seq1 = pF1KB9968.tfa, 2100 bp
seq2 = pF1KB9968/gi568815588f_127940882.tfa (gi568815588f:127940882_128182903), 242022 bp

>pF1KB9968 2100
>gi568815588f:127940882_128182903 (Chr10)

1-109  (100001-100109)   100% ->
110-209  (106509-106608)   100% ->
210-283  (106883-106956)   100% ->
284-420  (108649-108785)   100% ->
421-511  (115242-115332)   100% ->
512-588  (120058-120134)   100% ->
589-625  (120798-120834)   100% ->
626-723  (122202-122299)   100% ->
724-843  (125194-125313)   100% ->
844-1007  (127242-127405)   100% ->
1008-1143  (128811-128946)   100% ->
1144-1293  (129420-129569)   100% ->
1294-1387  (129927-130020)   100% ->
1388-1464  (131257-131333)   100% ->
1465-1599  (132456-132590)   100% ->
1600-1725  (135722-135847)   100% ->
1726-1892  (136736-136902)   100% ->
1893-2028  (138679-138814)   100% ->
2029-2100  (141951-142022)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCCTTGTGTCCACTCCTGCTGGTGGGTTTTAGCTTGCCGCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCCCTTGTGTCCACTCCTGCTGGTGGGTTTTAGCTTGCCGCTCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGGGCTCTCAGGGGCAACGAGACCACTGCCGACAGCAACGAGACAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGGGCTCTCAGGGGCAACGAGACCACTGCCGACAGCAACGAGACAACCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGACCTCAG         GCCCTCCGGACCCGGGCGCCTCCCAGCCGCTG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGACCTCAGGTA...CAGGCCCTCCGGACCCGGGCGCCTCCCAGCCGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGGCCTGGCTGCTACTGCCGCTGCTGCTCCTCCTCCTCGTGCTCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106541 CTGGCCTGGCTGCTACTGCCGCTGCTGCTCCTCCTCCTCGTGCTCCTTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGCCGCCTACTTCTTCAG         GTTCAGGAAGCAGAGGAAAGCTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 106591 CGCCGCCTACTTCTTCAGGTA...AAGGTTCAGGAAGCAGAGGAAAGCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGTCAGCACCAGCGACAAGAAGATGCCCAACGGAATCTTGGAGGAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106906 TGGTCAGCACCAGCGACAAGAAGATGCCCAACGGAATCTTGGAGGAGCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 G         AGCAGCAAAGGGTGATGCTGCTCAGCAGGTCACCCTCAGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106956 GGTA...CAGAGCAGCAAAGGGTGATGCTGCTCAGCAGGTCACCCTCAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCCCAAGAAGTATTTTCCCATCCCCGTGGAGCACCTGGAGGAGGAGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108689 GCCCAAGAAGTATTTTCCCATCCCCGTGGAGCACCTGGAGGAGGAGATCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTATCAGATCCGCCGACGACTGCAAGCAGTTTCGGGAGGAGTTCAAC   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 108739 GTATCAGATCCGCCGACGACTGCAAGCAGTTTCGGGAGGAGTTCAACGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    421       TCATTGCCATCTGGACACATACAAGGAACTTTTGAACTGGCAAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108789 ...CAGTCATTGCCATCTGGACACATACAAGGAACTTTTGAACTGGCAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TAAAGAAGAAAACAGAGAAAAAAACAGATATCCCAACATCCTTCCCA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 115286 TAAAGAAGAAAACAGAGAAAAAAACAGATATCCCAACATCCTTCCCAGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    512       ATGACCATTCTAGGGTGATTCTGAGCCAACTGGATGGAATTCCC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115336 ...CAGATGACCATTCTAGGGTGATTCTGAGCCAACTGGATGGAATTCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TGTTCAGACTACATCAATGCTTCCTACATAGAT         GGTTACAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 120102 TGTTCAGACTACATCAATGCTTCCTACATAGATGTA...TAGGGTTACAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AGAGAAGAATAAATTCATAGCAGCTCAAG         GTCCCAAACAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 120806 AGAGAAGAATAAATTCATAGCAGCTCAAGGTA...CAGGTCCCAAACAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AAACGGTTAACGACTTCTGGAGAATGGTCTGGGAGCAAAAGTCTGCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122214 AAACGGTTAACGACTTCTGGAGAATGGTCTGGGAGCAAAAGTCTGCGACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 ATCGTCATGTTAACAAACTTGAAAGAAAGGAAAGAG         GAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 122264 ATCGTCATGTTAACAAACTTGAAAGAAAGGAAAGAGGTG...CAGGAAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GTGCCATCAGTACTGGCCCGACCAAGGCTGCTGGACCTATGGAAACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125199 GTGCCATCAGTACTGGCCCGACCAAGGCTGCTGGACCTATGGAAACATCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GGGTGTGCGTGGAGGACTGCGTGGTTTTGGTCGACTACACCATCCGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125249 GGGTGTGCGTGGAGGACTGCGTGGTTTTGGTCGACTACACCATCCGGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TTCTGCATACAGCCA         CAGCTCCCCGACGGCTGCAAAGCCCC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 125299 TTCTGCATACAGCCAGTA...CAGCAGCTCCCCGACGGCTGCAAAGCCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CAGGCTGGTCTCACAGCTGCACTTCACCAGCTGGCCCGACTTCGGAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127268 CAGGCTGGTCTCACAGCTGCACTTCACCAGCTGGCCCGACTTCGGAGTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CTTTTACCCCCATTGGGATGCTGAAGTTCCTCAAGAAAGTAAAGACGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127318 CTTTTACCCCCATTGGGATGCTGAAGTTCCTCAAGAAAGTAAAGACGCTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AACCCCGTGCACGCTGGGCCCATCGTGGTCCACTGTAG         CGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 127368 AACCCCGTGCACGCTGGGCCCATCGTGGTCCACTGTAGGTA...AAGCGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 GGGCGTGGGCCGGACGGGCACCTTCATTGTGATCGATGCCATGATGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128814 GGGCGTGGGCCGGACGGGCACCTTCATTGTGATCGATGCCATGATGGCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TGATGCACGCGGAGCAGAAGGTGGATGTGTTTGAATTTGTGTCTCGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128864 TGATGCACGCGGAGCAGAAGGTGGATGTGTTTGAATTTGTGTCTCGAATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CGTAATCAGCGCCCTCAGATGGTTCAAACGGAT         ATGCAGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 128914 CGTAATCAGCGCCCTCAGATGGTTCAAACGGATGTG...CAGATGCAGTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 CACGTTCATCTACCAAGCCTTACTCGAGTACTACCTCTACGGGGACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129428 CACGTTCATCTACCAAGCCTTACTCGAGTACTACCTCTACGGGGACACAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 AGCTGGACGTGTCCTCCCTGGAGAAGCACCTGCAGACCATGCACGGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129478 AGCTGGACGTGTCCTCCCTGGAGAAGCACCTGCAGACCATGCACGGCACC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 ACCACCCACTTCGACAAGATCGGGCTGGAGGAGGAGTTCAGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 129528 ACCACCCACTTCGACAAGATCGGGCTGGAGGAGGAGTTCAGGGTG...CA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1294  AAATTGACAAATGTCCGGATCATGAAGGAGAACATGAGGACGGGCAACT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129926 GAAATTGACAAATGTCCGGATCATGAAGGAGAACATGAGGACGGGCAACT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TGCCGGCAAACATGAAGAAGGCCAGGGTCATCCAGATCATCCCGT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 129976 TGCCGGCAAACATGAAGAAGGCCAGGGTCATCCAGATCATCCCGTGTA..

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388     ATGACTTCAACCGAGTGATCCTTTCCATGAAAAGGGGTCAAGAATA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130026 .CAGATGACTTCAACCGAGTGATCCTTTCCATGAAAAGGGGTCAAGAATA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 CACAGACTACATCAACGCATCCTTCATAGAC         GGCTACCGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 131303 CACAGACTACATCAACGCATCCTTCATAGACGTA...AAGGGCTACCGAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 AGAAGGACTATTTCATCGCCACCCAGGGGCCACTGGCACACACGGTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132466 AGAAGGACTATTTCATCGCCACCCAGGGGCCACTGGCACACACGGTTGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 GACTTCTGGAGGATGATCTGGGAATGGAAATCCCACACTATCGTGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132516 GACTTCTGGAGGATGATCTGGGAATGGAAATCCCACACTATCGTGATGCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 GACGGAGGTGCAGGAGAGAGAGCAG         GATAAATGCTACCAGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 132566 GACGGAGGTGCAGGAGAGAGAGCAGGTG...AAGGATAAATGCTACCAGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 ATTGGCCAACCGAGGGCTCAGTTACTCATGGAGAAATAACGATTGAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135738 ATTGGCCAACCGAGGGCTCAGTTACTCATGGAGAAATAACGATTGAGATA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 AAGAATGATACCCTTTCAGAAGCCATCAGTATACGAGACTTTCTGGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135788 AAGAATGATACCCTTTCAGAAGCCATCAGTATACGAGACTTTCTGGTCAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 TCTCAATCAG         CCCCAGGCCCGCCAGGAGGAGCAGGTCCGAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 135838 TCTCAATCAGGTA...CAGCCCCAGGCCCGCCAGGAGGAGCAGGTCCGAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 TAGTGCGCCAGTTTCACTTCCACGGCTGGCCTGAGATCGGGATTCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136767 TAGTGCGCCAGTTTCACTTCCACGGCTGGCCTGAGATCGGGATTCCCGCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 GAGGGCAAAGGCATGATTGACCTCATCGCAGCCGTGCAGAAGCAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136817 GAGGGCAAAGGCATGATTGACCTCATCGCAGCCGTGCAGAAGCAGCAGCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 GCAGACAGGCAACCACCCCATCACCGTGCACTGCAG         TGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 136867 GCAGACAGGCAACCACCCCATCACCGTGCACTGCAGGTG...CAGTGCCG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 GAGCTGGGCGAACAGGTACATTCATAGCCCTCAGCAACATTTTGGAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138684 GAGCTGGGCGAACAGGTACATTCATAGCCCTCAGCAACATTTTGGAGCGA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 GTAAAAGCCGAGGGACTTTTAGATGTATTTCAAGCTGTGAAGAGTTTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138734 GTAAAAGCCGAGGGACTTTTAGATGTATTTCAAGCTGTGAAGAGTTTACG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 ACTTCAGAGACCACATATGGTGCAAACCCTG         GAACAGTATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 138784 ACTTCAGAGACCACATATGGTGCAAACCCTGGTA...CAGGAACAGTATG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2039 AATTCTGCTACAAAGTGGTACAAGATTTTATTGATATATTTTCTGATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141961 AATTCTGCTACAAAGTGGTACAAGATTTTATTGATATATTTTCTGATTAT

   2250     .    :
   2089 GCTAATTTCAAA
        ||||||||||||
 142011 GCTAATTTCAAA