seq1 = pF1KB9961.tfa, 1608 bp
seq2 = pF1KB9961/gi568815578f_37284154.tfa (gi568815578f:37284154_37503376), 219223 bp

>pF1KB9961 1608
>gi568815578f:37284154_37503376 (Chr20)

1-250  (100001-100250)   100% ->
251-350  (101922-102021)   100% ->
351-449  (109742-109840)   100% ->
450-553  (110021-110124)   100% ->
554-703  (112009-112158)   100% ->
704-859  (113546-113701)   100% ->
860-1039  (115962-116141)   100% ->
1040-1116  (117449-117525)   100% ->
1117-1270  (118282-118435)   99% ->
1271-1402  (118596-118727)   100% ->
1403-1608  (119018-119223)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTAGCAACAAGAGCAAGCCCAAGGATGCCAGCCAGCGGCGCCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTAGCAACAAGAGCAAGCCCAAGGATGCCAGCCAGCGGCGCCGCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGGAGCCCGCCGAGAACGTGCACGGCGCTGGCGGGGGCGCTTTCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGGAGCCCGCCGAGAACGTGCACGGCGCTGGCGGGGGCGCTTTCCCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTCGCAGACCCCCAGCAAGCCAGCCTCGGCCGACGGCCACCGCGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCTCGCAGACCCCCAGCAAGCCAGCCTCGGCCGACGGCCACCGCGGCCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCGCGGCCTTCGCCCCCGCGGCCGCCGAGCCCAAGCTGTTCGGAGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGCGCGGCCTTCGCCCCCGCGGCCGCCGAGCCCAAGCTGTTCGGAGGCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAACTCCTCGGACACCGTCACCTCCCCGCAGAGGGCGGGCCCGCTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAACTCCTCGGACACCGTCACCTCCCCGCAGAGGGCGGGCCCGCTGGCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251          GTGGAGTGACCACCTTTGTGGCCCTCTATGACTATGAGTCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GTC...CAGGTGGAGTGACCACCTTTGTGGCCCTCTATGACTATGAGTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGGACGGAGACAGACCTGTCCTTCAAGAAAGGCGAGCGGCTCCAGATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101963 AGGACGGAGACAGACCTGTCCTTCAAGAAAGGCGAGCGGCTCCAGATTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAACAACAC         AGAGGGAGACTGGTGGCTGGCCCACTCGCTCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 102013 CAACAACACGTG...CAGAGAGGGAGACTGGTGGCTGGCCCACTCGCTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCACAGGACAGACAGGCTACATCCCCAGCAACTACGTGGCGCCCTCCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109774 GCACAGGACAGACAGGCTACATCCCCAGCAACTACGTGGCGCCCTCCGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TCCATCCAGGCTGAGGA         GTGGTATTTTGGCAAGATCACCAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 109824 TCCATCCAGGCTGAGGAGTG...CAGGTGGTATTTTGGCAAGATCACCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ACGGGAGTCAGAGCGGTTACTGCTCAATGCAGAGAACCCGAGAGGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110045 ACGGGAGTCAGAGCGGTTACTGCTCAATGCAGAGAACCCGAGAGGGACCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCCTCGTGCGAGAAAGTGAGACCACGAAAG         GTGCCTACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 110095 TCCTCGTGCGAGAAAGTGAGACCACGAAAGGTA...CAGGTGCCTACTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTCTCAGTGTCTGACTTCGACAACGCCAAGGGCCTCAACGTGAAGCACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112020 CTCTCAGTGTCTGACTTCGACAACGCCAAGGGCCTCAACGTGAAGCACTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAAGATCCGCAAGCTGGACAGCGGCGGCTTCTACATCACCTCCCGCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112070 CAAGATCCGCAAGCTGGACAGCGGCGGCTTCTACATCACCTCCCGCACCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGTTCAACAGCCTGCAGCAGCTGGTGGCCTACTACTCCA         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 112120 AGTTCAACAGCCTGCAGCAGCTGGTGGCCTACTACTCCAGTG...CAGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CACGCCGATGGCCTGTGCCACCGCCTCACCACCGTGTGCCCCACGTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113548 CACGCCGATGGCCTGTGCCACCGCCTCACCACCGTGTGCCCCACGTCCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCCGCAGACTCAGGGCCTGGCCAAGGATGCCTGGGAGATCCCTCGGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113598 GCCGCAGACTCAGGGCCTGGCCAAGGATGCCTGGGAGATCCCTCGGGAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CGCTGCGGCTGGAGGTCAAGCTGGGCCAGGGCTGCTTTGGCGAGGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113648 CGCTGCGGCTGGAGGTCAAGCTGGGCCAGGGCTGCTTTGGCGAGGTGTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ATGG         GGACCTGGAACGGTACCACCAGGGTGGCCATCAAAAC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113698 ATGGGTA...CAGGGACCTGGAACGGTACCACCAGGGTGGCCATCAAAAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCTGAAGCCTGGCACGATGTCTCCAGAGGCCTTCCTGCAGGAGGCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115999 CCTGAAGCCTGGCACGATGTCTCCAGAGGCCTTCCTGCAGGAGGCCCAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TCATGAAGAAGCTGAGGCATGAGAAGCTGGTGCAGTTGTATGCTGTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116049 TCATGAAGAAGCTGAGGCATGAGAAGCTGGTGCAGTTGTATGCTGTGGTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TCAGAGGAGCCCATTTACATCGTCACGGAGTACATGAGCAAGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 116099 TCAGAGGAGCCCATTTACATCGTCACGGAGTACATGAGCAAGGGTG...C

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1040   GGAGTTTGCTGGACTTTCTCAAGGGGGAGACAGGCAAGTACCTGCGGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117447 AGGGAGTTTGCTGGACTTTCTCAAGGGGGAGACAGGCAAGTACCTGCGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TGCCTCAGCTGGTGGACATGGCTGCTCAG         ATCGCCTCAGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 117497 TGCCTCAGCTGGTGGACATGGCTGCTCAGGTG...CAGATCGCCTCAGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ATGGCGTACGTGGAGCGGATGAACTACGTCCACCGGGACCTTCGTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118294 ATGGCGTACGTGGAGCGGATGAACTACGTCCACCGGGACCTTCGTGCAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CAACATCCTGGTGGGAGAGAACCTGGTGTGCAAAGTGGCCGACTTTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 118344 CAACATCCTGGTGGGAGAGAACCTGGTGTGCAAAGTGGCGGACTTTGGGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TGGCTCGGCTCATTGAAGACAATGAGTACACGGCGCGGCAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 118394 TGGCTCGGCTCATTGAAGACAATGAGTACACGGCGCGGCAAGGTG...CA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1271  GTGCCAAATTCCCCATCAAGTGGACGGCTCCAGAAGCTGCCCTCTATGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118595 GGTGCCAAATTCCCCATCAAGTGGACGGCTCCAGAAGCTGCCCTCTATGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CCGCTTCACCATCAAGTCGGACGTGTGGTCCTTCGGGATCCTGCTGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118645 CCGCTTCACCATCAAGTCGGACGTGTGGTCCTTCGGGATCCTGCTGACTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AGCTCACCACAAAGGGACGGGTGCCCTACCCTG         GGATGGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 118695 AGCTCACCACAAAGGGACGGGTGCCCTACCCTGGTA...CAGGGATGGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 AACCGCGAGGTGCTGGACCAGGTGGAGCGGGGCTACCGGATGCCCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119026 AACCGCGAGGTGCTGGACCAGGTGGAGCGGGGCTACCGGATGCCCTGCCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 GCCGGAGTGTCCCGAGTCCCTGCACGACCTCATGTGCCAGTGCTGGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119076 GCCGGAGTGTCCCGAGTCCCTGCACGACCTCATGTGCCAGTGCTGGCGGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 AGGAGCCTGAGGAGCGGCCCACCTTCGAGTACCTGCAGGCCTTCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119126 AGGAGCCTGAGGAGCGGCCCACCTTCGAGTACCTGCAGGCCTTCCTGGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1561 GACTACTTCACGTCCACCGAGCCCCAGTACCAGCCCGGGGAGAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119176 GACTACTTCACGTCCACCGAGCCCCAGTACCAGCCCGGGGAGAACCTC