seq1 = pF1KB9956.tfa, 2052 bp
seq2 = pF1KB9956/gi568815595f_170260332.tfa (gi568815595f:170260332_170492414), 232083 bp

>pF1KB9956 2052
>gi568815595f:170260332_170492414 (Chr3)

1-1102  (100001-101102)   99% ->
1103-1196  (120917-121010)   100% ->
1197-1429  (124202-124434)   100% ->
1430-1671  (129892-130133)   100% ->
1672-1896  (130705-130929)   100% ->
1897-2052  (131928-132083)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAAACCTCCAGACAAATTTCTCCTTGGTTCAGGGCTCAACTAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAAACCTCCAGACAAATTTCTCCTTGGTTCAGGGCTCAACTAAAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACTGAATGGGATGGGAGATGATGGCAGCCCCCCAGCGAAAAAAATGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACTGAATGGGATGGGAGATGATGGCAGCCCCCCAGCGAAAAAAATGATAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGACATTCATGTAAATGGAAAAACGATAAACAAGGTGCCAACAGTTAAG
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGACATTCATGCAAATGGAAAAACGATAAACAAGGTGCCAACAGTTAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGGAACACTTGGATGACTATGGAGAAGCACCAGTGGAAACTGATGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGGAACACTTGGATGACTATGGAGAAGCACCAGTGGAAACTGATGGAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCATGTTAAGCGAACCTGTACTTCTGTTCCTGAAACTTTGCATTTAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCATGTTAAGCGAACCTGTACTTCTGTTCCTGAAACTTTGCATTTAAATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCAGTTTGAAACACACATTGGCACAATTCCATTTAAGTAGTCAGAGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCAGTTTGAAACACACATTGGCACAATTCCATTTAAGTAGTCAGAGCTCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGGGTGGACCAGCAGCATTTTCTGCTCGGCATTCCCAAGAAAGCATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGGGTGGACCAGCAGCATTTTCTGCTCGGCATTCCCAAGAAAGCATGTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCCTACTGTATTTCTGCCTCTTCCATCACCTCAGGTTCTTCCTGGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCCTACTGTATTTCTGCCTCTTCCATCACCTCAGGTTCTTCCTGGCCCAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGCTCATCCCTTCAGATAGCTCCACAGAACTCACTCAGACTGTGTTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGCTCATCCCTTCAGATAGCTCCACAGAACTCACTCAGACTGTGTTGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGGGAATCTATTTCTTGTTTTCAAGTTGGAGGAGAAAAGAGACTCTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGGGAATCTATTTCTTGTTTTCAAGTTGGAGGAGAAAAGAGACTCTGTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCCCCAAGTCTTAAATTCTGTTCTCCGAGAATTTACACTCCAGCAAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCCCCAAGTCTTAAATTCTGTTCTCCGAGAATTTACACTCCAGCAAATAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ATACAGTGTGTGATGAACTGTACATATATTGTTCAAGGTGTACTTCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ATACAGTGTGTGATGAACTGTACATATATTGTTCAAGGTGTACTTCAGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CAGCTTCATATCTTAAAGGTACTGGGCATACTTCCATTCAATGCCCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CAGCTTCATATCTTAAAGGTACTGGGCATACTTCCATTCAATGCCCCATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTGTGGGCTGATTACATTAACTGATGCACAAAGATTATGTAATGCTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTGTGGGCTGATTACATTAACTGATGCACAAAGATTATGTAATGCTTTAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TGCGGCCACGAACTTTTCCTCAAAATGGTAGCGTACTTCCTGCTAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TGCGGCCACGAACTTTTCCTCAAAATGGTAGCGTACTTCCTGCTAAAAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TCATTGGCCCAGTTAAAGGAAACTGGCAGTGCCTTTGAAGTGGAGCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TCATTGGCCCAGTTAAAGGAAACTGGCAGTGCCTTTGAAGTGGAGCATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 ATGCCTAGGCAAATGTCAGGGTTTATTTGCACCCCAGTTTTATGTTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 ATGCCTAGGCAAATGTCAGGGTTTATTTGCACCCCAGTTTTATGTTCAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CTGATGCTCCGTGTATTCAATGTCTGGAGTGTTGTGGAATGTTTGCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CTGATGCTCCGTGTATTCAATGTCTGGAGTGTTGTGGAATGTTTGCACCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CAGACGTTTGTGATGCATTCTCACAGATCACCTGACAAAAGAACTTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CAGACGTTTGTGATGCATTCTCACAGATCACCTGACAAAAGAACTTGCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CTGGGGCTTTGAATCAGCTAAATGGCATTGCTATCTTCATGTGAACCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CTGGGGCTTTGAATCAGCTAAATGGCATTGCTATCTTCATGTGAACCAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AATACTTAGGAACACCTGAAGAAAAGAAACTGAAGATAATTTTAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 AATACTTAGGAACACCTGAAGAAAAGAAACTGAAGATAATTTTAGAAGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 ATGAAGGAGAAGTTTAGCATGAGAAGTGGAAAGAGAAATCAATCCAAGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 101051 ATGAAGGAGAAGTTTAGCATGAGAAGTGGAAAGAGAAATCAATCCAAGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 AG         ATGCACCATCAGGAATGGAATTACAGTCATGGTATCCTG
        | >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 AAGTT...CAGATGCACCATCAGGAATGGAATTACAGTCATGGTATCCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 TTATAAAGCAGGAAGGTGACCATGTTTCTCAGACACATTCATTTTTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120956 TTATAAAGCAGGAAGGTGACCATGTTTCTCAGACACATTCATTTTTACAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 CCCAG         CTACTACTTATACATGTGTGATAAAGTGGTTGCCCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121006 CCCAGGTG...CAGCTACTACTTATACATGTGTGATAAAGTGGTTGCCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 AAATGTGTCACTTACTTCTGCTGTATCCCAGTCTAAAGAGCTCACAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124238 AAATGTGTCACTTACTTCTGCTGTATCCCAGTCTAAAGAGCTCACAAAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 CAGAGGCAAGTAAGTCCATATCAAGACAGTCAGAGAAGGCTCACAGTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124288 CAGAGGCAAGTAAGTCCATATCAAGACAGTCAGAGAAGGCTCACAGTAGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 GGTAAACTTCAAAAAACAGTGTCTTATCCAGATGTCTCACTTGAGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124338 GGTAAACTTCAAAAAACAGTGTCTTATCCAGATGTCTCACTTGAGGAACA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 GGAGAAAATGGATTTAAAAACAAGTAGAGAATTATGTAGCCGTTTAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 124388 GGAGAAAATGGATTTAAAAACAAGTAGAGAATTATGTAGCCGTTTAGGTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1430       ATGCATCAATCTCAAATAATTCTACAAGTAAAAGGAAATCTGAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124438 ...AAGATGCATCAATCTCAAATAATTCTACAAGTAAAAGGAAATCTGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 TCTGCCACTTGCAACTTAGTCAGAGACATAAACAAAGTGGGAATTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129936 TCTGCCACTTGCAACTTAGTCAGAGACATAAACAAAGTGGGAATTGGCCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 TGTTGCTGCCGCTTCATCTCCGCTTCTTGTGAAAGATGTCATTTGTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129986 TGTTGCTGCCGCTTCATCTCCGCTTCTTGTGAAAGATGTCATTTGTGAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 ATGATAAGGGAAAAATCATGGAAGAAGTAATGAGAACTTATTTAAAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130036 ATGATAAGGGAAAAATCATGGAAGAAGTAATGAGAACTTATTTAAAACAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1624 CAGGAAAAACTAAACTTGATTTTGCAAAAGAAGCAACAACTTCAGATG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 130086 CAGGAAAAACTAAACTTGATTTTGCAAAAGAAGCAACAACTTCAGATGGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1672        GAAGTAAAAATGTTGAGTAGTTCAAAATCTATGAAGGAACTCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130136 A...CAGGAAGTAAAAATGTTGAGTAGTTCAAAATCTATGAAGGAACTCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 CTGAAGAACAGCAGAATTTACAGAAAGAGCTTGAATCTTTGCAGAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130748 CTGAAGAACAGCAGAATTTACAGAAAGAGCTTGAATCTTTGCAGAATGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1765 CATGCTCAAAGAATGGAAGAATTTTATGTTGAACAGAAAGACTTAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130798 CATGCTCAAAGAATGGAAGAATTTTATGTTGAACAGAAAGACTTAGAGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1815 AAAATTGGAGCAGATAATGAAGCAAAAATGTACCTGTGACTCAAATTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130848 AAAATTGGAGCAGATAATGAAGCAAAAATGTACCTGTGACTCAAATTTAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1865 AAAAAGACAAAGAGGCTGAATATGCAGGACAG         TTGGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 130898 AAAAAGACAAAGAGGCTGAATATGCAGGACAGGTA...TAGTTGGCAGAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1906 CTGAGGCAGAGATTGGACCATGCTGAGGCCGATAGGCAAGAACTCCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131937 CTGAGGCAGAGATTGGACCATGCTGAGGCCGATAGGCAAGAACTCCAAGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1956 TGAACTCAGACAGGAACGGGAAGCAAGACAGAAGTTAGAGATGATGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131987 TGAACTCAGACAGGAACGGGAAGCAAGACAGAAGTTAGAGATGATGATAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2006 AAGAGCTAAAGCTGCAAATTCTGAAATCATCAAAGACTGCTAAAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132037 AAGAGCTAAAGCTGCAAATTCTGAAATCATCAAAGACTGCTAAAGAA