seq1 = pF1KB9941.tfa, 1587 bp
seq2 = pF1KB9941/gi568815597r_27512917.tfa (gi568815597r:27512917_27723916), 211000 bp

>pF1KB9941 1587
>gi568815597r:27512917_27723916 (Chr1)

(complement)

1-226  (100001-100226)   100% ->
227-329  (100773-100875)   100% ->
330-428  (102260-102358)   100% ->
429-532  (106621-106724)   100% ->
533-682  (106911-107060)   100% ->
683-838  (108073-108228)   100% ->
839-1018  (108304-108483)   100% ->
1019-1095  (108991-109067)   100% ->
1096-1249  (109334-109487)   100% ->
1250-1381  (110567-110698)   100% ->
1382-1587  (110795-111000)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCTGTGTGTTCTGCAAGAAATTGGAGCCGGTGGCCACGGCCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCTGTGTGTTCTGCAAGAAATTGGAGCCGGTGGCCACGGCCAAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGATGCTGGCCTGGAAGGGGACTTCAGAAGCTACGGGGCAGCAGACCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGATGCTGGCCTGGAAGGGGACTTCAGAAGCTACGGGGCAGCAGACCACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGGGCCTGACCCCACTAAGGCCCGGCCTGCATCCTCATTTGCCCACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATGGGCCTGACCCCACTAAGGCCCGGCCTGCATCCTCATTTGCCCACATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCCAACTACAGCAACTTCTCCTCTCAGGCCATCAACCCTGGCTTCCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCCAACTACAGCAACTTCTCCTCTCAGGCCATCAACCCTGGCTTCCTTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TAGTGGCACCATCAGGGGTGTGTCAG         GGATTGGGGTGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100201 TAGTGGCACCATCAGGGGTGTGTCAGGTG...CAGGGATTGGGGTGACCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGTTCATTGCCCTGTATGACTATGAGGCTCGAACTGAGGATGACCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100788 TGTTCATTGCCCTGTATGACTATGAGGCTCGAACTGAGGATGACCTCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTCACCAAGGGCGAGAAGTTCCACATCCTGAACAATAC         TGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100838 TTCACCAAGGGCGAGAAGTTCCACATCCTGAACAATACGTA...CAGTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGGTGACTGGTGGGAGGCTCGGTCTCTCAGCTCCGGAAAAACTGGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102263 AGGTGACTGGTGGGAGGCTCGGTCTCTCAGCTCCGGAAAAACTGGCTGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTCCCAGCAACTACGTGGCCCCTGTTGACTCAATCCAAGCTGAAGA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 102313 TTCCCAGCAACTACGTGGCCCCTGTTGACTCAATCCAAGCTGAAGAGTA.

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    429      GTGGTACTTTGGAAAGATTGGGAGAAAGGATGCAGAGAGGCAGCT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102363 ..CAGGTGGTACTTTGGAAAGATTGGGAGAAAGGATGCAGAGAGGCAGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCTTTCACCAGGCAACCCCCAGGGGGCCTTTCTCATTCGGGAAAGCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106666 GCTTTCACCAGGCAACCCCCAGGGGGCCTTTCTCATTCGGGAAAGCGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCACCAAAG         GTGCCTACTCCCTGTCCATCCGGGACTGGGAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 106716 CCACCAAAGGTA...CAGGTGCCTACTCCCTGTCCATCCGGGACTGGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAGACCAGAGGCGATCATGTGAAGCATTACAAGATCCGCAAACTGGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106943 CAGACCAGAGGCGATCATGTGAAGCATTACAAGATCCGCAAACTGGACAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGGCGGCTACTACATCACCACACGGGTTCAGTTCAACTCGGTGCAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106993 GGGCGGCTACTACATCACCACACGGGTTCAGTTCAACTCGGTGCAGGAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGGTGCAGCACTACATGG         AGGTGAATGACGGGCTGTGCAAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 107043 TGGTGCAGCACTACATGGGTG...TAGAGGTGAATGACGGGCTGTGCAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTGCTCATCGCGCCCTGCACCATCATGAAGCCGCAGACGCTGGGCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108096 CTGCTCATCGCGCCCTGCACCATCATGAAGCCGCAGACGCTGGGCCTGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAAGGACGCCTGGGAGATCAGCCGCAGCTCCATCACGCTGGAGCGCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108146 CAAGGACGCCTGGGAGATCAGCCGCAGCTCCATCACGCTGGAGCGCCGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGGGCACCGGCTGCTTCGGGGATGTGTGGCTGG         GCACGTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 108196 TGGGCACCGGCTGCTTCGGGGATGTGTGGCTGGGTA...CAGGCACGTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AACGGCAGCACTAAGGTGGCGGTGAAGACGCTGAAGCCGGGCACCATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108312 AACGGCAGCACTAAGGTGGCGGTGAAGACGCTGAAGCCGGGCACCATGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCCGAAGGCCTTCCTGGAGGAGGCGCAGGTCATGAAGCTGCTGCGGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108362 CCCGAAGGCCTTCCTGGAGGAGGCGCAGGTCATGAAGCTGCTGCGGCACG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ACAAGCTGGTGCAGCTGTACGCCGTGGTGTCGGAGGAGCCCATCTACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108412 ACAAGCTGGTGCAGCTGTACGCCGTGGTGTCGGAGGAGCCCATCTACATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GTGACCGAGTTCATGTGTCACG         GCAGCTTGCTGGATTTTCT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 108462 GTGACCGAGTTCATGTGTCACGGTC...CAGGCAGCTTGCTGGATTTTCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CAAGAACCCAGAGGGCCAGGATTTGAGGCTGCCCCAATTGGTGGACATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109010 CAAGAACCCAGAGGGCCAGGATTTGAGGCTGCCCCAATTGGTGGACATGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CAGCCCAG         GTAGCTGAGGGCATGGCCTACATGGAACGCATG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 109060 CAGCCCAGGTA...CAGGTAGCTGAGGGCATGGCCTACATGGAACGCATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AACTACATTCACCGCGACCTGAGGGCAGCCAACATCCTGGTTGGGGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109367 AACTACATTCACCGCGACCTGAGGGCAGCCAACATCCTGGTTGGGGAGCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GCTGGCGTGCAAGATCGCAGACTTTGGCTTGGCGCGTCTCATCAAGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109417 GCTGGCGTGCAAGATCGCAGACTTTGGCTTGGCGCGTCTCATCAAGGACG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ATGAGTACAACCCCTGCCAAG         GTTCCAAGTTCCCCATCAAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 109467 ATGAGTACAACCCCTGCCAAGGTG...CAGGTTCCAAGTTCCCCATCAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TGGACAGCCCCAGAAGCTGCCCTCTTTGGCAGATTCACCATCAAGTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110587 TGGACAGCCCCAGAAGCTGCCCTCTTTGGCAGATTCACCATCAAGTCAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CGTGTGGTCCTTTGGGATCCTGCTCACTGAGCTCATCACCAAGGGCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110637 CGTGTGGTCCTTTGGGATCCTGCTCACTGAGCTCATCACCAAGGGCCGAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TCCCCTACCCAG         GCATGAATAAACGGGAAGTGTTGGAACAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 110687 TCCCCTACCCAGGTT...CAGGCATGAATAAACGGGAAGTGTTGGAACAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GTGGAGCAGGGCTACCACATGCCGTGCCCTCCAGGCTGCCCAGCATCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110824 GTGGAGCAGGGCTACCACATGCCGTGCCCTCCAGGCTGCCCAGCATCCCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 GTACGAGGCCATGGAACAGACCTGGCGTCTGGACCCGGAGGAGAGGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110874 GTACGAGGCCATGGAACAGACCTGGCGTCTGGACCCGGAGGAGAGGCCTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 CCTTCGAGTACCTGCAGTCCTTCCTGGAGGACTACTTCACCTCCGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110924 CCTTCGAGTACCTGCAGTCCTTCCTGGAGGACTACTTCACCTCCGCTGAA

   1650     .    :    .    :    .
   1561 CCACAGTACCAGCCCGGGGATCAGACA
        |||||||||||||||||||||||||||
 110974 CCACAGTACCAGCCCGGGGATCAGACA