seq1 = pF1KB9953.tfa, 1608 bp
seq2 = pF1KB9953/gi568815589r_136264305.tfa (gi568815589r:136264305_136472078), 207774 bp

>pF1KB9953 1608
>gi568815589r:136264305_136472078 (Chr9)

(complement)

1-184  (100001-100184)   98% ->
185-322  (100618-100755)   100% ->
323-627  (100934-101238)   100% ->
628-807  (101378-101557)   100% ->
808-951  (101642-101785)   100% ->
952-1077  (102204-102329)   100% ->
1078-1269  (104251-104442)   100% ->
1270-1311  (104822-104863)   100% ->
1312-1357  (105234-105279)   100% ->
1358-1434  (106862-106938)   100% ->
1435-1511  (107520-107596)   100% ->
1512-1608  (107678-107774)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGACTACGAGAACGATGACGAGTGCTGGAACGTCCTGGAGGGCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 100001 ATGTCGGACTACGAGAACGATGACGAGTGCTGGAGCGTCCTGGAGGGCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGGGTGACGCTCACCTCGGTCATCGACCCCTCACGCATCACACCTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGGGTGACGCTCACCTCGGTCATCGACCCCTCACGCATCACACCTTACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCGGCAGTGCAAGGTCCTGAACCCTGATGATGAGGAGCAGGTGCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCGGCAGTGCAAGGTCCTGAACCCCGATGATGAGGAGCAGGTGCTCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACCCCAACCTGGTCATCCGCAAACGGAAAGTGG         GTGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100151 GACCCCAACCTGGTCATCCGCAAACGGAAAGTGGGTC...CAGGTGTGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTGGACATCCTGCAGCGGACCGGCCACAAGGGCTACGTGGCCTTCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100625 CCTGGACATCCTGCAGCGGACCGGCCACAAGGGCTACGTGGCCTTCCTCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGAGCCTGGAGCTCTACTACCCGCAGCTGTACAAGAAGGTCACAGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100675 AGAGCCTGGAGCTCTACTACCCGCAGCTGTACAAGAAGGTCACAGGCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGCCGGCCCGCGTCTTCTCCATGATCATCG         ACGCGTCCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100725 GAGCCGGCCCGCGTCTTCTCCATGATCATCGGTG...CAGACGCGTCCGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGAGTCAGGCCTGACTCAGCTGCTGATGACTGAGGTCATGAAGCTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100944 GGAGTCAGGCCTGACTCAGCTGCTGATGACTGAGGTCATGAAGCTGCAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGAAGGTGCAGGACCTGACCGCGCTGCTGAGCTCCAAAGATGACTTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100994 AGAAGGTGCAGGACCTGACCGCGCTGCTGAGCTCCAAAGATGACTTCATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAGGAGCTGCGGGTGAAGGACAGCCTGCTGCGCAAGCACCAGGAGCGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101044 AAGGAGCTGCGGGTGAAGGACAGCCTGCTGCGCAAGCACCAGGAGCGTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCAGAGGCTCAAGGAGGAGTGCGAGGCCGGCAGCCGCGAGCTCAAGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101094 GCAGAGGCTCAAGGAGGAGTGCGAGGCCGGCAGCCGCGAGCTCAAGCGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GCAAGGAGGAGAACTACGACCTGGCCATGCGCCTGGCGCACCAGAGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101144 GCAAGGAGGAGAACTACGACCTGGCCATGCGCCTGGCGCACCAGAGTGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GAGAAGGGCGCCGCGCTCATGCGGAACCGTGACCTGCAGCTGGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101194 GAGAAGGGCGCCGCGCTCATGCGGAACCGTGACCTGCAGCTGGAGGTG..

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    628     ATTGACCAGCTCAAGCACAGCCTCATGAAGGCCGAGGACGACTGCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101244 .CAGATTGACCAGCTCAAGCACAGCCTCATGAAGGCCGAGGACGACTGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGGTGGAGCGCAAGCACACGCTGAAGCTCAGGCACGCCATGGAGCAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101424 AGGTGGAGCGCAAGCACACGCTGAAGCTCAGGCACGCCATGGAGCAGCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CCCAGCCAGGAGCTGCTGTGGGAGCTGCAGCAGGAGAAGGCCCTGCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101474 CCCAGCCAGGAGCTGCTGTGGGAGCTGCAGCAGGAGAAGGCCCTGCTCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GGCCCGGGTGCAGGAGCTGGAGGCCTCCGTCCAG         GAGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 101524 GGCCCGGGTGCAGGAGCTGGAGGCCTCCGTCCAGGTG...CAGGAGGGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGCTGGACAGGAGCAGCCCCTACATCCAGGTACTGGAGGAGGACTGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101649 AGCTGGACAGGAGCAGCCCCTACATCCAGGTACTGGAGGAGGACTGGCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CAGGCGCTGCGGGACCACCAGGAGCAGGCCAACACCATCTTCTCCCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101699 CAGGCGCTGCGGGACCACCAGGAGCAGGCCAACACCATCTTCTCCCTGCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CAAGGACCTCCGCCAGGGCGAGGCCCGACGCCTCCGG         TGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 101749 CAAGGACCTCCGCCAGGGCGAGGCCCGACGCCTCCGGGTA...CAGTGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TGGAGGAGAAGGAGATGTTCGAGCTGCAGTGCCTGGCACTACGTAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102208 TGGAGGAGAAGGAGATGTTCGAGCTGCAGTGCCTGGCACTACGTAAGGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TCCAAGATGTACAAGGACCGCATCGAGGCCATCCTGCTGCAGATGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102258 TCCAAGATGTACAAGGACCGCATCGAGGCCATCCTGCTGCAGATGGAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GGTCGCCATTGAGCGGGACCAG         GCCATAGCCACGCGGGAGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 102308 GGTCGCCATTGAGCGGGACCAGGTG...CAGGCCATAGCCACGCGGGAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AGCTGCACGCACAGCACGCCCGGGGCCTGCAGGAGAAGGACGCGCTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104270 AGCTGCACGCACAGCACGCCCGGGGCCTGCAGGAGAAGGACGCGCTGCGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 AAGCAGGTGCGGGAGCTGGGCGAGAAGGCGGATGAGCTGCAGCTGCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104320 AAGCAGGTGCGGGAGCTGGGCGAGAAGGCGGATGAGCTGCAGCTGCAGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GTTCCAGTGTGAGGCGCAGCTACTGGCCGTGGAGGGCAGGCTCAGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104370 GTTCCAGTGTGAGGCGCAGCTACTGGCCGTGGAGGGCAGGCTCAGGCGGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 AGCAGCTGGAGACGCTCGTCCTG         AGCTCCGACCTGGAAGAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 104420 AGCAGCTGGAGACGCTCGTCCTGGTG...CAGAGCTCCGACCTGGAAGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GGCTCACCCAGGAGGTCCCAGGAG         CTCTCACTCCCCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 104840 GGCTCACCCAGGAGGTCCCAGGAGGTG...AAGCTCTCACTCCCCCAGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CCTGGAGGACACCCAGCTCTCAGACAAAG         GCTGCCTTGCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 105251 CCTGGAGGACACCCAGCTCTCAGACAAAGGTG...CAGGCTGCCTTGCCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 GCGGGGGGAGCCCGAAACAGCCCTTTGCAGCTCTGCACCAGGAGCAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106874 GCGGGGGGAGCCCGAAACAGCCCTTTGCAGCTCTGCACCAGGAGCAGGTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 TTGCGGAACCCCCAT         GACGCAGGCCTGAGCAGCGGGGAGCC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 106924 TTGCGGAACCCCCATGTA...CAGGACGCAGGCCTGAGCAGCGGGGAGCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 GCCCGAGAAGGAGCGGCGGCGCCTCAAAGAGAGTTTTGAGAACTACCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107546 GCCCGAGAAGGAGCGGCGGCGCCTCAAAGAGAGTTTTGAGAACTACCGCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 G         GAAGCGCGCCCTCAGGAAGATGCAGAAAGGATGGCGGCAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107596 GGTA...CAGGAAGCGCGCCCTCAGGAAGATGCAGAAAGGATGGCGGCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GGGGAGGAGGACCGGGAGAACACCACGGGCAGCGACAACACCGACACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107718 GGGGAGGAGGACCGGGAGAACACCACGGGCAGCGACAACACCGACACTGA

   1700     .
   1602 GGGCTCC
        |||||||
 107768 GGGCTCC