seq1 = pF1KB9951.tfa, 1605 bp
seq2 = pF1KB9951/gi568815596f_27333274.tfa (gi568815596f:27333274_27541809), 208536 bp

>pF1KB9951 1605
>gi568815596f:27333274_27541809 (Chr2)

1-210  (100001-100210)   100% ->
211-333  (100400-100522)   100% ->
334-435  (100716-100817)   100% ->
436-525  (101198-101287)   100% ->
526-566  (101449-101489)   100% ->
567-661  (101860-101954)   100% ->
662-745  (103480-103563)   100% ->
746-804  (103774-103832)   100% ->
805-903  (103989-104087)   100% ->
904-1036  (106493-106625)   100% ->
1037-1142  (107130-107235)   100% ->
1143-1193  (107379-107429)   100% ->
1194-1329  (107532-107667)   100% ->
1330-1383  (107854-107907)   100% ->
1384-1447  (107994-108057)   100% ->
1448-1503  (108294-108349)   100% ->
1504-1605  (108435-108536)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGAGGGGGAGTCCCAGACAGTACTTAGCAGTGGCTCAGACCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGGAGGGGGAGTCCCAGACAGTACTTAGCAGTGGCTCAGACCCAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTAGAATCCTCATCTTCAGCTCCTGGCCTGACATCAGTGTCACCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTAGAATCCTCATCTTCAGCTCCTGGCCTGACATCAGTGTCACCTCCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGACCTCCACAACCTCAGCTGCTTCCCCAGAGGAAGAAGAAGAAAGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGACCTCCACAACCTCAGCTGCTTCCCCAGAGGAAGAAGAAGAAAGTGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GATGAGTCTGAGATTTTGGAAGAGTCGCCCTGTGGGCGCTGGCAGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GATGAGTCTGAGATTTTGGAAGAGTCGCCCTGTGGGCGCTGGCAGAAGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCGAGAAGAG         GTGAATCAACGGAATGTACCAGGTATTGACA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCGAGAAGAGGTA...CAGGTGAATCAACGGAATGTACCAGGTATTGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTGCATACCTGGCCATGGATACAGAGGAAGGTGTAGAGGTTGTGTGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100431 GTGCATACCTGGCCATGGATACAGAGGAAGGTGTAGAGGTTGTGTGGAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGGTACAGTTCTCTGAACGCAAGAACTACAAGCTGCAGGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100481 GAGGTACAGTTCTCTGAACGCAAGAACTACAAGCTGCAGGAGGTA...CA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    334  GAAAAGGTTCGTGCTGTGTTTGATAATCTGATTCAATTGGAGCATCTTA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100715 GGAAAAGGTTCGTGCTGTGTTTGATAATCTGATTCAATTGGAGCATCTTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACATTGTTAAGTTTCACAAATATTGGGCTGACATTAAAGAGAACAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100765 ACATTGTTAAGTTTCACAAATATTGGGCTGACATTAAAGAGAACAAGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AGG         GTCATTTTTATCACAGAATACATGTCATCTGGGAGTCT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100815 AGGGTA...CAGGTCATTTTTATCACAGAATACATGTCATCTGGGAGTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAAGCAATTTCTGAAGAAGACCAAAAAGAACCACAAGACGATGAATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101236 GAAGCAATTTCTGAAGAAGACCAAAAAGAACCACAAGACGATGAATGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AG         GCATGGAAGCGTTGGTGCACACAAATCCTCTCTGCCCTA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101286 AGGTA...CAGGCATGGAAGCGTTGGTGCACACAAATCCTCTCTGCCCTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AG         CTACCTGCACTCCTGTGACCCCCCCATCATCCATGGGAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101488 AGGTA...CAGCTACCTGCACTCCTGTGACCCCCCCATCATCCATGGGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCTGACCTGTGACACCATCTTCATCCAGCACAACGGACTCATCAAGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101899 CCTGACCTGTGACACCATCTTCATCCAGCACAACGGACTCATCAAGATTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GCTCTG         TGGCTCCTGACACTATCAACAATCATGTGAAGACT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101949 GCTCTGGTG...CAGTGGCTCCTGACACTATCAACAATCATGTGAAGACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TGTCGAGAAGAGCAGAAGAATCTACACTTCTTTGCACCAGAGTATGGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 103515 TGTCGAGAAGAGCAGAAGAATCTACACTTCTTTGCACCAGAGTATGGAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    746         AAGTCACTAATGTGACAACAGCAGTGGACATCTACTCCTTTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103565 TG...TAGAAGTCACTAATGTGACAACAGCAGTGGACATCTACTCCTTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GCATGTGTGCACTGGAG         ATGGCAGTGCTGGAGATTCAGGGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 103816 GCATGTGTGCACTGGAGGTG...AAGATGGCAGTGCTGGAGATTCAGGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AATGGAGAGTCCTCATATGTGCCACAGGAAGCCATCAGCAGTGCCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104013 AATGGAGAGTCCTCATATGTGCCACAGGAAGCCATCAGCAGTGCCATCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GCTTCTAGAAGACCCATTACAGAGG         GAGTTCATTCAAAAGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 104063 GCTTCTAGAAGACCCATTACAGAGGGTA...TAGGAGTTCATTCAAAAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 GCCTGCAGTCTGAGCCTGCTCGCAGACCAACAGCCAGAGAACTTCTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106509 GCCTGCAGTCTGAGCCTGCTCGCAGACCAACAGCCAGAGAACTTCTGTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CACCCAGCATTGTTTGAAGTGCCCTCGCTCAAACTCCTTGCGGCCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106559 CACCCAGCATTGTTTGAAGTGCCCTCGCTCAAACTCCTTGCGGCCCACTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CATTGTGGGACACCAAC         ACATGATCCCAGAGAACGCTCTAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 106609 CATTGTGGGACACCAACGTG...CAGACATGATCCCAGAGAACGCTCTAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 AGGAGATCACCAAAAACATGGATACTAGTGCCGTACTGGCTGAAATCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107154 AGGAGATCACCAAAAACATGGATACTAGTGCCGTACTGGCTGAAATCCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GCAGGACCAGGAAGAGAACCAGTTCAGACTTT         GTACTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 107204 GCAGGACCAGGAAGAGAACCAGTTCAGACTTTGTG...CAGGTACTCTCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GTCACCAGCTCTGGAATTAGATAAATTCCTTGAAGATGTCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 107388 GTCACCAGCTCTGGAATTAGATAAATTCCTTGAAGATGTCAGGTG...CA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1194  GAATGGGATCTATCCTCTGACAGCCTTTGGGCTGCCTCGGCCCCAGCAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107531 GGAATGGGATCTATCCTCTGACAGCCTTTGGGCTGCCTCGGCCCCAGCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 CCACAGCAGGAGGAGGTGACATCACCTGTCGTGCCCCCCTCTGTCAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107581 CCACAGCAGGAGGAGGTGACATCACCTGTCGTGCCCCCCTCTGTCAAGAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 TCCGACACCTGAACCAGCTGAGGTGGAGACTCGCAAG         GTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 107631 TCCGACACCTGAACCAGCTGAGGTGGAGACTCGCAAGGTG...TAGGTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 TGCTGATGCAGTGCAACATTGAGTCGGTGGAGGAGGGAGTCAAACACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107858 TGCTGATGCAGTGCAACATTGAGTCGGTGGAGGAGGGAGTCAAACACCAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384          CTGACACTTCTGCTGAAGTTGGAGGACAAACTGAACCGGCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107908 GTA...CAGCTGACACTTCTGCTGAAGTTGGAGGACAAACTGAACCGGCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 CCTGAGCTGTGACCTGATGCCAA         ATGAGAATATCCCCGAGT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 108035 CCTGAGCTGTGACCTGATGCCAAGTG...CAGATGAGAATATCCCCGAGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466 TGGCGGCTGAGCTGGTGCAGCTGGGCTTCATTAGTGAG         GCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 108312 TGGCGGCTGAGCTGGTGCAGCTGGGCTTCATTAGTGAGGTG...CAGGCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507 GACCAGAGCCGGTTGACTTCTCTGCTAGAAGAGACCTTGAACAAGTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108438 GACCAGAGCCGGTTGACTTCTCTGCTAGAAGAGACCTTGAACAAGTTCAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1557 TTTTGCCAGGAACAGTACCCTCAACTCAGCCGCTGTCACCGTCTCCTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108488 TTTTGCCAGGAACAGTACCCTCAACTCAGCCGCTGTCACCGTCTCCTCT