seq1 = pF1KB9989.tfa, 1737 bp
seq2 = pF1KB9989/gi568815592f_110080445.tfa (gi568815592f:110080445_110330128), 249684 bp

>pF1KB9989 1737
>gi568815592f:110080445_110330128 (Chr6)

1-189  (100001-100189)   100% ->
190-276  (112738-112824)   100% ->
277-406  (121114-121243)   100% ->
407-490  (127062-127145)   100% ->
491-630  (128640-128779)   100% ->
631-727  (130263-130359)   100% ->
728-867  (131689-131828)   100% ->
868-942  (132642-132716)   100% ->
943-988  (134842-134887)   100% ->
989-1090  (137258-137359)   100% ->
1091-1206  (138920-139035)   100% ->
1207-1340  (139292-139425)   100% ->
1341-1417  (145723-145799)   100% ->
1418-1562  (148388-148532)   100% ->
1563-1737  (149510-149684)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGCTGCGATTGCAGCTCTGGCCGCTTCCTATGGTTCGGGTTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGGCTGCGATTGCAGCTCTGGCCGCTTCCTATGGTTCGGGTTCAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCCGAATCGGACTCGGACAGTGAGAGCAGTCGGTGTCCGCTGCCAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTCCGAATCGGACTCGGACAGTGAGAGCAGTCGGTGTCCGCTGCCAGCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGACTCCCTCATGCACTTGACTAAATCGCCTTCATCAAAGCCGTCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGACTCCCTCATGCACTTGACTAAATCGCCTTCATCAAAGCCGTCTCTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCAGTGGCAGTGGACTCGGCTCCGGAGGTGGCAGTTAAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100151 GCAGTGGCAGTGGACTCGGCTCCGGAGGTGGCAGTTAAGGTA...TAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGATTTGGAGACTGGAGTTCACCTTGACCCTGCCGTCAAAGAAGTTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112740 AGATTTGGAGACTGGAGTTCACCTTGACCCTGCCGTCAAAGAAGTTCAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATAATCCTACCTATGAGACCATGTTTGCTCCTGAG         TTTGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 112790 ATAATCCTACCTATGAGACCATGTTTGCTCCTGAGGTA...CAGTTTGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCAGAAAATCCCTTTAGGACACAGCAAATGGCTGCCCCTAGAAATATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121120 CCAGAAAATCCCTTTAGGACACAGCAAATGGCTGCCCCTAGAAATATGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTCTGGATATGCCGAACCAGCTCATATCAATGATTTCATGTTTGAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121170 TTCTGGATATGCCGAACCAGCTCATATCAATGATTTCATGTTTGAGCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAAGGAGAACTTTTGCAACATATG         GTTATGCATTAGACCCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 121220 AAAGGAGAACTTTTGCAACATATGGTA...CAGGTTATGCATTAGACCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCATTAGATAATCATCAAGTGTCTGCTAAATATATTGGTTCTGTAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127079 TCATTAGATAATCATCAAGTGTCTGCTAAATATATTGGTTCTGTAGAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGCTGAAAAAAATCAAG         GTTTAACTGTATTTGAAACTGGTC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 127129 AGCTGAAAAAAATCAAGGTA...TAGGTTTAACTGTATTTGAAACTGGTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGAAGAAAACAGAAAAGAGGAAAAAGTTTAAAGAAAATGATGCATCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128664 AGAAGAAAACAGAAAAGAGGAAAAAGTTTAAAGAAAATGATGCATCCAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATTGATGGTTTTTTGGGACCATGGGCAAAATATGTGGATGAAAAAGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128714 ATTGATGGTTTTTTGGGACCATGGGCAAAATATGTGGATGAAAAAGATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGCCAAACCTTCAGAA         GAAGAGCAAAAAGAATTGGATGAAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 128764 AGCCAAACCTTCAGAAGTA...TAGGAAGAGCAAAAAGAATTGGATGAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCACAGCAAAGAGGCAGAAAAAAGGAAAACAGGAAGAAGAGAAACCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130288 TCACAGCAAAGAGGCAGAAAAAAGGAAAACAGGAAGAAGAGAAACCTGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAGGAGAAGACAATCTTACATG         TTAAAGAAATGTATGACTA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 130338 GAGGAGAAGACAATCTTACATGGTA...CAGTTAAAGAAATGTATGACTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TCAAGGCAGGTCCTATCTTCACATACCTCAGGATGTTGGTGTTAATCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131708 TCAAGGCAGGTCCTATCTTCACATACCTCAGGATGTTGGTGTTAATCTAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GGTCAACTATGCCACCTGAGAAGTGTTATCTTCCCAAAAAACAAATTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131758 GGTCAACTATGCCACCTGAGAAGTGTTATCTTCCCAAAAAACAAATTCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTGTGGTCTGGACACACAAAG         GGCGTCAGTGCAGTCAGATT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 131808 GTGTGGTCTGGACACACAAAGGTA...TAGGGCGTCAGTGCAGTCAGATT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GTTTCCTCTCTCTGGCCATTTATTGCTGTCTTGTTCCATGGACTGTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132662 GTTTCCTCTCTCTGGCCATTTATTGCTGTCTTGTTCCATGGACTGTAAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTAAG         CTATGGGAGGTTTATGGAGAACGGCGCTGTCTGAGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132712 TTAAGGTG...CAGCTATGGGAGGTTTATGGAGAACGGCGCTGTCTGAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ACATTTATTG         GTCACAGTAAGGCTGTTAGGGATATCTGCTT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 134878 ACATTTATTGGTA...TAGGTCACAGTAAGGCTGTTAGGGATATCTGCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CAATACTGCAGGAACACAGTTCCTCAGTGCAGCCTATGACAGGTATCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137289 CAATACTGCAGGAACACAGTTCCTCAGTGCAGCCTATGACAGGTATCTTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGCTCTGGGACACTGAGACAG         GACAGTGTATATCAAGATTT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 137339 AGCTCTGGGACACTGAGACAGGTA...TAGGACAGTGTATATCAAGATTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ACAAACCGAAAAGTACCTTATTGTGTCAAATTCAATCCTGATGAAGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138940 ACAAACCGAAAAGTACCTTATTGTGTCAAATTCAATCCTGATGAAGATAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GCAAAATCTCTTTGTGGCTGGGATGTCTGATAAGAAGATTGTGCAA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 138990 GCAAAATCTCTTTGTGGCTGGGATGTCTGATAAGAAGATTGTGCAAGTA.

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1207      TGGGACATTCGAAGTGGAGAAATTGTGCAGGAATATGATCGGCAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139040 ..CAGTGGGACATTCGAAGTGGAGAAATTGTGCAGGAATATGATCGGCAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TTGGGAGCTGTCAACACCATTGTTTTTGTGGATGAGAATAGGAGATTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139337 TTGGGAGCTGTCAACACCATTGTTTTTGTGGATGAGAATAGGAGATTTGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GAGCACATCTGATGATAAAAGCCTAAGAGTTTGGGAATG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 139387 GAGCACATCTGATGATAAAAGCCTAAGAGTTTGGGAATGGTG...TAGGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 ATATCCCTGTGGATTTCAAGTACATAGCAGAACCCAGTATGCACTCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145725 ATATCCCTGTGGATTTCAAGTACATAGCAGAACCCAGTATGCACTCAATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CCTGCAGTGACTTTGTCTCCAAATG         GAAAATGGCTAGCATG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 145775 CCTGCAGTGACTTTGTCTCCAAATGGTG...CAGGAAAATGGCTAGCATG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 CCAATCAATGGACAACCAAATCTTAATTTTTGGAGCACAGAACAGATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148404 CCAATCAATGGACAACCAAATCTTAATTTTTGGAGCACAGAACAGATTTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 GATTAAATAAGAAAAAAATTTTTAAGGGCCATATGGTAGCAGGCTATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148454 GATTAAATAAGAAAAAAATTTTTAAGGGCCATATGGTAGCAGGCTATGCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 TGTCAGGTGGACTTTTCACCAGACATGAG         TTATGTGATTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 148504 TGTCAGGTGGACTTTTCACCAGACATGAGGTA...TAGTTATGTGATTTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 AGGAGATGGAAATGGAAAATTAAACATTTGGGACTGGAAGACCACAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149522 AGGAGATGGAAATGGAAAATTAAACATTTGGGACTGGAAGACCACAAAAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 TCTACAGTCGATTTAAAGCTCATGATAAAGTGTGTATAGGTGCAGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149572 TCTACAGTCGATTTAAAGCTCATGATAAAGTGTGTATAGGTGCAGTGTGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 CATCCTCATGAAACTTCTAAGGTCATAACATGTGGTTGGGATGGTCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149622 CATCCTCATGAAACTTCTAAGGTCATAACATGTGGTTGGGATGGTCTCAT

   1850     .    :
   1725 TAAATTGTGGGAT
        |||||||||||||
 149672 TAAATTGTGGGAT