAGACAAGAGGAGAAAAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115423 TGTA...TAGGAGACAAAAGAAAAACAAGTTCGAGACAAGAGGAGAAAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 CCCTTGTTATAATTGAGAAA         ACCTACAGCTTACTCCTTGAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 116194 CCCTTGTTATAATTGAGAAAGTA...TAGACCTACAGCTTACTCCTTGAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 GTGGAGGACTATGAAAGACGTTATCTCCTAAGTCTGGAAGAAGAGCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117378 GTGGAGGACTATGAAAGACGTTATCTCCTAAGTCTGGAAGAAGAGCGACC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 TGCCCTAATGGATGACAGAAAGCACAAAATTTGTAGCATGTATGACAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117428 TGCCCTAATGGATGACAGAAAGCACAAAATTTGTAGCATGTATGACAACT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 TAAGGGGGAAATTGCCTGGACAAGAGAG         GCCTAGTGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 117478 TAAGGGGGAAATTGCCTGGACAAGAGAGGTA...CAGGCCTAGTGATGAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 CACTTTGTACAGATCATGTGTATCCGAAAAGGGAAGAGAATGGTTGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119067 CACTTTGTACAGATCATGTGTATCCGAAAAGGGAAGAGAATGGTTGCCCG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1797 TATTCTTCCTTTCCTCTCCACAGAGCAAGCAGCTGACATTCTCATGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119117 TATTCTTCCTTTCCTCTCCACAGAGCAAGCAGCTGACATTCTCATGACAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1847 CAGCCAGGAACCTCCCTTTCCTTATCAAGAAGGATGCACAAGATGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 119167 CAGCCAGGAACCTCCCTTTCCTTATCAAGAAGGATGCACAAGATGAGGTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1894       GTGCTGCCATGCTTACTGAGTCCCTTCTCTCTCCTTCTCTATCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119217 ...TAGGTGCTGCCATGCTTACTGAGTCCCTTCTCTCTCCTTCTCTATCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1938 TCTTCCATCAGTGAGTATCACCAGCCTTTTGCGACAGCTAATGAACCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123976 TCTTCCATCAGTGAGTATCACCAGCCTTTTGCGACAGCTAATGAACCTAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1988 CTCAAAGTGCAGCTACACCAGCACTCTCCAATCCTCACCTCACTGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124026 CTCAAAGTGCAGCTACACCAGCACTCTCCAATCCTCACCTCACTGCTGTG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2038 CTCCAGAACAAG         TTTGGCCTGTCACTGCTCCTCATCCTCCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 124076 CTCCAGAACAAGGTG...TAGTTTGGCCTGTCACTGCTCCTCATCCTCCT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2079 GAGCCGTGGTGAAGACCTACAGAGTTCAGACCCTGCTACAGAATCAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127613 GAGCCGTGGTGAAGACCTACAGAGTTCAGACCCTGCTACAGAATCAACAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2129 AAAATAATCAGTG         GACGGAGGTGATGTTCATGGCAACACGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 127663 AAAATAATCAGTGGTC...CAGGACGGAGGTGATGTTCATGGCAACACGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2170 GAACTTCTGCGGATTCCCCAAGCAGCCCTGGCCAGGCCAATCTCTATACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 127798 GAACTTCTGCGGATTCCCCAAGCAGCCCTGGCCAAGCCAATCTCTATACC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2220 TACAAACCTAGTGTCCCTCTTTTCTCGCTATGTTGACCGGCAGAAACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127848 TACAAACCTAGTGTCCCTCTTTTCTCGCTATGTTGACCGGCAGAAACTGA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2270 ACTTGCTGGAGACAAAACTGCA         GCTAGTTCAGGGGATACGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 127898 ACTTGCTGGAGACAAAACTGCAGTA...TAGGCTAGTTCAGGGGATACGA