seq1 = pF1KB9940.tfa, 1971 bp
seq2 = pF1KB9940/gi568815589f_105199218.tfa (gi568815589f:105199218_105485503), 286286 bp

>pF1KB9940 1971
>gi568815589f:105199218_105485503 (Chr9)

1-36  (45652-45687)   100% ->
37-126  (100003-100092)   100% ->
127-269  (110507-110649)   100% ->
270-406  (136346-136482)   100% ->
407-500  (149141-149234)   100% ->
501-670  (156995-157164)   100% ->
671-760  (159127-159216)   100% ->
761-900  (161974-162113)   100% ->
901-1087  (163604-163790)   100% ->
1088-1253  (165338-165503)   100% ->
1254-1410  (166266-166422)   100% ->
1411-1494  (167129-167212)   100% ->
1495-1632  (175381-175518)   100% ->
1633-1869  (183906-184142)   100% ->
1870-1950  (186205-186285)   100% ->
1951-1971  (189816-189836)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCTGCTGCAGCTCCGCCTCCTCCGCCGCGCAG         AGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
  45652 ATGGGCTGCTGCAGCTCCGCCTCCTCCGCCGCGCAGGTG...TAGAGCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CAAACGAGAATGGAAGCCGCTGGAGGACCGTAGCTGCACAGACATACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100008 CAAACGAGAATGGAAGCCGCTGGAGGACCGTAGCTGCACAGACATACCAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGCTGCTGCTCTTCATCCTCTTCTGCATTGGGATG         GGATTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100058 GGCTGCTGCTCTTCATCCTCTTCTGCATTGGGATGGTA...TAGGGATTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ATTTGTGGCTTTTCAATAGCAACAGGTGCAGCAGCAAGACTAGTGTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110513 ATTTGTGGCTTTTCAATAGCAACAGGTGCAGCAGCAAGACTAGTGTCAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ATACGACAGCTATGGAAATATCTGTGGGCAGAAAAATACAAAGTTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110563 ATACGACAGCTATGGAAATATCTGTGGGCAGAAAAATACAAAGTTGGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAATACCAAACAGTGGCATGGACCACACCCAGCGGAA         GTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 110613 CAATACCAAACAGTGGCATGGACCACACCCAGCGGAAGTG...TAGGTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTATTCTTTTTGGATCCATGCAACCTGGACTTGATAAACCGGAAGATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136350 GTATTCTTTTTGGATCCATGCAACCTGGACTTGATAAACCGGAAGATTAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GTCTGTAGCACTGTGTGTAGCAGCGTGTCCAAGGCAAGAACTGAAAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136400 GTCTGTAGCACTGTGTGTAGCAGCGTGTCCAAGGCAAGAACTGAAAACTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGAGTGATGTTCAGAAGTTTGCAGAGATAAATG         GTTCAGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 136450 TGAGTGATGTTCAGAAGTTTGCAGAGATAAATGGTG...CAGGTTCAGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTATGTAGCTACAACCTAAAGCCTTCTGAATACACTACATCTCCAAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149149 CTATGTAGCTACAACCTAAAGCCTTCTGAATACACTACATCTCCAAAATC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TTCTGTTCTCTGCCCCAAACTACCAGTTCCAGCGAG         TGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 149199 TTCTGTTCTCTGCCCCAAACTACCAGTTCCAGCGAGGTA...CAGTGCAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CTATTCCATTCTTCCATCGCTGTGCTCCTGTGAACATTTCCTGCTATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157000 CTATTCCATTCTTCCATCGCTGTGCTCCTGTGAACATTTCCTGCTATGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AAGTTTGCAGAGGCCCTGATCACCTTTGTCAGTGACAATAGTGTCTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157050 AAGTTTGCAGAGGCCCTGATCACCTTTGTCAGTGACAATAGTGTCTTACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CAGGCTGATTAGTGGAGTAATGACCAGCAAAGAAATTATATTGGGACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157100 CAGGCTGATTAGTGGAGTAATGACCAGCAAAGAAATTATATTGGGACTTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GCTTGTTATCACTAG         TTCTATCCATGATTTTGATGGTGATA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 157150 GCTTGTTATCACTAGGTA...CAGTTCTATCCATGATTTTGATGGTGATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ATCAGGTATATATCAAGAGTACTTGTGTGGATCTTAACGATTCTGGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159153 ATCAGGTATATATCAAGAGTACTTGTGTGGATCTTAACGATTCTGGTCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 ACTCGGTTCACTTG         GAGGCACAGGTGTACTATGGTGGCTGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 159203 ACTCGGTTCACTTGGTA...CAGGAGGCACAGGTGTACTATGGTGGCTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ATGCAAAGCAAAGAAGGTCTCCCAAAGAAACTGTTACTCCTGAGCAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162001 ATGCAAAGCAAAGAAGGTCTCCCAAAGAAACTGTTACTCCTGAGCAGCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CAGATAGCTGAAGACAATCTTCGGGCCCTCCTCATTTATGCCATTTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162051 CAGATAGCTGAAGACAATCTTCGGGCCCTCCTCATTTATGCCATTTCAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TACAGTGTTCACA         GTGATCTTATTCCTGATAATGTTGGTTA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 162101 TACAGTGTTCACAGTG...CAGGTGATCTTATTCCTGATAATGTTGGTTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGCGCAAACGTGTTGCTCTTACCATCGCCTTGTTCCACGTAGCTGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163632 TGCGCAAACGTGTTGCTCTTACCATCGCCTTGTTCCACGTAGCTGGCAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GTCTTCATTCACTTGCCACTGCTAGTCTTCCAACCCTTCTGGACTTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163682 GTCTTCATTCACTTGCCACTGCTAGTCTTCCAACCCTTCTGGACTTTCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGCTCTTGTCTTGTTTTGGGTGTACTGGATCATGACACTTCTTTTTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163732 TGCTCTTGTCTTGTTTTGGGTGTACTGGATCATGACACTTCTTTTTCTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GCACTACCG         GCAGTCCTGTTCAGAATGAGCAAGGCTTTGTG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 163782 GCACTACCGGTA...TAGGCAGTCCTGTTCAGAATGAGCAAGGCTTTGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GAGTTCAAAATTTCTGGGCCTCTGCAGTACATGTGGTGGTACCATGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165370 GAGTTCAAAATTTCTGGGCCTCTGCAGTACATGTGGTGGTACCATGTGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GGGCCTGATTTGGATCAGTGAATTTATTCTAGCATGTCAGCAGATGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165420 GGGCCTGATTTGGATCAGTGAATTTATTCTAGCATGTCAGCAGATGACAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TGGCAGGAGCTGTGGTAACATACTATTTTACTAG         GGATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 165470 TGGCAGGAGCTGTGGTAACATACTATTTTACTAGGTA...TAGGGATAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AGGAATTTGCCATTTACACCTATTTTGGCATCAGTAAATCGCCTTATTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166273 AGGAATTTGCCATTTACACCTATTTTGGCATCAGTAAATCGCCTTATTCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TTACCACCTAGGTACGGTGGCAAAAGGATCTTTCATTATCACATTAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166323 TTACCACCTAGGTACGGTGGCAAAAGGATCTTTCATTATCACATTAGTCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AAATTCCGCGAATGATCCTTATGTATATTCACAGTCAGCTCAAAGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166373 AAATTCCGCGAATGATCCTTATGTATATTCACAGTCAGCTCAAAGGAAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411          GAAAATGCTTGTGCACGATGTGTGCTGAAATCTTGCATTTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166423 GTA...CAGGAAAATGCTTGTGCACGATGTGTGCTGAAATCTTGCATTTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TTGCCTTTGGTGTCTTGAAAAGTGCCTAAATTATTTAAATCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 167170 TTGCCTTTGGTGTCTTGAAAAGTGCCTAAATTATTTAAATCAGGTA...C

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1495   AATGCATACACAGCCACAGCTATCAACAGCACCAACTTCTGCACCTCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175379 AGAATGCATACACAGCCACAGCTATCAACAGCACCAACTTCTGCACCTCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GCAAAGGATGCCTTTGTCATTCTGGTGGAGAATGCTTTGCGAGTGGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175429 GCAAAGGATGCCTTTGTCATTCTGGTGGAGAATGCTTTGCGAGTGGCTAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CATCAACACAGTAGGAGATTTTATGTTATTCCTTGGCAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 175479 CATCAACACAGTAGGAGATTTTATGTTATTCCTTGGCAAGGTA...CAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TGCTGATAGTCTGCAGCACAGGTTTAGCTGGGATTATGCTGCTCAACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183907 TGCTGATAGTCTGCAGCACAGGTTTAGCTGGGATTATGCTGCTCAACTAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 CAGCAGGACTACACAGTATGGGTGCTGCCTCTGATCATCGTCTGCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183957 CAGCAGGACTACACAGTATGGGTGCTGCCTCTGATCATCGTCTGCCTCTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 TGCTTTCCTAGTCGCTCATTGCTTCCTGTCTATTTATGAAATGGTAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184007 TGCTTTCCTAGTCGCTCATTGCTTCCTGTCTATTTATGAAATGGTAGTGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 ATGTATTATTCTTGTGTTTTGCCATTGATACAAAATACAATGATGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184057 ATGTATTATTCTTGTGTTTTGCCATTGATACAAAATACAATGATGGGAGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 CCTGGCAGAGAATTCTATATGGATAAAGTGCTGATG         GAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 184107 CCTGGCAGAGAATTCTATATGGATAAAGTGCTGATGGTA...CAGGAGTT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 TGTGGAAAACAGTAGGAAAGCAATGAAAGAAGCTGGTAAGGGAGGCGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186210 TGTGGAAAACAGTAGGAAAGCAATGAAAGAAGCTGGTAAGGGAGGCGTCG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 CTGATTCCAGAGAGCTAAAGCCGATG         GCTTCGGGAGCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 186260 CTGATTCCAGAGAGCTAAAGCCGATGGTA...TAGGCTTCGGGAGCAAGT

   2100     .
   1966 TCTGCT
        ||||||
 189831 TCTGCT