seq1 = pF1KE0004.tfa, 1458 bp
seq2 = pF1KE0004/gi568815587f_126169207.tfa (gi568815587f:126169207_126377686), 208480 bp

>pF1KE0004 1458
>gi568815587f:126169207_126377686 (Chr11)

1-85  (100001-100085)   100% ->
86-306  (102231-102451)   100% ->
307-417  (103763-103873)   100% ->
418-536  (104130-104248)   100% ->
537-631  (105721-105815)   100% ->
632-733  (106121-106222)   100% ->
734-810  (106588-106664)   100% ->
811-971  (106853-107013)   100% ->
972-1101  (107188-107317)   100% ->
1102-1206  (107865-107969)   100% ->
1207-1458  (108229-108480)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATTCGGAGGGTTCTGCCGCACGGCATGGGCCGGGGCCTCTTGACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATTCGGAGGGTTCTGCCGCACGGCATGGGCCGGGGCCTCTTGACCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGGCCAGGCACGCGCAGAGGAGGCTTTTCTCTGG         ACTGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100051 GAGGCCAGGCACGCGCAGAGGAGGCTTTTCTCTGGGTA...CAGACTGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGGAAAGGTGTCTGAGATTAAGAAGAAGATCAAGTCGATCCTGCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102237 ATGGAAAGGTGTCTGAGATTAAGAAGAAGATCAAGTCGATCCTGCCTGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGGTCCTGTGATCTACTGCAAGACACCAGCCACCTGCCTCCCGAGCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102287 AGGTCCTGTGATCTACTGCAAGACACCAGCCACCTGCCTCCCGAGCACTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGATGTGGTGATCGTGGGAGGTGGGGTGCTTGGCTTGTCTGTGGCCTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102337 GGATGTGGTGATCGTGGGAGGTGGGGTGCTTGGCTTGTCTGTGGCCTATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGCTGAAGAAGCTGGAGAGCAGACGAGGTGCTATTCGAGTGCTAGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102387 GGCTGAAGAAGCTGGAGAGCAGACGAGGTGCTATTCGAGTGCTAGTGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAACGGGACCACACG         TATTCACAGGCCTCCACTGGGCTCTC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 102437 GAACGGGACCACACGGTG...CAGTATTCACAGGCCTCCACTGGGCTCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGTAGGTGGGATTTGTCAGCAGTTCTCATTGCCTGAGAACATCCAGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103789 AGTAGGTGGGATTTGTCAGCAGTTCTCATTGCCTGAGAACATCCAGCTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCCTCTTTTCAGCCAGCTTTCTACGGAACATCAAT         GAGTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 103839 CCCTCTTTTCAGCCAGCTTTCTACGGAACATCAATGTA...CAGGAGTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGGCCGTAGTCGATGCTCCTCCCCTGGACCTCCGGTTCAACCCCTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104136 CTGGCCGTAGTCGATGCTCCTCCCCTGGACCTCCGGTTCAACCCCTCGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTACCTCTTGCTGGCTTCAGAAAAGGATGCTGCAGCCATGGAGAGCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104186 CTACCTCTTGCTGGCTTCAGAAAAGGATGCTGCAGCCATGGAGAGCAACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGAAAGTGCAGAG         GCAGGAGGGAGCCAAAGTTTCTCTGATG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 104236 TGAAAGTGCAGAGGTG...CAGGCAGGAGGGAGCCAAAGTTTCTCTGATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCTCCTGATCAGCTTCGGAACAAGTTTCCCTGGATAAACACAGAGGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105749 TCTCCTGATCAGCTTCGGAACAAGTTTCCCTGGATAAACACAGAGGGAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGCTTTGGCGTCTTATG         GGATGGAGGACGAAGGTTGGTTTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 105799 GGCTTTGGCGTCTTATGGTG...CAGGGATGGAGGACGAAGGTTGGTTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACCCCTGGTGTCTGCTCCAGGGGCTTCGGCGAAAGGTCCAGTCCTTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106145 ACCCCTGGTGTCTGCTCCAGGGGCTTCGGCGAAAGGTCCAGTCCTTGGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTCCTTTTCTGCCAGGGAGAGGTGACAC         GTTTTGTCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 106195 GTCCTTTTCTGCCAGGGAGAGGTGACACGTG...CAGGTTTTGTCTCTTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 ATCTCAACGCATGTTGACCACAGATGACAAAGCGGTGGTCTTGAAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106601 ATCTCAACGCATGTTGACCACAGATGACAAAGCGGTGGTCTTGAAAAGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCCATGAAGTCCAT         GTGAAGATGGACCGCAGCCTGGAGTAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 106651 TCCATGAAGTCCATGTA...CAGGTGAAGATGGACCGCAGCCTGGAGTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CAGCCTGTGGAATGCGCCATTGTGATCAACGCAGCCGGAGCCTGGTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106880 CAGCCTGTGGAATGCGCCATTGTGATCAACGCAGCCGGAGCCTGGTCTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GCAAATCGCAGCACTGGCTGGTGTTGGAGAGGGGCCGCCTGGCACCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106930 GCAAATCGCAGCACTGGCTGGTGTTGGAGAGGGGCCGCCTGGCACCCTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGGGCACCAAGCTACCTGTGGAGCCGAGGAAAAG         GTATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 106980 AGGGCACCAAGCTACCTGTGGAGCCGAGGAAAAGGTA...CAGGTATGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TATGTGTGGCACTGCCCCCAGGGACCAGGCCTAGAGACTCCGCTTGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107195 TATGTGTGGCACTGCCCCCAGGGACCAGGCCTAGAGACTCCGCTTGTTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AGACACCAGTGGAGCCTATTTTCGCCGGGAAGGATTAGGTAGCAACTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107245 AGACACCAGTGGAGCCTATTTTCGCCGGGAAGGATTAGGTAGCAACTACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TAGGTGGTCGTAGCCCCACTGAG         CAGGAAGAACCGGACCCG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 107295 TAGGTGGTCGTAGCCCCACTGAGGTA...CAGCAGGAAGAACCGGACCCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GCGAACCTGGAAGTGGACCATGATTTCTTCCAGGACAAGGTGTGGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107883 GCGAACCTGGAAGTGGACCATGATTTCTTCCAGGACAAGGTGTGGCCCCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TTTGGCCCTGAGGGTCCCAGCTTTTGAGACTCTGAAG         GTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 107933 TTTGGCCCTGAGGGTCCCAGCTTTTGAGACTCTGAAGGTA...CAGGTTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AGAGCGCCTGGGCCGGCTATTACGACTACAACACCTTTGACCAGAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108233 AGAGCGCCTGGGCCGGCTATTACGACTACAACACCTTTGACCAGAATGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GTGGTGGGCCCCCACCCGCTAGTTGTCAACATGTACTTTGCTACTGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108283 GTGGTGGGCCCCCACCCGCTAGTTGTCAACATGTACTTTGCTACTGGCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CAGTGGTCACGGGCTCCAGCAGGCCCCTGGCATTGGGCGAGCTGTAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108333 CAGTGGTCACGGGCTCCAGCAGGCCCCTGGCATTGGGCGAGCTGTAGCAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AGATGGTACTGAAGGGCAGGTTCCAGACCATCGACCTGAGCCCCTTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108383 AGATGGTACTGAAGGGCAGGTTCCAGACCATCGACCTGAGCCCCTTCCTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1411 TTTACCCGCTTTTACTTGGGAGAGAAGATCCAGGAGAACAACATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108433 TTTACCCGCTTTTACTTGGGAGAGAAGATCCAGGAGAACAACATCATC