seq1 = pF1KE0009.tfa, 1929 bp
seq2 = pF1KE0009/gi568815589r_92394086.tfa (gi568815589r:92394086_92622836), 228751 bp

>pF1KE0009 1929
>gi568815589r:92394086_92622836 (Chr9)

(complement)

1-292  (99971-100262)   99% ->
293-481  (104962-105150)   100% ->
482-988  (107700-108206)   100% ->
989-1104  (110711-110826)   100% ->
1105-1240  (112803-112938)   99% ->
1241-1398  (117147-117304)   100% ->
1399-1538  (120185-120324)   100% ->
1539-1865  (121784-122110)   100% ->
1866-1929  (128688-128751)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGATTGCAGTTTTGTTTTGTTTTTTTCTGCTTATCATTTTTCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99971 ATGAAGATTGCAGTTTTGTTTTGTTTTTTTCTGCTTATCATTTTTCAAAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGACTTTGGAAAAAATGAAGAAATTCCTAGGAAGCAAAGGAGGAAGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100021 TGACTTTGGAAAAAATGAAGAAATTCCTAGGAAGCAAAGGAGGAAGATCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCACAGAAGGTTGAGGAAAAGTTCAACCTCACACAAGCACAGATCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100071 ACCACAGAAGGTTGAGGAAAAGTTCAACCTCACACAAGCACAGATCAAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGACAGCTTGGAATTCCGCAAACAACAGTTTTTACACCAGTAGCAAGACT
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100121 AGACAGCTTGGAATTCAGCAAACAACAGTTTTTACACCAGTAGCAAGACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCCTATTGTTAACTTTGATTATAGCATGGAGGAAAAGTTTGAATCCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100171 TCCTATTGTTAACTTTGATTATAGCATGGAGGAAAAGTTTGAATCCTTTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CAAGTTTTCCTGGAGTAGAATCAAGTTATAATGTGTTACCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100221 CAAGTTTTCCTGGAGTAGAATCAAGTTATAATGTGTTACCAGGTA...TA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    293  GAAAGAAGGGACACTGTTTGGTAAAGGGCATAACCATGTACAACAAAGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104961 GGAAAGAAGGGACACTGTTTGGTAAAGGGCATAACCATGTACAACAAAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGTGTGGTCGCCTGAGCCCTGCACTACCTGCCTCTGCTCAGATGGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105011 TGTGTGGTCGCCTGAGCCCTGCACTACCTGCCTCTGCTCAGATGGAAGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TTCTTTGTGATGAAACCATGTGCCATCCCCAGAGGTGCCCCCAAACAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105061 TTCTTTGTGATGAAACCATGTGCCATCCCCAGAGGTGCCCCCAAACAGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ATACCTGAAGGGGAATGCTGCCCGGTCTGCTCCGCTACTG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 105111 ATACCTGAAGGGGAATGCTGCCCGGTCTGCTCCGCTACTGGTA...CAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ACAAAGAGAACCTACCAATTTACTTCATAAGCAACTGCCACCTCCTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107701 ACAAAGAGAACCTACCAATTTACTTCATAAGCAACTGCCACCTCCTCAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGGGAATGGACCGAATAGTAAGAAAAGAAGCACTTCAATCTGAGGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107751 TGGGAATGGACCGAATAGTAAGAAAAGAAGCACTTCAATCTGAGGAGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GAAGAAGTGAAAGAAGAAGATACAGAGCAAAAGAGAGAGACCCCTGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107801 GAAGAAGTGAAAGAAGAAGATACAGAGCAAAAGAGAGAGACCCCTGAATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TAGAAATCAGGGGCAACTTTACAGTGAGGGGGACAGCAGAGGAGGAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107851 TAGAAATCAGGGGCAACTTTACAGTGAGGGGGACAGCAGAGGAGGAGACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GAAAGCAGAGGCCTGGAGAGGAGAGGAGGCTGGCACACCAGCAACAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107901 GAAAGCAGAGGCCTGGAGAGGAGAGGAGGCTGGCACACCAGCAACAACGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CAAGGAAGGGAGGAGGAGGAGGATGAGGAGGAGGAGGGTGAGGAGGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107951 CAAGGAAGGGAGGAGGAGGAGGATGAGGAGGAGGAGGGTGAGGAGGGTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GGAGGATGAGGAGGACGAGGAGGACCCGGTAAGAGGAGATATGTTCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108001 GGAGGATGAGGAGGACGAGGAGGACCCGGTAAGAGGAGATATGTTCCGAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TGCCCTCTCGATCCCCGCTTCCTGCTCCTCCCAGAGGCACACTGCGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108051 TGCCCTCTCGATCCCCGCTTCCTGCTCCTCCCAGAGGCACACTGCGCCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CCAAGCGGGTGCTCTCTGTCCTACAGGACCATCAGCTGCATCAACGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108101 CCAAGCGGGTGCTCTCTGTCCTACAGGACCATCAGCTGCATCAACGCCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GCTTACCCAGATACCACCGCTGACAGCACCACAGATAACAAGTCTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108151 GCTTACCCAGATACCACCGCTGACAGCACCACAGATAACAAGTCTGGAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TCACTG         GCAATTCCATCGCCTCCATCCCAGATGAAGCATTT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108201 TCACTGGTA...TAGGCAATTCCATCGCCTCCATCCCAGATGAAGCATTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 AATGGATTACCAAATTTGGAAAGGCTTGATCTGAGTAAAAATAATATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110746 AATGGATTACCAAATTTGGAAAGGCTTGATCTGAGTAAAAATAATATCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 TTCTTCAGGCATAGGTCCAAAAGCATTCAAG         CTTCTGAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 110796 TTCTTCAGGCATAGGTCCAAAAGCATTCAAGGTA...AAGCTTCTGAAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 AGTTAATGCGTTTGAATATGGATGGAAATAATTTGATACAGATTCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112813 AGTTAATGCGTTTGAATATGGATGGAAATAATTTGATACAGATTCCTTCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 CAATTGCCATCTACATTAGAAGAACTTAAAGTCAATGAGAACAATCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112863 CAATTGCCATCTACATTAGAAGAACTTAAAGTCAATGAGAACAATCTTCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 GGCTATCGATGAAGAAAGTTTATCGG         ACTTAAATCAGTTGG
        |||||||||||||||||||||||| |>>>...>>>|||||||||||||||
 112913 GGCTATCGATGAAGAAAGTTTATCAGGTA...TAGACTTAAATCAGTTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 TCACCTTAGAATTGGAAGGAAACAATCTCAGTGAAGCCAATGTCAATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117162 TCACCTTAGAATTGGAAGGAAACAATCTCAGTGAAGCCAATGTCAATCCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 TTAGCTTTCAAACCTTTGAAGAGCCTAGCCTACTTGCGTCTGGGAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117212 TTAGCTTTCAAACCTTTGAAGAGCCTAGCCTACTTGCGTCTGGGAAAAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 TAAATTTAGAATTATACCGCAGGGTCTTCCTGGTTCTATTGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 117262 TAAATTTAGAATTATACCGCAGGGTCTTCCTGGTTCTATTGAGGTA...T

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1399   GAATTATACCTAGAAAATAACCAAATTGAAGAAATAACTGAAATTTGT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120183 AGGAATTATACCTAGAAAATAACCAAATTGAAGAAATAACTGAAATTTGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 TTCAATCATACCAGAAAGATCAATGTCATTGTACTACGTTATAACAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120233 TTCAATCATACCAGAAAGATCAATGTCATTGTACTACGTTATAACAAAAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 TGAAGAAAATAGGATTGCTCCTTTAGCCTGGATAAATCAAGA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 120283 TGAAGAAAATAGGATTGCTCCTTTAGCCTGGATAAATCAAGAGTA...CA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1539  AAATCTAGAATCCATTGATCTCTCCTACAACAAGCTCTATCACGTCCCG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121783 GAAATCTAGAATCCATTGATCTCTCCTACAACAAGCTCTATCACGTCCCG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 TCCTATCTACCCAAGTCCTTGCTGCACCTAGTACTCCTTGGGAACCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121833 TCCTATCTACCCAAGTCCTTGCTGCACCTAGTACTCCTTGGGAACCAGAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 TGAACGGATCCCTGGCTATGTGTTTGGCCACATGGAACCAGGCCTGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121883 TGAACGGATCCCTGGCTATGTGTTTGGCCACATGGAACCAGGCCTGGAAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 ACTTGTACCTGTCATTTAACAAACTTGCTGATGATGGCATGGACCGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121933 ACTTGTACCTGTCATTTAACAAACTTGCTGATGATGGCATGGACCGTGTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 TCCTTCTATGGGGCATATCATTCTCTGAGAGAATTATTTCTGGATCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121983 TCCTTCTATGGGGCATATCATTCTCTGAGAGAATTATTTCTGGATCACAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 TGACTTAAAATCTATACCACCTGGGATACAAGAAATGAAAGCACTACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122033 TGACTTAAAATCTATACCACCTGGGATACAAGAAATGAAAGCACTACATT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838 TTCTGAGGCTGAACAACAACAAGATACG         CTGTGTTTCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 122083 TTCTGAGGCTGAACAACAACAAGATACGGTA...CAGCTGTGTTTCAGAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1879 GCTGTTCTAGAGACAGTGACAAACAGATCAGATGTGGCCTTTCCTCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128701 GCTGTTCTAGAGACAGTGACAAACAGATCAGATGTGGCCTTTCCTCTCTG

   2000 
   1929 G
        |
 128751 G