seq1 = pF1KB9985.tfa, 1716 bp
seq2 = pF1KB9985/gi568815591f_23146858.tfa (gi568815591f:23146858_23374221), 227364 bp

>pF1KB9985 1716
>gi568815591f:23146858_23374221 (Chr7)

1-70  (100001-100070)   100% ->
71-223  (106450-106602)   100% ->
224-367  (107312-107455)   100% ->
368-541  (110035-110208)   100% ->
542-700  (113123-113281)   100% ->
701-1018  (113599-113916)   100% ->
1019-1153  (119624-119758)   100% ->
1154-1256  (121029-121131)   100% ->
1257-1465  (123110-123318)   100% ->
1466-1559  (126664-126757)   98% ->
1560-1716  (127208-127364)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAATGTCTCTACTATTTCCTGGGATTTCTGCTCCTGGCTGCAAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAATGTCTCTACTATTTCCTGGGATTTCTGCTCCTGGCTGCAAGATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCACTTGATGCCGCCAAAC         GATTTCATGATGTGCTGGGCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100051 GCCACTTGATGCCGCCAAACGTG...CAGGATTTCATGATGTGCTGGGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGAAAGACCTTCTGCTTACATGAGGGAGCACAATCAATTAAATGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106471 ATGAAAGACCTTCTGCTTACATGAGGGAGCACAATCAATTAAATGGCTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCTTCTGATGAAAATGACTGGAATGAAAAACTCTACCCAGTGTGGAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106521 TCTTCTGATGAAAATGACTGGAATGAAAAACTCTACCCAGTGTGGAAGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGGAGACATGAGGTGGAAAAACTCCTGGAAGG         GAGGCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 106571 GGGAGACATGAGGTGGAAAAACTCCTGGAAGGGTA...TAGGAGGCCGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGCAGGCGGTCCTGACCAGTGACTCACCAGCCCTCGTGGGCTCAAATATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107321 TGCAGGCGGTCCTGACCAGTGACTCACCAGCCCTCGTGGGCTCAAATATA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACATTTGCGGTGAACCTGATATTCCCTAGATGCCAAAAGGAAGATGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107371 ACATTTGCGGTGAACCTGATATTCCCTAGATGCCAAAAGGAAGATGCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGGCAACATAGTCTATGAGAAGAACTGCAGAAATG         AGGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 107421 TGGCAACATAGTCTATGAGAAGAACTGCAGAAATGGTA...TAGAGGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTTTATCTGCTGATCCGTATGTTTACAACTGGACAGCATGGTCAGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110041 GTTTATCTGCTGATCCGTATGTTTACAACTGGACAGCATGGTCAGAGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGTGACGGGGAAAATGGCACCGGCCAAAGCCATCATAACGTCTTCCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110091 AGTGACGGGGAAAATGGCACCGGCCAAAGCCATCATAACGTCTTCCCTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGGGAAACCTTTTCCTCACCACCCCGGATGGAGAAGATGGAATTTCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110141 TGGGAAACCTTTTCCTCACCACCCCGGATGGAGAAGATGGAATTTCATCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACGTCTTCCACACACTTG         GTCAGTATTTCCAGAAATTGGGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 110191 ACGTCTTCCACACACTTGGTT...AAGGTCAGTATTTCCAGAAATTGGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CGATGTTCAGTGAGAGTTTCTGTGAACACAGCCAATGTGACACTTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113146 CGATGTTCAGTGAGAGTTTCTGTGAACACAGCCAATGTGACACTTGGGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCAACTCATGGAAGTGACTGTCTACAGAAGACATGGACGGGCATATGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113196 TCAACTCATGGAAGTGACTGTCTACAGAAGACATGGACGGGCATATGTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCATCGCACAAGTGAAAGATGTGTACGTGGTAACAG         ATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 113246 CCATCGCACAAGTGAAAGATGTGTACGTGGTAACAGGTG...TAGATCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATTCCTGTGTTTGTGACTATGTTCCAGAAGAACGATCGAAATTCATCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113604 ATTCCTGTGTTTGTGACTATGTTCCAGAAGAACGATCGAAATTCATCCGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CGAAACCTTCCTCAAAGATCTCCCCATTATGTTTGATGTCCTGATTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113654 CGAAACCTTCCTCAAAGATCTCCCCATTATGTTTGATGTCCTGATTCATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ATCCTAGCCACTTCCTCAATTATTCTACCATTAACTACAAGTGGAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113704 ATCCTAGCCACTTCCTCAATTATTCTACCATTAACTACAAGTGGAGCTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GGGGATAATACTGGCCTGTTTGTTTCCACCAATCATACTGTGAATCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113754 GGGGATAATACTGGCCTGTTTGTTTCCACCAATCATACTGTGAATCACAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GTATGTGCTCAATGGAACCTTCAGCCTTAACCTCACTGTGAAAGCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113804 GTATGTGCTCAATGGAACCTTCAGCCTTAACCTCACTGTGAAAGCTGCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CACCAGGACCTTGTCCGCCACCGCCACCACCACCCAGACCTTCAAAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113854 CACCAGGACCTTGTCCGCCACCGCCACCACCACCCAGACCTTCAAAACCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 ACCCCTTCTTTAG         CAACTACTCTAAAATCTTATGATTCAAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 113904 ACCCCTTCTTTAGGTA...TAGCAACTACTCTAAAATCTTATGATTCAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CACCCCAGGACCTGCTGGTGACAACCCCCTGGAGCTGAGTAGGATTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119652 CACCCCAGGACCTGCTGGTGACAACCCCCTGGAGCTGAGTAGGATTCCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ATGAAAACTGCCAGATTAACAGATATGGCCACTTTCAAGCCACCATCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119702 ATGAAAACTGCCAGATTAACAGATATGGCCACTTTCAAGCCACCATCACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 ATTGTAG         AGGGAATCTTAGAGGTTAACATCATCCAGATGAC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119752 ATTGTAGGTA...TAGAGGGAATCTTAGAGGTTAACATCATCCAGATGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 AGACGTCCTGATGCCGGTGCCATGGCCTGAAAGCTCCCTAATAGACTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121063 AGACGTCCTGATGCCGGTGCCATGGCCTGAAAGCTCCCTAATAGACTTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TCGTGACCTGCCAAGGGAG         CATTCCCACGGAGGTCTGTACC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 121113 TCGTGACCTGCCAAGGGAGGTG...CAGCATTCCCACGGAGGTCTGTACC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 ATCATTTCTGACCCCACCTGCGAGATCACCCAGAACACAGTCTGCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123132 ATCATTTCTGACCCCACCTGCGAGATCACCCAGAACACAGTCTGCAGCCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TGTGGATGTGGATGAGATGTGTCTGCTGACTGTGAGACGAACCTTCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123182 TGTGGATGTGGATGAGATGTGTCTGCTGACTGTGAGACGAACCTTCAATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 GGTCTGGGACGTACTGTGTGAACCTCACCCTGGGGGATGACACAAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123232 GGTCTGGGACGTACTGTGTGAACCTCACCCTGGGGGATGACACAAGCCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GCTCTCACGAGCACCCTGATTTCTGTTCCTGACAGAG         ACCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 123282 GCTCTCACGAGCACCCTGATTTCTGTTCCTGACAGAGGTG...AAGACCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 AGCCTCGCCTTTAAGGATGGCAAACAGCGCCCTGATCTCCGTTGGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 126668 AGCCTCGCCTTTAAGGATGGCAAACAGTGCCCTGATCTCCGTTGGCTGCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TGGCCATATTTGTCACTGTGATCTCCCTCTTGGTGTACAA         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 126718 TGGCCATATTTGTCACTGTGATCTCCCTCTTGGTGTACAAGTA...CAGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 AAACACAAGGAATACAACCCAATAGAAAATAGTCCTGGGAATGTGGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127209 AAACACAAGGAATACAACCCAATAGAAAATAGTCCTGGGAATGTGGTCAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 AAGCAAAGGCCTGAGTGTCTTTCTCAACCGTGCAAAAGCCGTGTTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127259 AAGCAAAGGCCTGAGTGTCTTTCTCAACCGTGCAAAAGCCGTGTTCTTCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 CGGGAAACCAGGAAAAGGATCCGCTACTCAAAAACCAAGAATTTAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127309 CGGGAAACCAGGAAAAGGATCCGCTACTCAAAAACCAAGAATTTAAAGGA

   1800     .
   1711 GTTTCT
        ||||||
 127359 GTTTCT