seq1 = pF1KB9997.tfa, 3519 bp
seq2 = pF1KB9997/gi568815597f_9972026.tfa (gi568815597f:9972026_10279953), 307928 bp

>pF1KB9997 3519
>gi568815597f:9972026_10279953 (Chr1)

1-24  (61646-61669)   100% ->
25-211  (100003-100189)   100% ->
212-347  (123436-123571)   100% ->
348-435  (129083-129170)   100% ->
436-580  (130923-131067)   100% ->
581-809  (133491-133719)   100% ->
810-951  (145434-145575)   100% ->
952-1052  (147488-147588)   100% ->
1053-1167  (149937-150051)   100% ->
1168-1251  (154769-154852)   100% ->
1252-1308  (157367-157423)   100% ->
1309-1425  (158475-158591)   100% ->
1426-1524  (158690-158788)   100% ->
1525-1638  (160344-160457)   100% ->
1639-1837  (162963-163161)   100% ->
1838-1976  (165042-165180)   100% ->
1977-2076  (172915-173014)   100% ->
2077-2204  (174938-175065)   100% ->
2205-2303  (177159-177257)   98% ->
2304-2539  (179301-179536)   100% ->
2540-2666  (186331-186457)   100% ->
2667-2811  (189117-189261)   100% ->
2812-2946  (196111-196245)   100% ->
2947-3138  (199113-199304)   100% ->
3139-3313  (206619-206793)   100% ->
3314-3460  (207391-207537)   100% ->
3461-3519  (207870-207928)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGAGCTGAGCGCTGATGAG         ATTCGACGGAGGCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
  61646 ATGGAGGAGCTGAGCGCTGATGAGGTG...TAGATTCGACGGAGGCGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGCACGACTTGCTGGTGGACAGACCTCTCAGCCAACCACCCCACTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100020 TGCACGACTTGCTGGTGGACAGACCTCTCAGCCAACCACCCCACTCACCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTCCCCAGAGGGAGAACCCTCCGGGGCCTCCCATAGCGGCATCAGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100070 CTCCCCAGAGGGAGAACCCTCCGGGGCCTCCCATAGCGGCATCAGCCCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGACCCTCTCAGAGTCTTGGTCTCAATGTCCACAACATGACCCCAGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100120 GGACCCTCTCAGAGTCTTGGTCTCAATGTCCACAACATGACCCCAGCTAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTCCCCAATAGGTGCATCAG         GAGTAGCCCATCGAAGCCAGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100170 CTCCCCAATAGGTGCATCAGGTA...TAGGAGTAGCCCATCGAAGCCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCAGTGAAGGAGTCAGTTCTCTCAGCAGCTCGCCCTCTAATAGCCTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123457 GCAGTGAAGGAGTCAGTTCTCTCAGCAGCTCGCCCTCTAATAGCCTTGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACGCAATCTCAGTCTCTCTCACGTTCCCAGAGCATGGATATCGATGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123507 ACGCAATCTCAGTCTCTCTCACGTTCCCAGAGCATGGATATCGATGGTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTCATGTGAGAAAAG         CATGTCCCAGGTGGATGTGGATTCAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 123557 CTCATGTGAGAAAAGGTA...AAGCATGTCCCAGGTGGATGTGGATTCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GAATTGAAAACATGGAGGTTGATGAAAATGATCGAAGAGAAAAGCGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129109 GAATTGAAAACATGGAGGTTGATGAAAATGATCGAAGAGAAAAGCGGAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTCAGTGATAAG         GAGCCTTCCTCGGGCCCTGAAGTGTCTGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 129159 CTCAGTGATAAGGTT...CAGGAGCCTTCCTCGGGCCCTGAAGTGTCTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGAGCAGGCCTTACAGCTGGTCTGTAAGATCTTCCGTGTCTCTTGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130952 AGAGCAGGCCTTACAGCTGGTCTGTAAGATCTTCCGTGTCTCTTGGAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACCGGGACAGAGATGTCATCTTTCTTTCTTCTCTTTCTGCACAGTTTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131002 ACCGGGACAGAGATGTCATCTTTCTTTCTTCTCTTTCTGCACAGTTTAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAGAACCCAAAAGAAG         TATTCTCCGATTTTAAGGACTTGAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 131052 CAGAACCCAAAAGAAGGTA...CAGTATTCTCCGATTTTAAGGACTTGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGGCCAGATTTTAATGGAAGTGCTAATGATGTCCACTCAGACCAGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133516 TGGCCAGATTTTAATGGAAGTGCTAATGATGTCCACTCAGACCAGAGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AAAACCCATTTGCCAGTCTGACAGCCACATCACAGCCAATTGCTGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133566 AAAACCCATTTGCCAGTCTGACAGCCACATCACAGCCAATTGCTGCAGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCACGGTCACCAGACAGAAATCTCTTGCTAAACACTGGCTCCAATCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133616 GCACGGTCACCAGACAGAAATCTCTTGCTAAACACTGGCTCCAATCCAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AACAAGCCCCATGTTCTGCAGCGTGGCTTCCTTTGGTGCCAGCTCTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133666 AACAAGCCCCATGTTCTGCAGCGTGGCTTCCTTTGGTGCCAGCTCTTTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTAG         TTTGGGAGCCTCTGGTGGAGCAAGTAATTGGGATTCC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133716 CTAGGTC...AAGTTTGGGAGCCTCTGGTGGAGCAAGTAATTGGGATTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TACAGTGACCATTTCACCATTGAAACCTGCAAAGAGACAGATATGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145471 TACAGTGACCATTTCACCATTGAAACCTGCAAAGAGACAGATATGCTGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CTACCTCATCGAGTGTTTCGACCGAGTTGGAATAGAGGAAAAAAAAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145521 CTACCTCATCGAGTGTTTCGACCGAGTTGGAATAGAGGAAAAAAAAGCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CAAAG         ATGTGCAGCCAGCCAGCAGTCAGCCAGCTTCTGAGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145571 CAAAGGTA...CAGATGTGCAGCCAGCCAGCAGTCAGCCAGCTTCTGAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AACATCCGCTCACAGTGCATATCCCATACTGCTTTAGTACTACAAGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147524 AACATCCGCTCACAGTGCATATCCCATACTGCTTTAGTACTACAAGGCTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCTAACACAGCCCAG         GTCCTTGCAGCAGCCGTCCTTCCTAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 147574 CCTAACACAGCCCAGGTA...CAGGTCCTTGCAGCAGCCGTCCTTCCTAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGCCGTATATGCTGTGTAGGAATCTCCCATATGGCTTCATTCAGGAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149963 TGCCGTATATGCTGTGTAGGAATCTCCCATATGGCTTCATTCAGGAACTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GTGAGAACCACTCACCAGGATGAAGAAGTGTTCAAGCAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 150013 GTGAGAACCACTCACCAGGATGAAGAAGTGTTCAAGCAGGTA...TAGAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 ATTTATCCCCATTTTACAAGGCCTGGCTCTTGCTGCCAAAGAGTGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154771 ATTTATCCCCATTTTACAAGGCCTGGCTCTTGCTGCCAAAGAGTGCTCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TCGACAGTGACTACTTTAAATACCCCCTCATG         GCACTAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 154821 TCGACAGTGACTACTTTAAATACCCCCTCATGGTA...TAGGCACTAGGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GAGCTCTGTGAAACCAAGTTTGGGAAGACACACCCTGTGTGCAATTTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 157376 GAGCTCTGTGAAACCAAGTTTGGGAAGACACACCCTGTGTGCAATTTGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1309        GTTGCTTCTTTGCGGTTGTGGTTGCCGAAATCCTTAAGTCCTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157426 A...TAGGTTGCTTCTTTGCGGTTGTGGTTGCCGAAATCCTTAAGTCCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 GCTGTGGGCGGGAGCTGCAGAGACTCTCTTACTTAGGGGCTTTCTTTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158518 GCTGTGGGCGGGAGCTGCAGAGACTCTCTTACTTAGGGGCTTTCTTTAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TTCTCAGTCTTTGCAGAAGATGAT         GTTAAAGTGGTTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 158568 TTCTCAGTCTTTGCAGAAGATGATGTA...CAGGTTAAAGTGGTTGAAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 ATACTTCTCAGGGCCTGCCATTACCCTGGAAAACACTCGTGTGGTTAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158707 ATACTTCTCAGGGCCTGCCATTACCCTGGAAAACACTCGTGTGGTTAGCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 AATCATTGCAGCATTACTTAGAGCTCGGAAGG         CAAGAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 158757 AATCATTGCAGCATTACTTAGAGCTCGGAAGGGTA...CAGCAAGAGCTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 TTTAAGATTCTGCATAGTATTTTGTTAAATGGCGAAACCCGTGAGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160353 TTTAAGATTCTGCATAGTATTTTGTTAAATGGCGAAACCCGTGAGGCTGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 TCTCAGTTACATGGCGGCTGTCGTCAATGCCAATATGAAGAAAGCACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160403 TCTCAGTTACATGGCGGCTGTCGTCAATGCCAATATGAAGAAAGCACAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TGCAG         ACAGATGATAGATTGGTGTCTACAGATGGATTTATG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160453 TGCAGGTA...CAGACAGATGATAGATTGGTGTCTACAGATGGATTTATG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 CTGAATTTCCTTTGGGTACTGCAGCAGCTAAGTACAAAAATCAAGTTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162999 CTGAATTTCCTTTGGGTACTGCAGCAGCTAAGTACAAAAATCAAGTTAGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 AACAGTTGATCCCACGTATATTTTTCACCCAAGATGTCGGATTACTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163049 AACAGTTGATCCCACGTATATTTTTCACCCAAGATGTCGGATTACTCTTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 CCAATGATGAGACGCGTGTGAATGCAACGATGGAAGATGTGAATGACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163099 CCAATGATGAGACGCGTGTGAATGCAACGATGGAAGATGTGAATGACTGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 CTGACTGAACTCT         ATGGCGATCAGCCTCCATTTTCTGAGCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 163149 CTGACTGAACTCTGTG...TAGATGGCGATCAGCCTCCATTTTCTGAGCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 GAAATTCCCTACGGAGTGCTTCTTTCTCACCCTGCATGCTCACCACCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165070 GAAATTCCCTACGGAGTGCTTCTTTCTCACCCTGCATGCTCACCACCTCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 CTATTCTGCCTAGTTGCCGTCGCTATATCCGCAGACTCCGGGCTATCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165120 CTATTCTGCCTAGTTGCCGTCGCTATATCCGCAGACTCCGGGCTATCCGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 GAGCTCAATAG         AACTGTAGAAGATTTGAAAAATAATGAAAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 165170 GAGCTCAATAGGTA...CAGAACTGTAGAAGATTTGAAAAATAATGAAAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 CCAATGGAAAGATTCCCCACTGGCAACTAGACACCGCGAAATGCTGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172945 CCAATGGAAAGATTCCCCACTGGCAACTAGACACCGCGAAATGCTGAAGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 GCTGTAAAACTCAGCTTAAG         AAACTGGTACGGTGCAAGGCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 172995 GCTGTAAAACTCAGCTTAAGGTT...CAGAAACTGGTACGGTGCAAGGCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 TGTGCTGATGCTGGCCTACTTGACGAGAGCTTCCTGAGAAGATGTCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174959 TGTGCTGATGCTGGCCTACTTGACGAGAGCTTCCTGAGAAGATGTCTGAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 TTTTTATGGCCTTCTCATTCAGCTGCTGCTCCGCATCCTGGACCCCGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175009 TTTTTATGGCCTTCTCATTCAGCTGCTGCTCCGCATCCTGGACCCCGCAT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 ATCCCGA         TATAACACTGCCTTTAAATTCAGATGTCCCCAAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175059 ATCCCGAGTG...CAGTATAACACTGCCTTTAAATTCAGATGTCCCCAAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2239 GTATTTGCAGCGTTGCCTGAGTTTTATGTAGAAGATGTTGCAGAATTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177193 GTATTTGCAGCGTTGCCTGAGTTTTATGTAGAAGATGTTGCAGAATTTTT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2289 ATTTTTTATTGTGCA         ATACTCTCCCCAGGCGCTTTATGAGC
        |||||||||||| ||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 177243 ATTTTTTATTGTACAGTA...CAGATACTCTCCCCAGGCGCTTTATGAGC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2330 CCTGTACTCAGGATATTGTGATGTTCCTTGTTGTGATGTTGTGCAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179327 CCTGTACTCAGGATATTGTGATGTTCCTTGTTGTGATGTTGTGCAACCAG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2380 AACTACATCCGAAACCCATATTTGGTGGCCAAACTGGTAGAAGTCATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179377 AACTACATCCGAAACCCATATTTGGTGGCCAAACTGGTAGAAGTCATGTT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2430 TATGACCAACCCTGCTGTTCAGCCACGAACCCAGAAGTTTTTTGAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179427 TATGACCAACCCTGCTGTTCAGCCACGAACCCAGAAGTTTTTTGAAATGA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2480 TTGAGAACCATCCTCTCTCCACCAAGTTGTTGGTACCTTCCCTGATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179477 TTGAGAACCATCCTCTCTCCACCAAGTTGTTGGTACCTTCCCTGATGAAG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2530 TTTTATACAG         ATGTTGAGCATACCGGAGCCACCAGTGAGTT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 179527 TTTTATACAGGTA...TAGATGTTGAGCATACCGGAGCCACCAGTGAGTT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2571 TTATGACAAGTTCACAATTCGCTATCATATTAGCACCATTTTTAAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186362 TTATGACAAGTTCACAATTCGCTATCATATTAGCACCATTTTTAAAAGCC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2621 TTTGGCAAAACATAGCTCACCATGGCACCTTTATGGAGGAGTTCAA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 186412 TTTGGCAAAACATAGCTCACCATGGCACCTTTATGGAGGAGTTCAAGTG.

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2667      CTCCGGGAAGCAGTTTGTTCGCTATATAAACATGTTGATAAACGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186462 ..CAGCTCCGGGAAGCAGTTTGTTCGCTATATAAACATGTTGATAAACGA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2712 CACGACGTTTTTGCTCGATGAAAGTCTGGAGTCTCTGAAGCGAATCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189162 CACGACGTTTTTGCTCGATGAAAGTCTGGAGTCTCTGAAGCGAATCCATG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2762 AAGTGCAGGAAGAGATGAAGAACAAAGAACAGTGGGACCAGTTGCCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189212 AAGTGCAGGAAGAGATGAAGAACAAAGAACAGTGGGACCAGTTGCCCCGG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2812          GATCAGCAGCAGGCTCGTCAGTCTCAGCTTGCTCAGGATGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189262 GTG...TAGGATCAGCAGCAGGCTCGTCAGTCTCAGCTTGCTCAGGATGA

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2853 GCGTGTGTCCCGCTCTTACCTCGCCCTGGCCACCGAAACCGTGGACATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196152 GCGTGTGTCCCGCTCTTACCTCGCCCTGGCCACCGAAACCGTGGACATGT

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2903 TCCACATCCTCACGAAGCAGGTCCAGAAGCCCTTCCTCAGACCG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 196202 TCCACATCCTCACGAAGCAGGTCCAGAAGCCCTTCCTCAGACCGGTG...

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2947    GAGCTTGGACCCCGATTGGCTGCAATGCTGAACTTTAATCTTCAGCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199110 TAGGAGCTTGGACCCCGATTGGCTGCAATGCTGAACTTTAATCTTCAGCA

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2994 ACTTTGTGGCCCCAAGTGCCGTGACCTGAAAGTTGAAAACCCTGAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199160 ACTTTGTGGCCCCAAGTGCCGTGACCTGAAAGTTGAAAACCCTGAGAAAT

   3250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3044 ACGGCTTTGAACCAAAGAAGCTGTTGGACCAACTGACGGATATTTACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199210 ACGGCTTTGAACCAAAGAAGCTGTTGGACCAACTGACGGATATTTACTTA

   3300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3094 CAGCTGGACTGTGCTCGGTTCGCGAAAGCCATTGCTGACGACCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 199260 CAGCTGGACTGTGCTCGGTTCGCGAAAGCCATTGCTGACGACCAGGTC..

   3350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3139     AGATCCTACAGTAAGGAATTGTTTGAAGAAGTTATTTCAAAGATGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199310 .CAGAGATCCTACAGTAAGGAATTGTTTGAAGAAGTTATTTCAAAGATGC

   3400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3185 GGAAGGCAGGGATCAAATCCACAATAGCAATAGAAAAATTTAAGCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206665 GGAAGGCAGGGATCAAATCCACAATAGCAATAGAAAAATTTAAGCTGCTC

   3450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3235 GCCGAGAAAGTGGAGGAGATAGTGGCCAAGAACGCACGCGCAGAAATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206715 GCCGAGAAAGTGGAGGAGATAGTGGCCAAGAACGCACGCGCAGAAATCGA

   3500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3285 CTACAGCGACGCTCCTGATGAGTTCAGAG         ACCCTCTGATGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 206765 CTACAGCGACGCTCCTGATGAGTTCAGAGGCA...CAGACCCTCTGATGG

   3550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3326 ACACCCTCATGACAGACCCCGTGCGGCTGCCCTCTGGCACCATCATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207403 ACACCCTCATGACAGACCCCGTGCGGCTGCCCTCTGGCACCATCATGGAC

   3600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3376 CGCTCCATCATCCTGCGGCACCTGCTCAACTCCCCCACGGACCCCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207453 CGCTCCATCATCCTGCGGCACCTGCTCAACTCCCCCACGGACCCCTTCAA

   3650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3426 CCGGCAGACGCTGACAGAGAGCATGCTGGAACCAG         TGCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 207503 CCGGCAGACGCTGACAGAGAGCATGCTGGAACCAGGTA...CAGTGCCAG

   3700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3467 AACTGAAAGAGCAGATTCAGGCGTGGATGAGAGAGAAACAGAACAGCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207876 AACTGAAAGAGCAGATTCAGGCGTGGATGAGAGAGAAACAGAACAGCGAT

   3750 
   3517 CAC
        |||
 207926 CAC