seq1 = pF1KB9936.tfa, 1902 bp
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>pF1KB9936 1902
>gi568815579f:18583703_18877379 (Chr19)

1-126  (100001-100126)   100% ->
127-243  (159208-159324)   100% ->
244-381  (162121-162258)   100% ->
382-443  (163351-163412)   100% ->
444-538  (166079-166173)   100% ->
539-624  (169798-169883)   100% ->
625-665  (175849-175889)   100% ->
666-886  (176306-176526)   100% ->
887-1011  (181702-181826)   100% ->
1012-1320  (184783-185091)   100% ->
1321-1425  (187740-187844)   100% ->
1426-1512  (191198-191284)   100% ->
1513-1693  (191939-192119)   100% ->
1694-1902  (193469-193677)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGACTTCGAACAATCCGCGGAAATTCAGCGAGAAGATCGCGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGACTTCGAACAATCCGCGGAAATTCAGCGAGAAGATCGCGCTGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAATCAGAAGCAGGCGGAGGAGACGGCGGCCTTCGAGGAGGTCATGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAATCAGAAGCAGGCGGAGGAGACGGCGGCCTTCGAGGAGGTCATGAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCTGAGCCTGACGCGGGCCGCGCGG         CTCCAGCTCCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100101 ACCTGAGCCTGACGCGGGCCGCGCGGGTA...CAGCTCCAGCTCCAGAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCCCAGTACCTGCAACTGGGCCCCAGCCGAGGCCAGTACTATGGCGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159223 TCCCAGTACCTGCAACTGGGCCCCAGCCGAGGCCAGTACTATGGCGGGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTGCCCAACGTGAACCAGATCGGGAGTGGCACCATGGACCTGCCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159273 CCTGCCCAACGTGAACCAGATCGGGAGTGGCACCATGGACCTGCCCTTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AG         ACCCCCTTCCAATCCTCGGGCCTGGACACCAGCCGGACC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159323 AGGTG...CAGACCCCCTTCCAATCCTCGGGCCTGGACACCAGCCGGACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACCCGGCACCATGGGCTGGTGGACAGGGTGTACCGGGAGCGTGGCCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162160 ACCCGGCACCATGGGCTGGTGGACAGGGTGTACCGGGAGCGTGGCCGGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGGCTCCCCACACCGCCGGCCCCTGTCAGTGGACAAACACGGACGGCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 162210 CGGCTCCCCACACCGCCGGCCCCTGTCAGTGGACAAACACGGACGGCAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    382         GCCGACAGCTGCCCCTATGGCACCATGTACCTCTCACCACCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162260 TA...CACGCCGACAGCTGCCCCTATGGCACCATGTACCTCTCACCACCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCGGACACCAGCTGGAGAAG         GACCAATTCTGACTCCGCCCT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 163393 GCGGACACCAGCTGGAGAAGGTC...CAGGACCAATTCTGACTCCGCCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCACCAGAGCACAATGACGCCCACGCAGCCAGAATCCTTTAGCAGTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166100 GCACCAGAGCACAATGACGCCCACGCAGCCAGAATCCTTTAGCAGTGGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCCAGGACGTGCACCAGAAAAGAG         TCTTACTGTTAACAGTC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 166150 CCCAGGACGTGCACCAGAAAAGAGGTA...CAGTCTTACTGTTAACAGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CCAGGAATGGAAGAGACCACATCAGAGGCAGACAAAAACCTTTCCAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169815 CCAGGAATGGAAGAGACCACATCAGAGGCAGACAAAAACCTTTCCAAGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGCATGGGACACCAAGAAG         ACGGGGTCCAGGCCCAAGTCCT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 169865 AGCATGGGACACCAAGAAGGTA...CAGACGGGGTCCAGGCCCAAGTCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GTGAGGTCCCCGGAATCAA         CATCTTCCCGTCTGCCGACCAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 175871 GTGAGGTCCCCGGAATCAAGTA...CAGCATCTTCCCGTCTGCCGACCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GAAAACACTACAGCCCTGATCCCCGCCACCCACAACACAGGGGGGTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176328 GAAAACACTACAGCCCTGATCCCCGCCACCCACAACACAGGGGGGTCCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GCCCGACCTGACCAACATCCACTTCCCCTCCCCGCTCCCGACCCCGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176378 GCCCGACCTGACCAACATCCACTTCCCCTCCCCGCTCCCGACCCCGCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACCCCGAGGAGCCCACCTTCCCTGCACTGAGCAGCTCCAGCAGCACCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176428 ACCCCGAGGAGCCCACCTTCCCTGCACTGAGCAGCTCCAGCAGCACCGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AACCTCGCGGCCAACCTGACGCACCTGGGCATCGGTGGCGCCGGCCAGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 176478 AACCTCGCGGCCAACCTGACGCACCTGGGCATCGGTGGCGCCGGCCAGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    887         GAATGAGCACACCTGGCTCCTCTCCACAGCACCGCCCAGCTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176528 TA...TAGGAATGAGCACACCTGGCTCCTCTCCACAGCACCGCCCAGCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GCGTCAGCCCCCTGTCCCTGAGCACAGAGGCAAGGCGTCAGCAGGCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181744 GCGTCAGCCCCCTGTCCCTGAGCACAGAGGCAAGGCGTCAGCAGGCATCG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CCCACCCTGTCCCCGCTGTCACCCATCACTCAG         GCTGTAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 181794 CCCACCCTGTCCCCGCTGTCACCCATCACTCAGGTG...CAGGCTGTAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CATGGACGCCCTGTCTCTGGAGCAGCAGCTGCCCTACGCCTTCTTCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184791 CATGGACGCCCTGTCTCTGGAGCAGCAGCTGCCCTACGCCTTCTTCACCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGGCGGGCTCCCAGCAGCCACCGCCGCAGCCCCAGCCCCCGCCGCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184841 AGGCGGGCTCCCAGCAGCCACCGCCGCAGCCCCAGCCCCCGCCGCCTCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CCACCCGCGTCCCAGCAGCCACCACCCCCGCCACCCCCACAGGCGCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184891 CCACCCGCGTCCCAGCAGCCACCACCCCCGCCACCCCCACAGGCGCCCGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CCGCCTGCCCCCTGGTGGCCCCCTGTTGCCCAGCGCCAGCCTGACTCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184941 CCGCCTGCCCCCTGGTGGCCCCCTGTTGCCCAGCGCCAGCCTGACTCGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GGCCACAGCCGCCCCCGCTTGCAGTCACGGTACCGTCCTCTCTCCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184991 GGCCACAGCCGCCCCCGCTTGCAGTCACGGTACCGTCCTCTCTCCCCCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TCCCCCCCAGAGAACCCTGGCCAGCCATCGATGGGGATCGACATCGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185041 TCCCCCCCAGAGAACCCTGGCCAGCCATCGATGGGGATCGACATCGCCTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 G         GCGCCGGCTCTGCAGCAGTACCGCACTAGCGCCGGCTCCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185091 GGTA...CAGGCGCCGGCTCTGCAGCAGTACCGCACTAGCGCCGGCTCCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CGGCCAACCAGTCTCCCACCTCGCCAGTCTCCAATCAAGGCTTCTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187780 CGGCCAACCAGTCTCCCACCTCGCCAGTCTCCAATCAAGGCTTCTCCCCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GGGAGCTCCCCGCAA         CACACTTCCACCCTGGGCAGCGTGTT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 187830 GGGAGCTCCCCGCAAGTA...CAGCACACTTCCACCCTGGGCAGCGTGTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TGGGGACGCGTACTATGAGCAGCAGATGGCGGCCAGGCAGGCCAATGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191224 TGGGGACGCGTACTATGAGCAGCAGATGGCGGCCAGGCAGGCCAATGCTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TGTCCCACCAG         CTGGAGCAGTTCAACATGATGGAGAACGCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 191274 TGTCCCACCAGGTG...CAGCTGGAGCAGTTCAACATGATGGAGAACGCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 ATCAGCTCCAGCAGCCTGTACAGCCCGGGCTCCACACTCAACTACTCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191969 ATCAGCTCCAGCAGCCTGTACAGCCCGGGCTCCACACTCAACTACTCGCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GGCGGCCATGATGGGCCTCACGGGCAGCCACGGGAGCCTGCCGGACTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192019 GGCGGCCATGATGGGCCTCACGGGCAGCCACGGGAGCCTGCCGGACTCGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 AGCAACTGGGATACGCCAGCCACAGTGGCATCCCCAACATCATCCTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192069 AGCAACTGGGATACGCCAGCCACAGTGGCATCCCCAACATCATCCTCACA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 G         TGACAGGAGAGTCCCCCCCCAGCCTCTCTAAAGAACTGAC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192119 GGTG...CAGTGACAGGAGAGTCCCCCCCCAGCCTCTCTAAAGAACTGAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 CAGCTCTCTGGCCGGGGTCGGCGACGTCAGCTTCGACTCCGACAGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193509 CAGCTCTCTGGCCGGGGTCGGCGACGTCAGCTTCGACTCCGACAGCCAGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 TTCCCCTGGACGAACTCAAGATCGACCCCCTGACCCTCGACGGACTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193559 TTCCCCTGGACGAACTCAAGATCGACCCCCTGACCCTCGACGGACTGCAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 ATGCTCAACGACCCCGACATGGTTCTGGCCGACCCAGCCACCGAGGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193609 ATGCTCAACGACCCCGACATGGTTCTGGCCGACCCAGCCACCGAGGACAC

   2000     .    :    .
   1884 CTTCCGGATGGACCGCCTG
        |||||||||||||||||||
 193659 CTTCCGGATGGACCGCCTG