seq1 = pF1KB9959.tfa, 1614 bp
seq2 = pF1KB9959/gi568815579f_44765270.tfa (gi568815579f:44765270_44988376), 223107 bp

>pF1KB9959 1614
>gi568815579f:44765270_44988376 (Chr19)

1-88  (81257-81344)   100% ->
89-478  (100002-100391)   100% ->
479-775  (106584-106880)   100% ->
776-893  (108647-108764)   100% ->
894-1042  (109061-109209)   100% ->
1043-1196  (116942-117095)   100% ->
1197-1260  (120668-120731)   100% ->
1261-1347  (120864-120950)   100% ->
1348-1614  (122841-123107)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCGGGCCGCTGCCCTCCTGCCGTCGAGATCGCCGCCGACGCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  81257 ATGGCCCGGGCCGCTGCCCTCCTGCCGTCGAGATCGCCGCCGACGCCGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGTGGCCGCTGCTGCTGCTGCTGCTCCTGGAAACCG         GAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
  81307 GCTGTGGCCGCTGCTGCTGCTGCTGCTCCTGGAAACCGGTG...CAGGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCAGGATGTGCGAGTTCAAGTGCTACCCGAGGTGCGAGGCCAGCTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100005 CCCAGGATGTGCGAGTTCAAGTGCTACCCGAGGTGCGAGGCCAGCTCGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGCACCGTGGAGCTGCCGTGCCACCTGCTGCCACCTGTTCCTGGACTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100055 GGCACCGTGGAGCTGCCGTGCCACCTGCTGCCACCTGTTCCTGGACTGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATCTCCCTGGTGACCTGGCAGCGCCCAGATGCACCTGCGAACCACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100105 CATCTCCCTGGTGACCTGGCAGCGCCCAGATGCACCTGCGAACCACCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGTGGCCGCCTTCCACCCTAAGATGGGTCCCAGCTTCCCCAGCCCGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100155 ATGTGGCCGCCTTCCACCCTAAGATGGGTCCCAGCTTCCCCAGCCCGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCTGGCAGCGAGCGGCTGTCCTTCGTCTCTGCCAAGCAGAGCACTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100205 CCTGGCAGCGAGCGGCTGTCCTTCGTCTCTGCCAAGCAGAGCACTGGGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGACACAGAGGCAGAGCTCCAGGACGCCACGCTGGCCCTCCACGGGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100255 AGACACAGAGGCAGAGCTCCAGGACGCCACGCTGGCCCTCCACGGGCTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CGGTGGAGGACGAGGGCAACTACACTTGCGAGTTTGCCACCTTCCCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100305 CGGTGGAGGACGAGGGCAACTACACTTGCGAGTTTGCCACCTTCCCCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GGGTCCGTCCGAGGGATGACCTGGCTCAGAGTCATAG         CCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100355 GGGTCCGTCCGAGGGATGACCTGGCTCAGAGTCATAGGTG...CAGCCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCCCAAGAACCAAGCTGAGGCCCAGAAGGTCACGTTCAGCCAGGACCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106588 GCCCAAGAACCAAGCTGAGGCCCAGAAGGTCACGTTCAGCCAGGACCCTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CGACAGTGGCCCTCTGCATCTCCAAAGAGGGCCGCCCACCTGCCCGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106638 CGACAGTGGCCCTCTGCATCTCCAAAGAGGGCCGCCCACCTGCCCGGATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TCCTGGCTCTCATCCCTGGACTGGGAAGCCAAAGAGACTCAGGTGTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106688 TCCTGGCTCTCATCCCTGGACTGGGAAGCCAAAGAGACTCAGGTGTCAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GACCCTGGCCGGAACTGTCACTGTCACCAGCCGCTTCACCTTGGTGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106738 GACCCTGGCCGGAACTGTCACTGTCACCAGCCGCTTCACCTTGGTGCCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CGGGCCGAGCAGATGGTGTCACGGTCACCTGCAAAGTGGAGCATGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106788 CGGGCCGAGCAGATGGTGTCACGGTCACCTGCAAAGTGGAGCATGAGAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TTCGAGGAACCAGCCCTGATACCTGTGACCCTCTCTGTACGCT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 106838 TTCGAGGAACCAGCCCTGATACCTGTGACCCTCTCTGTACGCTGTG...C

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    776   ACCCTCCTGAAGTGTCCATCTCCGGCTATGATGACAACTGGTACCTCG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108645 AGACCCTCCTGAAGTGTCCATCTCCGGCTATGATGACAACTGGTACCTCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GCCGTACTGATGCCACCCTGAGCTGTGACGTCCGCAGCAACCCAGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108695 GCCGTACTGATGCCACCCTGAGCTGTGACGTCCGCAGCAACCCAGAGCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 ACGGGCTATGACTGGAGCAC         GACCTCAGGCACCTTCCCGAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 108745 ACGGGCTATGACTGGAGCACGTG...CAGGACCTCAGGCACCTTCCCGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CTCCGCAGTGGCCCAGGGCTCCCAGCTGGTCATCCACGCAGTGGACAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109082 CTCCGCAGTGGCCCAGGGCTCCCAGCTGGTCATCCACGCAGTGGACAGTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TGTTCAATACCACCTTCGTCTGCACAGTCACCAATGCCGTGGGCATGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109132 TGTTCAATACCACCTTCGTCTGCACAGTCACCAATGCCGTGGGCATGGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 CGCGCTGAGCAGGTCATCTTTGTCCGAG         AGACCCCCAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 109182 CGCGCTGAGCAGGTCATCTTTGTCCGAGGTG...CAGAGACCCCCAACAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 AGCAGGCGCAGGGGCCACAGGCGGCATCATCGGGGGCATCATCGCCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116955 AGCAGGCGCAGGGGCCACAGGCGGCATCATCGGGGGCATCATCGCCGCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TCATTGCTACTGCTGTGGCTGCCACGGGCATCCTTATCTGCCGGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117005 TCATTGCTACTGCTGTGGCTGCCACGGGCATCCTTATCTGCCGGCAGCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 CGGAAGGAGCAGACGCTGCAGGGGGCAGAGGAGGACGAAGA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 117055 CGGAAGGAGCAGACGCTGCAGGGGGCAGAGGAGGACGAAGAGTA...CAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CCTGGAGGGACCTCCCTCCTACAAGCCACCGACCCCAAAAGCGAAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120668 CCTGGAGGGACCTCCCTCCTACAAGCCACCGACCCCAAAAGCGAAGCTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 AGGCACAGGAGATG         CCCTCCCAGCTCTTCACTCTGGGGGCC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 120718 AGGCACAGGAGATGGTG...CAGCCCTCCCAGCTCTTCACTCTGGGGGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 TCGGAGCACAGCCCACTCAAGACCCCCTACTTTGATGCTGGCGCCTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120891 TCGGAGCACAGCCCACTCAAGACCCCCTACTTTGATGCTGGCGCCTCATG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CACTGAGCAG         GAAATGCCTCGATACCATGAGCTGCCCACCT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 120941 CACTGAGCAGGTA...CAGGAAATGCCTCGATACCATGAGCTGCCCACCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TGGAAGAACGGTCAGGACCCTTGCACCCTGGAGCCACAAGCCTGGGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122872 TGGAAGAACGGTCAGGACCCTTGCACCCTGGAGCCACAAGCCTGGGGTCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 CCCATCCCGGTGCCTCCAGGGCCACCTGCTGTGGAAGACGTTTCCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122922 CCCATCCCGGTGCCTCCAGGGCCACCTGCTGTGGAAGACGTTTCCCTGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 TCTAGAGGATGAGGAGGGGGAGGAGGAGGAAGAGTATCTGGACAAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122972 TCTAGAGGATGAGGAGGGGGAGGAGGAGGAAGAGTATCTGGACAAGATCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 ACCCCATCTATGATGCTCTGTCCTATAGCAGCCCCTCTGATTCCTACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123022 ACCCCATCTATGATGCTCTGTCCTATAGCAGCCCCTCTGATTCCTACCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .
   1579 GGCAAAGGCTTTGTCATGTCCCGGGCCATGTATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123072 GGCAAAGGCTTTGTCATGTCCCGGGCCATGTATGTG