seq1 = pF1KB9945.tfa, 1590 bp
seq2 = pF1KB9945/gi568815589r_15365523.tfa (gi568815589r:15365523_15610188), 244666 bp

>pF1KB9945 1590
>gi568815589r:15365523_15610188 (Chr9)

(complement)

1-72  (100001-100072)   100% ->
73-149  (103552-103628)   100% ->
150-288  (120065-120203)   100% ->
289-393  (123258-123362)   100% ->
394-456  (124121-124183)   100% ->
457-553  (130502-130598)   100% ->
554-629  (131637-131712)   100% ->
630-858  (135952-136180)   100% ->
859-977  (137439-137557)   100% ->
978-1033  (140196-140251)   100% ->
1034-1104  (140853-140923)   100% ->
1105-1206  (141131-141232)   100% ->
1207-1420  (141346-141559)   100% ->
1421-1532  (143330-143441)   100% ->
1533-1590  (144609-144666)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTCGCGATTTCAAACCTGGAGACCTCATCTTCGCCAAGATGAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTCGCGATTTCAAACCTGGAGACCTCATCTTCGCCAAGATGAAAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTATCCCCATTGGCCAGCTCGA         GTAGACGAAGTTCCTGATG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100051 TTATCCCCATTGGCCAGCTCGAGTA...TAGGTAGACGAAGTTCCTGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GAGCTGTAAAGCCACCCACAAACAAACTACCCATTTTCTTTTTTGGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103571 GAGCTGTAAAGCCACCCACAAACAAACTACCCATTTTCTTTTTTGGAACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CATGAGAC         TGCTTTTTTAGGACCAAAGGATATATTTCCTTA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 103621 CATGAGACGTA...TAGTGCTTTTTTAGGACCAAAGGATATATTTCCTTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTCAGAAAATAAGGAAAAGTATGGCAAACCAAATAAAAGAAAAGGTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120098 CTCAGAAAATAAGGAAAAGTATGGCAAACCAAATAAAAGAAAAGGTTTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGAAGGTTTATGGGAGATAGATAACAATCCAAAAGTGAAATTTTCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120148 ATGAAGGTTTATGGGAGATAGATAACAATCCAAAAGTGAAATTTTCAAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAACAG         GCAGCAACTAAACAATCAAATGCATCATCTGATGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120198 CAACAGGTA...CAGGCAGCAACTAAACAATCAAATGCATCATCTGATGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGAAGTTGAAGAAAAGGAAACTAGTGTTTCAAAGGAAGATACCGACCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123293 TGAAGTTGAAGAAAAGGAAACTAGTGTTTCAAAGGAAGATACCGACCATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGAAAAAGCCAGCAATGAG         GATGTGACTAAAGCAGTTGAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 123343 AAGAAAAAGCCAGCAATGAGGTA...TAGGATGTGACTAAAGCAGTTGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATAACTACTCCAAAAGCTGCCAGAAGGGGGAGAAAGAGAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 124142 ATAACTACTCCAAAAGCTGCCAGAAGGGGGAGAAAGAGAAAGGTA...CA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    457  GCAGAAAAACAAGTAGAAACTGAGGAGGCAGGAGTAGTGACAACAGCAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130501 GGCAGAAAAACAAGTAGAAACTGAGGAGGCAGGAGTAGTGACAACAGCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CAGCATCTGTTAATCTAAAAGTGAGTCCTAAAAGAGGACGACCTGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 130551 CAGCATCTGTTAATCTAAAAGTGAGTCCTAAAAGAGGACGACCTGCAGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    554        CTACAGAAGTCAAGATTCCAAAACCAAGAGGCAGACCCAAAAT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130601 A...TAGCTACAGAAGTCAAGATTCCAAAACCAAGAGGCAGACCCAAAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GGTAAAACAGCCCTGTCCTTCAGAGAGTGACAT         CATTACTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 131680 GGTAAAACAGCCCTGTCCTTCAGAGAGTGACATGTG...TAGCATTACTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AAGAGGACAAAAGTAAGAAAAAGGGGCAAGAGGAAAAACAACCTAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135960 AAGAGGACAAAAGTAAGAAAAAGGGGCAAGAGGAAAAACAACCTAAAAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CAGCCTAAGAAGGATGAAGAGGGCCAGAAGGAAGAAGATAAGCCAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136010 CAGCCTAAGAAGGATGAAGAGGGCCAGAAGGAAGAAGATAAGCCAAGAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AGAGCCGGATAAAAAAGAGGGGAAGAAAGAAGTTGAATCAAAAAGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136060 AGAGCCGGATAAAAAAGAGGGGAAGAAAGAAGTTGAATCAAAAAGGAAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ATTTAGCTAAAACAGGGGTTACTTCAACCTCCGATTCTGAAGAAGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136110 ATTTAGCTAAAACAGGGGTTACTTCAACCTCCGATTCTGAAGAAGAAGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GATGATCAAGAAGGTGAAAAG         AAGAGAAAAGGTGGGAGGAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 136160 GATGATCAAGAAGGTGAAAAGGTA...CAGAAGAGAAAAGGTGGGAGGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CTTTCAGACTGCTCACAGAAGGAATATGCTGAAAGGCCAACATGAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137459 CTTTCAGACTGCTCACAGAAGGAATATGCTGAAAGGCCAACATGAGAAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AAGCAGCAGATCGAAAACGCAAGCAAGAGGAACAAATGGAAACTGAGCA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 137509 AAGCAGCAGATCGAAAACGCAAGCAAGAGGAACAAATGGAAACTGAGCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    978         GCAGAATAAAGATGAAGGAAAGAAGCCAGAAGTTAAGAAAGT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137559 TA...TAGGCAGAATAAAGATGAAGGAAAGAAGCCAGAAGTTAAGAAAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GGAGAAGAAGCGAG         AAACATCAATGGATTCTCGACTTCAAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 140238 GGAGAAGAAGCGAGGTT...TAGAAACATCAATGGATTCTCGACTTCAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 GGATACATGCTGAGATTAAAAATTCACTCAAAATTGATAATCTT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 140880 GGATACATGCTGAGATTAAAAATTCACTCAAAATTGATAATCTTGTA...

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1105    GATGTGAACAGATGCATTGAGGCCTTGGATGAACTTGCTTCACTTCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141128 AAGGATGTGAACAGATGCATTGAGGCCTTGGATGAACTTGCTTCACTTCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GGTCACAATGCAACAAGCTCAGAAACACACAGAGATGATTACTACACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141178 GGTCACAATGCAACAAGCTCAGAAACACACAGAGATGATTACTACACTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 AAAAA         ATACGGCGATTCAAAGTTAGTCAGGTAATCATGGAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141228 AAAAAGTA...CAGATACGGCGATTCAAAGTTAGTCAGGTAATCATGGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 AAGTCTACAATGTTGTATAACAAGTTTAAGAACATGTTCTTGGTTGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141382 AAGTCTACAATGTTGTATAACAAGTTTAAGAACATGTTCTTGGTTGGTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 AGGAGATTCCGTGATCACCCAAGTGCTGAATAAATCTCTTGCTGAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141432 AGGAGATTCCGTGATCACCCAAGTGCTGAATAAATCTCTTGCTGAACAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 GACAGCATGAGGAAGCGAATAAAACCAAAGATCAAGGGAAGAAAGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141482 GACAGCATGAGGAAGCGAATAAAACCAAAGATCAAGGGAAGAAAGGGCCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 AACAAAAAGCTAGAGAAGGAACAAACAG         GGTCAAAGACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 141532 AACAAAAAGCTAGAGAAGGAACAAACAGGTA...AAGGGTCAAAGACTCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 AAATGGAGGATCTGATGCTCAAGATGGTAATCAGCCACAACATAACGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143343 AAATGGAGGATCTGATGCTCAAGATGGTAATCAGCCACAACATAACGGGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 AGAGCAATGAAGACAGCAAAGACAACCATGAAGCCAGCACGAAGAAAAA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 143393 AGAGCAATGAAGACAGCAAAGACAACCATGAAGCCAGCACGAAGAAAAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533         GCCATCCAGTGAAGAGAGAGAGACTGAAATATCTCTGAAGGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143443 TG...CAGGCCATCCAGTGAAGAGAGAGAGACTGAAATATCTCTGAAGGA

   1700     .    :    .
   1575 TTCTACACTAGATAAC
        ||||||||||||||||
 144651 TTCTACACTAGATAAC