seq1 = pF1KB9983.tfa, 1710 bp
seq2 = pF1KB9983/gi568815587r_130134156.tfa (gi568815587r:130134156_130361873), 227718 bp

>pF1KB9983 1710
>gi568815587r:130134156_130361873 (Chr11)

(complement)

1-1018  (100001-101018)   100% ->
1019-1103  (121978-122062)   100% ->
1104-1267  (123267-123430)   100% ->
1268-1568  (124781-125081)   99% ->
1569-1686  (127601-127718)   100% ->
1687-1710  (128492-128515)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTGTGAAAACATTTACTCATAGCTCCTCTTCCCACAGCCAGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTGTGAAAACATTTACTCATAGCTCCTCTTCCCACAGCCAGGAAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTTGGAAAGCTAAATATGCTGCGAAATGATGGACATTTTTGTGATATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTTGGAAAGCTAAATATGCTGCGAAATGATGGACATTTTTGTGATATCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTATTCGTGTCCAGGACAAAATCTTCCGGGCACATAAGGTGGTACTAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTATTCGTGTCCAGGACAAAATCTTCCGGGCACATAAGGTGGTACTAGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCTTGCAGTGATTTCTTTCGCACCAAACTTGTAGGCCAAGCCGAGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCTTGCAGTGATTTCTTTCGCACCAAACTTGTAGGCCAAGCCGAGGATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAACAAGAATGTGTTGGATCTGCATCATGTTACAGTGACTGGCTTTATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAACAAGAATGTGTTGGATCTGCATCATGTTACAGTGACTGGCTTTATAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTCTTTTAGAATATGCTTACACAGCCACTCTATCAATTAACACAGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTCTTTTAGAATATGCTTACACAGCCACTCTATCAATTAACACAGAAAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATTATTGATGTTCTAGCAGCAGCCAGCTATATGCAAATGTTCAGTGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATTATTGATGTTCTAGCAGCAGCCAGCTATATGCAAATGTTCAGTGTTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CAGCACCTGCTCAGAGTTCATGAAATCAAGCATTTTATGGAATACACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CAGCACCTGCTCAGAGTTCATGAAATCAAGCATTTTATGGAATACACCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACAGCCAACCTGAAAAGGGTCTAGATGCTGGACAAGAAAATAATTCTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACAGCCAACCTGAAAAGGGTCTAGATGCTGGACAAGAAAATAATTCTAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TGCAATTTTACTTCTCGAGATGGGAGCATTTCTCCCGTGTCCTCAGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TGCAATTTTACTTCTCGAGATGGGAGCATTTCTCCCGTGTCCTCAGAGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CAGTGTGGTAGAAAGAACCATTCCTGTCTGCCGAGAATCCCGGAGAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CAGTGTGGTAGAAAGAACCATTCCTGTCTGCCGAGAATCCCGGAGAAAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCAAAAGCTACATTGTTATGTCTCCTGAAAGTCCTGTAAAGTGTGGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCAAAAGCTACATTGTTATGTCTCCTGAAAGTCCTGTAAAGTGTGGCACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CAAACAAGCTCACCCCAGGTATTGAATTCTTCAGCTTCCTACTCAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CAAACAAGCTCACCCCAGGTATTGAATTCTTCAGCTTCCTACTCAGAAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TAGAAACCAACCAGTTGACTCTTCCTTAGCTTTTCCTTGGACTTTTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TAGAAACCAACCAGTTGACTCTTCCTTAGCTTTTCCTTGGACTTTTCCTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TTGGAATTGATCGAAGGATTCAGCCTGAGAAAGTTAAGCAAGCAGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TTGGAATTGATCGAAGGATTCAGCCTGAGAAAGTTAAGCAAGCAGAAAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ACCCGGACTTTAGAATTACCTGGCCCATCTGAGACCGGTAGAAGAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ACCCGGACTTTAGAATTACCTGGCCCATCTGAGACCGGTAGAAGAATGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TGATTATGTGACTTGTGAGAGCACAAAAACTACCTTGCCTTTAGGTACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TGATTATGTGACTTGTGAGAGCACAAAAACTACCTTGCCTTTAGGTACCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AAGAAGATGTCCGGGTCAAAGTAGAAAGATTAAGTGATGAGGAGGTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 AAGAAGATGTCCGGGTCAAAGTAGAAAGATTAAGTGATGAGGAGGTCCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GAGGAAGTGTCCCAGCCTGTCAGTGCATCTCAGAGTTCGCTGAGTGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GAGGAAGTGTCCCAGCCTGTCAGTGCATCTCAGAGTTCGCTGAGTGATCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GCAGACAGTTCCAGGAAGTGAACAAGTCCAAGAGGACCTTCTGATTAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GCAGACAGTTCCAGGAAGTGAACAAGTCCAAGAGGACCTTCTGATTAGTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CACAGTCTTCCTCTATAG         GCTCAGTAGATGAAGGCGTTTCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 101001 CACAGTCTTCCTCTATAGGTA...CAGGCTCAGTAGATGAAGGCGTTTCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GAGGGCTTGCCTACACTTCAAAGCACGTCTAGCACTAATGCTCCTCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122001 GAGGGCTTGCCTACACTTCAAAGCACGTCTAGCACTAATGCTCCTCCGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 TGATGATGATCG         ATTGGAAAATGTTCAGTATCCCTACCAAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 122051 TGATGATGATCGGTC...TAGATTGGAAAATGTTCAGTATCCCTACCAAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 TCTACATTGCTCCTTCCACCAGCAGTACAGAGCGACCAAGTCCAAATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123296 TCTACATTGCTCCTTCCACCAGCAGTACAGAGCGACCAAGTCCAAATGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 CCCGACAGACCTTTTCAGTGTCCAACCTGCGGGGTGCGATTCACCCGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123346 CCCGACAGACCTTTTCAGTGTCCAACCTGCGGGGTGCGATTCACCCGTAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 TCAGAACCTAAAGCAGCACATGCTCATCCACTCAG         GAATTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 123396 TCAGAACCTAAAGCAGCACATGCTCATCCACTCAGGTA...CAGGAATTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 AACCATTTCAGTGTGACCGCTGTGGGAAAAAGTTCACCAGGGCTTACTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124787 AACCATTTCAGTGTGACCGCTGTGGGAAAAAGTTCACCAGGGCTTACTCG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 CTAAAGATGCATCGCCTAAAGCATGAAGGTAAACGCTGTTTCCGGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124837 CTAAAGATGCATCGCCTAAAGCATGAAGGTAAACGCTGTTTCCGGTGCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 GATATGTAGTGCCACTTTCACTTCCTTCGGGGAATATAAACACCACATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124887 GATATGTAGTGCCACTTTCACTTCCTTCGGGGAATATAAACACCACATGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 GGGTTTCCCGGCACATTATCCGCAAGCCTCGGATTTACGAGTGCAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124937 GGGTTTCCCGGCACATTATCCGCAAGCCTCGGATTTACGAGTGCAAAACA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 TGTGGCGCCATGCTCACCAACTCTGGAAATTTAATCGTGCACCTGAGGAG
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124987 TGTGGCGCCATGTTCACCAACTCTGGAAATTTAATCGTGCACCTGAGGAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 TCTGAACCATGAAGCATCAGAGCTAGCAAACTACTTCCAGAGCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 125037 TCTGAACCATGAAGCATCAGAGCTAGCAAACTACTTCCAGAGCAGGTG..

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1569     TGATTTCCTAGTACCGGACTACTTAAACCAGGAACAAGAAGAGACC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125087 .TAGTGATTTCCTAGTACCGGACTACTTAAACCAGGAACAAGAAGAGACC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 CTTGTTCAATATGATCTTGGAGAACACGGTTTTGAAAGCAACTCCTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127647 CTTGTTCAATATGATCTTGGAGAACACGGTTTTGAAAGCAACTCCTCTGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 TCAAATGCCTGTCATTTCACAG         TACCACTCCAAAGGCAAGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 127697 TCAAATGCCTGTCATTTCACAGGTC...TAGTACCACTCCAAAGGCAAGG

   1750     .
   1706 AACCA
        |||||
 128511 AACCA