seq1 = pF1KB9972.tfa, 2112 bp
seq2 = pF1KB9972/gi568815582r_3558132.tfa (gi568815582r:3558132_3790987), 232856 bp

>pF1KB9972 2112
>gi568815582r:3558132_3790987 (Chr16)

(complement)

1-88  (73480-73567)   100% ->
89-247  (100003-100161)   100% ->
248-330  (101851-101933)   100% ->
331-471  (104852-104992)   100% ->
472-543  (111198-111269)   100% ->
544-704  (113330-113490)   100% ->
705-814  (114843-114952)   100% ->
815-888  (115591-115664)   100% ->
889-1044  (116494-116649)   100% ->
1045-1165  (118168-118288)   100% ->
1166-1235  (119197-119266)   100% ->
1236-1383  (124870-125017)   100% ->
1384-1569  (126529-126714)   100% ->
1570-1708  (127426-127564)   100% ->
1709-1794  (128021-128106)   100% ->
1795-1940  (128856-129001)   100% ->
1941-2013  (132123-132195)   100% ->
2014-2112  (132758-132856)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCGCGAGCTGCGGGCGCTGCTGCTGTGGGGCCGCCGCCTGCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  73480 ATGGCGCGCGAGCTGCGGGCGCTGCTGCTGTGGGGCCGCCGCCTGCGGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTGCTGCGGGCGCCGGCGCTGGCGGCCGTGCCGGGAG         GAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
  73530 TTTGCTGCGGGCGCCGGCGCTGGCGGCCGTGCCGGGAGGTG...CAGGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AACCAATTCTGTGTCCTCGGAGGACCACAGCCCAGTTGGGCCCCAGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100006 AACCAATTCTGTGTCCTCGGAGGACCACAGCCCAGTTGGGCCCCAGGCGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACCCAGCCTGGAGCTTGCAGGCAGGACGACTGTTCAGCACGCAGACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100056 AACCCAGCCTGGAGCTTGCAGGCAGGACGACTGTTCAGCACGCAGACCGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGAGGACAAGGAGGAACCCCTGCACTCGATTATCAGCAGCACAGAGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100106 CGAGGACAAGGAGGAACCCCTGCACTCGATTATCAGCAGCACAGAGAGCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGCAGG         GTTCCACTTCCAAACATGAGTTCCAGGCCGAGACA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100156 TGCAGGGTA...TAGGTTCCACTTCCAAACATGAGTTCCAGGCCGAGACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGAAGCTTTTGGACATTGTTGCCCGGTCCCTGTACTCAGAAAAAGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101886 AAGAAGCTTTTGGACATTGTTGCCCGGTCCCTGTACTCAGAAAAAGAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    331        GTGTTTATACGGGAGCTGATCTCCAATGCCAGCGATGCCTTGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101936 G...TAGGTGTTTATACGGGAGCTGATCTCCAATGCCAGCGATGCCTTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAAAACTGCGTCACAAACTGGTGTCTGACGGCCAAGCACTGCCAGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104895 AAAAACTGCGTCACAAACTGGTGTCTGACGGCCAAGCACTGCCAGAAATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGATTCACTTGCAGACCAATGCCGAGAAAGGCACCATCACCATCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 104945 GAGATTCACTTGCAGACCAATGCCGAGAAAGGCACCATCACCATCCAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    472        GATACTGGTATCGGGATGACACAGGAAGAGCTGGTGTCCAACC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104995 A...CAGGATACTGGTATCGGGATGACACAGGAAGAGCTGGTGTCCAACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGGGGACGATTGCCAGATCGGGGTCAAAG         GCCTTCCTGGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 111241 TGGGGACGATTGCCAGATCGGGGTCAAAGGTA...CAGGCCTTCCTGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCTCTGCAGAACCAGGCTGAGGCCAGCAGCAAGATCATCGGCCAGTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113342 GCTCTGCAGAACCAGGCTGAGGCCAGCAGCAAGATCATCGGCCAGTTTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGTGGGTTTCTACTCAGCTTTCATGGTGGCTGACAGAGTGGAGGTCTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113392 AGTGGGTTTCTACTCAGCTTTCATGGTGGCTGACAGAGTGGAGGTCTATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCCGCTCGGCAGCCCCGGGGAGCCTGGGTTACCAGTGGCTTTCAGATGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 113442 CCCGCTCGGCAGCCCCGGGGAGCCTGGGTTACCAGTGGCTTTCAGATGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    705         TTCTGGAGTGTTTGAAATCGCCGAAGCTTCGGGAGTTAGAAC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113492 TG...TAGTTCTGGAGTGTTTGAAATCGCCGAAGCTTCGGGAGTTAGAAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CGGGACAAAAATCATCATCCACCTGAAATCCGACTGCAAGGAGTTTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114885 CGGGACAAAAATCATCATCCACCTGAAATCCGACTGCAAGGAGTTTTCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GCGAGGCCCGGGTGCGAG         ATGTGGTAACGAAGTACAGCAAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 114935 GCGAGGCCCGGGTGCGAGGTG...CAGATGTGGTAACGAAGTACAGCAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TTCGTCAGCTTCCCCTTGTACTTGAATGGAAGGCGGATGAACACCTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115614 TTCGTCAGCTTCCCCTTGTACTTGAATGGAAGGCGGATGAACACCTTGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 G         GCCATCTGGATGATGGACCCCAAGGATGTCCGTGAGTGGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115664 GGTG...CAGGCCATCTGGATGATGGACCCCAAGGATGTCCGTGAGTGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AACATGAGGAGTTCTACCGCTACGTCGCGCAGGCTCACGACAAGCCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116534 AACATGAGGAGTTCTACCGCTACGTCGCGCAGGCTCACGACAAGCCCCGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TACACCCTGCACTATAAGACGGACGCACCGCTCAACATCCGCAGCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116584 TACACCCTGCACTATAAGACGGACGCACCGCTCAACATCCGCAGCATCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CTACGTGCCCGACATG         AAACCGTCCATGTTTGATGTGAGCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 116634 CTACGTGCCCGACATGGTG...CAGAAACCGTCCATGTTTGATGTGAGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GGGAGCTGGGCTCCAGCGTTGCACTGTACAGCCGCAAAGTCCTCATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118193 GGGAGCTGGGCTCCAGCGTTGCACTGTACAGCCGCAAAGTCCTCATCCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ACCAAGGCCACGGACATCCTGCCCAAGTGGCTGCGCTTCATCCGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 118243 ACCAAGGCCACGGACATCCTGCCCAAGTGGCTGCGCTTCATCCGAGGTA.

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1166      GTGTGGTGGACAGTGAGGACATTCCCCTGAACCTCAGCCGGGAGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118293 ..CAGGTGTGGTGGACAGTGAGGACATTCCCCTGAACCTCAGCCGGGAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TGCTGCAGGAGAGCGCACTCATCAG         GAAACTCCGGGACGTT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 119242 TGCTGCAGGAGAGCGCACTCATCAGGTG...TAGGAAACTCCGGGACGTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TTACAGCAGAGGCTGATCAAATTCTTCATTGACCAGAGTAAAAAAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124886 TTACAGCAGAGGCTGATCAAATTCTTCATTGACCAGAGTAAAAAAGATGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 TGAGAAGTATGCAAAGTTTTTTGAAGATTACGGCCTGTTCATGCGGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124936 TGAGAAGTATGCAAAGTTTTTTGAAGATTACGGCCTGTTCATGCGGGAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 GCATTGTGACCGCCACCGAGCAGGAGGTCAAG         GAGGACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 124986 GCATTGTGACCGCCACCGAGCAGGAGGTCAAGGTA...TAGGAGGACATA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GCAAAGCTGCTGCGCTACGAGTCCTCGGCGCTGCCCTCCGGGCAGCTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126538 GCAAAGCTGCTGCGCTACGAGTCCTCGGCGCTGCCCTCCGGGCAGCTAAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CAGCCTCTCAGAATACGCCAGCCGCATGCGGGCCGGCACCCGCAACATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126588 CAGCCTCTCAGAATACGCCAGCCGCATGCGGGCCGGCACCCGCAACATCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 ACTACCTGTGCGCCCCCAACCGTCACCTGGCAGAGCACTCACCCTACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126638 ACTACCTGTGCGCCCCCAACCGTCACCTGGCAGAGCACTCACCCTACTAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GAGGCCATGAAGAAGAAAGACACAGAG         GTTCTCTTCTGCTT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 126688 GAGGCCATGAAGAAGAAAGACACAGAGGTG...CAGGTTCTCTTCTGCTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 TGAGCAGTTTGATGAGCTCACCCTGCTGCACCTTCGTGAGTTTGACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127440 TGAGCAGTTTGATGAGCTCACCCTGCTGCACCTTCGTGAGTTTGACAAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 AGAAGCTGATCTCTGTGGAGACGGACATAGTCGTGGATCACTACAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127490 AGAAGCTGATCTCTGTGGAGACGGACATAGTCGTGGATCACTACAAGGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GAGAAGTTTGAGGACAGGTCCCCAG         CCGCCGAGTGCCTATC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 127540 GAGAAGTTTGAGGACAGGTCCCCAGGTC...CAGCCGCCGAGTGCCTATC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 AGAGAAGGAGACGGAGGAGCTCATGGCCTGGATGAGAAATGTGCTGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128037 AGAGAAGGAGACGGAGGAGCTCATGGCCTGGATGAGAAATGTGCTGGGGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 CGCGTGTCACCAACGTGAAG         GTGACCCTCCGACTGGACACC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 128087 CGCGTGTCACCAACGTGAAGGTG...CAGGTGACCCTCCGACTGGACACC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 CACCCTGCCATGGTCACCGTGCTGGAGATGGGGGCTGCCCGCCACTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128877 CACCCTGCCATGGTCACCGTGCTGGAGATGGGGGCTGCCCGCCACTTCCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 GCGCATGCAGCAGCTGGCCAAGACCCAGGAGGAGCGCGCACAGCTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128927 GCGCATGCAGCAGCTGGCCAAGACCCAGGAGGAGCGCGCACAGCTCCTGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 AGCCCACGCTGGAGATCAACCCCAG         GCACGCGCTCATCAAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 128977 AGCCCACGCTGGAGATCAACCCCAGGTG...CAGGCACGCGCTCATCAAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 AAGCTGAATCAGCTGCGCGCAAGCGAGCCTGGCCTGGCTCAGCTGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132139 AAGCTGAATCAGCTGCGCGCAAGCGAGCCTGGCCTGGCTCAGCTGCTGGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 GGATCAG         ATATACGAGAACGCCATGATTGCTGCTGGACTTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132189 GGATCAGGTG...CAGATATACGAGAACGCCATGATTGCTGCTGGACTTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 TTGATGACCCTAGGGCCATGGTGGGCCGCTTGAATGAGCTGCTTGTCAAG
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132792 TTGACGACCCTAGGGCCATGGTGGGCCGCTTGAATGAGCTGCTTGTCAAG

   2250     .    :    .
   2098 GCCCTGGAGCGACAC
        |||||||||||||||
 132842 GCCCTGGAGCGACAC