seq1 = pF1KB9982.tfa, 2127 bp
seq2 = pF1KB9982/gi568815587r_57226410.tfa (gi568815587r:57226410_57435121), 208712 bp

>pF1KB9982 2127
>gi568815587r:57226410_57435121 (Chr11)

(complement)

1-54  (100001-100054)   100% ->
55-240  (100474-100659)   100% ->
241-346  (101582-101687)   100% ->
347-537  (101973-102163)   100% ->
538-768  (102267-102497)   100% ->
769-872  (102636-102739)   100% ->
873-1001  (102842-102970)   100% ->
1002-1223  (103233-103454)   100% ->
1224-1296  (104195-104267)   100% ->
1297-1435  (104693-104831)   100% ->
1436-1481  (104984-105029)   100% ->
1482-1611  (106696-106825)   100% ->
1612-1782  (107240-107410)   100% ->
1783-1871  (107608-107696)   100% ->
1872-2058  (108233-108419)   100% ->
2059-2127  (108644-108712)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGAGACACTGGAGTTCAACGACGTCTATCAGGAGGTGAAAGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGAGACACTGGAGTTCAACGACGTCTATCAGGAGGTGAAAGGTTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATG         AATGATGGTCGACTGAGGTTGAGCCGTCAGGGCATCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATGGTG...CAGAATGATGGTCGACTGAGGTTGAGCCGTCAGGGCATCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCTTCAAGAATAGCAAGACAGGCAAAGTGGACAACATCCAGGCTGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100511 TCTTCAAGAATAGCAAGACAGGCAAAGTGGACAACATCCAGGCTGGGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTAACAGAAGGTATCTGGCGCCGTGTTGCTCTGGGCCATGGACTTAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100561 TTAACAGAAGGTATCTGGCGCCGTGTTGCTCTGGGCCATGGACTTAAACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTTACAAAGAATGGCCATGTCTACAAGTATGATGGCTTCCGAGAATCG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100611 GCTTACAAAGAATGGCCATGTCTACAAGTATGATGGCTTCCGAGAATCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241         GAGTTTGAGAAACTCTCTGATTTCTTCAAAACTCACTATCGC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100661 TG...CAGGAGTTTGAGAAACTCTCTGATTTCTTCAAAACTCACTATCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTTGAGCTAATGGAGAAGGACCTTTGTGTGAAGGGCTGGAACTGGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101624 CTTGAGCTAATGGAGAAGGACCTTTGTGTGAAGGGCTGGAACTGGGGGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGTGAAATTTGGTG         GGCAGCTGCTTTCCTTTGACATTGGTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 101674 AGTGAAATTTGGTGGTG...CAGGGCAGCTGCTTTCCTTTGACATTGGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACCAGCCAGTCTTTGAGATACCCCTCAGCAATGTGTCCCAGTGCACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102000 ACCAGCCAGTCTTTGAGATACCCCTCAGCAATGTGTCCCAGTGCACCACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGCAAGAATGAGGTGACACTGGAATTCCACCAAAACGATGACGCAGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102050 GGCAAGAATGAGGTGACACTGGAATTCCACCAAAACGATGACGCAGAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GTCTCTCATGGAGGTGCGCTTCTACGTCCCACCCACCCAGGAGGATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102100 GTCTCTCATGGAGGTGCGCTTCTACGTCCCACCCACCCAGGAGGATGGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGGACCCTGTTGAG         GCCTTTGCCCAGAATGTGTTGTCAAAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 102150 TGGACCCTGTTGAGGTG...CAGGCCTTTGCCCAGAATGTGTTGTCAAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCGGATGTAATCCAGGCCACGGGAGATGCCATCTGCATCTTCCGGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102294 GCGGATGTAATCCAGGCCACGGGAGATGCCATCTGCATCTTCCGGGAGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCAGTGTCTGACTCCTCGTGGTCGTTATGACATTCGGATCTACCCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102344 GCAGTGTCTGACTCCTCGTGGTCGTTATGACATTCGGATCTACCCCACCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTCTGCACCTGCATGGCAAGACCTTTGACTACAAGATCCCCTACACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102394 TTCTGCACCTGCATGGCAAGACCTTTGACTACAAGATCCCCTACACCACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GTACTGCGTCTGTTTTTGTTACCCCACAAGGACCAGCGCCAGATGTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102444 GTACTGCGTCTGTTTTTGTTACCCCACAAGGACCAGCGCCAGATGTTCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGTG         ATCAGCCTGGATCCCCCAATCAAGCAAGGCCAAACTC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102494 TGTGGTA...TAGATCAGCCTGGATCCCCCAATCAAGCAAGGCCAAACTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCTACCACTTCCTGATCCTCCTCTTCTCCAAGGACGAGGACATTTCGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102673 GCTACCACTTCCTGATCCTCCTCTTCTCCAAGGACGAGGACATTTCGTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ACTCTGAACATGAACGA         GGAAGAAGTGGAGAAGCGCTTTGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 102723 ACTCTGAACATGAACGAGTG...TAGGGAAGAAGTGGAGAAGCGCTTTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GGGTCGGCTCACCAAGAACATGTCAGGATCCCTCTATGAGATGGTCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102866 GGGTCGGCTCACCAAGAACATGTCAGGATCCCTCTATGAGATGGTCAGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GGGTCATGAAAGCACTGGTAAACCGCAAGATCACAGTGCCAGGCAACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102916 GGGTCATGAAAGCACTGGTAAACCGCAAGATCACAGTGCCAGGCAACTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CAAGG         GCACTCAGGGGCCCAGTGCATTACCTGTTCCTACAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102966 CAAGGGTG...CAGGCACTCAGGGGCCCAGTGCATTACCTGTTCCTACAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGCAAGCTCAGGACTGCTCTACCCGCTGGAGCGGGGCTTCATCTACGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103269 GGCAAGCTCAGGACTGCTCTACCCGCTGGAGCGGGGCTTCATCTACGTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACAAGCCACCTGTGCACATCCGCTTCGATGAGATCTCCTTTGTCAACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103319 ACAAGCCACCTGTGCACATCCGCTTCGATGAGATCTCCTTTGTCAACTTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GCTCGTGGTACCACTACTACTCGTTCCTTTGACTTTGAAATTGAGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103369 GCTCGTGGTACCACTACTACTCGTTCCTTTGACTTTGAAATTGAGACCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GCAGGGCACTCAGTATACCTTCAGCAGCATTGAGAG         GGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 103419 GCAGGGCACTCAGTATACCTTCAGCAGCATTGAGAGGTG...CAGGGAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AGTACGGGAAACTGTTTGATTTTGTCAACGCGAAAAAGCTCAACATCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104200 AGTACGGGAAACTGTTTGATTTTGTCAACGCGAAAAAGCTCAACATCAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AACCGAGGATTGAAAGAG         GGCATGAACCCAAGCTACGATGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 104250 AACCGAGGATTGAAAGAGGTA...TAGGGCATGAACCCAAGCTACGATGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 ATATGCTGACTCTGATGAGGACCAGCATGATGCCTACTTGGAGAGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104716 ATATGCTGACTCTGATGAGGACCAGCATGATGCCTACTTGGAGAGGATGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AGGAGGAAGGCAAGATCCGGGAGGAGAATGCCAATGACAGCAGCGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104766 AGGAGGAAGGCAAGATCCGGGAGGAGAATGCCAATGACAGCAGCGATGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 TCAGGAGAAGAAACCG         ATGAGTCATTCAACCCAGGTGAAGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 104816 TCAGGAGAAGAAACCGGTG...CAGATGAGTCATTCAACCCAGGTGAAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 GGAGGAAGATGTGGCAGAGGA         GTTTGACAGCAACGCCTCTG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 105009 GGAGGAAGATGTGGCAGAGGAGTG...CAGGTTTGACAGCAACGCCTCTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CCAGCTCCTCCAGTAATGAGGGTGACAGTGACCGGGATGAGAAGAAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106716 CCAGCTCCTCCAGTAATGAGGGTGACAGTGACCGGGATGAGAAGAAGCGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 AAACAGCTCAAAAAGGCCAAGATGGCCAAGGACCGCAAGAGCCGCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106766 AAACAGCTCAAAAAGGCCAAGATGGCCAAGGACCGCAAGAGCCGCAAGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 GCCTGTGGAG         GTGAAGAAGGGCAAAGACCCCAATGCCCCCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 106816 GCCTGTGGAGGTG...TAGGTGAAGAAGGGCAAAGACCCCAATGCCCCCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 AGAGGCCCATGTCTGCATACATGCTGTGGCTCAATGCCAGCCGAGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107271 AGAGGCCCATGTCTGCATACATGCTGTGGCTCAATGCCAGCCGAGAGAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 ATCAAGTCAGACCATCCTGGCATCAGCATCACGGATCTTTCCAAGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107321 ATCAAGTCAGACCATCCTGGCATCAGCATCACGGATCTTTCCAAGAAGGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 AGGCGAGATCTGGAAGGGAATGTCCAAAGAGAAGAAAGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 107371 AGGCGAGATCTGGAAGGGAATGTCCAAAGAGAAGAAAGAGGTG...CAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 AGTGGGATCGCAAGGCTGAGGATGCCAGGAGGGACTATGAAAAAGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107609 AGTGGGATCGCAAGGCTGAGGATGCCAGGAGGGACTATGAAAAAGCCATG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 AAAGAATATGAAGGGGGCCGAGGCGAGTCTTCTAAGAG         GGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 107659 AAAGAATATGAAGGGGGCCGAGGCGAGTCTTCTAAGAGGTG...CAGGGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 CAAGTCAAAGAAGAAGAAGAAAGTAAAGGTAAAGATGGAAAAGAAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108236 CAAGTCAAAGAAGAAGAAGAAAGTAAAGGTAAAGATGGAAAAGAAATCCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 CGCCCTCTAGGGGCTCATCATCCAAGTCGTCCTCAAGGCAGCTAAGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108286 CGCCCTCTAGGGGCTCATCATCCAAGTCGTCCTCAAGGCAGCTAAGCGAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 AGCTTCAAGAGCAAAGAGTTTGTGTCTAGTGATGAGAGCTCTTCGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108336 AGCTTCAAGAGCAAAGAGTTTGTGTCTAGTGATGAGAGCTCTTCGGGAGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 GAACAAGAGCAAAAAGAAGAGGAGGAGGAGCGAG         GACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 108386 GAACAAGAGCAAAAAGAAGAGGAGGAGGAGCGAGGTG...CAGGACTCTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 AAGAAGAAGAACTAGCCAGTACTCCCCCCAGCTCAGAGGACTCAGCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108651 AAGAAGAAGAACTAGCCAGTACTCCCCCCAGCTCAGAGGACTCAGCGTCA

   2250     .    :
   2116 GGATCCGATGAG
        ||||||||||||
 108701 GGATCCGATGAG