seq1 = pF1KB9979.tfa, 1674 bp
seq2 = pF1KB9979/gi568815589r_95001710.tfa (gi568815589r:95001710_95349291), 347582 bp

>pF1KB9979 1674
>gi568815589r:95001710_95349291 (Chr9)

(complement)

1-165  (100001-100165)   100% ->
166-250  (101776-101860)   100% ->
251-345  (108549-108643)   100% ->
346-456  (177145-177255)   100% ->
457-521  (178149-178213)   100% ->
522-686  (199205-199369)   100% ->
687-843  (213790-213946)   100% ->
844-896  (222711-222763)   100% ->
897-996  (224107-224206)   100% ->
997-1072  (231902-231977)   100% ->
1073-1154  (234582-234663)   100% ->
1155-1329  (237655-237829)   100% ->
1330-1533  (242023-242226)   100% ->
1534-1674  (247442-247582)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCAAGATTCAGTAGATCTTTCTTGTGATTATCAGTTTTGGATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCAAGATTCAGTAGATCTTTCTTGTGATTATCAGTTTTGGATGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGCTTTCTGTATGGGATCAGGCTTCCACTTTGGAAACCCAGCAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGCTTTCTGTATGGGATCAGGCTTCCACTTTGGAAACCCAGCAAGACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTGTCTTCACGTGGCTCAGTTCCAGGAGTTCCTAAGGAAGATGTATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCTGTCTTCACGTGGCTCAGTTCCAGGAGTTCCTAAGGAAGATGTATGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCTTGAAAGAGATG         GATTCTAATACAGTCATTGAAAGATT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCTTGAAAGAGATGGTA...CAGGATTCTAATACAGTCATTGAAAGATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCCCACAATTGGTCAACTGTTGGCAAAAGCTTGTTGGAATCCTTTTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101802 CCCCACAATTGGTCAACTGTTGGCAAAAGCTTGTTGGAATCCTTTTATTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TAGCATATG         ATGAAAGCCAAAAAATTCTAATATGGTGCTTA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 101852 TAGCATATGGTA...TAGATGAAAGCCAAAAAATTCTAATATGGTGCTTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TGTTGTCTAATTAACAAAGAACCACAGAATTCTGGACAATCAAAACTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108581 TGTTGTCTAATTAACAAAGAACCACAGAATTCTGGACAATCAAAACTTAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTCCTGGATACAG         GGTGTATTATCTCATATACTTTCAGCAC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 108631 CTCCTGGATACAGGTA...TAGGGTGTATTATCTCATATACTTTCAGCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCAGATTTGATAAAGAAGTTGCTCTTTTCACTCAAGGTCTTGGGTATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177173 TCAGATTTGATAAAGAAGTTGCTCTTTTCACTCAAGGTCTTGGGTATGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCTATAGATTACTATCCTGGTTTGCTTAAAAAT         ATGGTTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 177223 CCTATAGATTACTATCCTGGTTTGCTTAAAAATGTG...CAGATGGTTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ATCATTAGCGTCTGAACTCAGAGAGAATCATCTTAATGGATTTAACACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178157 ATCATTAGCGTCTGAACTCAGAGAGAATCATCTTAATGGATTTAACACTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAAGGCG         AATGGCTCCCGAGCGAGTGGCGTCCCTGTCACGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178207 AAAGGCGGTA...TAGAATGGCTCCCGAGCGAGTGGCGTCCCTGTCACGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTTTGTGTCCCACTTATTACCCTGACAGATGTTGACCCCCTGGTGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199239 GTTTGTGTCCCACTTATTACCCTGACAGATGTTGACCCCCTGGTGGAGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TCTCCTCATCTGTCATGGACGTGAACCTCAGGAAATCCTCCAGCCAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199289 TCTCCTCATCTGTCATGGACGTGAACCTCAGGAAATCCTCCAGCCAGAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCTTTGAGGCTGTAAACGAGGCCATTTTGCT         GAAGAAGATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 199339 TCTTTGAGGCTGTAAACGAGGCCATTTTGCTGTA...AAGGAAGAAGATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TCTCTCCCCATGTCAGCTGTAGTCTGCCTCTGGCTTCGGCACCTTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213800 TCTCTCCCCATGTCAGCTGTAGTCTGCCTCTGGCTTCGGCACCTTCCCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCTTGAAAAAGCAATGCTGCATCTTTTTGAAAAGCTAATCTCCAGTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213850 CCTTGAAAAAGCAATGCTGCATCTTTTTGAAAAGCTAATCTCCAGTGAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GAAATTGTCTGAGAAGGATCGAATGCTTTATAAAAGATTCATCGCTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 213900 GAAATTGTCTGAGAAGGATCGAATGCTTTATAAAAGATTCATCGCTGGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    844       CCTCAAGCAGCCTGCCACCCTGCCATATTCCGGGTTGTTGATGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213950 ...CAGCCTCAAGCAGCCTGCCACCCTGCCATATTCCGGGTTGTTGATGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GATGTTCAG         GTGTGCACTCCTGGAAACCGATGGGGCCCTGG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 222755 GATGTTCAGGTA...CAGGTGTGCACTCCTGGAAACCGATGGGGCCCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AAATCATAGCCACTATTCAGGTGTTTACGCAGTGCTTTGTAGAAGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224139 AAATCATAGCCACTATTCAGGTGTTTACGCAGTGCTTTGTAGAAGCTCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GAGAAAGCAAGCAAGCAG         CTGCGGTTTGCACTCAAGACCTA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 224189 GAGAAAGCAAGCAAGCAGGTT...CAGCTGCGGTTTGCACTCAAGACCTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CTTTCCTTACACTTCTCCATCTCTTGCCATGGTGCTGCTGCAAGACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231925 CTTTCCTTACACTTCTCCATCTCTTGCCATGGTGCTGCTGCAAGACCCTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AAG         ATATCCCTCGGGGACACTGGCTCCAGACACTGAAGCAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231975 AAGGTG...CAGATATCCCTCGGGGACACTGGCTCCAGACACTGAAGCAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ATTTCTGAACTGCTCAGAGAAGCAGTTGAAGACCAGACTCATGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 234620 ATTTCTGAACTGCTCAGAGAAGCAGTTGAAGACCAGACTCATGGGTG...

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1155    GTCCTGCGGAGGTCCCTTTGAGAGCTGGTTCCTGTTCATTCACTTCG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237652 CAGGTCCTGCGGAGGTCCCTTTGAGAGCTGGTTCCTGTTCATTCACTTCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 GAGGATGGGCTGAGATGGTGGCAGAGCAATTACTGATGTCGGCAGCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237702 GAGGATGGGCTGAGATGGTGGCAGAGCAATTACTGATGTCGGCAGCCGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CCCCCCACGGCCCTGCTGTGGCTCTTGGCCTTCTACTACGGCCCCCGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237752 CCCCCCACGGCCCTGCTGTGGCTCTTGGCCTTCTACTACGGCCCCCGTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 TGGGAGGCAGCAGAGAGCACAGACTATG         GTCCAGGTGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 237802 TGGGAGGCAGCAGAGAGCACAGACTATGGTG...CAGGTCCAGGTGAAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 CCGTGCTGGGCCACCTCCTGGCAATGTCCAGAAGCAGCAGCCTCTCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242036 CCGTGCTGGGCCACCTCCTGGCAATGTCCAGAAGCAGCAGCCTCTCAGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CAGGACCTGCAGACGGTAGCAGGACAGGGCACAGACACAGACCTCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242086 CAGGACCTGCAGACGGTAGCAGGACAGGGCACAGACACAGACCTCAGAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TCCTGCACAACAGCTGATCAGGCACCTTCTCCTCAACTTCCTGCTCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242136 TCCTGCACAACAGCTGATCAGGCACCTTCTCCTCAACTTCCTGCTCTGGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CTCCTGGAGGCCACACGATCGCCTGGGATGTCATCACCCTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 242186 CTCCTGGAGGCCACACGATCGCCTGGGATGTCATCACCCTGGTA...CAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 ATGGCTCACACTGCTGAGATAACTCACGAGATCATTGGCTTTCTTGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247442 ATGGCTCACACTGCTGAGATAACTCACGAGATCATTGGCTTTCTTGACCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GACCTTGTACAGATGGAATCGTCTTGGCATTGAAAGCCCTAGATCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247492 GACCTTGTACAGATGGAATCGTCTTGGCATTGAAAGCCCTAGATCAGAAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 AACTGGCCCGAGAGCTCCTTAAAGAGCTGCGAACTCAAGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 247542 AACTGGCCCGAGAGCTCCTTAAAGAGCTGCGAACTCAAGTC