seq1 = pF1KB9949.tfa, 1596 bp
seq2 = pF1KB9949/gi568815588f_86776019.tfa (gi568815588f:86776019_87023716), 247698 bp

>pF1KB9949 1596
>gi568815588f:86776019_87023716 (Chr10)

1-67  (100001-100067)   100% ->
68-230  (114044-114206)   100% ->
231-333  (116109-116211)   100% ->
334-430  (123776-123872)   100% ->
431-530  (124009-124108)   100% ->
531-675  (136222-136366)   100% ->
676-868  (141116-141308)   100% ->
869-1166  (143154-143451)   100% ->
1167-1342  (145502-145677)   100% ->
1343-1473  (147358-147488)   100% ->
1474-1596  (147576-147698)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTCAGCTATACATTTACATCAGATTATTGGGAGCCTATTTGTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTCAGCTATACATTTACATCAGATTATTGGGAGCCTATTTGTTCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATTTCTCGTGTTCAAG         GACAGAATCTGGATAGTATGCTTC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100051 CATTTCTCGTGTTCAAGGTA...CAGGACAGAATCTGGATAGTATGCTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGGCACTGGGATGAAATCAGACTCCGACCAGAAAAAGTCAGAAAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114068 ATGGCACTGGGATGAAATCAGACTCCGACCAGAAAAAGTCAGAAAATGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTAACCTTAGCACCAGAGGATACCTTGCCTTTTTTAAAGTGCTATTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114118 GTAACCTTAGCACCAGAGGATACCTTGCCTTTTTTAAAGTGCTATTGCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGGGCACTGTCCAGATGATGCTATTAATAACACATGCAT         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 114168 AGGGCACTGTCCAGATGATGCTATTAATAACACATGCATGTA...TAGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTAATGGACATTGCTTTGCCATCATAGAAGAAGATGACCAGGGAGAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116111 CTAATGGACATTGCTTTGCCATCATAGAAGAAGATGACCAGGGAGAAACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACATTAGCTTCAGGGTGTATGAAATATGAAGGATCTGATTTTCAGTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116161 ACATTAGCTTCAGGGTGTATGAAATATGAAGGATCTGATTTTCAGTGCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 A         GATTCTCCAAAAGCCCAGCTACGCCGGACAATAGAATGTT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116211 AGTA...TAGGATTCTCCAAAAGCCCAGCTACGCCGGACAATAGAATGTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTCGGACCAATTTATGTAACCAGTATTTGCAACCCACACTGCCCCCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123816 GTCGGACCAATTTATGTAACCAGTATTTGCAACCCACACTGCCCCCTGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTCATAG         GTCCGTTTTTTGATGGCAGCATTCGATGGCTGGT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123866 GTCATAGGTA...CAGGTCCGTTTTTTGATGGCAGCATTCGATGGCTGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TTTGCTCATTTCTATGGCTGTCTGCATAATTGCTATGATCATCTTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124043 TTTGCTCATTTCTATGGCTGTCTGCATAATTGCTATGATCATCTTCTCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCTGCTTTTGTTACAA         ACATTATTGCAAGAGCATCTCAAGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 124093 GCTGCTTTTGTTACAAGTA...AAGACATTATTGCAAGAGCATCTCAAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AGACGTCGTTACAATCGTGATTTGGAACAGGATGAAGCATTTATTCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136247 AGACGTCGTTACAATCGTGATTTGGAACAGGATGAAGCATTTATTCCAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGGAGAATCACTAAAAGACCTTATTGACCAGTCACAAAGTTCTGGTAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136297 TGGAGAATCACTAAAAGACCTTATTGACCAGTCACAAAGTTCTGGTAGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGTCTGGACTACCTTTATTG         GTTCAGCGAACTATTGCCAAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 136347 GGTCTGGACTACCTTTATTGGTA...AAGGTTCAGCGAACTATTGCCAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CAGATTCAGATGGTCCGGCAAGTTGGTAAAGGCCGATATGGAGAAGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141137 CAGATTCAGATGGTCCGGCAAGTTGGTAAAGGCCGATATGGAGAAGTATG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GATGGGCAAATGGCGTGGCGAAAAAGTGGCGGTGAAAGTATTCTTTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141187 GATGGGCAAATGGCGTGGCGAAAAAGTGGCGGTGAAAGTATTCTTTACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTGAAGAAGCCAGCTGGTTTCGAGAAACAGAAATCTACCAAACTGTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141237 CTGAAGAAGCCAGCTGGTTTCGAGAAACAGAAATCTACCAAACTGTGCTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATGCGCCATGAAAACATACTTG         GTTTCATAGCGGCAGACAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 141287 ATGCGCCATGAAAACATACTTGGTG...CAGGTTTCATAGCGGCAGACAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TAAAGGTACAGGTTCCTGGACTCAGCTCTATTTGATTACTGATTACCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143173 TAAAGGTACAGGTTCCTGGACTCAGCTCTATTTGATTACTGATTACCATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AAAATGGATCTCTCTATGACTTCCTGAAATGTGCTACACTGGACACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143223 AAAATGGATCTCTCTATGACTTCCTGAAATGTGCTACACTGGACACCAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GCCCTGCTTAAATTGGCTTATTCAGCTGCCTGTGGTCTGTGCCACCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143273 GCCCTGCTTAAATTGGCTTATTCAGCTGCCTGTGGTCTGTGCCACCTGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CACAGAAATTTATGGCACCCAAGGAAAGCCCGCAATTGCTCATCGAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143323 CACAGAAATTTATGGCACCCAAGGAAAGCCCGCAATTGCTCATCGAGACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TAAAGAGCAAAAACATCCTCATCAAGAAAAATGGGAGTTGCTGCATTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143373 TAAAGAGCAAAAACATCCTCATCAAGAAAAATGGGAGTTGCTGCATTGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GACCTGGGCCTTGCTGTTAAATTCAACAG         TGACACAAATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 143423 GACCTGGGCCTTGCTGTTAAATTCAACAGGTG...CAGTGACACAAATGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AGTTGATGTGCCCTTGAATACCAGGGTGGGCACCAAACGCTACATGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145514 AGTTGATGTGCCCTTGAATACCAGGGTGGGCACCAAACGCTACATGGCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CCGAAGTGCTGGACGAAAGCCTGAACAAAAACCACTTCCAGCCCTACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145564 CCGAAGTGCTGGACGAAAGCCTGAACAAAAACCACTTCCAGCCCTACATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 ATGGCTGACATCTACAGCTTCGGCCTAATCATTTGGGAGATGGCTCGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145614 ATGGCTGACATCTACAGCTTCGGCCTAATCATTTGGGAGATGGCTCGTCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TTGTATCACAGGAG         GGATCGTGGAAGAATACCAATTGCCAT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 145664 TTGTATCACAGGAGGTG...TAGGGATCGTGGAAGAATACCAATTGCCAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 ATTACAACATGGTACCGAGTGATCCGTCATACGAAGATATGCGTGAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147385 ATTACAACATGGTACCGAGTGATCCGTCATACGAAGATATGCGTGAGGTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GTGTGTGTCAAACGTTTGCGGCCAATTGTGTCTAATCGGTGGAACAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147435 GTGTGTGTCAAACGTTTGCGGCCAATTGTGTCTAATCGGTGGAACAGTGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TGAA         TGTCTACGAGCAGTTTTGAAGCTAATGTCAGAATGCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147485 TGAAGTG...CAGTGTCTACGAGCAGTTTTGAAGCTAATGTCAGAATGCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 GGGCCCACAATCCAGCCTCCAGACTCACAGCATTGAGAATTAAGAAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147613 GGGCCCACAATCCAGCCTCCAGACTCACAGCATTGAGAATTAAGAAGACG

   1650     .    :    .    :    .    :    .
   1561 CTTGCCAAGATGGTTGAATCCCAAGATGTAAAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147663 CTTGCCAAGATGGTTGAATCCCAAGATGTAAAAATC