seq1 = pF1KB9993.tfa, 1752 bp
seq2 = pF1KB9993/gi568815597r_154863806.tfa (gi568815597r:154863806_155070526), 206721 bp

>pF1KB9993 1752
>gi568815597r:154863806_155070526 (Chr1)

(complement)

1-495  (100001-100495)   100% ->
496-566  (101079-101149)   100% ->
567-630  (101693-101756)   100% ->
631-750  (101913-102032)   100% ->
751-804  (102270-102323)   100% ->
805-856  (102496-102547)   100% ->
857-983  (102730-102856)   100% ->
984-1182  (104010-104208)   100% ->
1183-1252  (104296-104365)   100% ->
1253-1387  (104447-104581)   100% ->
1388-1626  (104746-104984)   100% ->
1627-1752  (106596-106721)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATCTCCTGCCCCCCAAGCCCAAGTACAATCCACTCCGGAATGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATCTCCTGCCCCCCAAGCCCAAGTACAATCCACTCCGGAATGAGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTGTCATCGCTGGAGGAAGGGGCTTCTGGGTCCACCCCCCCGGAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTGTCATCGCTGGAGGAAGGGGCTTCTGGGTCCACCCCCCCGGAGGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCCTTCCCCATCAGCTTCATCCCTGGGGCCCATCCTGCCTCCTCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCCTTCCCCATCAGCTTCATCCCTGGGGCCCATCCTGCCTCCTCTGCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGGACGATAGTCCCACTACCCTGTGCTCCTTCTTCCCCCGGATGAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGGACGATAGTCCCACTACCCTGTGCTCCTTCTTCCCCCGGATGAGCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTGAGGCTGGCCAACCCGGCTGGGGGGCGCCCAGGGTCTAAGGGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTGAGGCTGGCCAACCCGGCTGGGGGGCGCCCAGGGTCTAAGGGGGAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CAGGAAGGGCAGCTGATGATGGGGAGGGGATCGTAGGGGCAGCCATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CAGGAAGGGCAGCTGATGATGGGGAGGGGATCGTAGGGGCAGCCATGCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GACTCAGGCCCCCTACCCCTCCTCCAGGACATGAACAAGCTGAGTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GACTCAGGCCCCCTACCCCTCCTCCAGGACATGAACAAGCTGAGTGGAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGGCGGGCGCAGGACTCGGGTGGAAGGGGGCCAGCTTGGGGGCGAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGGCGGGCGCAGGACTCGGGTGGAAGGGGGCCAGCTTGGGGGCGAGGAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GGACCCGCCACGGGAGCTTTGTCAATAAGCCCACGCGGGGCTGGCTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GGACCCGCCACGGGAGCTTTGTCAATAAGCCCACGCGGGGCTGGCTGCAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCCAACGACAAAGTCATGGGACCCGGGGTTTCCTACTTGGTTCGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100451 CCCAACGACAAAGTCATGGGACCCGGGGTTTCCTACTTGGTTCGGGTG..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    496     TACATGGGTTGTGTGGAGGTCCTCCAGTCAATGCGTGCCCTGGACT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 .TAGTACATGGGTTGTGTGGAGGTCCTCCAGTCAATGCGTGCCCTGGACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TCAACACCCGGACTCAGGTCACCAG         GGAGGCCATCAGTCTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 101125 TCAACACCCGGACTCAGGTCACCAGGTT...CAGGGAGGCCATCAGTCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GTGTGTGAGGCTGTGCCGGGTGCTAAGGGGGCGACAAGGAGGAGAAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101709 GTGTGTGAGGCTGTGCCGGGTGCTAAGGGGGCGACAAGGAGGAGAAAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    631        CCCTGTAGCCGCCCGCTCAGCTCTATCCTGGGGAGGAGTAACC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101759 A...TAGCCCTGTAGCCGCCCGCTCAGCTCTATCCTGGGGAGGAGTAACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGAAATTTGCTGGAATGCCAATCACTCTCACCGTCTCCACCAGCAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101956 TGAAATTTGCTGGAATGCCAATCACTCTCACCGTCTCCACCAGCAGCCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AACCTCATGGCCGCAGACTGCAAACAG         ATCATCGCCAACCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 102006 AACCTCATGGCCGCAGACTGCAAACAGGTT...CAGATCATCGCCAACCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCACATGCAATCTATCTCATTTGCATCCGGCGGGGATCCG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 102284 CCACATGCAATCTATCTCATTTGCATCCGGCGGGGATCCGGTG...CAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ACACAGCCGAGTATGTCGCCTATGTTGCCAAAGACCCTGTGAATCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102497 ACACAGCCGAGTATGTCGCCTATGTTGCCAAAGACCCTGTGAATCAGAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 G         CCTGCCACATTCTGGAGTGTCCCGAAGGGCTTGCCCAGGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102547 GGTG...CAGCCTGCCACATTCTGGAGTGTCCCGAAGGGCTTGCCCAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGTCATCAGCACCATTGGCCAGGCCTTCGAGTTGCGCTTCAAACAATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102770 TGTCATCAGCACCATTGGCCAGGCCTTCGAGTTGCGCTTCAAACAATACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TCAGGAACCCACCCAAACTGGTCACCCCTCATGACAG         GATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 102820 TCAGGAACCCACCCAAACTGGTCACCCCTCATGACAGGTG...CAGGATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GCTGGCTTTGATGGCTCAGCATGGGATGAGGAGGAGGAAGAGCCACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104014 GCTGGCTTTGATGGCTCAGCATGGGATGAGGAGGAGGAAGAGCCACCTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCATCAGTACTATAATGACTTCCCGGGGAAGGAACCCCCCTTGGGGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104064 CCATCAGTACTATAATGACTTCCCGGGGAAGGAACCCCCCTTGGGGGGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TGGTAGACATGAGGCTTCGGGAAGGAGCCGCTCCAGGGGCTGCTCGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104114 TGGTAGACATGAGGCTTCGGGAAGGAGCCGCTCCAGGGGCTGCTCGACCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 ACTGCACCCAATGCCCAGACCCCCAGCCACTTGGGAGCTACATTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 104164 ACTGCACCCAATGCCCAGACCCCCAGCCACTTGGGAGCTACATTGGTA..

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183     CCTGTAGGACAGCCTGTTGGGGGAGATCCAGAAGTCCGCAAACAGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104214 .CAGCCTGTAGGACAGCCTGTTGGGGGAGATCCAGAAGTCCGCAAACAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TGCCACCTCCACCACCCTGTCCAG         CAGGCAGAGAGCTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 104342 TGCCACCTCCACCACCCTGTCCAGGTA...CAGCAGGCAGAGAGCTTTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GATGATCCCTCCTATGTCAACGTCCAGAACCTAGACAAGGCCCGGCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104464 GATGATCCCTCCTATGTCAACGTCCAGAACCTAGACAAGGCCCGGCAAGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 AGTGGGTGGTGCTGGGCCCCCCAATCCTGCTATCAATGGCAGTGCACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104514 AGTGGGTGGTGCTGGGCCCCCCAATCCTGCTATCAATGGCAGTGCACCCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 GGGACCTGTTTGACATGA         AGCCCTTCGAAGATGCTCTTCGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 104564 GGGACCTGTTTGACATGAGTG...CAGAGCCCTTCGAAGATGCTCTTCGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GTGCCTCCACCTCCCCAGTCGGTGTCCATGGCTGAGCAGCTCCGAGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104769 GTGCCTCCACCTCCCCAGTCGGTGTCCATGGCTGAGCAGCTCCGAGGGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 GCCCTGGTTCCATGGGAAGCTGAGCCGGCGGGAGGCTGAGGCACTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104819 GCCCTGGTTCCATGGGAAGCTGAGCCGGCGGGAGGCTGAGGCACTGCTGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 AGCTCAATGGGGACTTCCTGGTACGGGAGAGCACGACCACACCTGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104869 AGCTCAATGGGGACTTCCTGGTACGGGAGAGCACGACCACACCTGGCCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 TATGTGCTCACTGGCTTGCAGAGTGGGCAGCCTAAGCATTTGCTACTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104919 TATGTGCTCACTGGCTTGCAGAGTGGGCAGCCTAAGCATTTGCTACTGGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 GGACCCTGAGGGTGTG         GTTCGGACTAAGGATCACCGCTTTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 104969 GGACCCTGAGGGTGTGGTG...CAGGTTCGGACTAAGGATCACCGCTTTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 AAAGTGTCAGTCACCTTATCAGCTACCACATGGACAATCACTTGCCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106621 AAAGTGTCAGTCACCTTATCAGCTACCACATGGACAATCACTTGCCCATC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 ATCTCTGCGGGCAGCGAACTGTGTCTACAGCAACCTGTGGAGCGGAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106671 ATCTCTGCGGGCAGCGAACTGTGTCTACAGCAACCTGTGGAGCGGAAACT

   1850 
   1752 G
        |
 106721 G