seq1 = pF1KB9980.tfa, 2124 bp
seq2 = pF1KB9980/gi568815587r_94320128.tfa (gi568815587r:94320128_94590965), 270838 bp

>pF1KB9980 2124
>gi568815587r:94320128_94590965 (Chr11)

(complement)

1-20  (98165-98184)   100% ->
21-153  (100001-100133)   100% ->
154-314  (104882-105042)   100% ->
315-402  (111205-111292)   100% ->
403-544  (112090-112231)   100% ->
545-659  (114563-114677)   100% ->
660-845  (119207-119392)   100% ->
846-1017  (120324-120495)   100% ->
1018-1098  (123073-123153)   100% ->
1099-1225  (126727-126853)   100% ->
1226-1326  (129930-130030)   100% ->
1327-1500  (131385-131558)   100% ->
1501-1563  (134628-134690)   100% ->
1564-1783  (143528-143747)   100% ->
1784-1867  (145073-145156)   100% ->
1868-1926  (153731-153789)   100% ->
1927-1994  (155067-155134)   100% ->
1995-2070  (160980-161055)   100% ->
2071-2124  (170785-170838)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTACTGCAGATGCACT         TGATGATGAAAACACATTTAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
  98165 ATGAGTACTGCAGATGCACTGTA...TAGTGATGATGAAAACACATTTAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AATATTAGTTGCAACAGATATTCATCTTGGATTTATGGAGAAAGATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100022 AATATTAGTTGCAACAGATATTCATCTTGGATTTATGGAGAAAGATGCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCAGAGGAAATGATACGTTTGTAACACTCGATGAAATTTTAAGACTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100072 TCAGAGGAAATGATACGTTTGTAACACTCGATGAAATTTTAAGACTTGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGGAAAATGAA         GTGGATTTTATTTTGTTAGGTGGTGATCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100122 CAGGAAAATGAAGTG...CAGGTGGATTTTATTTTGTTAGGTGGTGATCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TTTTCATGAAAATAAGCCCTCAAGGAAAACATTACATACCTGCCTCGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104911 TTTTCATGAAAATAAGCCCTCAAGGAAAACATTACATACCTGCCTCGAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TATTAAGAAAATATTGTATGGGTGATCGGCCTGTCCAGTTTGAAATTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104961 TATTAAGAAAATATTGTATGGGTGATCGGCCTGTCCAGTTTGAAATTCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGTGATCAGTCAGTCAACTTTGGTTTTAGTAA         GTTTCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 105011 AGTGATCAGTCAGTCAACTTTGGTTTTAGTAAGTA...AAGGTTTCCATG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGTGAACTATCAAGATGGCAACCTCAACATTTCAATTCCAGTGTTTAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111214 GGTGAACTATCAAGATGGCAACCTCAACATTTCAATTCCAGTGTTTAGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTCATGGCAATCATGACGATCCCACAGGG         GCAGATGCACTT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 111264 TTCATGGCAATCATGACGATCCCACAGGGGTA...TAGGCAGATGCACTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TGTGCCTTGGACATTTTAAGTTGTGCTGGATTTGTAAATCACTTTGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112102 TGTGCCTTGGACATTTTAAGTTGTGCTGGATTTGTAAATCACTTTGGACG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TTCAATGTCTGTGGAGAAGATAGACATTAGTCCGGTTTTGCTTCAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112152 TTCAATGTCTGTGGAGAAGATAGACATTAGTCCGGTTTTGCTTCAAAAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GAAGCACAAAGATTGCGCTATATGGTTTAG         GATCCATTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 112202 GAAGCACAAAGATTGCGCTATATGGTTTAGGTA...CAGGATCCATTCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GATGAAAGGCTCTATCGAATGTTTGTCAATAAAAAAGTAACAATGTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114574 GATGAAAGGCTCTATCGAATGTTTGTCAATAAAAAAGTAACAATGTTGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ACCAAAGGAAGATGAGAACTCTTGGTTTAACTTATTTGTGATTCATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114624 ACCAAAGGAAGATGAGAACTCTTGGTTTAACTTATTTGTGATTCATCAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACAG         GAGTAAACATGGAAGTACTAACTTCATTCCAGAACAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114674 ACAGGTA...CAGGAGTAAACATGGAAGTACTAACTTCATTCCAGAACAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TTTTTGGATGACTTCATTGATCTTGTTATCTGGGGCCATGAACATGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119244 TTTTTGGATGACTTCATTGATCTTGTTATCTGGGGCCATGAACATGAGTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TAAAATAGCTCCAACCAAAAATGAACAACAGCTGTTTTATATCTCACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119294 TAAAATAGCTCCAACCAAAAATGAACAACAGCTGTTTTATATCTCACAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTGGAAGCTCAGTGGTTACTTCTCTTTCCCCAGGAGAAGCTGTAAAGAA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 119344 CTGGAAGCTCAGTGGTTACTTCTCTTTCCCCAGGAGAAGCTGTAAAGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    846         ACATGTTGGTTTGCTGCGTATTAAAGGGAGGAAGATGAATAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119394 TG...CAGACATGTTGGTTTGCTGCGTATTAAAGGGAGGAAGATGAATAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GCATAAAATTCCTCTTCACACAGTGCGGCAGTTTTTCATGGAGGATATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120366 GCATAAAATTCCTCTTCACACAGTGCGGCAGTTTTTCATGGAGGATATTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTCTAGCTAATCATCCAGACATTTTTAACCCAGATAATCCTAAAGTAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120416 TTCTAGCTAATCATCCAGACATTTTTAACCCAGATAATCCTAAAGTAACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CAAGCCATACAAAGCTTCTGTTTGGAGAAG         ATTGAAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 120466 CAAGCCATACAAAGCTTCTGTTTGGAGAAGGTA...GAGATTGAAGAAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GCTTGAAAATGCTGAACGGGAACGTCTGGGTAATTCTCACCAGCCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123084 GCTTGAAAATGCTGAACGGGAACGTCTGGGTAATTCTCACCAGCCAGAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGCCTCTTGTACGACTGCGA         GTGGACTATAGTGGAGGTTTT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 123134 AGCCTCTTGTACGACTGCGAGTA...CAGGTGGACTATAGTGGAGGTTTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GAACCTTTCAGTGTTCTTCGCTTTAGCCAGAAATTTGTGGATCGGGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126748 GAACCTTTCAGTGTTCTTCGCTTTAGCCAGAAATTTGTGGATCGGGTAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TAATCCAAAAGACATTATCCATTTTTTCAGGCATAGAGAACAAAAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126798 TAATCCAAAAGACATTATCCATTTTTTCAGGCATAGAGAACAAAAGGAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AAACAG         GAGAAGAGATCAACTTTGGGAAACTTATCACAAAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126848 AAACAGGTA...TAGGAGAAGAGATCAACTTTGGGAAACTTATCACAAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CCTTCAGAAGGAACAACTTTAAGGGTAGAAGATCTTGTAAAACAGTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129965 CCTTCAGAAGGAACAACTTTAAGGGTAGAAGATCTTGTAAAACAGTACTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TCAAACCGCAGAGAAG         AATGTGCAGCTCTCACTGCTAACAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 130015 TCAAACCGCAGAGAAGGTA...CAGAATGTGCAGCTCTCACTGCTAACAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AAAGAGGGATGGGTGAAGCAGTACAAGAATTTGTGGACAAGGAGGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131410 AAAGAGGGATGGGTGAAGCAGTACAAGAATTTGTGGACAAGGAGGAGAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GATGCCATTGAGGAATTAGTGAAATACCAGTTGGAAAAAACACAGCGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131460 GATGCCATTGAGGAATTAGTGAAATACCAGTTGGAAAAAACACAGCGATT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TCTTAAAGAACGTCATATTGATGCCCTCGAAGACAAAATCGATGAGGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 131510 TCTTAAAGAACGTCATATTGATGCCCTCGAAGACAAAATCGATGAGGAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501         GTACGTCGTTTCAGAGAAACCAGACAAAAAAATACTAATGAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131560 TA...TAGGTACGTCGTTTCAGAGAAACCAGACAAAAAAATACTAATGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GAAGATGATGAAGTCCGTGAG         GCTATGACCAGGGCCAGAGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 134670 GAAGATGATGAAGTCCGTGAGGTA...TAGGCTATGACCAGGGCCAGAGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 ACTCAGATCTCAGTCAGAGGAGTCTGCTTCTGCCTTTAGTGCTGATGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143548 ACTCAGATCTCAGTCAGAGGAGTCTGCTTCTGCCTTTAGTGCTGATGACC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TTATGAGTATAGATTTAGCAGAACAGATGGCTAATGACTCTGATGATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143598 TTATGAGTATAGATTTAGCAGAACAGATGGCTAATGACTCTGATGATAGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 ATCTCAGCAGCAACCAACAAAGGAAGAGGCCGAGGAAGAGGTCGAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143648 ATCTCAGCAGCAACCAACAAAGGAAGAGGCCGAGGAAGAGGTCGAAGAGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 TGGAAGAGGGCAGAATTCAGCATCGAGAGGAGGGTCTCAAAGAGGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143698 TGGAAGAGGGCAGAATTCAGCATCGAGAGGAGGGTCTCAAAGAGGAAGAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784          CAGACACTGGTCTGGAGACTTCTACCCGTAGCAGGAACTCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143748 GTG...CAGCAGACACTGGTCTGGAGACTTCTACCCGTAGCAGGAACTCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 AAGACTGCTGTGTCAGCATCTAGAAATATGTCTATTATAGATG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 145114 AAGACTGCTGTGTCAGCATCTAGAAATATGTCTATTATAGATGGTG...T

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1868   CCTTTAAATCTACAAGACAGCAGCCTTCCCGAAATGTCACTACTAAGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153729 AGCCTTTAAATCTACAAGACAGCAGCCTTCCCGAAATGTCACTACTAAGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 ATTATTCAGAG         GTGATTGAGGTAGATGAATCAGATGTGGAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 153779 ATTATTCAGAGGTA...CAGGTGATTGAGGTAGATGAATCAGATGTGGAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 GAAGACATTTTTCCTACCACTTCAAAGACAGATCAAAG         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 155097 GAAGACATTTTTCCTACCACTTCAAAGACAGATCAAAGGTA...CAGGTG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 GTCCAGCACATCATCCAGCAAAATCATGTCCCAGAGTCAAGTATCGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160983 GTCCAGCACATCATCCAGCAAAATCATGTCCCAGAGTCAAGTATCGAAAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 GGGTTGATTTTGAATCAAGTGAG         GATGATGATGATGATCCT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 161033 GGGTTGATTTTGAATCAAGTGAGGTA...CAGGATGATGATGATGATCCT

   2250     .    :    .    :    .    :    .
   2089 TTTATGAACACTAGTTCTTTAAGAAGAAATAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170803 TTTATGAACACTAGTTCTTTAAGAAGAAATAGAAGA