seq1 = pF1KB9954.tfa, 2031 bp
seq2 = pF1KB9954/gi568815597f_108796862.tfa (gi568815597f:108796862_109029937), 233076 bp

>pF1KB9954 2031
>gi568815597f:108796862_109029937 (Chr1)

1-35  (88683-88717)   100% ->
36-257  (100003-100224)   100% ->
258-393  (100631-100766)   100% ->
394-536  (101098-101240)   100% ->
537-660  (101781-101904)   100% ->
661-776  (102018-102133)   100% ->
777-932  (104929-105084)   100% ->
933-1041  (106265-106373)   100% ->
1042-1171  (107264-107393)   100% ->
1172-1242  (117477-117547)   100% ->
1243-1419  (121752-121928)   100% ->
1420-1579  (125556-125715)   100% ->
1580-1794  (127139-127353)   100% ->
1795-2031  (132840-133076)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGAGAAGACCATTCTTTTCATGTTCGTTACAG         AATGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
  88683 ATGAGAGAAGACCATTCTTTTCATGTTCGTTACAGGTA...TAGAATGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGCTTCTTGCCTAGAGCTGGCCTTGGAAGGGGAACGTCTATGTAAATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100009 AGCTTCTTGCCTAGAGCTGGCCTTGGAAGGGGAACGTCTATGTAAATCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GAGACTGCCGCGCTGGCGTGTCATTCTTTGAAGCTGCAGTTCAAGTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100059 GAGACTGCCGCGCTGGCGTGTCATTCTTTGAAGCTGCAGTTCAAGTTGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACTGAAGACCTAAAAACACTTAGCGCTATTTACAGCCAGTTGGGCAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100109 ACTGAAGACCTAAAAACACTTAGCGCTATTTACAGCCAGTTGGGCAATGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTATTTCTATTTGCATGATTATGCCAAAGCATTAGAATATCACCATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100159 TTATTTCTATTTGCATGATTATGCCAAAGCATTAGAATATCACCATCATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATTTAACCCTTGCAAG         GACTATTGGAGACCAGCTGGGGGAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100209 ATTTAACCCTTGCAAGGTA...CAGGACTATTGGAGACCAGCTGGGGGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCGAAAGCTAGTGGTAATCTGGGAAACACCTTAAAAGTTCTTGGGAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100656 GCGAAAGCTAGTGGTAATCTGGGAAACACCTTAAAAGTTCTTGGGAATTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGACGAAGCCATAGTTTGTTGTCAGCGACACCTAGATATTTCCAGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100706 TGACGAAGCCATAGTTTGTTGTCAGCGACACCTAGATATTTCCAGAGAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTAATGACAAG         GTGGGAGAAGCAAGAGCACTTTACAATCTT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100756 TTAATGACAAGGTA...TAGGTGGGAGAAGCAAGAGCACTTTACAATCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGGAATGTGTATCATGCCAAAGGGAAAAGTTTTGGTTGCCCTGGTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101128 GGGAATGTGTATCATGCCAAAGGGAAAAGTTTTGGTTGCCCTGGTCCCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGATGTAGGAGAATTTCCAGAAGAAGTGAGAGATGCTCTGCAGGCAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101178 GGATGTAGGAGAATTTCCAGAAGAAGTGAGAGATGCTCTGCAGGCAGCCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGGATTTTTATGA         GGAAAACCTATCATTAGTGACTGCTTTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101228 TGGATTTTTATGAGTG...TAGGGAAAACCTATCATTAGTGACTGCTTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGTGACCGAGCGGCACAAGGACGTGCCTTTGGAAATCTTGGAAACACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101809 GGTGACCGAGCGGCACAAGGACGTGCCTTTGGAAATCTTGGAAACACACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TTACCTCCTTGGCAACTTCAGGGATGCAGTTATAGCTCATGAGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 101859 TTACCTCCTTGGCAACTTCAGGGATGCAGTTATAGCTCATGAGCAGGTA.

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    661      CGTCTCCTTATTGCAAAAGAATTTGGAGATAAAGCAGCTGAAAGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101909 ..CAGCGTCTCCTTATTGCAAAAGAATTTGGAGATAAAGCAGCTGAAAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGAGCATATAGCAACCTTGGAAATGCATATATATTTCTTGGTGAATTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102063 AGAGCATATAGCAACCTTGGAAATGCATATATATTTCTTGGTGAATTTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AACTGCCTCGGAATACTACAA         GAAGACACTACTGTTGGCCC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 102113 AACTGCCTCGGAATACTACAAGTT...TAGGAAGACACTACTGTTGGCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GACAGCTTAAAGACCGAGCTGTAGAAGCACAGTCTTGTTACAGTCTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104949 GACAGCTTAAAGACCGAGCTGTAGAAGCACAGTCTTGTTACAGTCTTGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AATACATATACTTTACTTCAAGACTATGAAAAGGCCATTGATTATCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104999 AATACATATACTTTACTTCAAGACTATGAAAAGGCCATTGATTATCATCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GAAGCACTTAGCAATTGCTCAAGAGCTGAATGATAG         AATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 105049 GAAGCACTTAGCAATTGCTCAAGAGCTGAATGATAGGTA...TAGAATTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GTGAAGGAAGAGCATGTTGGAGCTTAGGAAATGCATACACAGCACTAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106270 GTGAAGGAAGAGCATGTTGGAGCTTAGGAAATGCATACACAGCACTAGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AATCATGATCAAGCAATGCATTTTGCTGAAAAGCACTTGGAAATTTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106320 AATCATGATCAAGCAATGCATTTTGCTGAAAAGCACTTGGAAATTTCAAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AGAG         GTTGGGGATAAAAGTGGTGAACTAACAGCACGACTTA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106370 AGAGGTA...TAGGTTGGGGATAAAAGTGGTGAACTAACAGCACGACTTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ATCTCTCAGACCTTCAAATGGTTCTTGGTCTGAGCTACAGCACAAATAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107301 ATCTCTCAGACCTTCAAATGGTTCTTGGTCTGAGCTACAGCACAAATAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TCCATAATGTCTGAAAATACTGAAATTGATAGCAGTTTGAATG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 107351 TCCATAATGTCTGAAAATACTGAAATTGATAGCAGTTTGAATGGTA...A

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1172   GTGTACGCCCCAAGTTGGGACGCCGGCATAGTATGGAAAATATGGAAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117475 AGGTGTACGCCCCAAGTTGGGACGCCGGCATAGTATGGAAAATATGGAAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TTATGAAGTTAACACCAGAAAAG         GTACAGAACTGGAACAGT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 117525 TTATGAAGTTAACACCAGAAAAGGTG...TAGGTACAGAACTGGAACAGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GAAATTCTTGCTAAGCAAAAACCTCTTATTGCCAAACCTTCTGCAAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121770 GAAATTCTTGCTAAGCAAAAACCTCTTATTGCCAAACCTTCTGCAAAGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 ACTCTTTGTCAACAGACTGAAGGGGAAAAAATACAAAACGAATTCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121820 ACTCTTTGTCAACAGACTGAAGGGGAAAAAATACAAAACGAATTCCTCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CTAAAGTTCTCCAAGATGCCAGTAATTCTATTGACCACCGAATTCCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121870 CTAAAGTTCTCCAAGATGCCAGTAATTCTATTGACCACCGAATTCCAAAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TCTCAGAGG         AAAATCAGTGCAGATACTATTGGAGATGAAGG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 121920 TCTCAGAGGGTA...TAGAAAATCAGTGCAGATACTATTGGAGATGAAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GTTCTTTGACTTATTAAGCCGATTTCAAAGCAATAGGATGGATGATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125588 GTTCTTTGACTTATTAAGCCGATTTCAAAGCAATAGGATGGATGATCAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 GATGTTGCTTACAAGAAAAGAACTGCCATACAGCTTCAACAACAACTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125638 GATGTTGCTTACAAGAAAAGAACTGCCATACAGCTTCAACAACAACTTCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 TCCACTCCCCCTAAAATGATGCTAAAAA         CATCATCTGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 125688 TCCACTCCCCCTAAAATGATGCTAAAAAGTA...TAGCATCATCTGTTCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 TGTGGTATCCCCCAACACGGATGAGTTTTTAGATCTTCTTGCCAGCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127152 TGTGGTATCCCCCAACACGGATGAGTTTTTAGATCTTCTTGCCAGCTCAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 AGAGTCGCCGTCTGGATGACCAGAGGGCTAGTTTCAGTAATTTGCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127202 AGAGTCGCCGTCTGGATGACCAGAGGGCTAGTTTCAGTAATTTGCCAGGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 CTTCGTCTAACACAAAACAGCCAGTCGGTACTTAGCCACCTGATGACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127252 CTTCGTCTAACACAAAACAGCCAGTCGGTACTTAGCCACCTGATGACTAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 TGACAACAAAGAGGCTGATGAAGATTTCTTTGACATCCTTGTAAAATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127302 TGACAACAAAGAGGCTGATGAAGATTTCTTTGACATCCTTGTAAAATGTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 AA         GGATCCAGATTAGATGATCAAAGATGTGCTCCACCACCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127352 AAGTA...TAGGGATCCAGATTAGATGATCAAAGATGTGCTCCACCACCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 GCTACCACAAAGGGTCCGACAGTACCAGATGAAGACTTTTTCAGCCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132879 GCTACCACAAAGGGTCCGACAGTACCAGATGAAGACTTTTTCAGCCTTAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 TTTACGGTCCCAGGGAAAGAGAATGGATGAACAGAGAGTTCTTTTACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132929 TTTACGGTCCCAGGGAAAGAGAATGGATGAACAGAGAGTTCTTTTACAAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 GAGATCAAAACAGAGACACTGACTTTGGGCTAAAGGACTTTTTGCAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132979 GAGATCAAAACAGAGACACTGACTTTGGGCTAAAGGACTTTTTGCAAAAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1984 AATGCTTTGTTGGAGTTTAAAAATTCAGGGAAAAAATCGGCAGACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133029 AATGCTTTGTTGGAGTTTAAAAATTCAGGGAAAAAATCGGCAGACCAT