seq1 = pF1KE0006.tfa, 1563 bp
seq2 = pF1KE0006/gi568815593r_149894786.tfa (gi568815593r:149894786_150096348), 201563 bp

>pF1KE0006 1563
>gi568815593r:149894786_150096348 (Chr5)

(complement)

1-1563  (100001-101563)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAAACAAGGGGAACAAGAAGCGTCGGCAGTTCTCTCTGGAGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAAACAAGGGGAACAAGAAGCGTCGGCAGTTCTCTCTGGAGGAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AATGAAAGTTGTGGGAGCTGTAGACTCAGGCAAGAGGAAAGGTGATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AATGAAAGTTGTGGGAGCTGTAGACTCAGGCAAGAGGAAAGGTGATGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAAAAGAATTTGGTATCACTCCCTCTACTTTATCTACATTCTTAAAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAAAAGAATTTGGTATCACTCCCTCTACTTTATCTACATTCTTAAAGGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGCACCAAATTTGAAGAAAAGGTGCGGGAGGCATCCGTGGGACCCCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGCACCAAATTTGAAGAAAAGGTGCGGGAGGCATCCGTGGGACCCCAGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAAAAGGATGAGGAGCGCTCTTTATGATGACATTGATAAGGCTGTTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAAAAGGATGAGGAGCGCTCTTTATGATGACATTGATAAGGCTGTTTTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTTGGTTTCAAGAAATCCATGCCAAAAACATTCTTGTGACTGGTTCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTTGGTTTCAAGAAATCCATGCCAAAAACATTCTTGTGACTGGTTCTGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATTCGGAAAAAAGCACTAAACTTGGCCAACATGCTTGGCTATGACAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATTCGGAAAAAAGCACTAAACTTGGCCAACATGCTTGGCTATGACAATTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TCAAGCAAGTGTGGGCTGGCTGAACAGATTTAGAGATCGCCACGGAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TCAAGCAAGTGTGGGCTGGCTGAACAGATTTAGAGATCGCCACGGAATTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CTTTGAAAGCAGTCTGTAGAGAAGATAGTGACAGGTTAATGAATGGTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CTTTGAAAGCAGTCTGTAGAGAAGATAGTGACAGGTTAATGAATGGTCTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGAATAGATAAGATTAATGAGTGGCATGCAGGGGAAATTATAAAACTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGAATAGATAAGATTAATGAGTGGCATGCAGGGGAAATTATAAAACTGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGCTGACTACAGCCCAGATGATATCTTTAATGCTGATGAGACAGGAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGCTGACTACAGCCCAGATGATATCTTTAATGCTGATGAGACAGGAGTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TTTTCCAGTTGCTTCCCCAGCACACACTTGCTGCTAAAGGAGACCACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TTTTCCAGTTGCTTCCCCAGCACACACTTGCTGCTAAAGGAGACCACTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AGAGGGGGCAAGAAAGCAAAGCAGCGGTTGACAGCACTCTTTTGTTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AGAGGGGGCAAGAAAGCAAAGCAGCGGTTGACAGCACTCTTTTGTTGCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGCCTCGGGGACTGAAAAAATGAGACCATTGATTGTTGGTAGGTCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGCCTCGGGGACTGAAAAAATGAGACCATTGATTGTTGGTAGGTCAGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCCCACACTGCCTCAAGAACATTCATTCCTTCCCTTGTGATTACCGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 100701 GCCCACACTGCCTCAAGAACATTCATTCCCTCCCTTGTGATTACCGAGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AACCAGTGGGCTTGGATGACAAGGGATCTGTTTAATGAGTGGCTGATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AACCAGTGGGCTTGGATGACAAGGGATCTGTTTAATGAGTGGCTGATGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AGTGGATGCCAGGATGAAGAGGGCGGAACGCCGGATCCTCTTGCTCATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AGTGGATGCCAGGATGAAGAGGGCGGAACGCCGGATCCTCTTGCTCATAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ACAACTGCTCTGCTCATAACATGCTTCCACACTTGGAAAGGATTCAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ACAACTGCTCTGCTCATAACATGCTTCCACACTTGGAAAGGATTCAGGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GGGTATCTGCCCTCCAACTGTACTGCTGTCCTGCAGCCACTGAATCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GGGTATCTGCCCTCCAACTGTACTGCTGTCCTGCAGCCACTGAATCTTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CATAATTCACACCATGAAAGTACTGTACCAGAGCCACCTTCTAAAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CATAATTCACACCATGAAAGTACTGTACCAGAGCCACCTTCTAAAACAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TCCTCCTCAAGCTCAACAGCAGTGAGGATCAAGAAGAGGTGGACATCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TCCTCCTCAAGCTCAACAGCAGTGAGGATCAAGAAGAGGTGGACATCAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CAGGCCATCGACATGATTGCTGCAGCGTGGTGGTCAGTCAAGCCATCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 CAGGCCATCGACATGATTGCTGCAGCGTGGTGGTCAGTCAAGCCATCCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 AGTGGTGAAATGTTGGCAGAAGGCAGGCATCGTCCCTATGGAATTTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 AGTGGTGAAATGTTGGCAGAAGGCAGGCATCGTCCCTATGGAATTTGCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 AATGTGACACAGAATCAGCAGCCAGTGAACCAGACATTGCCATTGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 AATGTGACACAGAATCAGCAGCCAGTGAACCAGACATTGCCATTGAAAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 TTGTGGCACACAGTGGCTATTGCCACCTGTGTCCCAAATGAAGTAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 TTGTGGCACACAGTGGCTATTGCCACCTGTGTCCCAAATGAAGTAAATTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CCAGGACTTTGTTACTGCAGATGATGATCTCATTATCTCTCAGGACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 CCAGGACTTTGTTACTGCAGATGATGATCTCATTATCTCTCAGGACACAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 ACATCATCCAGGACATGGTGGCTGGCGAAAATACCAGTGAAGCAGGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 ACATCATCCAGGACATGGTGGCTGGCGAAAATACCAGTGAAGCAGGAAGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 GAAGATGAAGGGGAGGTATCTTTACCAGAGCAACCAAAAGTCACCATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 GAAGATGAAGGGGAGGTATCTTTACCAGAGCAACCAAAAGTCACCATCAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 AGAAGCCATATCAAGTGTACAGAAACTTAGACAGTTCCTTTCCACTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 AGAAGCCATATCAAGTGTACAGAAACTTAGACAGTTCCTTTCCACTTGTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 TAGACATTCCTGATGCCATTTTTGGACAATTAAATGGCATAGATGAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 TAGACATTCCTGATGCCATTTTTGGACAATTAAATGGCATAGATGAATAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 TTAATGAAAAGAGTGACACAAACCCTTATTGATTCCAAAATTACAGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 TTAATGAAAAGAGTGACACAAACCCTTATTGATTCCAAAATTACAGATTT

   1550     .    :
   1551 CCTCCAAACAAAA
        |||||||||||||
 101551 CCTCCAAACAAAA