seq1 = pF1KB9955.tfa, 1611 bp
seq2 = pF1KB9955/gi568815592r_111561742.tfa (gi568815592r:111561742_111820051), 258310 bp

>pF1KB9955 1611
>gi568815592r:111561742_111820051 (Chr6)

(complement)

1-247  (100001-100247)   100% ->
248-344  (105609-105705)   100% ->
345-443  (112032-112130)   100% ->
444-547  (115950-116053)   100% ->
548-697  (117018-117167)   100% ->
698-862  (119784-119948)   100% ->
863-1042  (123596-123775)   100% ->
1043-1119  (125348-125424)   100% ->
1120-1273  (125524-125677)   100% ->
1274-1405  (145422-145553)   100% ->
1406-1611  (158105-158310)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCTGTGTGCAATGTAAGGATAAAGAAGCAACAAAACTGACGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCTGTGTGCAATGTAAGGATAAAGAAGCAACAAAACTGACGGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGGGACGGCAGCCTGAACCAGAGCTCTGGGTACCGCTATGGCACAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGGGACGGCAGCCTGAACCAGAGCTCTGGGTACCGCTATGGCACAGACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCACCCCTCAGCACTACCCCAGCTTCGGTGTGACCTCCATCCCCAACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCACCCCTCAGCACTACCCCAGCTTCGGTGTGACCTCCATCCCCAACTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AACAACTTCCACGCAGCCGGGGGCCAAGGACTCACCGTCTTTGGAGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AACAACTTCCACGCAGCCGGGGGCCAAGGACTCACCGTCTTTGGAGGTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAACTCTTCGTCTCATACGGGGACCTTGCGTACGAGAGGAGGAACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100201 GAACTCTTCGTCTCATACGGGGACCTTGCGTACGAGAGGAGGAACAGGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    248       GAGTGACACTCTTTGTGGCCCTTTATGACTATGAAGCACGGACA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ...CAGGAGTGACACTCTTTGTGGCCCTTTATGACTATGAAGCACGGACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAAGATGACCTGAGTTTTCACAAAGGAGAAAAATTTCAAATATTGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105653 GAAGATGACCTGAGTTTTCACAAAGGAGAAAAATTTCAAATATTGAACAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTC         GGAAGGAGATTGGTGGGAAGCCCGCTCCTTGACAACTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105703 CTCGTA...CAGGGAAGGAGATTGGTGGGAAGCCCGCTCCTTGACAACTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GAGAGACAGGTTACATTCCCAGCAATTATGTGGCTCCAGTTGACTCTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112070 GAGAGACAGGTTACATTCCCAGCAATTATGTGGCTCCAGTTGACTCTATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAGGCAGAAGA         GTGGTACTTTGGAAAACTTGGCCGAAAAGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 112120 CAGGCAGAAGAGTA...AAGGTGGTACTTTGGAAAACTTGGCCGAAAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGCTGAGCGACAGCTATTGTCCTTTGGAAACCCAAGAGGTACCTTTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115980 TGCTGAGCGACAGCTATTGTCCTTTGGAAACCCAAGAGGTACCTTTCTTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCCGCGAGAGTGAAACCACCAAAG         GTGCCTATTCACTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 116030 TCCGCGAGAGTGAAACCACCAAAGGTA...CAGGTGCCTATTCACTTTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATCCGTGATTGGGATGATATGAAAGGAGACCATGTCAAACATTATAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117035 ATCCGTGATTGGGATGATATGAAAGGAGACCATGTCAAACATTATAAAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCGCAAACTTGACAATGGTGGATACTACATTACCACCCGGGCCCAGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117085 TCGCAAACTTGACAATGGTGGATACTACATTACCACCCGGGCCCAGTTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AAACACTTCAGCAGCTTGTACAACATTACTCAG         AGAGAGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 117135 AAACACTTCAGCAGCTTGTACAACATTACTCAGGTA...CAGAGAGAGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCAGGTCTCTGCTGCCGCCTAGTAGTTCCCTGTCACAAAGGGATGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119792 GCAGGTCTCTGCTGCCGCCTAGTAGTTCCCTGTCACAAAGGGATGCCAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCTTACCGATCTGTCTGTCAAAACCAAAGATGTCTGGGAAATCCCTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119842 GCTTACCGATCTGTCTGTCAAAACCAAAGATGTCTGGGAAATCCCTCGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AATCCCTGCAGTTGATCAAGAGACTGGGAAATGGGCAGTTTGGGGAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119892 AATCCCTGCAGTTGATCAAGAGACTGGGAAATGGGCAGTTTGGGGAAGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TGGATGG         GTACCTGGAATGGAAACACAAAAGTAGCCATAAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119942 TGGATGGGTA...TAGGTACCTGGAATGGAAACACAAAAGTAGCCATAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GACTCTTAAACCAGGCACAATGTCCCCCGAATCATTCCTTGAGGAAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123630 GACTCTTAAACCAGGCACAATGTCCCCCGAATCATTCCTTGAGGAAGCGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGATCATGAAGAAGCTGAAGCACGACAAGCTGGTCCAGCTCTATGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123680 AGATCATGAAGAAGCTGAAGCACGACAAGCTGGTCCAGCTCTATGCAGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GTGTCTGAGGAGCCCATCTACATCGTCACCGAGTATATGAACAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 123730 GTGTCTGAGGAGCCCATCTACATCGTCACCGAGTATATGAACAAAGGTT.

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043      GAAGTTTACTGGATTTCTTAAAAGATGGAGAAGGAAGAGCTCTGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123780 ..TAGGAAGTTTACTGGATTTCTTAAAAGATGGAGAAGGAAGAGCTCTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AATTACCAAATCTTGTGGACATGGCAGCACAG         GTGGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 125393 AATTACCAAATCTTGTGGACATGGCAGCACAGGTA...CAGGTGGCTGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GGAATGGCTTACATCGAGCGCATGAATTATATCCATAGAGATCTGCGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125533 GGAATGGCTTACATCGAGCGCATGAATTATATCCATAGAGATCTGCGATC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AGCAAACATTCTAGTGGGGAATGGACTCATATGCAAGATTGCTGACTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125583 AGCAAACATTCTAGTGGGGAATGGACTCATATGCAAGATTGCTGACTTCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GATTGGCCCGATTGATAGAAGACAATGAGTACACAGCAAGACAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 125633 GATTGGCCCGATTGATAGAAGACAATGAGTACACAGCAAGACAAGGTG..

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274     GTGCAAAGTTCCCCATCAAGTGGACGGCCCCCGAGGCAGCCCTGTA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125683 .CAGGTGCAAAGTTCCCCATCAAGTGGACGGCCCCCGAGGCAGCCCTGTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CGGGAGGTTCACAATCAAGTCTGACGTGTGGTCTTTTGGAATCTTACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145468 CGGGAGGTTCACAATCAAGTCTGACGTGTGGTCTTTTGGAATCTTACTCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CAGAGCTGGTCACCAAAGGAAGAGTGCCATACCCAG         GCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 145518 CAGAGCTGGTCACCAAAGGAAGAGTGCCATACCCAGGTA...CAGGCATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 AACAACCGGGAGGTGCTGGAGCAGGTGGAGCGAGGCTACAGGATGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158110 AACAACCGGGAGGTGCTGGAGCAGGTGGAGCGAGGCTACAGGATGCCCTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CCCGCAGGACTGCCCCATCTCTCTGCATGAGCTCATGATCCACTGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158160 CCCGCAGGACTGCCCCATCTCTCTGCATGAGCTCATGATCCACTGCTGGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 AAAAGGACCCTGAAGAACGCCCCACTTTTGAGTACTTGCAGAGCTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158210 AAAAGGACCCTGAAGAACGCCCCACTTTTGAGTACTTGCAGAGCTTCCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GAAGACTACTTTACCGCGACAGAGCCCCAGTACCAACCTGGTGAAAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158260 GAAGACTACTTTACCGCGACAGAGCCCCAGTACCAACCTGGTGAAAACCT

   1700 
   1611 G
        |
 158310 G