seq1 = pF1KB9965.tfa, 1647 bp
seq2 = pF1KB9965/gi568815590f_11184889.tfa (gi568815590f:11184889_11422785), 237897 bp

>pF1KB9965 1647
>gi568815590f:11184889_11422785 (Chr8)

1-182  (100001-100182)   100% ->
183-291  (110306-110414)   100% ->
292-417  (115135-115260)   100% ->
418-591  (119953-120126)   100% ->
592-809  (121302-121519)   100% ->
810-971  (124639-124800)   100% ->
972-1113  (130035-130176)   100% ->
1114-1334  (131785-132005)   100% ->
1335-1486  (134799-134950)   100% ->
1487-1647  (137737-137897)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGTTTGCGGAGCTGATTAAGACCCCGCGGGTGGACAATGTGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGTTTGCGGAGCTGATTAAGACCCCGCGGGTGGACAATGTGGTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCACCGGCCTTTCTACCCGGCTGTCGAGGGCACCCTGTGCCTGACGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCACCGGCCTTTCTACCCGGCTGTCGAGGGCACCCTGTGCCTGACGGGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCACTTGATCCTGTCCTCCCGGCAGGACAATACGGAGGAGCTGTGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCACTTGATCCTGTCCTCCCGGCAGGACAATACGGAGGAGCTGTGGCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTCCATTCAAACATCGACGCCATCGACAAGCG         ATTTGTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100151 CTCCATTCAAACATCGACGCCATCGACAAGCGGTG...CAGATTTGTAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATCACTGGGTACCATCATCATAAAATGTAAAGATTTTCGAATTATTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110315 ATCACTGGGTACCATCATCATAAAATGTAAAGATTTTCGAATTATTCAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGATATTCCTGGAATGGAGGAATGCTTGAATATAGCCAGTTCCATTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110365 TGGATATTCCTGGAATGGAGGAATGCTTGAATATAGCCAGTTCCATTGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292          GCATTGTCTACTCTGGACTCCATCACTCTGATGTACCCTTT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110415 GTA...CAGGCATTGTCTACTCTGGACTCCATCACTCTGATGTACCCTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTTTTACCGTCCTATGTTTGAAGTGATAGAAGATGGCTGGCATTCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115176 CTTTTACCGTCCTATGTTTGAAGTGATAGAAGATGGCTGGCATTCCTTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTCCTGAGCAAGAATTTGAACTCTATTCTTCAGCT         ACCAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 115226 TTCCTGAGCAAGAATTTGAACTCTATTCTTCAGCTGTG...CAGACCAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAATGGAGGCTAAGCTATGTCAATAAGGAATTTGCTGTCTGTCCCTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119959 GAATGGAGGCTAAGCTATGTCAATAAGGAATTTGCTGTCTGTCCCTCTTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCCACCAATTGTCACAGTGCCCAAATCCATCGATGATGAAGCTCTTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120009 CCCACCAATTGTCACAGTGCCCAAATCCATCGATGATGAAGCTCTTCGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGGTAGCTACATTTCGACATGGAGGGCGCTTCCCAGTACTAAGCTATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120059 AGGTAGCTACATTTCGACATGGAGGGCGCTTCCCAGTACTAAGCTATTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CACAAAAAAAATGGGATG         GTAATTATGCGAAGTGGTCAGCC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 120109 CACAAAAAAAATGGGATGGTA...TAGGTAATTATGCGAAGTGGTCAGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ACTCACTGGTACAAACGGGAGGAGGTGCAAGGAGGACGAGAAGCTGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121325 ACTCACTGGTACAAACGGGAGGAGGTGCAAGGAGGACGAGAAGCTGATAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATGCTACCCTCAGGGCTGGAAAGCGTGGCTACATCATTGACACCCGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121375 ATGCTACCCTCAGGGCTGGAAAGCGTGGCTACATCATTGACACCCGATCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CTGAACGTGGCTCAGCAAACTAGAGCCAAAGGAGGTGGCTTTGAACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121425 CTGAACGTGGCTCAGCAAACTAGAGCCAAAGGAGGTGGCTTTGAACAAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 AGCTCATTATCCTCAGTGGAGGCGAATTCATAAGTCCATTGAGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 121475 AGCTCATTATCCTCAGTGGAGGCGAATTCATAAGTCCATTGAGAGGTA..

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    810     GTATCACATTCTTCAGGAGAGCTTAATCAAACTTGTGGAAGCTTGT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121525 .AAGGTATCACATTCTTCAGGAGAGCTTAATCAAACTTGTGGAAGCTTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AATGACCAAACACATAACATGGACCGATGGCTCAGTAAATTGGAGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124685 AATGACCAAACACATAACATGGACCGATGGCTCAGTAAATTGGAGGCCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TAACTGGCTGACTCACATCAAAGAGATTCTGACAACTGCCTGCCTAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124735 TAACTGGCTGACTCACATCAAAGAGATTCTGACAACTGCCTGCCTAGCGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CTCAGTGCATCGACAG         GGAAGGAGCATCAATATTGATTCAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 124785 CTCAGTGCATCGACAGGTA...CAGGGAAGGAGCATCAATATTGATTCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GGAACAGAAGGAACTGATTCCACACTCCAGGTGACCTCCTTGGCCCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130060 GGAACAGAAGGAACTGATTCCACACTCCAGGTGACCTCCTTGGCCCAGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CATCTTAGAGCCAAGAAGCAGGACCATTCGTGGTTTTGAGGCCCTGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130110 CATCTTAGAGCCAAGAAGCAGGACCATTCGTGGTTTTGAGGCCCTGATTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AAAGAGAGTGGCTGCAG         GCTGGTCACCCATTCCAGCAGCGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 130160 AAAGAGAGTGGCTGCAGGTG...TAGGCTGGTCACCCATTCCAGCAGCGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TGTGCACAGTCAGCCTACTGTAACACCAAGCAGAAGTGGGAGGCTCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131809 TGTGCACAGTCAGCCTACTGTAACACCAAGCAGAAGTGGGAGGCTCCTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 ATTTCTTCTCTTCTTGGACTGCGTGTGGCAGATCCTTCGTCAGTTTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131859 ATTTCTTCTCTTCTTGGACTGCGTGTGGCAGATCCTTCGTCAGTTTCCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 GTTCTTTTGAGTTTAATGAGAATTTCCTCATCATGCTCTTTGAGCATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131909 GTTCTTTTGAGTTTAATGAGAATTTCCTCATCATGCTCTTTGAGCATGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 TATGCCTCACAGTTTGGAACATTTCTGGGCAACAATGAAAGTGAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 131959 TATGCCTCACAGTTTGGAACATTTCTGGGCAACAATGAAAGTGAAAGGTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1335       ATGTAAGTTGAAGCTACAGCAGAAGACGATGTCTTTGTGGTCCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132009 ...CAGATGTAAGTTGAAGCTACAGCAGAAGACGATGTCTTTGTGGTCCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 GGGTTAATCAGCCCAGTGAGCTGAGTAAATTCACCAATCCCCTCTTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134843 GGGTTAATCAGCCCAGTGAGCTGAGTAAATTCACCAATCCCCTCTTTGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GCCAACAACCTTGTCATCTGGCCTTCAGTTGCTCCGCAGAGTCTTCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134893 GCCAACAACCTTGTCATCTGGCCTTCAGTTGCTCCGCAGAGTCTTCCACT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GTGGGAAG         GTATTTTCCTACGTTGGAATAGATCCTCTAAGT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 134943 GTGGGAAGGTA...TAGGTATTTTCCTACGTTGGAATAGATCCTCTAAGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 ATTTGGATGAAGCATATGAAGAAATGGTTAACATCATTGAATATAATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137770 ATTTGGATGAAGCATATGAAGAAATGGTTAACATCATTGAATATAATAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GAATTACAAGCAAAAGTCAATATCCTTCGAAGGCAGTTGGCAGAACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137820 GAATTACAAGCAAAAGTCAATATCCTTCGAAGGCAGTTGGCAGAACTGGA

   1700     .    :    .    :    .
   1620 AACAGAGGACGGGATGCAGGAGAGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||
 137870 AACAGAGGACGGGATGCAGGAGAGTCCC