seq1 = pF1KB9986.tfa, 2136 bp
seq2 = pF1KB9986/gi568815592f_87494351.tfa (gi568815592f:87494351_87767120), 272770 bp

>pF1KB9986 2136
>gi568815592f:87494351_87767120 (Chr6)

23-79  (100001-100057)   100% ->
80-177  (107434-107531)   100% ->
178-322  (109034-109178)   100% ->
323-427  (111567-111671)   100% ->
428-579  (113323-113474)   100% ->
580-713  (114746-114879)   100% ->
714-873  (117739-117898)   100% ->
874-987  (121964-122077)   100% ->
988-1121  (127004-127137)   100% ->
1122-1185  (127600-127663)   100% ->
1186-1302  (140495-140611)   100% ->
1303-1382  (142057-142136)   100% ->
1383-1516  (158766-158899)   100% ->
1517-1596  (162553-162632)   100% ->
1597-1694  (163571-163668)   100% ->
1695-1836  (168653-168794)   100% ->
1837-1953  (170393-170509)   100% ->
1954-2033  (171404-171483)   100% ->
2034-2136  (172668-172770)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     23 AGGGTTGCTTTGTTTTTAAGCCAAACTCCAAAAAGAGAAAGATCTCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 AGGGTTGCTTTGTTTTTAAGCCAAACTCCAAAAAGAGAAAGATCTCTCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     73 CCAATAG         AGGACTATTTTAACAAAGGGAAAAATGAGCCTGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAATAGGTA...TAGAGGACTATTTTAACAAAGGGAAAAATGAGCCTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    114 GGACAGTAAGCTTCGATTCGAAACTTATCAGTTGATATGGCAGCAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107468 GGACAGTAAGCTTCGATTCGAAACTTATCAGTTGATATGGCAGCAGATGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    164 AATCTGAAAATGAG         CGACTACAAGAGGAATTAAATAAAAAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 107518 AATCTGAAAATGAGGTG...TAGCGACTACAAGAGGAATTAAATAAAAAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    205 TTGTTTGACAATCTGATTGAATTTCTGCAAAAATCACATTCTGGATTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109061 TTGTTTGACAATCTGATTGAATTTCTGCAAAAATCACATTCTGGATTCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    255 GAAGAATTCAAGAGACTTGGGCGGTCAAATAAAACTCAGAGAAATTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109111 GAAGAATTCAAGAGACTTGGGCGGTCAAATAAAACTCAGAGAAATTCCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    305 CTGCTGCTCTTGTTCTTG         GTGTGAATGTCACAGATCATGAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 109161 CTGCTGCTCTTGTTCTTGGTA...TAGGTGTGAATGTCACAGATCATGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    346 TTGACATTCGGAAGTCTAACAGAGGCCCTTCAGAATAATGTCACACCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111590 TTGACATTCGGAAGTCTAACAGAGGCCCTTCAGAATAATGTCACACCATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    396 TGTAGTCTCATTGCAAGCTAAAGATTGTCCAG         ATATGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 111640 TGTAGTCTCATTGCAAGCTAAAGATTGTCCAGGTA...CAGATATGAAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    437 ATTTTTTGCAAAAGTTGATCTCACAGTTGATGGACTGCTGTGTAGATATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113332 ATTTTTTGCAAAAGTTGATCTCACAGTTGATGGACTGCTGTGTAGATATA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    487 AAATCCAAAGAGGAGGAAAGTGTTCACGTCACCCAAAGAAAGACACATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113382 AAATCCAAAGAGGAGGAAAGTGTTCACGTCACCCAAAGAAAGACACATTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    537 TTCAATGGATTCACTTTCCAGTTGGTATATGACTGTCACACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 113432 TTCAATGGATTCACTTTCCAGTTGGTATATGACTGTCACACAGGTA...A

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    580   AAGACGGACCCAAAAATGCTAAGCAAAAAAAGGACTACTTCTAGCCAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114744 AGAAGACGGACCCAAAAATGCTAAGCAAAAAAAGGACTACTTCTAGCCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    628 TGGCAGTCTCCTCCTGTTGTCGTTATCTTGAAGGATATGGAAAGCTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114794 TGGCAGTCTCCTCCTGTTGTCGTTATCTTGAAGGATATGGAAAGCTTTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    678 CACAAAAGTACTACAAGACTTCATAATTATCAGCAG         TCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 114844 CACAAAAGTACTACAAGACTTCATAATTATCAGCAGGTA...TAGTCAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    719 ATCTCCATGAATTTCCACTAATACTCATTTTTGGAATAGCCACATCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117744 ATCTCCATGAATTTCCACTAATACTCATTTTTGGAATAGCCACATCTCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    769 ATTATCATCCACCGATTGCTTCCTCATGCAGTATCATCTCTATTGTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117794 ATTATCATCCACCGATTGCTTCCTCATGCAGTATCATCTCTATTGTGCAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    819 AGAACTGTTCCAATCTTTGTCTTGTAAGGAGCACCTGACTACGGTACTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117844 AGAACTGTTCCAATCTTTGTCTTGTAAGGAGCACCTGACTACGGTACTCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    869 ATAAG         CTACTTCTTACAACTCAGTTTCCCTTTAAAATAAAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117894 ATAAGGTA...CAGCTACTTCTTACAACTCAGTTTCCCTTTAAAATAAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    910 GAAAAAGTATTACAGGTTCTGACCAACATCTTTTTGTATCATGATTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122000 GAAAAAGTATTACAGGTTCTGACCAACATCTTTTTGTATCATGATTTCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    960 AGTTCAAAACTTTATAAAAGGACTTCAG         CTTTCTCTATTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 122050 AGTTCAAAACTTTATAAAAGGACTTCAGGTA...CAGCTTTCTCTATTAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AGCATTTCTATTCCCAGCCCTTAAGTGTCCTGTGCTGTAATCTTCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127017 AGCATTTCTATTCCCAGCCCTTAAGTGTCCTGTGCTGTAATCTTCCAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GCCAAAAGAAGAATAAATTTTTTATCAAATAATCAATGTGAAAACATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127067 GCCAAAAGAAGAATAAATTTTTTATCAAATAATCAATGTGAAAACATCCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 ACGTCTACCATCTTTTAGGAG         GTACGTGGAAAAGCAAGCTT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 127117 ACGTCTACCATCTTTTAGGAGGTA...TAGGTACGTGGAAAAGCAAGCTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 CAGAAAAGCAAGTTGCGCTCTTGACCAATGAGAGATATTTGAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 127620 CAGAAAAGCAAGTTGCGCTCTTGACCAATGAGAGATATTTGAAGGTA...

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1186    GAGGAAACACAATTATTACTAGAAAACCTGCATGTTTATCATATGAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140492 TAGGAGGAAACACAATTATTACTAGAAAACCTGCATGTTTATCATATGAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 TTACTTCCTGGTTTTGAGATGTCTTCATAAGTTCACCTCTTCTCTTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140542 TTACTTCCTGGTTTTGAGATGTCTTCATAAGTTCACCTCTTCTCTTCCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 AGTATCCACTAGGTCGACAG         ATCAGAGAGTTGTACTGTACA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 140592 AGTATCCACTAGGTCGACAGGTA...CAGATCAGAGAGTTGTACTGTACA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 TGTTTAGAAAAGAACATATGGGATTCAGAGGAGTATGCATCAGTCTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142078 TGTTTAGAAAAGAACATATGGGATTCAGAGGAGTATGCATCAGTCTTGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 GCTGCTGAG         GATGTTGGCAAAGGATGAACTGATGACCATAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 142128 GCTGCTGAGGTA...TAGGATGTTGGCAAAGGATGAACTGATGACCATAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 TTGAGAAATGTTTCAAGGTTTTTAAGTCTTATTGTGAAAACCACCTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158798 TTGAGAAATGTTTCAAGGTTTTTAAGTCTTATTGTGAAAACCACCTTGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 AGCACAGCTAAGAGAATAGAGGAGTTCCTGGCCCAGTTTCAGAGCCTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158848 AGCACAGCTAAGAGAATAGAGGAGTTCCTGGCCCAGTTTCAGAGCCTCGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 TG         CAGAAACCAAAGAGGAAGAAGATGCTTCTGGGTCACAGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158898 TGGTA...AAGCAGAAACCAAAGAGGAAGAAGATGCTTCTGGGTCACAGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 CAAAGGGGCTTCAGAAGACAGACCTCTATCATCTTCAGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 162592 CAAAGGGGCTTCAGAAGACAGACCTCTATCATCTTCAGAAGGTC...TAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 TCCTTATTGGAAATGAAGGAGTTAAGAAGAAGTAAGAAGCAAACCAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163571 TCCTTATTGGAAATGAAGGAGTTAAGAAGAAGTAAGAAGCAAACCAAATT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 TGAAGTACTCAGAGAAAATGTTGTGAACTTCATTGACTGTCTAGTGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 163621 TGAAGTACTCAGAGAAAATGTTGTGAACTTCATTGACTGTCTAGTGAGGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1695        AGAATACCTTCTGCCTCCTGAGACACAGCCTCTCCATGAGGTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163671 A...CAGAGAATACCTTCTGCCTCCTGAGACACAGCCTCTCCATGAGGTG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 GTGTACTTCAGTGCTGCCCATGCCCTTCGTGAGCATTTAAATGCTGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168696 GTGTACTTCAGTGCTGCCCATGCCCTTCGTGAGCATTTAAATGCTGCTCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 GCGAATTGCCCTCCATACTGCACTCAACAATCCTTACTATTATCTCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 168746 GCGAATTGCCCTCCATACTGCACTCAACAATCCTTACTATTATCTCAAGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1837         AATGAAGCACTGAAAAGCGAAGAAGGCTGCATTCCGAATATC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168796 TA...TAGAATGAAGCACTGAAAAGCGAAGAAGGCTGCATTCCGAATATC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1879 GCCCCAGACATCTGCATAGCATACAAACTGCACCTAGAGTGTAGCAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170435 GCCCCAGACATCTGCATAGCATACAAACTGCACCTAGAGTGTAGCAGGCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1929 CATCAACCTCGTGGACTGGTCAGAG         GCTTTTGCAACAGTTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 170485 CATCAACCTCGTGGACTGGTCAGAGGTA...AAGGCTTTTGCAACAGTTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 TGACAGCTGCTGAAAAAATGGATGCAAATTCTGCAACCTCAGAAGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171420 TGACAGCTGCTGAAAAAATGGATGCAAATTCTGCAACCTCAGAAGAAATG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 AATGAAATTATCCA         TGCTCGGTTTATTAGAGCTGTTTCTGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 171470 AATGAAATTATCCAGTA...CAGTGCTCGGTTTATTAGAGCTGTTTCTGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 ACTAGAACTTTTAGGATTTATAAAACCTACCAAACAGAAGACTGACCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172695 ACTAGAACTTTTAGGATTTATAAAACCTACCAAACAGAAGACTGACCATG

   2250     .    :    .    :    .
   2111 TGGCAAGACTAACATGGGGAGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||
 172745 TGGCAAGACTAACATGGGGAGGCTGC