seq1 = pF1KB9973.tfa, 1662 bp
seq2 = pF1KB9973/gi568815597f_109811024.tfa (gi568815597f:109811024_110025186), 214163 bp

>pF1KB9973 1662
>gi568815597f:109811024_110025186 (Chr1)

1-39  (100001-100039)   100% ->
40-162  (103236-103358)   100% ->
163-225  (104611-104673)   100% ->
226-396  (106270-106440)   100% ->
397-544  (110824-110971)   100% ->
545-1569  (112143-113167)   99% ->
1570-1622  (113753-113805)   100% ->
1623-1662  (114124-114163)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCGCGCCGGGCGCCGCCGGGCGCTGCCCTCCCACG         AC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100001 ATGACCGCGCCGGGCGCCGCCGGGCGCTGCCCTCCCACGGTA...CAGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ATGGCTGGGCTCCCTGCTGTTGTTGGTCTGTCTCCTGGCGAGCAGGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103238 ATGGCTGGGCTCCCTGCTGTTGTTGGTCTGTCTCCTGGCGAGCAGGAGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCACCGAGGAGGTGTCGGAGTACTGTAGCCACATGATTGGGAGTGGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103288 TCACCGAGGAGGTGTCGGAGTACTGTAGCCACATGATTGGGAGTGGACAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGCAGTCTCTGCAGCGGCTG         ATTGACAGTCAGATGGAGAC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 103338 CTGCAGTCTCTGCAGCGGCTGGTG...CAGATTGACAGTCAGATGGAGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTCGTGCCAAATTACATTTGAGTTTGTAGACCAGGAACAGTTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 104631 CTCGTGCCAAATTACATTTGAGTTTGTAGACCAGGAACAGTTGGTG...C

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    226   AAAGATCCAGTGTGCTACCTTAAGAAGGCATTTCTCCTGGTACAAGAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106268 AGAAAGATCCAGTGTGCTACCTTAAGAAGGCATTTCTCCTGGTACAAGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ATAATGGAGGACACCATGCGCTTCAGAGATAACACCCCCAATGCCATCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106318 ATAATGGAGGACACCATGCGCTTCAGAGATAACACCCCCAATGCCATCGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CATTGTGCAGCTGCAGGAACTCTCTTTGAGGCTGAAGAGCTGCTTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106368 CATTGTGCAGCTGCAGGAACTCTCTTTGAGGCTGAAGAGCTGCTTCACCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGGATTATGAAGAGCATGACAAG         GCCTGCGTCCGAACTTTC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 106418 AGGATTATGAAGAGCATGACAAGGTA...CAGGCCTGCGTCCGAACTTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TATGAGACACCTCTCCAGTTGCTGGAGAAGGTCAAGAATGTCTTTAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110842 TATGAGACACCTCTCCAGTTGCTGGAGAAGGTCAAGAATGTCTTTAATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AACAAAGAATCTCCTTGACAAGGACTGGAATATTTTCAGCAAGAACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110892 AACAAAGAATCTCCTTGACAAGGACTGGAATATTTTCAGCAAGAACTGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACAACAGCTTTGCTGAATGCTCCAGCCAAG         ATGTGGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 110942 ACAACAGCTTTGCTGAATGCTCCAGCCAAGGTA...CAGATGTGGTGACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AAGCCTGATTGCAACTGCCTGTACCCCAAAGCCATCCCTAGCAGTGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112154 AAGCCTGATTGCAACTGCCTGTACCCCAAAGCCATCCCTAGCAGTGACCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGCCTCTGTCTCCCCTCATCAGCCCCTCGCCCCCTCCATGGCCCCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112204 GGCCTCTGTCTCCCCTCATCAGCCCCTCGCCCCCTCCATGGCCCCTGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTGGCTTGACCTGGGAGGACTCTGAGGGAACTGAGGGCAGCTCCCTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112254 CTGGCTTGACCTGGGAGGACTCTGAGGGAACTGAGGGCAGCTCCCTCTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCTGGTGAGCAGCCCCTGCACACAGTGGATCCAGGCAGTGCCAAGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112304 CCTGGTGAGCAGCCCCTGCACACAGTGGATCCAGGCAGTGCCAAGCAGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCCACCCAGGAGCACCTGCCAGAGCTTTGAGCCGCCAGAGACCCCAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112354 GCCACCCAGGAGCACCTGCCAGAGCTTTGAGCCGCCAGAGACCCCAGTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TCAAGGACAGCACCATCGGTGGCTCACCACAGCCTCGCCCCTCTGTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112404 TCAAGGACAGCACCATCGGTGGCTCACCACAGCCTCGCCCCTCTGTCGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GCCTTCAACCCCGGGATGGAGGATATTCTTGACTCTGCAATGGGCACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112454 GCCTTCAACCCCGGGATGGAGGATATTCTTGACTCTGCAATGGGCACTAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TTGGGTCCCAGAAGAAGCCTCTGGAGAGGCCAGTGAGATTCCCGTACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112504 TTGGGTCCCAGAAGAAGCCTCTGGAGAGGCCAGTGAGATTCCCGTACCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AAGGGACAGAGCTTTCCCCCTCCAGGCCAGGAGGGGGCAGCATGCAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112554 AAGGGACAGAGCTTTCCCCCTCCAGGCCAGGAGGGGGCAGCATGCAGACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GAGCCCGCCAGACCCAGCAACTTCCTCTCAGCATCTTCTCCACTCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112604 GAGCCCGCCAGACCCAGCAACTTCCTCTCAGCATCTTCTCCACTCCCTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 ATCAGCAAAGGGCCAACAGCCGGCAGATGTAACTGGTACAGCCTTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 112654 ATCAGCAAAGGGCCAACAGCCGGCAGATGTAACTGGTACCGCCTTGCCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 GGGTGGGCCCCGTGAGGCCCACTGGCCAGGACTGGAATCACACCCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112704 GGGTGGGCCCCGTGAGGCCCACTGGCCAGGACTGGAATCACACCCCCCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 AAGACAGACCATCCATCTGCCCTGCTCAGAGACCCCCCGGAGCCAGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112754 AAGACAGACCATCCATCTGCCCTGCTCAGAGACCCCCCGGAGCCAGGCTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 TCCCAGGATCTCATCACTGCGCCCCCAGGGCCTCAGCAACCCCTCCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112804 TCCCAGGATCTCATCACTGCGCCCCCAGGGCCTCAGCAACCCCTCCACCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 TCTCTGCTCAGCCACAGCTTTCCAGAAGCCACTCCTCGGGCAGCGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112854 TCTCTGCTCAGCCACAGCTTTCCAGAAGCCACTCCTCGGGCAGCGTGCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 CCCCTTGGGGAGCTGGAGGGCAGGAGGAGCACCAGGGATCGGAGGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112904 CCCCTTGGGGAGCTGGAGGGCAGGAGGAGCACCAGGGATCGGAGGAGCCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 CGCAGAGCCAGAAGGAGGACCAGCAAGTGAAGGAGCAGCCAGGCCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 112954 CGCAGAGCCAGAAGGAGGACCAGCAAGTGAAGGGGCAGCCAGGCCCCTGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 CCCGTTTTAACTCCGTTCCTTTGACTGACACAGGCCATGAGAGGCAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113004 CCCGTTTTAACTCCGTTCCTTTGACTGACACAGGCCATGAGAGGCAGTCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 GAGGGATCCTCCAGCCCGCAGCTCCAGGAGTCTGTCTTCCACCTGCTGGT
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113054 GAGGGATCCTTCAGCCCGCAGCTCCAGGAGTCTGTCTTCCACCTGCTGGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 GCCCAGTGTCATCCTGGTCTTGCTGGCCGTCGGAGGCCTCTTGTTCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113104 GCCCAGTGTCATCCTGGTCTTGCTGGCCGTCGGAGGCCTCTTGTTCTACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 GGTGGAGGCGGCGG         AGCCATCAAGAGCCTCAGAGAGCGGAT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 113154 GGTGGAGGCGGCGGGTG...CAGAGCCATCAAGAGCCTCAGAGAGCGGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 TCTCCCTTGGAGCAACCAGAGGGCAG         CCCCCTGACTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 113780 TCTCCCTTGGAGCAACCAGAGGGCAGGTG...CAGCCCCCTGACTCAGGA

   1700     .    :    .    :    .
   1638 TGACAGACAGGTGGAACTGCCAGTG
        |||||||||||||||||||||||||
 114139 TGACAGACAGGTGGAACTGCCAGTG