seq1 = pF1KE0007.tfa, 1554 bp
seq2 = pF1KE0007/gi568815583r_65479411.tfa (gi568815583r:65479411_65707380), 227970 bp

>pF1KE0007 1554
>gi568815583r:65479411_65707380 (Chr15)

(complement)

1-222  (100001-100222)   100% ->
223-330  (102145-102252)   99% ->
331-486  (107452-107607)   100% ->
487-605  (108391-108509)   100% ->
606-748  (108918-109060)   99% ->
749-841  (111556-111648)   98% ->
842-986  (113809-113953)   100% ->
987-1120  (115650-115783)   100% ->
1121-1239  (122493-122611)   99% ->
1240-1305  (125362-125427)   100% ->
1306-1554  (127722-127970)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGACAGTGGTGGTAATGGATGTATCCCTTTCCATGACCCGACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGACAGTGGTGGTAATGGATGTATCCCTTTCCATGACCCGACCTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCTATTGAGGGGTCCGAGGAATACCAGCGTAAGCACCTAGCAGCCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTCTATTGAGGGGTCCGAGGAATACCAGCGTAAGCACCTAGCAGCCCATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTTTAACGATGCTGTTTGAGCACATGGCCACAAATTACAAGCTTGAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTTTAACGATGCTGTTTGAGCACATGGCCACAAATTACAAGCTTGAATTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACAGCACTTGTGGTTTTTTCATCACTTTGGGAGTTGATGGTCCCCTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACAGCACTTGTGGTTTTTTCATCACTTTGGGAGTTGATGGTCCCCTTCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAGAGATTATAATACCCTACAG         GAAGCACTAAGTAATATGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100201 GAGAGATTATAATACCCTACAGGTA...AAGGAAGCACTAAGTAATATGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGATTATGACAAAACCTGCTTGGGGTCTGCATTAGTTGGTGTTTGCAAT
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 102164 ATGATTATGACAAAACCTGCTTGGAGTCTGCATTAGTTGGTGTTTGCAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATCGTTCAGCAAGAATGGGGTGGTGCAATTCCTTGCCAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 102214 ATCGTTCAGCAAGAATGGGGTGGTGCAATTCCTTGCCAGGTA...CAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGTCCTGGTGACAGACGGCTGTCTTGGCATTGGTAGAGGGTCACTGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107454 TGTCCTGGTGACAGACGGCTGTCTTGGCATTGGTAGAGGGTCACTGCGAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATTCCCTAGCCACTCAAAATCAACGAAGTGAGAGCAACAGGTTTCCACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107504 ATTCCCTAGCCACTCAAAATCAACGAAGTGAGAGCAACAGGTTTCCACTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCTTTTCCTTTCCCATCTAAGTTATATATCATGTGCATGGCGAATTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107554 CCTTTTCCTTTCCCATCTAAGTTATATATCATGTGCATGGCGAATTTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGAG         CTCCAGAGCACCGATTCCTTGGAATGCCTTGAACGTC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107604 GGAGGTA...TAGCTCCAGAGCACCGATTCCTTGGAATGCCTTGAACGTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCATAGATTTAAACAATGGTGAAGGGCAGATTTTTACTATTGATGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108428 TCATAGATTTAAACAATGGTGAAGGGCAGATTTTTACTATTGATGGCCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTGTGCTTGAAGAATGTACAGTCTATGTTTGG         AAAACTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 108478 CTGTGCTTGAAGAATGTACAGTCTATGTTTGGGTG...TAGAAAACTGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGGTTTGGCATATACGCCTTTCCATGCTGTTCTCAAGTGTGGCCACCTAA
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108927 AGATTTGGCATATACGCCTTTCCATGCTGTTCTCAAGTGTGGCCACCTAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CTGCTGATGTACAAGTCTTCCCCAGGCCAGAACCTTTTGTTGTAGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108977 CTGCTGATGTACAAGTCTTCCCCAGGCCAGAACCTTTTGTTGTAGATGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GAAATTGATCCTATCCCTAAAGTCATTAACACAG         ATTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 109027 GAAATTGATCCTATCCCTAAAGTCATTAACACAGGTA...CAGATTTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AATAGTGGGATTTATTGATATAGCTGATATCTCAAGTCCCCCAGTTCTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 111563 AATAGTGGGATTTATTGATATAGCTGATATTTCAAGTCCCCCAGTTCTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CCAGACATCTGGTCTTACCTATAGCACTTAACAAAG         AAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 111613 CCAGACATCTGGTCTTACCTATAGCACTTAACAAAGGTG...CAGAAGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GATGAGGTGGGTACTGGCATCACTGATGACAATGAAGATGAAAATTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113814 GATGAGGTGGGTACTGGCATCACTGATGACAATGAAGATGAAAATTCAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CAATCAGATTGCAGGCAAAATACCCAACTTTTGTGTCCTGCTCCATGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113864 CAATCAGATTGCAGGCAAAATACCCAACTTTTGTGTCCTGCTCCATGGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GCCTAAAAGTGGAAGGAATGGTAGCGATTGTTCAATTAGG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 113914 GCCTAAAAGTGGAAGGAATGGTAGCGATTGTTCAATTAGGGTA...TAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CCTGAATGGCATGGAATGCTCTACTCCCAAGCTGACAGCAAGAAGAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115651 CCTGAATGGCATGGAATGCTCTACTCCCAAGCTGACAGCAAGAAGAAATC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AAACCTCATGATGTCTCTCTTTGAGCCTGGCCCAGAACCTCTCCCATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115701 AAACCTCATGATGTCTCTCTTTGAGCCTGGCCCAGAACCTCTCCCATGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TAGGGAAAATGGCACAGTTGGGTCCTATTTCAG         ATGCTAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 115751 TAGGGAAAATGGCACAGTTGGGTCCTATTTCAGGTA...AAGATGCTAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GAAAACCCTTATGGCGAGGATGACAATAAGAGTCCATTCCCCCTGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122501 GAAAACCCTTATGGCGAGGATGACAATAAGAGTCCATTCCCCCTGCAGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CAAAAACAAGCGCAGTTATGCCCAGAATGTGACTGTCTGGATCAAACCCA
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122551 CAAAAACAAACGCAGTTATGCCCAGAATGTGACTGTCTGGATCAAACCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GCGGCCTGCAG         ACAGATGTACAGAAGATTTTAAGAAATGCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 122601 GCGGCCTGCAGGTA...TAGACAGATGTACAGAAGATTTTAAGAAATGCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AGGAAACTACCTGAAAAAACACAGACATTCTATAAG         GAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 125392 AGGAAACTACCTGAAAAAACACAGACATTCTATAAGGTG...CAGGAGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GAACCGTTTGCGAAAGGCCGCTCTAGCCTTTGGTTTCCTGGACCTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127727 GAACCGTTTGCGAAAGGCCGCTCTAGCCTTTGGTTTCCTGGACCTGCTGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AAGGGGTGGCTGACATGCTGGAAAGGGAATGCACACTGCTGCCTGAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 127777 AAGGGGTGGCTGACATGCTGGAAAGGGAATGCACACTGCTGCCTGAGACA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GCCCACCCTGATGCTGCATTCCAGCTGACCCATGCTGCCCAGCAGCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127827 GCCCACCCTGATGCTGCATTCCAGCTGACCCATGCTGCCCAGCAGCTCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 GCTGGCCAGTACCGGCACCTCTGAGTATGCCGCTTATGACCAGAACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127877 GCTGGCCAGTACCGGCACCTCTGAGTATGCCGCTTATGACCAGAACATCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 CACCTTTGCACACGGACTTCTCTGGGAGCAGCACTGAAAGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127927 CACCTTTGCACACGGACTTCTCTGGGAGCAGCACTGAAAGAATT