seq1 = pF1KB9984.tfa, 2133 bp
seq2 = pF1KB9984/gi568815595r_46337940.tfa (gi568815595r:46337940_46564867), 226928 bp

>pF1KB9984 2133
>gi568815595r:46337940_46564867 (Chr3)

(complement)

1-43  (100001-100043)   100% ->
44-210  (105049-105212)   97% ->
211-319  (108470-108578)   100% ->
320-502  (108890-109072)   100% ->
503-650  (109426-109573)   100% ->
651-706  (110508-110563)   100% ->
707-885  (114195-114373)   100% ->
886-1060  (114840-115014)   100% ->
1061-1215  (115851-116005)   98% ->
1216-1306  (117470-117560)   100% ->
1307-1360  (118375-118428)   100% ->
1361-1516  (119432-119587)   100% ->
1517-1658  (121286-121427)   99% ->
1659-1726  (123385-123452)   100% ->
1727-1911  (125388-125572)   99% ->
1912-2101  (126739-126928)   100% ->
2102-2133  (128639-128670)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAACTTGTCTTCCTCGTCCTGCTGTTCCTCGGGGCCCTCG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100001 ATGAAACTTGTCTTCCTCGTCCTGCTGTTCCTCGGGGCCCTCGGTG...C

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     44   GACTGTGTCTGGCTGGCCGTAGGAGAAGGAGTGTTCAGTGGTGCACCG
        >>||||||||||||||||||||||--|-|||||||||||||||||| |||
 105047 AGGACTGTGTCTGGCTGGCCGTAG  G AGGAGTGTTCAGTGGTGCGCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TATCCCAACCCGAGGCCACAAAATGCTTCCAATGGCAAAGGAATATGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105094 TATCCCAACCCGAGGCCACAAAATGCTTCCAATGGCAAAGGAATATGAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGAGTGCGTGGCCCTCCTGTCAGCTGCATAAAGAGAGACTCCCCCATCCA
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105144 AAAGTGCGTGGCCCTCCTGTCAGCTGCATAAAGAGAGACTCCCCCATCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTGTATCCAGGCCATTGCG         GAAAACAGGGCCGATGCTGTGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 105194 GTGTATCCAGGCCATTGCGGTG...CAGGAAAACAGGGCCGATGCTGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCCTTGATGGTGGTTTCATATACGAGGCAGGCCTGGCCCCCTACAAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108492 CCCTTGATGGTGGTTTCATATACGAGGCAGGCCTGGCCCCCTACAAACTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CGACCTGTAGCGGCGGAAGTCTACGGGACCGAAAGAC         AGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 108542 CGACCTGTAGCGGCGGAAGTCTACGGGACCGAAAGACGTG...CAGAGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACGAACTCACTATTATGCCGTGGCTGTGGTGAAGAAGGGCGGCAGCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108894 ACGAACTCACTATTATGCCGTGGCTGTGGTGAAGAAGGGCGGCAGCTTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGCTGAACGAACTGCAAGGTCTGAAGTCCTGCCACACAGGCCTTCGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108944 AGCTGAACGAACTGCAAGGTCTGAAGTCCTGCCACACAGGCCTTCGCAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACCGCTGGATGGAATGTCCCTATAGGGACACTTCGTCCATTCTTGAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108994 ACCGCTGGATGGAATGTCCCTATAGGGACACTTCGTCCATTCTTGAATTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GACGGGTCCACCTGAGCCCATTGAGGCAG         CTGTGGCCAGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 109044 GACGGGTCCACCTGAGCCCATTGAGGCAGGTA...CAGCTGTGGCCAGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCTTCTCAGCCAGCTGTGTTCCCGGTGCAGATAAAGGACAGTTCCCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109438 TCTTCTCAGCCAGCTGTGTTCCCGGTGCAGATAAAGGACAGTTCCCCAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTGTGTCGCCTGTGTGCGGGGACAGGGGAAAACAAATGTGCCTTCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109488 CTGTGTCGCCTGTGTGCGGGGACAGGGGAAAACAAATGTGCCTTCTCCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCAGGAACCGTACTTCAGCTACTCTGGTGCCTTCAA         GTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 109538 CCAGGAACCGTACTTCAGCTACTCTGGTGCCTTCAAGTG...CAGGTGTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGAGAGACGGGGCTGGAGACGTGGCTTTTATCAGAGAGAGCACAGTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110513 TGAGAGACGGGGCTGGAGACGTGGCTTTTATCAGAGAGAGCACAGTGTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 G         AGGACCTGTCAGACGAGGCTGAAAGGGACGAGTATGAGTT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110563 GGTA...CAGAGGACCTGTCAGACGAGGCTGAAAGGGACGAGTATGAGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 ACTCTGCCCAGACAACACTCGGAAGCCAGTGGACAAGTTCAAAGACTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114235 ACTCTGCCCAGACAACACTCGGAAGCCAGTGGACAAGTTCAAAGACTGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATCTGGCCCGGGTCCCTTCTCATGCCGTTGTGGCACGAAGTGTGAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114285 ATCTGGCCCGGGTCCCTTCTCATGCCGTTGTGGCACGAAGTGTGAATGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AAGGAGGATGCCATCTGGAATCTTCTCCGCCAGGCACAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 114335 AAGGAGGATGCCATCTGGAATCTTCTCCGCCAGGCACAGGTA...TAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AAAGTTTGGAAAGGACAAGTCACCGAAATTCCAGCTCTTTGGCTCCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114842 AAAGTTTGGAAAGGACAAGTCACCGAAATTCCAGCTCTTTGGCTCCCCTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GTGGGCAGAAAGATCTGCTGTTCAAGGACTCTGCCATTGGGTTTTCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114892 GTGGGCAGAAAGATCTGCTGTTCAAGGACTCTGCCATTGGGTTTTCGAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GTGCCCCCGAGGATAGATTCTGGGCTGTACCTTGGCTCCGGCTACTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114942 GTGCCCCCGAGGATAGATTCTGGGCTGTACCTTGGCTCCGGCTACTTCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TGCCATCCAGAACTTGAGGAAAA         GTGAGGAGGAAGTGGCTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 114992 TGCCATCCAGAACTTGAGGAAAAGTG...CAGGTGAGGAGGAAGTGGCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CCCGGCGTGCGCGGGTTGTGTGGTGTGCGGTGGGCGAGCAGGAGCTGCGC
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 115869 CCCGGCGTGCGCGGGTCGTGTGGTGTGCGGTGGGCGAGCAGGAGCTGCGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AAGTGTAACCAGTGGAGTGGCTTGAGCGAAGGCAGTGTGACCTGCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 115919 AAGTGTAACCAGTGGAGTGGCTTGAGCGAAGGCAGCGTGACCTGCTCCTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GGCCTCCACCACAGAGGACTGCATTGCCCTGGTGCTG         AAAG
        |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||>>>...>>>||||
 115969 GGCCTCCACCACAGAGGACTGCATCGCCCTGGTGCTGGTA...CAGAAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GAGAAGCTGATGCCATGAGTTTGGATGGAGGATATGTGTACACTGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117474 GAGAAGCTGATGCCATGAGTTTGGATGGAGGATATGTGTACACTGCAGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AAATGTGGTTTGGTGCCTGTCCTGGCAGAGAACTACA         AATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 117524 AAATGTGGTTTGGTGCCTGTCCTGGCAGAGAACTACAGTA...CAGAATC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CCAACAAAGCAGTGACCCTGATCCTAACTGTGTGGATAGACCTGTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118379 CCAACAAAGCAGTGACCCTGATCCTAACTGTGTGGATAGACCTGTGGAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361          GATATCTTGCTGTGGCGGTGGTTAGGAGATCAGACACTAGC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118429 GTG...CAGGATATCTTGCTGTGGCGGTGGTTAGGAGATCAGACACTAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CTTACCTGGAACTCTGTGAAAGGCAAGAAGTCCTGCCACACCGCCGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119473 CTTACCTGGAACTCTGTGAAAGGCAAGAAGTCCTGCCACACCGCCGTGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CAGGACTGCAGGCTGGAATATCCCCATGGGCCTGCTCTTCAACCAGACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119523 CAGGACTGCAGGCTGGAATATCCCCATGGGCCTGCTCTTCAACCAGACGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 GCTCCTGCAAATTTG         ATGAATATTTCAGTCAAAGCTGTGCC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 119573 GCTCCTGCAAATTTGGTA...CAGATGAATATTTCAGTCAAAGCTGTGCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CCTGGGTCTGACCCGAGATCTAATCTCTGTGCTCTGTGTATTGGCGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121312 CCTGGGTCTGACCCGAGATCTAATCTCTGTGCTCTGTGTATTGGCGACGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GCAGGGTGAGAATAAGTGCGTGCCCAACAGCAATGAGAGATACTACGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 121362 GCAGGGTGAGAATAAGTGCGTGCCCAACAGCAACGAGAGATACTACGGCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 ACACTGGGGCTTTCCG         GTGCCTGGCTGAGAATGCTGGAGAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 121412 ACACTGGGGCTTTCCGGTG...TAGGTGCCTGGCTGAGAATGCTGGAGAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GTTGCATTTGTGAAAGATGTCACTGTCTTGCAGAACACTGATG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 123410 GTTGCATTTGTGAAAGATGTCACTGTCTTGCAGAACACTGATGGTA...C

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1727   GAAATAACAATGAGGCATGGGCTAAGGATTTGAAGCTGGCAGACTTTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125386 AGGAAATAACAATGAGGCATGGGCTAAGGATTTGAAGCTGGCAGACTTTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 CGCTGCTGTGCCTCGATGGCAAACGGAAGCCTGTGACTGAGGCTAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125436 CGCTGCTGTGCCTCGATGGCAAACGGAAGCCTGTGACTGAGGCTAGAAGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 TGCCATCTTGCCATGGCCCCGAATCATGCCGTGGTGTCTCGGATGGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125486 TGCCATCTTGCCATGGCCCCGAATCATGCCGTGGTGTCTCGGATGGATAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 GGTGGAACGCCTGAAACAGGTGCTGCTCCACCAACAG         GCTA
        |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||>>>...>>>||||
 125536 GGTGGAACGCCTGAAACAGGTGTTGCTCCACCAACAGGTA...CAGGCTA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 AATTTGGGAGAAATGGATCTGACTGCCCGGACAAGTTTTGCTTATTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126743 AATTTGGGAGAAATGGATCTGACTGCCCGGACAAGTTTTGCTTATTCCAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 TCTGAAACCAAAAACCTTCTGTTCAATGACAACACTGAGTGTCTGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126793 TCTGAAACCAAAAACCTTCTGTTCAATGACAACACTGAGTGTCTGGCCAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 ACTCCATGGCAAAACAACATATGAAAAATATTTGGGACCACAGTATGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126843 ACTCCATGGCAAAACAACATATGAAAAATATTTGGGACCACAGTATGTCG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 CAGGCATTACTAATCTGAAAAAGTGCTCAACCTCCC         CCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 126893 CAGGCATTACTAATCTGAAAAAGTGCTCAACCTCCCGTA...CAGCCCTC

   2250     .    :    .    :    .
   2107 CTGGAAGCCTGTGAATTCCTCAGGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||
 128644 CTGGAAGCCTGTGAATTCCTCAGGAAG